Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GGTGAACCATGCTATTGGGGCTGAAGGAATCATCAGCACGGAATGCAAAGAAGTGGTTAGCGAGTATGGAGAGATGATCCTCAACTTGCTCATAGCACAGgtttgctaagctctttgctgtattttacagacttctgtgcgacctaagcatggaacagacgctgtgtcgtgattgtgttgtgtgagttactcttgaactctagtaatgtgctgatgttttgtgtctgagcag

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os05g04630.1
intron # 7
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os05g04630.3 (Oryza sativa), 5'ss of exon 7
lower sequence: GRMZM2G123029_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 3
GGTGAACCATGCTATTGGGGCTGAAGGAATCATCAGCACGGAATGCAAAGAAGTGGTTAGCGAGTATGGAGAGATGATCCTCAACTTGCTCATAGCACAGgtttgctaa-gctcttt-gctgtattttacagacttctgtgcgacctaagcatggaacagacgctgtgtcgtgattgtgttgtgtgagttact-cttgaactctagtaatgtgctgatgttttgtgtctgagcag
||||||| | || || ||||| || || |||||||||||||| ||||| ||||| || ||| |||| ||||||||||||||| || ||||||| |||||||| |||||  |||   | |||  | |||      |||      ||||  |  | |  |   | |||        ||    ||     |  ||| | || |                                   
GGTGAACGAAGCGATCGGGGCAGACGGGATCATCAGCACGGAGTGCAAGGAAGTTGTGAGCCAGTACGGAGAGATGATCCTCGACATGCTCATCGCACAGgtctgctagcgctagctagctagagtttctgcgtttcat----acctctgtttag--ctagctctgaactccagttaatctgcccttgacactgcatgcag----------------------------------
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|157652007|gb|EX451641.1|EX451641
EST:     AAGTGGTTAGCGAGTATGGAGAGATGATCCTCAACTTGCTCATAGCACAG                         ACAGATCCGCAGAAAGTATGCAGCCAGGTTGGTCTGTGTATGTTTGACGGT
genomic: AAGTGGTTAGCGAGTATGGAGAGATGATCCTCAACTTGCTCATAGCACAGgtttgctaag ... gtctgagcagACAGATCCGCAGAAAGTATGCAGCCAGGTTGGTCTGTGTATGTTTGACGGT
EST: gi|218480797|gb|FG967575.1|FG967575
EST:     AAGTGGTTAGCGAGTATGGAGAGATGATCCTCAACTTGCTCATAGCACAG                         ACAGATCCGCAGAAAGTATGCAGCCAGGTTGGTCTGTGTATGTTTGACGGT
genomic: AAGTGGTTAGCGAGTATGGAGAGATGATCCTCAACTTGCTCATAGCACAGgtttgctaag ... gtctgagcagACAGATCCGCAGAAAGTATGCAGCCAGGTTGGTCTGTGTATGTTTGACGGT
EST: gi|29665938|gb|CB662213.1|CB662213
EST:     AAGTGGTTAGCGAGTATGGAGAGATGATCCTCAACTTGCTCATAGCACAG                         ACAGATCCGCAGAAAGTATGCAGCCAGGTTGGTCTGTGTATGTTTGACGGT
genomic: AAGTGGTTAGCGAGTATGGAGAGATGATCCTCAACTTGCTCATAGCACAGgtttgctaag ... gtctgagcagACAGATCCGCAGAAAGTATGCAGCCAGGTTGGTCTGTGTATGTTTGACGGT
