Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GAGTAATTATGAATGATGAAACAGTTTATCAACTGTGCAAGCAGGCTGTTTCACAGgtctgtctcttctctagttctctttatattctgttttttatcttgatcaagtaccttcacaagtgcaatagttgagtaacatagaaactgtctgtctcaatag

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os06g49110.2
intron # 7
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|29681115|gb|CB677390.1|CB677390
EST:     TTATGAATGATGAAACAGTTTATCAACTGTGCAAGCAGGCTGTTTCACAA                         GCACGTGCTGGTGCTGAT
genomic: TTATGAATGATGAAACAGTTTATCAACTGTGCAAGCAGGCTGTTTCACAGgtctgtctct ... gtctcaatagGCACGTGCTGGTGCTGAT
EST: gi|29616370|gb|CB621382.1|CB621382
EST:     TTATGAATGATGAAACAGTTTATCAACTGTGCAAGCAGGCTGTTTCACAG                         GCACGTGCTGGTGCTGATGTAGTTAGCCCTAGTGACATGATGGATGGC
genomic: TTATGAATGATGAAACAGTTTATCAACTGTGCAAGCAGGCTGTTTCACAGgtctgtctct ... gtctcaatagGCACGTGCTGGTGCTGATGTAGTTAGCCCTAGTGACATGATGGATGGC
EST: gi|29619108|gb|CB624120.1|CB624120
EST:     TTATGAATGATGAAACAGTTTATCAACTGTGCAAGCAGGCTGTTTCACAG                         GCACGTGCTGGTGCTGATGTAGTTAGCCCTAGTGACATGATGGATGGCCGT
genomic: TTATGAATGATGAAACAGTTTATCAACTGTGCAAGCAGGCTGTTTCACAGgtctgtctct ... gtctcaatagGCACGTGCTGGTGCTGATGTAGTTAGCCCTAGTGACATGATGGATGGCCGT
EST: gi|29666981|gb|CB663256.1|CB663256
EST:     TTATGAATGATGAAACAGTTTATCAACTGTGCAAGCAGGCTGTTTCACAG                         GCACGTGCTGGTGCTGAT
genomic: TTATGAATGATGAAACAGTTTATCAACTGTGCAAGCAGGCTGTTTCACAGgtctgtctct ... gtctcaatagGCACGTGCTGGTGCTGAT
EST: gi|29660427|gb|CB656702.1|CB656702
EST:     TTATGAATGATGAAACAGTTTATCAACTGTGCAAGCAGGCTGTTTCACAG                         GCACGTGCTGGTGCTGATGTAGTTAGCCCTAGTGACATGATGGATGGCCGT
genomic: TTATGAATGATGAAACAGTTTATCAACTGTGCAAGCAGGCTGTTTCACAGgtctgtctct ... gtctcaatagGCACGTGCTGGTGCTGATGTAGTTAGCCCTAGTGACATGATGGATGGCCGT
EST: gi|29617546|gb|CB622558.1|CB622558
EST:     TTATGAATGATGAAACAGTTTATCAACTGTGCAAGCAGGCTGTTTCACAG                         GCACGTGCTGGTGCTGATGTAGTTAGCCCTAGTGACATGATGGATGGCCGT
genomic: TTATGAATGATGAAACAGTTTATCAACTGTGCAAGCAGGCTGTTTCACAGgtctgtctct ... gtctcaatagGCACGTGCTGGTGCTGATGTAGTTAGCCCTAGTGACATGATGGATGGCCGT
EST: gi|29621569|gb|CB626580.1|CB626580
EST:     TTATGAATGATGAAACAGTTTATCAACTGTGCAAGCAGGCTGTTTCACAG                         GCACGTGCTGGTGCTGATGTAGTTAGCCCTAGTGACATGATGGATGGCCGT
genomic: TTATGAATGATGAAACAGTTTATCAACTGTGCAAGCAGGCTGTTTCACAGgtctgtctct ... gtctcaatagGCACGTGCTGGTGCTGATGTAGTTAGCCCTAGTGACATGATGGATGGCCGT
EST: gi|29673911|gb|CB670186.1|CB670186
EST:     TTATGAATGATGAAACAGTTTATCAACTGTGCAAGCAGGCTGTTTCACAG                         GCACGTGCTGGTGCTGATGTAGTTAGCCCTAGTGACATGATGGATGGCCGT
genomic: TTATGAATGATGAAACAGTTTATCAACTGTGCAAGCAGGCTGTTTCACAGgtctgtctct ... gtctcaatagGCACGTGCTGGTGCTGATGTAGTTAGCCCTAGTGACATGATGGATGGCCGT
EST: gi|29672090|gb|CB668365.1|CB668365
EST:     TTATGAATGATGAAACAGTTTATCAACTGTGCAAGCAGGCTGTTTCACAG                         GCACGTGCTGGTGCTGATGTAGTTAGCCCTAGTGACATGATGGATGGCCGT
genomic: TTATGAATGATGAAACAGTTTATCAACTGTGCAAGCAGGCTGTTTCACAGgtctgtctct ... gtctcaatagGCACGTGCTGGTGCTGATGTAGTTAGCCCTAGTGACATGATGGATGGCCGT
EST: gi|29661434|gb|CB657709.1|CB657709
EST:     TTATGAATGATGAAACAGTTTATCAACTGTGCCAGCAGGCTGTTTCACAG                         GCACGTGCTGGTGCTGAT
genomic: TTATGAATGATGAAACAGTTTATCAACTGTGCAAGCAGGCTGTTTCACAGgtctgtctct ... gtctcaatagGCACGTGCTGGTGCTGAT
EST: gi|29637162|gb|CB642171.1|CB642171
EST:     TTATGAATGATGAAACAGTTTATCAACTGTGCAAGCAGGCTGTTTCACAG                         GCACGTGCTGGTGCTGATGTAGTTAGCCCTAGTGACATGATGGATGGCCGT
genomic: TTATGAATGATGAAACAGTTTATCAACTGTGCAAGCAGGCTGTTTCACAGgtctgtctct ... gtctcaatagGCACGTGCTGGTGCTGATGTAGTTAGCCCTAGTGACATGATGGATGGCCGT
EST: gi|29624060|gb|CB629071.1|CB629071
EST:     TTATGAATGATGAAACAGTTTATCAACTGTGCAAGCAGGCTGTTTCACAG                         GCACGTGCTGGTGCTGATGTAGTTAGCCCTAGTGACATGATGGATGGCCGT
genomic: TTATGAATGATGAAACAGTTTATCAACTGTGCAAGCAGGCTGTTTCACAGgtctgtctct ... gtctcaatagGCACGTGCTGGTGCTGATGTAGTTAGCCCTAGTGACATGATGGATGGCCGT
EST: gi|29619315|gb|CB624327.1|CB624327
EST:     TTATGAATGATGAAACAGTTTATCAACTGTGCAAGCAGGCTGTTTCACAG                         GCACGTGCTGGTGCTGATGTAGTTAGCCCTAGTGACATGATGGAT
genomic: TTATGAATGATGAAACAGTTTATCAACTGTGCAAGCAGGCTGTTTCACAGgtctgtctct ... gtctcaatagGCACGTGCTGGTGCTGATGTAGTTAGCCCTAGTGACATGATGGAT
EST: gi|9788971|gb|BE530981.1|BE530981
EST:     TTATGAATGATGAAACAGTTTATCAACTGTGCAAGCAGGCTGTTTCACAG                         GCACGTGCTGGTGCTGATGTAGTTAGCCCTAGTGACATGATGGATGGCCGT
genomic: TTATGAATGATGAAACAGTTTATCAACTGTGCAAGCAGGCTGTTTCACAGgtctgtctct ... gtctcaatagGCACGTGCTGGTGCTGATGTAGTTAGCCCTAGTGACATGATGGATGGCCGT
EST: gi|29637541|gb|CB642550.1|CB642550
EST:     TTATGAATGATGAAACAGTTTATCAACTGTGCAAGCAGGCTGTTTCACAG                         GCACGTGCTGGTGCTGATGTAGTTAGCCCTAGTGACATGA
genomic: TTATGAATGATGAAACAGTTTATCAACTGTGCAAGCAGGCTGTTTCACAGgtctgtctct ... gtctcaatagGCACGTGCTGGTGCTGATGTAGTTAGCCCTAGTGACATGA
EST: gi|29688148|gb|CB684423.1|CB684423
EST:     TTATGAATGATGACACAGTTTATCAACTGTGCAAGCAGGCTGTTTCACAG                         GCACGTGCTGGTGCTGATGTAGTTAGCCCTAGTGACATGATGGATGGCCGT
genomic: TTATGAATGATGAAACAGTTTATCAACTGTGCAAGCAGGCTGTTTCACAGgtctgtctct ... gtctcaatagGCACGTGCTGGTGCTGATGTAGTTAGCCCTAGTGACATGATGGATGGCCGT
EST: gi|29660273|gb|CB656548.1|CB656548
EST:     TTATGAATGATGAAACAGTTTATCAACTGTGCAAGCAGGCTGTTTCACAG                         GCACGTGCTGGTGCTGATGTAGTTAGCCCTAGTGACATGATGGATGGCCGT
genomic: TTATGAATGATGAAACAGTTTATCAACTGTGCAAGCAGGCTGTTTCACAGgtctgtctct ... gtctcaatagGCACGTGCTGGTGCTGATGTAGTTAGCCCTAGTGACATGATGGATGGCCGT

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GAGTAATTATGAATGATGAAACAGTTTATCAACTGTGCAAGCAGGCTGTTTCACAGgtctgtctcttctctagttctctttatattctgttttttatcttgatcaagtaccttcacaagtgcaatagttgagtaacatagaaactgtctgtctcaatag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGTT