Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TAGTGACAGTGGTATCACATTCAATGTTAAACCCAAGATGAAGGCCCTTGAGATTGCTGAGAAAGCTAGAGATGCTATCCTTAGTGGCAAGTTTGACCAGgtaaaaaacagcacttgtgtgcgactttgataggtttgttaaattatttacccctaaaattcttaacattctgttcttacag

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os05g40420.1
intron # 7
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os05g40420.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 7
lower sequence: AT3G08590.2 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 5
TAGTGACAGTGGTATCACATTCAATGTTAAACCCAAGATGAAGGCCCTTGAGATTGCTGAGAAAGCTAGAGATGCTATCCTTAGTGGCAAGTTTGACCAGgtaaaaaacagcacttgtgtgcgactttgataggtttgttaaattatttacccctaaaattcttaacattctgttcttacag
 ||||| ||||| ||  ||||||||||  | || |||||||| || || || ||||| |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||     |   ||  | |   | | |   |      | |||  |||  |  || |  ||  |  || |   || | |   
AAGTGATAGTGGAATATCATTCAATGTCCAGCCAAAGATGAAAGCACTGGAAATTGCCGAGAAAGCAAGGGATGCTATCCTTAGTGGCAAGTTTGACCAGgtaaggtgta-ttctcttatcacattgtatcaacccattaaaacaattggcttctgagtttggtgccaatggattttcag--

upper sequence: LOC_Os05g40420.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 7
lower sequence: AT1G09780.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 4
TAGTGACAGTGGTATCACATTCAATGTTAAACCCAAGATGAAGGCCCTTGAGATTGCTGAGAAAGCTAGAGATGCTATCCTTAGTGGCAAGTTTGACCAGgtaaaaaaca---gcacttgtgtgcgactttgataggtttgttaaattatttacccctaaaattcttaacattctgttcttacag----
 ||||||||||| ||  ||||||||||  | || |||||||| || || || |||| |||||| || || ||||| |||||||||||||||||||| ||||| | |   |     | |  | ||    | | || |        |   | | | |  | |   |||||   |||  |  | |       
AAGTGACAGTGGAATATCATTCAATGTCCAGCCAAAGATGAAAGCTCTGGAAATTGGTGAGAAGGCAAGGGATGCAATCCTTAGTGGCAAGTTTGATCAGgtgagatggatgcatagtcttatgatcttataatcgaacatcccaggaaataagcagtgatcatcttatgtttcaatattgattttcag

upper sequence: LOC_Os05g40420.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 7
lower sequence: Vv08s0056g00200.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 6
TAGTGACAGTGGTATCACATTCAATGTTAAACCCAAGATGAAGGCCCTTGAGATTGCTGAGAAAGCTAGAGATGCTATCCTTAGTGGCAAGTTTGACCAGgtaaaaaacagcacttgtgtgcgacttt---gataggtttgttaaatt---atttacccctaaaattcttaacattctgttcttacag
 |||||   ||| || ||||| ||||| ||||| |||||||||||  | ||||||||||| || || || ||||||||||| ||  |||| ||  |||||||||  |   |   | |  |  |   ||   || |   | ||| ||     |   |    | |  |  || ||||  |  | |     
CAGTGATTCTGGAATTACATTTAATGTCAAACCAAAGATGAAGGCAGTGGAGATTGCTGAAAAGGCAAGGGATGCTATCCTCAGCCGCAAATTCCACCAGgtaattagtggacttggcatagggtatttgagacaacatggttcaagctgaacaaatatttgatttgtttcacatctttgtttag---