EST: gi|29622575|gb|CB627586.1|CB627586
EST:     AAGTGGTTAGCGAGTATGGAGAGATGATCCTCAACTTGCTCATAGCACAG                         ACAGATCCGCAGAAAGTATGCAGCCAGGTTGGTCTGTGTATGTTTGACGGT
genomic: AAGTGGTTAGCGAGTATGGAGAGATGATCCTCAACTTGCTCATAGCACAGgtttgctaag ... gtctgagcagACAGATCCGCAGAAAGTATGCAGCCAGGTTGGTCTGTGTATGTTTGACGGT
EST: gi|218495527|gb|FG960510.1|FG960510
EST:     AAGTGGTTAGCGAGTATGGAGAGATGATCCTCAACTTGCTCATAGCACAG                         ACAGATCCGCAGAAAGTATGCAGCCAGGTTGGTCTGTGTATGTTTGACGGT
genomic: AAGTGGTTAGCGAGTATGGAGAGATGATCCTCAACTTGCTCATAGCACAGgtttgctaag ... gtctgagcagACAGATCCGCAGAAAGTATGCAGCCAGGTTGGTCTGTGTATGTTTGACGGT
EST: gi|218501520|gb|FG954804.1|FG954804
EST:     AAGTGGTTAGCGAGTATGGAGAGATGATCCTCAACTTGCTCATAGCACAG                         ACAGATCCGCAGAAAGTATGCAGCCAGGTTGGTCTGTGTATGTTTGACGGT
genomic: AAGTGGTTAGCGAGTATGGAGAGATGATCCTCAACTTGCTCATAGCACAGgtttgctaag ... gtctgagcagACAGATCCGCAGAAAGTATGCAGCCAGGTTGGTCTGTGTATGTTTGACGGT
EST: gi|30226990|gb|CB964882.1|CB964882
EST:     TCAACTTGCTCATAGCACAG                         ACAGATCCGCAGAAAGTATGCAGCCAGGTTGGTCTGTGTATG-TTGACGGT
genomic: TCAACTTGCTCATAGCACAGgtttgctaag ... gtctgagcagACAGATCCGCAGAAAGTATGCAGCCAGGTTGGTCTGTGTATGTTTGACGGT
EST: gi|29639324|gb|CB644333.1|CB644333
EST:     AAGTGGTTAGCGAGTATGGAGAGATGATCCTCAACTTGCTCATAGCACAG                         ACAGATCCGCAGAAAGTATGCAGCCAGGTTGGTCTGTGTATGTTTGACGGT
genomic: AAGTGGTTAGCGAGTATGGAGAGATGATCCTCAACTTGCTCATAGCACAGgtttgctaag ... gtctgagcagACAGATCCGCAGAAAGTATGCAGCCAGGTTGGTCTGTGTATGTTTGACGGT
EST: gi|218504598|gb|FG967437.1|FG967437
EST:     AAGTGGTTAGCGAGTATGGAGAGATGATCCTCAACTTGCTCATAGCACAG                         ACAGATCCGCAGAAAGTATGCAGCCAGGTTGGTCTGTGTATGTTTGACGGT
genomic: AAGTGGTTAGCGAGTATGGAGAGATGATCCTCAACTTGCTCATAGCACAGgtttgctaag ... gtctgagcagACAGATCCGCAGAAAGTATGCAGCCAGGTTGGTCTGTGTATGTTTGACGGT
EST: gi|218486904|gb|FG965174.1|FG965174
EST:     AAGTGGTTAGCGAGTATGGAGAGATGATCCTCAACTTGCTCATAGCACAG                         ACAGATCCGCAGAAAGTATGCAGCCAGGTTGGTCTGTGTATGTTTGACGGT
genomic: AAGTGGTTAGCGAGTATGGAGAGATGATCCTCAACTTGCTCATAGCACAGgtttgctaag ... gtctgagcagACAGATCCGCAGAAAGTATGCAGCCAGGTTGGTCTGTGTATGTTTGACGGT
EST: gi|29687636|gb|CB683911.1|CB683911
