1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' |
GAGTAATTATGAATGATGAAACAGTTTATCAACTGTGCAAGCAGGCTGTTTCACAGgtctgtctcttctctagttctctttatattctgttttttatcttgatcaagtaccttcacaagtgcaatagttgagtaacatagaaactgtctgtctcaatag
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os06g49110.3 |
intron # | 7 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: TTATGAATGATGAAACAGTTTATCAACTGTGCAAGCAGGCTGTTTCACAA GCACGTGCTGGTGCTGATEST: gi|29616370|gb|CB621382.1|CB621382
genomic: TTATGAATGATGAAACAGTTTATCAACTGTGCAAGCAGGCTGTTTCACAGgtctgtctct ... gtctcaatagGCACGTGCTGGTGCTGAT
EST: TTATGAATGATGAAACAGTTTATCAACTGTGCAAGCAGGCTGTTTCACAG GCACGTGCTGGTGCTGATGTAGTTAGCCCTAGTGACATGATGGATGGCEST: gi|29619108|gb|CB624120.1|CB624120
genomic: TTATGAATGATGAAACAGTTTATCAACTGTGCAAGCAGGCTGTTTCACAGgtctgtctct ... gtctcaatagGCACGTGCTGGTGCTGATGTAGTTAGCCCTAGTGACATGATGGATGGC
EST: TTATGAATGATGAAACAGTTTATCAACTGTGCAAGCAGGCTGTTTCACAG GCACGTGCTGGTGCTGATGTAGTTAGCCCTAGTGACATGATGGATGGCCGTEST: gi|29619412|gb|CB624424.1|CB624424
genomic: TTATGAATGATGAAACAGTTTATCAACTGTGCAAGCAGGCTGTTTCACAGgtctgtctct ... gtctcaatagGCACGTGCTGGTGCTGATGTAGTTAGCCCTAGTGACATGATGGATGGCCGT
EST: TTATGAATGATGAAACAGTTTATCAACTGTGCAAGCAGGCTGTTTCACAG GCACGTGCTGGTGCTGATGTAGTTAGCCCTAGTGACATGATGGATGGCCGTEST: gi|29624058|gb|CB629069.1|CB629069
genomic: TTATGAATGATGAAACAGTTTATCAACTGTGCAAGCAGGCTGTTTCACAGgtctgtctct ... gtctcaatagGCACGTGCTGGTGCTGATGTAGTTAGCCCTAGTGACATGATGGATGGCCGT
EST: TTATGAATGATGAAACAGTTTATCAACTGTGCAAGCAGGCTGTTTCACAG GCACGTGCTGGTGCTGATGTAGTTAGCCCTAGTGACATGATGGATGGCCGTEST: gi|29666981|gb|CB663256.1|CB663256
genomic: TTATGAATGATGAAACAGTTTATCAACTGTGCAAGCAGGCTGTTTCACAGgtctgtctct ... gtctcaatagGCACGTGCTGGTGCTGATGTAGTTAGCCCTAGTGACATGATGGATGGCCGT
EST: TTATGAATGATGAAACAGTTTATCAACTGTGCAAGCAGGCTGTTTCACAG GCACGTGCTGGTGCTGATEST: gi|29660427|gb|CB656702.1|CB656702
genomic: TTATGAATGATGAAACAGTTTATCAACTGTGCAAGCAGGCTGTTTCACAGgtctgtctct ... gtctcaatagGCACGTGCTGGTGCTGAT
EST: TTATGAATGATGAAACAGTTTATCAACTGTGCAAGCAGGCTGTTTCACAG GCACGTGCTGGTGCTGATGTAGTTAGCCCTAGTGACATGATGGATGGCCGTEST: gi|29617547|gb|CB622559.1|CB622559