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|86592517|gb|CI253198.1|CI253198
EST:     AGATTGCTGAGAAAGCTAGAGATGCTATCCTTAGTGGCAAGTTTGACCAG                         GTCCGCGTTAACCTCCCAAATGGTGATATGGTGGGTCACACTGGTGACATT
genomic: AGATTGCTGAGAAAGCTAGAGATGCTATCCTTAGTGGCAAGTTTGACCAGgtaaaaaaca ... gttcttacagGTCCGCGTTAACCTCCCAAATGGTGATATGGTGGGTCACACTGGTGACATT
EST: gi|89172183|gb|CI721242.1|CI721242
EST:     AGATTGCTGAGAAAGCTAGAGATGCTATCCTTAGTGGCAAGTTTGACCAG                         GTCCGCGTTAACCTCCCAAATGGTGATATGGTGGGTCACACTGGTGACAT
genomic: AGATTGCTGAGAAAGCTAGAGATGCTATCCTTAGTGGCAAGTTTGACCAGgtaaaaaaca ... gttcttacagGTCCGCGTTAACCTCCCAAATGGTGATATGGTGGGTCACACTGGTGACAT
EST: gi|87022092|gb|CI259164.1|CI259164
EST:     AGATTGCTGAGAAAGCTAGAGATGCTATCCTTAGTGGCAAGTTTGACCAG                         GTCCGCGTTAACCTCCCAAATGGTGATATGGTGGGTCACACTGGTGACATT
genomic: AGATTGCTGAGAAAGCTAGAGATGCTATCCTTAGTGGCAAGTTTGACCAGgtaaaaaaca ... gttcttacagGTCCGCGTTAACCTCCCAAATGGTGATATGGTGGGTCACACTGGTGACATT
EST: gi|87026872|gb|CI259525.1|CI259525
EST:     AGATTGCTGAGAAAGCTAGAGATGCTATCCTTAGTGGCAAGTTTGACCAG                         GTCCGCGTTAACCTCCCAAATGGTGATATGGTGGGTCACACTGGTGACATT
genomic: AGATTGCTGAGAAAGCTAGAGATGCTATCCTTAGTGGCAAGTTTGACCAGgtaaaaaaca ... gttcttacagGTCCGCGTTAACCTCCCAAATGGTGATATGGTGGGTCACACTGGTGACATT
EST: gi|86478225|gb|CI120858.1|CI120858
EST:     AGATTGCTGAGAAAGCTAGAGATGCTATCCTTAGTGGCAAGTTTGACCAG                         GTCCGCGTTAACCTCCCAAATGGTGATATGGTGGGTCACACTGGTGACATT
genomic: AGATTGCTGAGAAAGCTAGAGATGCTATCCTTAGTGGCAAGTTTGACCAGgtaaaaaaca ... gttcttacagGTCCGCGTTAACCTCCCAAATGGTGATATGGTGGGTCACACTGGTGACATT
EST: gi|88847922|gb|CI006108.1|CI006108
EST:     CTAGAGATGCTATCCTTAGTGGCAAGTTTGACCAG                         GTCCGCGTTAACCTCCCAAATGGTGATATGGTGGGTCACACTGGTGACATT
genomic: CTAGAGATGCTATCCTTAGTGGCAAGTTTGACCAGgtaaaaaaca ... gttcttacagGTCCGCGTTAACCTCCCAAATGGTGATATGGTGGGTCACACTGGTGACATT
EST: gi|8527713|gb|AU092528.1|AU092528
EST:     AAAGCTAGAGATGCTATCCTTAGTGGCAAGTTTGACCAG                         GTCCGCGTTAACCTCCCAAATGGTGATATGGTGGGTCACACTGGTGACATT
genomic: AAAGCTAGAGATGCTATCCTTAGTGGCAAGTTTGACCAGgtaaaaaaca ... gttcttacagGTCCGCGTTAACCTCCCAAATGGTGATATGGTGGGTCACACTGGTGACATT
EST: gi|55409364|gb|CV721740.1|CV721740
EST:     AGATTGCTGAGAAAGCTAGAGATGCTATCCTTAGTGGCAAGTTTGACCAG                         GTCCGCGTTAACCTCCCAAATGGTGATATGGTGGGTCACACTGGTGACATT
genomic: AGATTGCTGAGAAAGCTAGAGATGCTATCCTTAGTGGCAAGTTTGACCAGgtaaaaaaca ... gttcttacagGTCCGCGTTAACCTCCCAAATGGTGATATGGTGGGTCACACTGGTGACATT
EST: gi|3763744|gb|AU030496.1|AU030496
EST:     AGATTGCTGAGAAAGCTAGAGATGCTATCCTTAGTGGCAATTTTGACCAG                         GTCCGCGTTACCCTCCCCAAATGGTGATATGGTGGGTCACACTGGTGACAT
genomic: AGATTGCTGAGAAAGCTAGAGATGCTATCCTTAGTGGCAAGTTTGACCAGgtaaaaaaca ... gttcttacagGTCCGCGTTAACCT-CCCAAATGGTGATATGGTGGGTCACACTGGTGACAT
EST: gi|38475605|gb|CF959738.1|CF959738
EST:     AGATTGCTGAGAAAGCTAGAGATGCTATCCTTAGTGGCAAGTTTGACCAG                         GTCCGCGTTAACCTCCCAAATGGTGATATGGTGGGTCACACTGGTGACATT
genomic: AGATTGCTGAGAAAGCTAGAGATGCTATCCTTAGTGGCAAGTTTGACCAGgtaaaaaaca ... gttcttacagGTCCGCGTTAACCTCCCAAATGGTGATATGGTGGGTCACACTGGTGACATT