EST:     AAGTGGTTAGCGAGTATGGAGAGATGATCCTCAACTTGCTCATAGCACAG                         ACAGATCCGCAGAAAGTATGCAGCCAGGTTGGTCTGTGTATGTTTGACGGT
genomic: AAGTGGTTAGCGAGTATGGAGAGATGATCCTCAACTTGCTCATAGCACAGgtttgctaag ... gtctgagcagACAGATCCGCAGAAAGTATGCAGCCAGGTTGGTCTGTGTATGTTTGACGGT
EST: gi|29676405|gb|CB672680.1|CB672680
EST:     AAGTGGTTAGCGAGTATGGAGAGATGATCCTCAACTTGCTCATAGCACAG                         ACAGATCCGCAGAAAGTATGCAGCCAGGTTGGTCTGTGTATGTTTGACGGT
genomic: AAGTGGTTAGCGAGTATGGAGAGATGATCCTCAACTTGCTCATAGCACAGgtttgctaag ... gtctgagcagACAGATCCGCAGAAAGTATGCAGCCAGGTTGGTCTGTGTATGTTTGACGGT
EST: gi|29646768|gb|CB651775.1|CB651775
EST:     AAGTGGTTAGCGAGTATGGAGAGATGATCCTCAACTTGCTCATAGCACAG                         ACAGATCCGCAGAAAGTATGCAGCCAGGTTGGTCTGTGTATGTTTGACGGT
genomic: AAGTGGTTAGCGAGTATGGAGAGATGATCCTCAACTTGCTCATAGCACAGgtttgctaag ... gtctgagcagACAGATCCGCAGAAAGTATGCAGCCAGGTTGGTCTGTGTATGTTTGACGGT
EST: gi|29622059|gb|CB627070.1|CB627070
EST:     AAGTGGTTAGCGAGTATGGAGAGATGATCCTCAACTTGCTCATAGCACAG                         ACAGATCCGCAGAAAGTATGCAGCCAGGTTGGTCTGTGTATGTTTGACGGT
genomic: AAGTGGTTAGCGAGTATGGAGAGATGATCCTCAACTTGCTCATAGCACAGgtttgctaag ... gtctgagcagACAGATCCGCAGAAAGTATGCAGCCAGGTTGGTCTGTGTATGTTTGACGGT
EST: gi|29616094|gb|CB621106.1|CB621106
EST:     AAGTGGTTAGCGAGTATGGAGAGATGATCCTCAACTTGCTCATAGCACAG                         ACAGATCCGCAGAAAGTATGCAGCCAGGTTGGTCTGTGTATGTTTGACGGT
genomic: AAGTGGTTAGCGAGTATGGAGAGATGATCCTCAACTTGCTCATAGCACAGgtttgctaag ... gtctgagcagACAGATCCGCAGAAAGTATGCAGCCAGGTTGGTCTGTGTATGTTTGACGGT
EST: gi|29642217|gb|CB647224.1|CB647224
EST:     AAGTGGTTAGCGAGTATGGAGAGATGATCCTCAACTTGCTCATAGCACAG                         ACAGATCCGCAGAAAGTATGCAGCCAGGTTGGTCTGTGTATGTTTGACGGT
genomic: AAGTGGTTAGCGAGTATGGAGAGATGATCCTCAACTTGCTCATAGCACAGgtttgctaag ... gtctgagcagACAGATCCGCAGAAAGTATGCAGCCAGGTTGGTCTGTGTATGTTTGACGGT
EST: gi|29676558|gb|CB672833.1|CB672833
EST:     AAGTGGTTAGCGAGTATGGAGAGATGATCCTCAACTTGCTCATAGCACAG                         ACAGATCCGCAGAAAGTATGCAGCCAGGTTGGTCTGTGTATGTTTGACGGT
genomic: AAGTGGTTAGCGAGTATGGAGAGATGATCCTCAACTTGCTCATAGCACAGgtttgctaag ... gtctgagcagACAGATCCGCAGAAAGTATGCAGCCAGGTTGGTCTGTGTATGTTTGACGGT
EST: gi|29624410|gb|CB629421.1|CB629421
EST:     AAGTGGTTAGCGAGTATGGAGAGATGATCCTCAACTTGCTCATAGCACAG                         ACAGATCCGCAGAAAGTATGCAGCCAGGTTGGTCTGTGTATGTTTGACGGT