genomic: TTATGAATGATGAAACAGTTTATCAACTGTGCAAGCAGGCTGTTTCACAGgtctgtctct ... gtctcaatagGCACGTGCTGGTGCTGATGTAGTTAGCCCTAGTGACATGATGGATGGCCGT
EST: TTATGAATGATGAAACAGTTTATCAACTGTGCAAGCAGGCTGTTTCACAG GCACGTGCTGGTGCTGATGTAGTTAGCCCTAGTGACATGATGGATGGCCGTEST: gi|29624061|gb|CB629072.1|CB629072
genomic: TTATGAATGATGAAACAGTTTATCAACTGTGCAAGCAGGCTGTTTCACAGgtctgtctct ... gtctcaatagGCACGTGCTGGTGCTGATGTAGTTAGCCCTAGTGACATGATGGATGGCCGT
EST: TTATGAATGATGAAACAGTTTATCAACTGTGCAAGCAGGCTGTTTCACAG GCACGTGCTGGTGCTGATGTAGTTAGCCCTAGTGACATGATGGATGGCCGTEST: gi|29615587|gb|CB620599.1|CB620599
genomic: TTATGAATGATGAAACAGTTTATCAACTGTGCAAGCAGGCTGTTTCACAGgtctgtctct ... gtctcaatagGCACGTGCTGGTGCTGATGTAGTTAGCCCTAGTGACATGATGGATGGCCGT
EST: CTGTGCAAGCAGGCTGTTTCACAG GCACGTGCTGGTGCTGATGTAGTTAGCCCTAGTGACATGATGGATGGCCGTEST: gi|29624057|gb|CB629068.1|CB629068
genomic: CTGTGCAAGCAGGCTGTTTCACAGgtctgtctct ... gtctcaatagGCACGTGCTGGTGCTGATGTAGTTAGCCCTAGTGACATGATGGATGGCCGT
EST: TTATGAATGATGAAACAGTTTATCAACTGTGCAAGCAGGCTGTTTCACAG GCACGTGCTGGTGCTGATGTAGTTAGCCCTAGTGACATGATGGATGGCCGTEST: gi|29617546|gb|CB622558.1|CB622558
genomic: TTATGAATGATGAAACAGTTTATCAACTGTGCAAGCAGGCTGTTTCACAGgtctgtctct ... gtctcaatagGCACGTGCTGGTGCTGATGTAGTTAGCCCTAGTGACATGATGGATGGCCGT
EST: TTATGAATGATGAAACAGTTTATCAACTGTGCAAGCAGGCTGTTTCACAG GCACGTGCTGGTGCTGATGTAGTTAGCCCTAGTGACATGATGGATGGCCGTEST: gi|29621569|gb|CB626580.1|CB626580
genomic: TTATGAATGATGAAACAGTTTATCAACTGTGCAAGCAGGCTGTTTCACAGgtctgtctct ... gtctcaatagGCACGTGCTGGTGCTGATGTAGTTAGCCCTAGTGACATGATGGATGGCCGT
EST: TTATGAATGATGAAACAGTTTATCAACTGTGCAAGCAGGCTGTTTCACAG GCACGTGCTGGTGCTGATGTAGTTAGCCCTAGTGACATGATGGATGGCCGTEST: gi|29673911|gb|CB670186.1|CB670186
genomic: TTATGAATGATGAAACAGTTTATCAACTGTGCAAGCAGGCTGTTTCACAGgtctgtctct ... gtctcaatagGCACGTGCTGGTGCTGATGTAGTTAGCCCTAGTGACATGATGGATGGCCGT
EST: TTATGAATGATGAAACAGTTTATCAACTGTGCAAGCAGGCTGTTTCACAG GCACGTGCTGGTGCTGATGTAGTTAGCCCTAGTGACATGATGGATGGCCGTEST: gi|29672090|gb|CB668365.1|CB668365