EST: gi|89198567|gb|CI016652.1|CI016652
EST:     TAGTGGCAAGTTTGACCAG                         GTCCGCGTTAACCTCCCAAATGGTGATATGGTGGGTCACACTGGTGACATT
genomic: TAGTGGCAAGTTTGACCAGgtaaaaaaca ... gttcttacagGTCCGCGTTAACCTCCCAAATGGTGATATGGTGGGTCACACTGGTGACATT
EST: gi|33812546|gb|CF332161.1|CF332161
EST:     AGATTGCTGAGAAAGCTAGAGATGCTATCCTTAGTGGCAAGTTTGACCAG                         GTCCGCGTTAACCTCCCAAATGGTNGATATGGTGGGTCACACTGGTGACAT
genomic: AGATTGCTGAGAAAGCTAGAGATGCTATCCTTAGTGGCAAGTTTGACCAGgtaaaaaaca ... gttcttacagGTCCGCGTTAACCTCCCAAATGGT-GATATGGTGGGTCACACTGGTGACAT
EST: gi|58592226|gb|CF990534.1|CF990534
EST:     AGATTGCTGAGAAAGCTAGAGATGCTATCCTTAGTGGCAAGTTTGACCAG                         GTCCGCGTTAACCTCCCAAATGGTGATATGGTGGGTCACACTGGTGACATT
genomic: AGATTGCTGAGAAAGCTAGAGATGCTATCCTTAGTGGCAAGTTTGACCAGgtaaaaaaca ... gttcttacagGTCCGCGTTAACCTCCCAAATGGTGATATGGTGGGTCACACTGGTGACATT
EST: gi|86907723|gb|CI298640.1|CI298640
EST:     AGATTGCTGAGAAAGCTAGAGATGCTATCCTTAGTGGCAAGTTTGACCAG                         GTCCGCGTTAACCTCCCAAATGGTGATATGGTGGGTCACACTGGTGACATT
genomic: AGATTGCTGAGAAAGCTAGAGATGCTATCCTTAGTGGCAAGTTTGACCAGgtaaaaaaca ... gttcttacagGTCCGCGTTAACCTCCCAAATGGTGATATGGTGGGTCACACTGGTGACATT
EST: gi|218489939|gb|FG958028.1|FG958028
EST:     AGATTGCTGAGAAAGCTAGAGATGCTATCCTTAGTGGCAAGTTTGACCAG                         GTCCGCGTTAACCTCCCAAATGGTGATATGGTGGGTCACACTGGTGACATT
genomic: AGATTGCTGAGAAAGCTAGAGATGCTATCCTTAGTGGCAAGTTTGACCAGgtaaaaaaca ... gttcttacagGTCCGCGTTAACCTCCCAAATGGTGATATGGTGGGTCACACTGGTGACATT
EST: gi|87024582|gb|CI259297.1|CI259297
EST:     AGATTGCTGAGAAAGCTAGAGATGCTATCCTTAGTGGCAAGTTTGACCAG                         GTCCGCGTTAACCTCCCAAATGGTGATATGGTGGGTCACACTGGTGACATT
genomic: AGATTGCTGAGAAAGCTAGAGATGCTATCCTTAGTGGCAAGTTTGACCAGgtaaaaaaca ... gttcttacagGTCCGCGTTAACCTCCCAAATGGTGATATGGTGGGTCACACTGGTGACATT
EST: gi|58589221|gb|CF987529.1|CF987529
EST:     AGATTGCTGAGAAAGCTAGAGATGCTATCCTTAGTGGCAAGTTTGACCAG                         GTCCGCGTTAACCTCCCAAATGGTGATATGGTGGGTCACACTGGTGACATT
genomic: AGATTGCTGAGAAAGCTAGAGATGCTATCCTTAGTGGCAAGTTTGACCAGgtaaaaaaca ... gttcttacagGTCCGCGTTAACCTCCCAAATGGTGATATGGTGGGTCACACTGGTGACATT
EST: gi|88991606|gb|CI019784.1|CI019784
EST:     CTAGAGATGCTATCCTTAGTGGCAAG-TTGACCAG                         GTCCGCGTTAACCTCCCAAATGGTGATATGGTGGGTCACACTGGTGACATT
genomic: CTAGAGATGCTATCCTTAGTGGCAAGTTTGACCAGgtaaaaaaca ... gttcttacagGTCCGCGTTAACCTCCCAAATGGTGATATGGTGGGTCACACTGGTGACATT

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 75 (upstream exon), 73 (downstream exon)
Score: 31

TAGTGACAGTGGTATCACATTCAATGTTAAACCCAAGATGAAGGCCCTTGAGATTGCTGAGAAAGCTAGAGATGCTATCCTTAGTGGCAAGTTTGACCAGgtaaaaaaca ... gttcttacagGTCCGCGTTAACCTCCCAAATGGTGATATGGTGGGTCACACTGGTGACATTGAGGCCACAGTGGTTGCTTGCAAAGCTGCTGATGAGGCTGTCAAG




<











<


<









Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
TAGTGACAGTGGTATCACATTCAATGTTAAACCCAAGATGAAGGCCCTTGAGATTGCTGAGAAAGCTAGAGATGCTATCCTTAGTGGCAAGTTTGACCAGgtaaaaaacagcacttgtgtgcgactttgataggtttgttaaattatttacccctaaaattcttaacattctgttcttacag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGATG