Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

AATTGCCGGAGAGATCTTATGGAGCTGACTGCCGTCTGTATGTTCCGGAAAACCCTAAAAACAAGTTCATAAATATTTATgtatgatttttcatttgaaccttcctatttcatgctctggtttttgttattattgtagttattatcattgttattaccccatcatatttgacggtttgatatacatataggag

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os05g48060.1
intron # 7
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os05g48060.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 7
lower sequence: GRMZM2G131994_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 5
AATTGCCGGAGAGATCTTATGGAGCTGACTGCCGTCTGTATGTTCCGGAAAACCCTAAAAACAAGTTCATAAATATTTATgtatgatttttc--atttgaaccttcctatttcatgctctggtttttgttattattgtagttattatcattgttattaccccatcatatttgacggtttgatatacatataggag
||||||| ||||||| |||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    | |||||||||||| |  |||     |    || | ||  | || | |     ||   || |  |  ||| ||| ||  |                    
AATTGCCAGAGAGATGTTATGGAGCTGATTGTCGTCTGTATGTTCCAGAAAACCCTAAAAACAAGTTCATAAATATTTATgtatgattttttttgtatgaaccttcctactctatgaagacgcacatgct-ttgctctattaa-----atctatactgtctgatc-tatgtgtag--------------------

upper sequence: LOC_Os05g48060.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 7
lower sequence: GRMZM2G477340_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 7
AATTGCCGGAGAGATCTTATGGAGCTGACTGCCGTCTGTATGTTCCGGAAAACCCTAAAAACAAGTTCATAAATATTTATgtatgatttttc-atttgaaccttcctatttcatgctctggtttttgttattattgtagttattatcattgttattaccccatcatattt-gacggtttgatatacatataggag
||||||| |||||||||||||||||||| |||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  | |||||||||||| |  |||     |    ||       | |  || | ||||||| |||| | | || | || | ||| || |||| ||  | |||   
AATTGCCAGAGAGATCTTATGGAGCTGATTGCCGTTTGTATGTTCCAGAAAACCCTAAAAACAAGTTCATAAATATTTATgtatgatttttctgtatgaaccttcctactctatgaagacgcacatg------ctctgcttctcatcattgctattgctctattaaatctagactgtctgatctatgtgtag---