genomic: AAGTGGTTAGCGAGTATGGAGAGATGATCCTCAACTTGCTCATAGCACAGgtttgctaag ... gtctgagcagACAGATCCGCAGAAAGTATGCAGCCAGGTTGGTCTGTGTATGTTTGACGGT
EST: gi|29680750|gb|CB677025.1|CB677025
EST:     AGT-GTTAGTCGAGTATGGAGAGATGATCCTCAACTTGCTCATAGCACAG                         ACAGATCCGCAGAAAGTATGCAGCCAGGTTGGTCTGTGTATGTTTGACGGT
genomic: AGTGGTTAG-CGAGTATGGAGAGATGATCCTCAACTTGCTCATAGCACAGgtttgctaag ... gtctgagcagACAGATCCGCAGAAAGTATGCAGCCAGGTTGGTCTGTGTATGTTTGACGGT
EST: gi|29678515|gb|CB674790.1|CB674790
EST:     AAGTGGTTAGCGAGTATGGAGAGATGATCCTCAACTTGCTCATAGCACAG                         ACAGATCCGCAGAAAGTATGCAGCCAGGTTGGTCTGTGTATGTTTGACGGT
genomic: AAGTGGTTAGCGAGTATGGAGAGATGATCCTCAACTTGCTCATAGCACAGgtttgctaag ... gtctgagcagACAGATCCGCAGAAAGTATGCAGCCAGGTTGGTCTGTGTATGTTTGACGGT
EST: gi|29616175|gb|CB621187.1|CB621187
EST:     AAGTGGTTAGCGAGTATGGAGAGATGATCCTCAACTTGCTCATAGCACAG                         ACAGATCCGCAGAAAGTATGCAGCCAGGTTGGTCTGTGTATGTTTGACGGT
genomic: AAGTGGTTAGCGAGTATGGAGAGATGATCCTCAACTTGCTCATAGCACAGgtttgctaag ... gtctgagcagACAGATCCGCAGAAAGTATGCAGCCAGGTTGGTCTGTGTATGTTTGACGGT
EST: gi|29626867|gb|CB631878.1|CB631878
EST:     AAGTGGTTAGCGAGTATGGAGAGATGATCCTCAACTTGCTCATAGCACAG                         ACAGATCCGCATAAAGTATGCAGCCAGGTTGGTCTGTGTATGTTTGACGGT
genomic: AAGTGGTTAGCGAGTATGGAGAGATGATCCTCAACTTGCTCATAGCACAGgtttgctaag ... gtctgagcagACAGATCCGCAGAAAGTATGCAGCCAGGTTGGTCTGTGTATGTTTGACGGT
EST: gi|29676213|gb|CB672488.1|CB672488
EST:     AAGTGGTTAGCGAGTATGGAGAGATGATCCTCAACTTGCTCATAGCACAG                         ACAGATCCGCAGAAAGTATGCAGCCAGGTTGGTCTGTGTATGTTTGACGGT
genomic: AAGTGGTTAGCGAGTATGGAGAGATGATCCTCAACTTGCTCATAGCACAGgtttgctaag ... gtctgagcagACAGATCCGCAGAAAGTATGCAGCCAGGTTGGTCTGTGTATGTTTGACGGT
EST: gi|58695321|gb|CK084008.1|CK084008
EST:     AAGTGGTTAGCGAGTATGGAGAGATGATCCTCAACTTGCTCATAGCACAG                         ACAGATCCGCAGAAAGTATGCAGCCAGGTTGGTCTGTGTATGTTTGACGGT
genomic: AAGTGGTTAGCGAGTATGGAGAGATGATCCTCAACTTGCTCATAGCACAGgtttgctaag ... gtctgagcagACAGATCCGCAGAAAGTATGCAGCCAGGTTGGTCTGTGTATGTTTGACGGT
EST: gi|29628164|gb|CB633175.1|CB633175
EST:     AAGTGGTTAGCGAGTATGGAGAGATGATCCTCAACTTGCTCATAGCACAG                         ACAGATCCGCAGAAAGTATGCAGCCAGGTTGGTCTGTGTATGTTTGACGGT