genomic: TTATGAATGATGAAACAGTTTATCAACTGTGCAAGCAGGCTGTTTCACAGgtctgtctct ... gtctcaatagGCACGTGCTGGTGCTGATGTAGTTAGCCCTAGTGACATGATGGATGGCCGT
EST: TTATGAATGATGAAACAGTTTATCAACTGTGCAAGCAGGCTGTTTCACAG GCACGTGCTGGTGCTGATGTAGTTAGCCCTAGTGACATGATGGATGGCCGTEST: gi|29619109|gb|CB624121.1|CB624121
genomic: TTATGAATGATGAAACAGTTTATCAACTGTGCAAGCAGGCTGTTTCACAGgtctgtctct ... gtctcaatagGCACGTGCTGGTGCTGATGTAGTTAGCCCTAGTGACATGATGGATGGCCGT
EST: TTATGAATGATGAAACAGTTTATCAACTGTGCAAGCAGGCTGTTTCACAG GCACGTGCTGGTGCTGATGTAGTTAGCCCTAGTGACATGATGGATGGCCGTEST: gi|29661434|gb|CB657709.1|CB657709
genomic: TTATGAATGATGAAACAGTTTATCAACTGTGCAAGCAGGCTGTTTCACAGgtctgtctct ... gtctcaatagGCACGTGCTGGTGCTGATGTAGTTAGCCCTAGTGACATGATGGATGGCCGT
EST: TTATGAATGATGAAACAGTTTATCAACTGTGCCAGCAGGCTGTTTCACAG GCACGTGCTGGTGCTGATEST: gi|29619316|gb|CB624328.1|CB624328
genomic: TTATGAATGATGAAACAGTTTATCAACTGTGCAAGCAGGCTGTTTCACAGgtctgtctct ... gtctcaatagGCACGTGCTGGTGCTGAT
EST: TTATGAATGATGAAACAGTTTATCAACTGTGCAAGCAGGCTGTTTCACAG GCACGTGCTGGTGCTGATGTAGTTAGCCNTAGTGACATGATGGATGGCCGTEST: gi|27577435|gb|CB000130.1|CB000130
genomic: TTATGAATGATGAAACAGTTTATCAACTGTGCAAGCAGGCTGTTTCACAGgtctgtctct ... gtctcaatagGCACGTGCTGGTGCTGATGTAGTTAGCCCTAGTGACATGATGGATGGCCGT
EST: TTATGAATGATGAAACAGTTTATCAACTGTGCAAGCAGGCTGTTTCACAG GCACGTGCTGGTGCTGATGTAGTTAGCCCTAGTGACATGATGGATGGCCGTEST: gi|29660274|gb|CB656549.1|CB656549
genomic: TTATGAATGATGAAACAGTTTATCAACTGTGCAAGCAGGCTGTTTCACAGgtctgtctct ... gtctcaatagGCACGTGCTGGTGCTGATGTAGTTAGCCCTAGTGACATGATGGATGGCCGT
EST: TTATGAATGATGAAACAGTTTATCAACTGTGCAAGCAGGCTGTTTCACAG GCACGTGCTGGTGCTGATGTAGTTAGCCCTAGTGACATGATGGATGGCCGTEST: gi|38471437|gb|CF955568.1|CF955568
genomic: TTATGAATGATGAAACAGTTTATCAACTGTGCAAGCAGGCTGTTTCACAGgtctgtctct ... gtctcaatagGCACGTGCTGGTGCTGATGTAGTTAGCCCTAGTGACATGATGGATGGCCGT
EST: TTATGAATGATGAAACAGTTTATCAACTGTGCAAGCAGGCTGTTTCACAG GCACGTGCTGGTGCTGATGTAGTTAGCCCTAGTGACATGATGGATGGCCGTEST: gi|33680655|gb|CF308894.1|CF308894
genomic: TTATGAATGATGAAACAGTTTATCAACTGTGCAAGCAGGCTGTTTCACAGgtctgtctct ... gtctcaatagGCACGTGCTGGTGCTGATGTAGTTAGCCCTAGTGACATGATGGATGGCCGT
EST: TTATGAATGATGAAACAGTTTATCAACTGTGCAAGCAGGCTGTTTCACAG GCACGTGCTGGTGCTGATGTAGTTAGCCCTAGTGACATGATGGATGGCCGTEST: gi|29621570|gb|CB626581.1|CB626581
genomic: TTATGAATGATGAAACAGTTTATCAACTGTGCAAGCAGGCTGTTTCACAGgtctgtctct ... gtctcaatagGCACGTGCTGGTGCTGATGTAGTTAGCCCTAGTGACATGATGGATGGCCGT
EST: TTATGAATGATGAAACAGTTTATCAACTGTGCAAGCAGGCTGTTTCACAG GCACGTGCTGGTGCTGATGTAGTTAGCCCTAGTGACATGATGGATGGCCGTEST: gi|29688150|gb|CB684425.1|CB684425
genomic: TTATGAATGATGAAACAGTTTATCAACTGTGCAAGCAGGCTGTTTCACAGgtctgtctct ... gtctcaatagGCACGTGCTGGTGCTGATGTAGTTAGCCCTAGTGACATGATGGATGGCCGT
EST: TTATGAATGATGAAACAGTTTATCAACTGTGCAAGCAGGCTGTTTCACAG GCACGTGCTGGTGCTGATGTAGTTAGCCCTAGTGACATGATGGATGGCCGTEST: gi|29637162|gb|CB642171.1|CB642171
genomic: TTATGAATGATGAAACAGTTTATCAACTGTGCAAGCAGGCTGTTTCACAGgtctgtctct ... gtctcaatagGCACGTGCTGGTGCTGATGTAGTTAGCCCTAGTGACATGATGGATGGCCGT
EST: TTATGAATGATGAAACAGTTTATCAACTGTGCAAGCAGGCTGTTTCACAG GCACGTGCTGGTGCTGATGTAGTTAGCCCTAGTGACATGATGGATGGCCGTEST: gi|58601365|gb|CK011893.1|CK011893
genomic: TTATGAATGATGAAACAGTTTATCAACTGTGCAAGCAGGCTGTTTCACAGgtctgtctct ... gtctcaatagGCACGTGCTGGTGCTGATGTAGTTAGCCCTAGTGACATGATGGATGGCCGT
EST: TTATGAATGATGAAACAGTTTATCGACTGTGCAAGCAGGCTGTTTCACAG GCACGTGCTGGTGCTGATGTAGTTAGCCCTAGTGACATGATGGATGGCCGTEST: gi|29666982|gb|CB663257.1|CB663257
genomic: TTATGAATGATGAAACAGTTTATCAACTGTGCAAGCAGGCTGTTTCACAGgtctgtctct ... gtctcaatagGCACGTGCTGGTGCTGATGTAGTTAGCCCTAGTGACATGATGGATGGCCGT
EST: TATGAATGATGAAACAG-TTATTCAACTGTGCAAGCAGGCTGTTTCACAG GCACGTGCTGGTGCTGATGTAGTTAGCCCTAGTGACATGATGGATGGCCGTEST: gi|27554454|gb|CA998354.1|CA998354
genomic: TATGAATGATGAAACAGTTTA-TCAACTGTGCAAGCAGGCTGTTTCACAGgtctgtctct ... gtctcaatagGCACGTGCTGGTGCTGATGTAGTTAGCCCTAGTGACATGATGGATGGCCGT
EST: TTATGAATGATGAAACAGTTTATCAACTGTGCAAGCAGGCTGTTTCACAG GCACGTGCTGGTGCTGATGTAGTTAGCCCTAGTGACATGATGGATGGCCGTEST: gi|29624056|gb|CB629067.1|CB629067
genomic: TTATGAATGATGAAACAGTTTATCAACTGTGCAAGCAGGCTGTTTCACAGgtctgtctct ... gtctcaatagGCACGTGCTGGTGCTGATGTAGTTAGCCCTAGTGACATGATGGATGGCCGT
