Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTTCCTGAAGATGCTGTGAAGAGCTTCTTTGAGGGGATGTGTGGTGAAgtatgcccaactattttatcttacagatatgttttttatggttaaacttggatacttccctcaaactgtctgtgttttccctttatgtgtag

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os06g35030.3
intron # 7
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|58610994|gb|CK038706.1|CK038706
EST:     GTTCCTGAAGATGCTGTGAAGAGCTTCTTTGAGGGGATGTGTGGTGAA                         GTTGCTCGACTGAGGCTACTGGGTGATTATGTGCACTCCACATGCATCGCG
genomic: GTTCCTGAAGATGCTGTGAAGAGCTTCTTTGAGGGGATGTGTGGTGAAgtatgcccaa ... ttatgtgtagGTTGCTCGACTGAGGCTACTGGGTGATTATGTGCACTCCACATGCATCGCG
EST: gi|86498038|gb|CI140671.1|CI140671
EST:     GTTCCTGAAGATGCTGTGAAGAGCTTCTTTGAGGGGATGTGTGGTGAA                         GTTGCTCGACTGAGGCTACTGGGTGATTATGTGCACTCCACATGCATCGCG
genomic: GTTCCTGAAGATGCTGTGAAGAGCTTCTTTGAGGGGATGTGTGGTGAAgtatgcccaa ... ttatgtgtagGTTGCTCGACTGAGGCTACTGGGTGATTATGTGCACTCCACATGCATCGCG
EST: gi|88247552|gb|CI247401.1|CI247401
EST:     ATGTGTGGTGAA                         GTTGCTCGACTGAGGCTACTGGGTGATTATGTGCACTCCACATGCATCGCG
genomic: ATGTGTGGTGAAgtatgcccaa ... ttatgtgtagGTTGCTCGACTGAGGCTACTGGGTGATTATGTGCACTCCACATGCATCGCG
EST: gi|29664696|gb|CB660971.1|CB660971
EST:     GTTCCTGAAGATGCTGTGAAGAGCTTCTTTGAGGGGATGTGTGGTGAA                         GTTGCTCGACTGAGGCTACTGGGTGATTATGTGCACTCCACATGCATCGCG
genomic: GTTCCTGAAGATGCTGTGAAGAGCTTCTTTGAGGGGATGTGTGGTGAAgtatgcccaa ... ttatgtgtagGTTGCTCGACTGAGGCTACTGGGTGATTATGTGCACTCCACATGCATCGCG
EST: gi|27553952|gb|CA997852.1|CA997852
EST:     GTTCCTGAAGATGCTGTGAAGAGCTTCTTTGAGGGGATGTGTGGTGAA                         GTTGCTCGACTGAGGCTACTGGGTGATTATGTGCACTCCACATGCATCGCG
genomic: GTTCCTGAAGATGCTGTGAAGAGCTTCTTTGAGGGGATGTGTGGTGAAgtatgcccaa ... ttatgtgtagGTTGCTCGACTGAGGCTACTGGGTGATTATGTGCACTCCACATGCATCGCG
EST: gi|218500791|gb|FG960831.1|FG960831
EST:     GTTCCTGAAGATGCTGTGAAGAGCTTCTTTGAGGGGATGTGTGGTGAA                         GTTGCTCGACTGAGGCTACTGGGTGATTATGTGCACTCCACATGCATCGCG
genomic: GTTCCTGAAGATGCTGTGAAGAGCTTCTTTGAGGGGATGTGTGGTGAAgtatgcccaa ... ttatgtgtagGTTGCTCGACTGAGGCTACTGGGTGATTATGTGCACTCCACATGCATCGCG
EST: gi|29664748|gb|CB661023.1|CB661023
EST:     GTTCCTGAAGATGCTGTGAAGAGCTTCTTTGAGGGGATGTGTGGTGAA                         GTTGCTCGACTGAGGCTACTGGGTGATTATGTGCACTCCACATGCATCGCG
genomic: GTTCCTGAAGATGCTGTGAAGAGCTTCTTTGAGGGGATGTGTGGTGAAgtatgcccaa ... ttatgtgtagGTTGCTCGACTGAGGCTACTGGGTGATTATGTGCACTCCACATGCATCGCG
EST: gi|86593985|gb|CI260214.1|CI260214
EST:     ATGCTGTGAAGAGCTTCTTTGAGGGGATGTGTGGTGAA                         GTTGCTCGACTGAGGCTACTGGGTGATTATGTGCACTCCACATGCATCGCG
genomic: ATGCTGTGAAGAGCTTCTTTGAGGGGATGTGTGGTGAAgtatgcccaa ... ttatgtgtagGTTGCTCGACTGAGGCTACTGGGTGATTATGTGCACTCCACATGCATCGCG
EST: gi|86495703|gb|CI138336.1|CI138336
EST:     GTTCCTGAAGATGCTGTGAAGAGCTTCTTTGAGGGGATGTGTGGTGAA                         GTTGCTCGACTGAGGCTACTGGGTGATTATGTGCACTCCACATGCATCGCG
genomic: GTTCCTGAAGATGCTGTGAAGAGCTTCTTTGAGGGGATGTGTGGTGAAgtatgcccaa ... ttatgtgtagGTTGCTCGACTGAGGCTACTGGGTGATTATGTGCACTCCACATGCATCGCG
EST: gi|29673490|gb|CB669765.1|CB669765