genomic: AAGTGGTTAGCGAGTATGGAGAGATGATCCTCAACTTGCTCATAGCACAGgtttgctaag ... gtctgagcagACAGATCCGCAGAAAGTATGCAGCCAGGTTGGTCTGTGTATGTTTGACGGT
EST: gi|218491254|gb|FG966852.1|FG966852
EST:     AAGTGGTTAGCGAGTATGGAGAGATGATCCTCAACTTGCTCATAGCACAG                         ACAGATCCGCAGAAAGTATGCAGCCAGGTTGGTCTGTGTATGTTTGACGGT
genomic: AAGTGGTTAGCGAGTATGGAGAGATGATCCTCAACTTGCTCATAGCACAGgtttgctaag ... gtctgagcagACAGATCCGCAGAAAGTATGCAGCCAGGTTGGTCTGTGTATGTTTGACGGT
EST: gi|58695903|gb|CK084590.1|CK084590
EST:     AAGTGGTTAGCGAGTATGGAGAGATGATCCTCAACTTGCTCATAGCACAG                         ACAGATCCGCAGAAAGTATGCAGCCAGGTTGGTCTGTGTATGTTTGACGGT
genomic: AAGTGGTTAGCGAGTATGGAGAGATGATCCTCAACTTGCTCATAGCACAGgtttgctaag ... gtctgagcagACAGATCCGCAGAAAGTATGCAGCCAGGTTGGTCTGTGTATGTTTGACGGT
EST: gi|218487267|gb|FG944918.1|FG944918
EST:     AAGTGGTTAGCGAGTATGGAGAGATGATCCTCAACTTGCTCATAGCACAG                         ACAGATCCGCAGAAAGTATGCAGCCAGGTTGGTCTGTGTATGTTTGACGGT
genomic: AAGTGGTTAGCGAGTATGGAGAGATGATCCTCAACTTGCTCATAGCACAGgtttgctaag ... gtctgagcagACAGATCCGCAGAAAGTATGCAGCCAGGTTGGTCTGTGTATGTTTGACGGT
EST: gi|29665939|gb|CB662214.1|CB662214
EST:     AAGTGGTTAGCGAGTATGGAGAGATGATCCTCAACTTGCTCATAGCACAG                         ACAGATCCGCAGAAAGTATGCAGCCAGGTTGGTCTGTGTATGTTTGACGGT
genomic: AAGTGGTTAGCGAGTATGGAGAGATGATCCTCAACTTGCTCATAGCACAGgtttgctaag ... gtctgagcagACAGATCCGCAGAAAGTATGCAGCCAGGTTGGTCTGTGTATGTTTGACGGT
EST: gi|87012926|gb|CI297153.1|CI297153
EST:     AAGTGGTTAGCGAGTATGGAGAGATGATCCTCAACTTGCTCATAGCACAG                         ACAGATCCGCAGAAAGTATGCAGCCAGGTTGGTCTGTGTATGTTTGACGGT
genomic: AAGTGGTTAGCGAGTATGGAGAGATGATCCTCAACTTGCTCATAGCACAGgtttgctaag ... gtctgagcagACAGATCCGCAGAAAGTATGCAGCCAGGTTGGTCTGTGTATGTTTGACGGT
EST: gi|33680485|gb|CF308724.1|CF308724
EST:     AAGTGGTTAGCGAGTATGGAGAGATGATCCTCAACTTGCTCATAGCACAG                         ACAGATCCGCAGAAAGTATGCAGCCAGGTTGGTCTGTGTATGTTTGACGGT
genomic: AAGTGGTTAGCGAGTATGGAGAGATGATCCTCAACTTGCTCATAGCACAGgtttgctaag ... gtctgagcagACAGATCCGCAGAAAGTATGCAGCCAGGTTGGTCTGTGTATGTTTGACGGT
EST: gi|29616329|gb|CB621341.1|CB621341
EST:     AAGTGGTTAGCGAGTATGGAGAGATGATCCTCAACTTGCTCATAGCACAG                         ACAGATCCGCAGAAAGTATGCAGCCAGGTTGGTCTGTGTATGTTTGACGGT