EST: TTATGAATGATGAAACAGTTTATCAACTGTGCAAGCAGGCTGTTTCACAG GCACGTGCTGGTGCTGATGTAGTTAGCCCTAGTGACATGATGGATGGCCGTEST: gi|29619315|gb|CB624327.1|CB624327
genomic: TTATGAATGATGAAACAGTTTATCAACTGTGCAAGCAGGCTGTTTCACAGgtctgtctct ... gtctcaatagGCACGTGCTGGTGCTGATGTAGTTAGCCCTAGTGACATGATGGATGGCCGT
EST: TTATGAATGATGAAACAGTTTATCAACTGTGCAAGCAGGCTGTTTCACAG GCACGTGCTGGTGCTGATGTAGTTAGCCCTAGTGACATGATGGATEST: gi|9788971|gb|BE530981.1|BE530981
genomic: TTATGAATGATGAAACAGTTTATCAACTGTGCAAGCAGGCTGTTTCACAGgtctgtctct ... gtctcaatagGCACGTGCTGGTGCTGATGTAGTTAGCCCTAGTGACATGATGGAT
EST: TTATGAATGATGAAACAGTTTATCAACTGTGCAAGCAGGCTGTTTCACAG GCACGTGCTGGTGCTGATGTAGTTAGCCCTAGTGACATGATGGATGGCCGTEST: gi|29616371|gb|CB621383.1|CB621383
genomic: TTATGAATGATGAAACAGTTTATCAACTGTGCAAGCAGGCTGTTTCACAGgtctgtctct ... gtctcaatagGCACGTGCTGGTGCTGATGTAGTTAGCCCTAGTGACATGATGGATGGCCGT
EST: TTATGAATGATGAAACAGTTTATCAACTGTGCAAGCAGGCTGTTTCACAG GCACGTGCTGGTGCTGATGTAGTTAGCCCTAGTGACATGATGGATGGCCGTEST: gi|29660428|gb|CB656703.1|CB656703
genomic: TTATGAATGATGAAACAGTTTATCAACTGTGCAAGCAGGCTGTTTCACAGgtctgtctct ... gtctcaatagGCACGTGCTGGTGCTGATGTAGTTAGCCCTAGTGACATGATGGATGGCCGT
EST: TTATGAATGATGAAACAGTTTATCAACTGTGCAAGCAGGCTGTTTCACAG GCACGTGCTGGTGCTGATGTAGTTAGCCCTAGTGACATGATGGATGGCCGTEST: gi|29624060|gb|CB629071.1|CB629071
genomic: TTATGAATGATGAAACAGTTTATCAACTGTGCAAGCAGGCTGTTTCACAGgtctgtctct ... gtctcaatagGCACGTGCTGGTGCTGATGTAGTTAGCCCTAGTGACATGATGGATGGCCGT
EST: TTATGAATGATGAAACAGTTTATCAACTGTGCAAGCAGGCTGTTTCACAG GCACGTGCTGGTGCTGATGTAGTTAGCCCTAGTGACATGATGGATGGCCGTEST: gi|29637541|gb|CB642550.1|CB642550
genomic: TTATGAATGATGAAACAGTTTATCAACTGTGCAAGCAGGCTGTTTCACAGgtctgtctct ... gtctcaatagGCACGTGCTGGTGCTGATGTAGTTAGCCCTAGTGACATGATGGATGGCCGT
EST: TTATGAATGATGAAACAGTTTATCAACTGTGCAAGCAGGCTGTTTCACAG GCACGTGCTGGTGCTGATGTAGTTAGCCCTAGTGACATGAEST: gi|29655803|gb|CB652078.1|CB652078
genomic: TTATGAATGATGAAACAGTTTATCAACTGTGCAAGCAGGCTGTTTCACAGgtctgtctct ... gtctcaatagGCACGTGCTGGTGCTGATGTAGTTAGCCCTAGTGACATGA
EST: TTATGAATGATGAAACAGTTTATCAACTGTGCAAGCAGGCTGTTTCACAG GCACGTGCTGGTGCTGATGTAGTTAGCCCTAGTGACATGATGGATGGCCGTEST: gi|29679003|gb|CB675278.1|CB675278