EST:     GTTCCTGAAGATGCTGTGAAGAGCTTCTTTGAGGGGATGTGTGGTGAA                         GTTGCTCGACTGAGGCTACTGGGTGATTATGTGCACTCCACATGCATCGCG
genomic: GTTCCTGAAGATGCTGTGAAGAGCTTCTTTGAGGGGATGTGTGGTGAAgtatgcccaa ... ttatgtgtagGTTGCTCGACTGAGGCTACTGGGTGATTATGTGCACTCCACATGCATCGCG
EST: gi|29637104|gb|CB642113.1|CB642113
EST:     GTTCCTGAAGATGCTGTGAAGAGCTTCTTTGAGGGGATGTGTGGTGAA                         GTTGCTCGACTGAGGCTACTGGGTGATTATGTGCACTCCACATGCATCGCG
genomic: GTTCCTGAAGATGCTGTGAAGAGCTTCTTTGAGGGGATGTGTGGTGAAgtatgcccaa ... ttatgtgtagGTTGCTCGACTGAGGCTACTGGGTGATTATGTGCACTCCACATGCATCGCG
EST: gi|396941304|gb|HO188513.1|HO188513
EST:     GTTCCTGAAGATGCTGTGAAGAGCTTCTTTGAGGGGATGTGTGGTGAA                         GTTGCTCGACTGAGGCTACTGGGTGATTATGTGCACTCCACATGCATCGCG
genomic: GTTCCTGAAGATGCTGTGAAGAGCTTCTTTGAGGGGATGTGTGGTGAAgtatgcccaa ... ttatgtgtagGTTGCTCGACTGAGGCTACTGGGTGATTATGTGCACTCCACATGCATCGCG
EST: gi|29664747|gb|CB661022.1|CB661022
EST:     GTTCCTGAAGATGCTGTGAAGAGCTTCTTTGAGGGGATGTGTGGTGAA                         GTTGCTCGACTGAGGCTACTGGGTGATTATGTGCACTCCACATGCATCGCG
genomic: GTTCCTGAAGATGCTGTGAAGAGCTTCTTTGAGGGGATGTGTGGTGAAgtatgcccaa ... ttatgtgtagGTTGCTCGACTGAGGCTACTGGGTGATTATGTGCACTCCACATGCATCGCG
EST: gi|38476666|gb|CF960799.1|CF960799
EST:     GTTCCTGAAGATGCTGTGAAGAGCTTCTTTGAGGGGATGTGTGGTGAA                         GTTGCTCGACTGAGGCTACTGGGTGATTATGTGCACTCCACATGCATCGCG
genomic: GTTCCTGAAGATGCTGTGAAGAGCTTCTTTGAGGGGATGTGTGGTGAAgtatgcccaa ... ttatgtgtagGTTGCTCGACTGAGGCTACTGGGTGATTATGTGCACTCCACATGCATCGCG
EST: gi|87022101|gb|CI259173.1|CI259173
EST:     GTTCCTGAAGATGCTGTGAAGAGCTTCTTTGAGGGGATGTGTGGTGAA                         GTTGCTCGACTGAGGCTACTGGGTGATTATGTGCACTCCACATGCATCGCG
genomic: GTTCCTGAAGATGCTGTGAAGAGCTTCTTTGAGGGGATGTGTGGTGAAgtatgcccaa ... ttatgtgtagGTTGCTCGACTGAGGCTACTGGGTGATTATGTGCACTCCACATGCATCGCG
EST: gi|29685221|gb|CB681496.1|CB681496
EST:     GTTCCTGAAGATGCTGTGAAGAGCTTCTTTGAGGGGATGTGTGGTGAA                         GTTGCTCGACTGAGGCTACTGGGTGATTATGTGCACTCCACATGCATCGCG
genomic: GTTCCTGAAGATGCTGTGAAGAGCTTCTTTGAGGGGATGTGTGGTGAAgtatgcccaa ... ttatgtgtagGTTGCTCGACTGAGGCTACTGGGTGATTATGTGCACTCCACATGCATCGCG
EST: gi|5003290|gb|AU068439.1|AU068439
EST:     GTTCCTGAAGATGCTGTGAAGAGCTTCTTTGAGGGGATGTGTGGTGAA                         GTTGCTCGACTGAGGCTACTGGGTGATTATGTGCACTCCACATGCATCGCG
genomic: GTTCCTGAAGATGCTGTGAAGAGCTTCTTTGAGGGGATGTGTGGTGAAgtatgcccaa ... ttatgtgtagGTTGCTCGACTGAGGCTACTGGGTGATTATGTGCACTCCACATGCATCGCG

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 48 (upstream exon), 69 (downstream exon)
Score: 52

GTTCCTGAAGATGCTGTGAAGAGCTTCTTTGAGGGGATGTGTGGTGAAgtatgcccaa ... ttatgtgtagGTTGCTCGACTGAGGCTACTGGGTGATTATGTGCACTCCACATGCATCGCGTTTGTTGAGTTTGTTCAA




<











<


<









Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GTTCCTGAAGATGCTGTGAAGAGCTTCTTTGAGGGGATGTGTGGTGAAgtatgcccaactattttatcttacagatatgttttttatggttaaacttggatacttccctcaaactgtctgtgttttccctttatgtgtag

- - CTGAAG
- -  TGAAGA
- - -  AAGATG
- - - - - ATGCTG
- - - - - - - - TGAAGA
- - - - - - - - -  AGAGCT
- - - - - - - - - - GAGCTT