genomic: AAGTGGTTAGCGAGTATGGAGAGATGATCCTCAACTTGCTCATAGCACAGgtttgctaag ... gtctgagcagACAGATCCGCAGAAAGTATGCAGCCAGGTTGGTCTGTGTATGTTTGACGGT
EST: gi|29622577|gb|CB627588.1|CB627588
EST:     AAGTGGTTAGCGAGTATGGAGAGATGATCCTCAACTTGCTCATAGCACAG                         ACAGATCCGCAGAAAGTATGCAGCCAGGTTGGTCTGTGTATGTTTGACGGT
genomic: AAGTGGTTAGCGAGTATGGAGAGATGATCCTCAACTTGCTCATAGCACAGgtttgctaag ... gtctgagcagACAGATCCGCAGAAAGTATGCAGCCAGGTTGGTCTGTGTATGTTTGACGGT
EST: gi|29630526|gb|CB635535.1|CB635535
EST:     AAGTGGTTAGCGAGTATGGAGAGATGATCCTCAACTTGCTCATAGCACAG                         ACAGATCCGCAGAAAGTATGCAGCCAGGTTGGTCTGTGTATGTTTGACGGT
genomic: AAGTGGTTAGCGAGTATGGAGAGATGATCCTCAACTTGCTCATAGCACAGgtttgctaag ... gtctgagcagACAGATCCGCAGAAAGTATGCAGCCAGGTTGGTCTGTGTATGTTTGACGGT
EST: gi|29629202|gb|CB634213.1|CB634213
EST:     AAGTGGTTAGCGAGTATGGAGAGATGATCCTCAACTTGCTCATAGCACAG                         ACAGATCCGCAGAAAGTATGCAGCCAGGTTGGTCTGTGTATGTTTGACGGT
genomic: AAGTGGTTAGCGAGTATGGAGAGATGATCCTCAACTTGCTCATAGCACAGgtttgctaag ... gtctgagcagACAGATCCGCAGAAAGTATGCAGCCAGGTTGGTCTGTGTATGTTTGACGGT
EST: gi|29680078|gb|CB676353.1|CB676353
EST:     AAGTGGTTAGCGAGTATGGAGAGATGATCCTCAACTTGCTCATAGCACAG                         ACAGATCCGCAGAAAGTATGCAGCCAGGTTGGTCTGTGTATGTTTGACGGT
genomic: AAGTGGTTAGCGAGTATGGAGAGATGATCCTCAACTTGCTCATAGCACAGgtttgctaag ... gtctgagcagACAGATCCGCAGAAAGTATGCAGCCAGGTTGGTCTGTGTATGTTTGACGGT
EST: gi|29678523|gb|CB674798.1|CB674798
EST:     AAGTGGTTAGCGAGTATGGAGAGATGATCCTCAACTTGCTCATAGCACAG                         ACAGATCCGCAGAAAGTATGCAGCCAGGTTGGTCTGTGTATGTTTGACGGT
genomic: AAGTGGTTAGCGAGTATGGAGAGATGATCCTCAACTTGCTCATAGCACAGgtttgctaag ... gtctgagcagACAGATCCGCAGAAAGTATGCAGCCAGGTTGGTCTGTGTATGTTTGACGGT
EST: gi|29626868|gb|CB631879.1|CB631879
EST:     AAGTGGTTAGCGAGTATGGAGAGATGATCCTCAACTTGCTCATAGCACAG                         ACAGATCCGCAGAAAGTATGCAGCCAGGTTGGTCTGTGTATGTTTGACGGT
genomic: AAGTGGTTAGCGAGTATGGAGAGATGATCCTCAACTTGCTCATAGCACAGgtttgctaag ... gtctgagcagACAGATCCGCAGAAAGTATGCAGCCAGGTTGGTCTGTGTATGTTTGACGGT
EST: gi|218492774|gb|FG946027.1|FG946027
EST:     AAGTGGTTANCGAGTATGGAGAGATGATCCTCAACTTGCTCATAGCACAG                         ACAGATCCGCAGAAAGTATGCAGCCAGGTTGGTCTGTGTATGTTTGACGGT
genomic: AAGTGGTTAGCGAGTATGGAGAGATGATCCTCAACTTGCTCATAGCACAGgtttgctaag ... gtctgagcagACAGATCCGCAGAAAGTATGCAGCCAGGTTGGTCTGTGTATGTTTGACGGT
EST: gi|218501876|gb|FG958335.1|FG958335
EST:     AAGTGGTTAGCGAGTATGGAGAGATGATCCTCAACTTGCTCATAGCACAG                         ACAGATCCGCAGAAAGTATGCAGCCAGGTTGGTCTGTGTATGTTTGACGGT
genomic: AAGTGGTTAGCGAGTATGGAGAGATGATCCTCAACTTGCTCATAGCACAGgtttgctaag ... gtctgagcagACAGATCCGCAGAAAGTATGCAGCCAGGTTGGTCTGTGTATGTTTGACGGT
EST: gi|33793469|gb|CF322617.1|CF322617
EST:     AAGTGGTTAGCGAGTATGGAGAGATGATCCTCAACTTGCTCATAGCACAG                         ACAGATCCGCAGAAAGTATGCAGCCAGGTTGGTCTGTGTATGTTTGACGGT
genomic: AAGTGGTTAGCGAGTATGGAGAGATGATCCTCAACTTGCTCATAGCACAGgtttgctaag ... gtctgagcagACAGATCCGCAGAAAGTATGCAGCCAGGTTGGTCTGTGTATGTTTGACGGT
EST: gi|29678524|gb|CB674799.1|CB674799
EST:     AAGTGGTTAGCGAGTATGGAGAGATGATCCTCAACTTGCTCATAGCACAG                         ACAGATCCGCAGAAAGTATGCAGCCAGGTTGGTCTGTGTATGTTTGACGGT
genomic: AAGTGGTTAGCGAGTATGGAGAGATGATCCTCAACTTGCTCATAGCACAGgtttgctaag ... gtctgagcagACAGATCCGCAGAAAGTATGCAGCCAGGTTGGTCTGTGTATGTTTGACGGT
EST: gi|29639464|gb|CB644473.1|CB644473
EST:     AAGTGGTTAGCGAGTATGGAGAGATGATCCTCAACTTGCTCATAGCACAG                         ACAGATCCGCAGAAAGTATGCAGCCAGGTTGGTCTGTGTATGTTTGACGGT
genomic: AAGTGGTTAGCGAGTATGGAGAGATGATCCTCAACTTGCTCATAGCACAGgtttgctaag ... gtctgagcagACAGATCCGCAGAAAGTATGCAGCCAGGTTGGTCTGTGTATGTTTGACGGT
EST: gi|29622720|gb|CB627731.1|CB627731
EST:     AAGTGGTTAGCGAGTATGGAGAGATGATCCTCAACTTGCTCATAGCACAG                         ACAGATCCGCAGAAAGTATGCAGCCAGGTTGGTCTGTGTATGTTTGACGGT
genomic: AAGTGGTTAGCGAGTATGGAGAGATGATCCTCAACTTGCTCATAGCACAGgtttgctaag ... gtctgagcagACAGATCCGCAGAAAGTATGCAGCCAGGTTGGTCTGTGTATGTTTGACGGT
EST: gi|29615432|gb|CB620444.1|CB620444
EST:     AAGTGGTTAGCGAGTATGGAGAGATGATCCTCAACTTGCTCATAGCACAG                         ACAGATCCGCAGAAAGTATGCAGCCAGGTTGGTCTGTGTATGTTTGACGGT
genomic: AAGTGGTTAGCGAGTATGGAGAGATGATCCTCAACTTGCTCATAGCACAGgtttgctaag ... gtctgagcagACAGATCCGCAGAAAGTATGCAGCCAGGTTGGTCTGTGTATGTTTGACGGT
EST: gi|33684584|gb|CF312823.1|CF312823
EST:     AAGTGGTTAGCGAGTATGGAGAGATGATCCTCAACTTGCTCATAGCACAG                         ACAGATCCGCAGAAAGTATGCAGCCAGGTTGGTCTGTGTATGTTTGACGGT
genomic: AAGTGGTTAGCGAGTATGGAGAGATGATCCTCAACTTGCTCATAGCACAGgtttgctaag ... gtctgagcagACAGATCCGCAGAAAGTATGCAGCCAGGTTGGTCTGTGTATGTTTGACGGT