genomic: TTATGAATGATGAAACAGTTTATCAACTGTGCAAGCAGGCTGTTTCACAGgtctgtctct ... gtctcaatagGCACGTGCTGGTGCTGATGTAGTTAGCCCTAGTGACATGATGGATGGCCGT
EST: GCAAGCAGGCTGTTTCACAG GCACGTGCTGGTGCTGATGTAGTTAGCCCTAGTGACATGATGGATGGCCGTEST: gi|29629260|gb|CB634271.1|CB634271
genomic: GCAAGCAGGCTGTTTCACAGgtctgtctct ... gtctcaatagGCACGTGCTGGTGCTGATGTAGTTAGCCCTAGTGACATGATGGATGGCCGT
EST: TTATGAATGATGAAACAGTTTATCAACTGTGCAAGCAGGCTGTTTCACAG GCACGTGCTGGTGCTGATGTAGTTAGCCCTAGTGACATGATGGATGGCCGTEST: gi|29672091|gb|CB668366.1|CB668366
genomic: TTATGAATGATGAAACAGTTTATCAACTGTGCAAGCAGGCTGTTTCACAGgtctgtctct ... gtctcaatagGCACGTGCTGGTGCTGATGTAGTTAGCCCTAGTGACATGATGGATGGCCGT
EST: TTATGAATGATGAAACAGTTTATCAACTGTGCAAGCAGGCTGTTTCACAG GCACGTGCTGGTGCTGATGTAGTTAGCCCTAGTGACATGATGGATGGCCGTEST: gi|29688148|gb|CB684423.1|CB684423
genomic: TTATGAATGATGAAACAGTTTATCAACTGTGCAAGCAGGCTGTTTCACAGgtctgtctct ... gtctcaatagGCACGTGCTGGTGCTGATGTAGTTAGCCCTAGTGACATGATGGATGGCCGT
EST: TTATGAATGATGACACAGTTTATCAACTGTGCAAGCAGGCTGTTTCACAG GCACGTGCTGGTGCTGATGTAGTTAGCCCTAGTGACATGATGGATGGCCGTEST: gi|29660273|gb|CB656548.1|CB656548
genomic: TTATGAATGATGAAACAGTTTATCAACTGTGCAAGCAGGCTGTTTCACAGgtctgtctct ... gtctcaatagGCACGTGCTGGTGCTGATGTAGTTAGCCCTAGTGACATGATGGATGGCCGT
EST: TTATGAATGATGAAACAGTTTATCAACTGTGCAAGCAGGCTGTTTCACAG GCACGTGCTGGTGCTGATGTAGTTAGCCCTAGTGACATGATGGATGGCCGTEST: gi|29613358|gb|CB618371.1|CB618371
genomic: TTATGAATGATGAAACAGTTTATCAACTGTGCAAGCAGGCTGTTTCACAGgtctgtctct ... gtctcaatagGCACGTGCTGGTGCTGATGTAGTTAGCCCTAGTGACATGATGGATGGCCGT
EST: TATGAATGATGAACCAGTTTATCAACTGTGCAAGCA-GCTGTTTTCACAG GCACGTGCTGGTGCTGATGTAGTTAGCCCTAGTGACATGATGGATGGCCG
genomic: TATGAATGATGAAACAGTTTATCAACTGTGCAAGCAGGCTG-TTTCACAGgtctgtctct ... gtctcaatagGCACGTGCTGGTGCTGATGTAGTTAGCCCTAGTGACATGATGGATGGCCG
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| GAGTAATTATGAATGATGAAACAGTTTATCAACTGTGCAAGCAGGCTGTTTCACAGgtctgtctcttctctagttctctttatattctgttttttatcttgatcaagtaccttcacaagtgcaatagttgagtaacatagaaactgtctgtctcaatag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGTT