Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TTGGCATCAACAATGGCGCCAGCAATGGCGGCACTAACCATCTCCTACCTTCTGCCTTGGACATGCCCTCACCAAAACCTTATTTCTTCCCCATGTCCAGgtatgcatcataataatgtatggccccaagtgctattttagtattgcaaattagtacagtatgcatctgggcgccatgatttgctgagtgctatcattcattcatatgcatgcag

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os07g48410.2
intron # 7
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|58657371|gb|CK046051.1|CK046051
EST:     TCTGCCTTGGACATGCCCTCACCAAAACCTTATTTCTTCCCCATGTCCAG                         GCTGGCCTCCGATCACGGCGCGATCGGAATGTAAAGTTGTTCTGAATGGAA
genomic: TCTGCCTTGGACATGCCCTCACCAAAACCTTATTTCTTCCCCATGTCCAGgtatgcatca ... atgcatgcagGCTGGCCTCCGATCACGGCGCGATCGGAATGTAAAGTTGTTCTGAATGGAA
EST: gi|88851800|gb|CI675002.1|CI675002
EST:     TCTGCCTTGGACATGCCCTCACCAAAACCTTATTTCTTCCCCATGTCCAG                         GCTGGCCTCCGATCACGGCGCGATCGGAATGTAAAGTTGTTCTGAATGGAA
genomic: TCTGCCTTGGACATGCCCTCACCAAAACCTTATTTCTTCCCCATGTCCAGgtatgcatca ... atgcatgcagGCTGGCCTCCGATCACGGCGCGATCGGAATGTAAAGTTGTTCTGAATGGAA
EST: gi|88325268|gb|CI675062.1|CI675062
EST:     TCTGCCTTGGACATGCCCTCACCAAAACCTTATTTCTTCCCCATGTCCAG                         GCTGGCCTCCGATCACGGCGCGATCGGAATGTAAAGTTGTTCTGAATGGAA
genomic: TCTGCCTTGGACATGCCCTCACCAAAACCTTATTTCTTCCCCATGTCCAGgtatgcatca ... atgcatgcagGCTGGCCTCCGATCACGGCGCGATCGGAATGTAAAGTTGTTCTGAATGGAA
EST: gi|88268546|gb|CI378481.1|CI378481
EST:     TCTGCCTTGGACATGCCCTCACCAAAACCTTATTTCTTCCCCATGTCCAG                         GCTGGCCTCCGATCACGGCGCGATCGGAATGTAAAGTTGTTCTGAATGGAA
genomic: TCTGCCTTGGACATGCCCTCACCAAAACCTTATTTCTTCCCCATGTCCAGgtatgcatca ... atgcatgcagGCTGGCCTCCGATCACGGCGCGATCGGAATGTAAAGTTGTTCTGAATGGAA
EST: gi|88221815|gb|CI221771.1|CI221771
EST:     TCTGCCTTGGACATGCCCTCACCAAAACCTTATTTCTTCCCCATGTCCAG                         GCTGGCCTCCGATCACGGCGCGATCGGAATGTAAAGTTGTTCTGAATGGAA
genomic: TCTGCCTTGGACATGCCCTCACCAAAACCTTATTTCTTCCCCATGTCCAGgtatgcatca ... atgcatgcagGCTGGCCTCCGATCACGGCGCGATCGGAATGTAAAGTTGTTCTGAATGGAA
EST: gi|86253323|gb|CI058248.1|CI058248
EST:     TCTGCCTTGGACATGCCCTCACCAAAACCTTATTTCTTCCCCATGTCCAG                         GCTGGCCTCCGATCACGGCGCGATCGGAATGTAAAGTTGTTCTGAATGGAA
genomic: TCTGCCTTGGACATGCCCTCACCAAAACCTTATTTCTTCCCCATGTCCAGgtatgcatca ... atgcatgcagGCTGGCCTCCGATCACGGCGCGATCGGAATGTAAAGTTGTTCTGAATGGAA
EST: gi|86257029|gb|CI061792.1|CI061792
EST:     TCTGCCTTGGACATGCCCTCACCAAAACCTTATTTCTTCCCCATGTCCAG                         GCTGGCCTCCGATCACGGCGCGATCGGAATGTAAAGTTGTTCTGAATGGAA
genomic: TCTGCCTTGGACATGCCCTCACCAAAACCTTATTTCTTCCCCATGTCCAGgtatgcatca ... atgcatgcagGCTGGCCTCCGATCACGGCGCGATCGGAATGTAAAGTTGTTCTGAATGGAA