EST: gi|29675833|gb|CB672108.1|CB672108
EST:     AAGTGGTTAGCGAGTATGGAGAGATGATCCTCAACTTGCTCATAGCACAG                         ACAGATCCGCAGAAAGTATGCAGCCAGGGTGGTCTGTGTATGTTTG
genomic: AAGTGGTTAGCGAGTATGGAGAGATGATCCTCAACTTGCTCATAGCACAGgtttgctaag ... gtctgagcagACAGATCCGCAGAAAGTATGCAGCCAGGTTGGTCTGTGTATGTTTG
EST: gi|29615279|gb|CB620291.1|CB620291
EST:     AAGTGGTTAGCGAGTATGGAGAGATGATCCTCAACTTGCTCATAGCACAG                         ACAGATCCGCAGAAAGTATGCAGCCAGGTTGGTCTGTGTATGTTTGACGGT
genomic: AAGTGGTTAGCGAGTATGGAGAGATGATCCTCAACTTGCTCATAGCACAGgtttgctaag ... gtctgagcagACAGATCCGCAGAAAGTATGCAGCCAGGTTGGTCTGTGTATGTTTGACGGT
EST: gi|29628864|gb|CB633875.1|CB633875
EST:     AAGTGGTTAGCGAGTATGGAGAGATGATCCTCAACTTGCTCATAGCACAG                         ACAGATCCGCAGAAAGTATGCAGCCAGGTTGGTCTGTGTATGTTTGACGGT
genomic: AAGTGGTTAGCGAGTATGGAGAGATGATCCTCAACTTGCTCATAGCACAGgtttgctaag ... gtctgagcagACAGATCCGCAGAAAGTATGCAGCCAGGTTGGTCTGTGTATGTTTGACGGT
EST: gi|38565650|gb|CK085103.1|CK085103
EST:     AAGTGGTTAGCGAGTATGGAGAGATGATCCTCAACTTGCTCATAGCACAG                         ACAGATCCGCAGAAAGTATGCAGCCAGGTTGGTCTGTGTATGTTTGACGGT
genomic: AAGTGGTTAGCGAGTATGGAGAGATGATCCTCAACTTGCTCATAGCACAGgtttgctaag ... gtctgagcagACAGATCCGCAGAAAGTATGCAGCCAGGTTGGTCTGTGTATGTTTGACGGT
EST: gi|58693676|gb|CK082363.1|CK082363
EST:     AAGTGGTTAGCGAGTATGGAGAGATGATCCTCAACTTGCTCATAGCACAG                         ACAGATCCGCAGAAAGTATGCAGCCAGGTTGGTCTGTGTATGTTTGACGGT
genomic: AAGTGGTTAGCGAGTATGGAGAGATGATCCTCAACTTGCTCATAGCACAGgtttgctaag ... gtctgagcagACAGATCCGCAGAAAGTATGCAGCCAGGTTGGTCTGTGTATGTTTGACGGT
EST: gi|29628863|gb|CB633874.1|CB633874
EST:     AAGTGGTTAGCGAGTATGGAGAGATGATCCTCAACTTGCTCATAGCACAG                         ACAGATCCGCAGAAAGTATGCAGCCAGGTTGGTCTGTGTATGTTTGACGGT
genomic: AAGTGGTTAGCGAGTATGGAGAGATGATCCTCAACTTGCTCATAGCACAGgtttgctaag ... gtctgagcagACAGATCCGCAGAAAGTATGCAGCCAGGTTGGTCTGTGTATGTTTGACGGT

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GGTGAACCATGCTATTGGGGCTGAAGGAATCATCAGCACGGAATGCAAAGAAGTGGTTAGCGAGTATGGAGAGATGATCCTCAACTTGCTCATAGCACAGgtttgctaagctctttgctgtattttacagacttctgtgcgacctaagcatggaacagacgctgtgtcgtgattgtgttgtgtgagttactcttgaactctagtaatgtgctgatgttttgtgtctgagcag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGATG