1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' |
CAACATCAGACTCACCATGTCATGCAGATAAGGACCAATGTACCCAGCCAGATTTGGTGGAGGAAGTCTTTGAGGATGGATGTCCTTCCCTTTCAAGACGgtttgtactttgtaccctttatccatcttgacaatggatgcaatagtacgctttaagcagtgcaatcaataagtttttgcataaagatcactgcactatg...
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os04g37660.1 |
intron # | 7 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: GATTTGGTGGAGGAAGTCTTTGAGGATGGATGTCCTTCCCTTTCAAGACG GCTAGATTCTGAATATCCAGTTCGGAATATGTTCAAGCTCTTCATATGTGCEST: gi|29619327|gb|CB624339.1|CB624339
genomic: GATTTGGTGGAGGAAGTCTTTGAGGATGGATGTCCTTCCCTTTCAAGACGgtttgtactt ... tccaattcagGCTAGATTCTGAATATCCAGTTCGGAATATGTTCAAGCTCTTCATATGTGC
EST: GATTTGGTGGAGGAAGTCTTTGAGGATGGATGTCCTTCCCTTTCAAGACG GCTAGATTCTGAATATCCAGTTCGGAATATGTTCAAGCTCTTCATATGTGCEST: gi|58688260|gb|CK076947.1|CK076947
genomic: GATTTGGTGGAGGAAGTCTTTGAGGATGGATGTCCTTCCCTTTCAAGACGgtttgtactt ... tccaattcagGCTAGATTCTGAATATCCAGTTCGGAATATGTTCAAGCTCTTCATATGTGC
EST: GATTTGGTGGAGGAAGTCTTTGAGGATGGATGTCCTTCCCTTTCAAGACG GCTAGATTCTGAATATCCAGTTCGGAATATGTTCAAGCTCTTCATATGTGCEST: gi|2310423|gb|C26578.1|C26578
genomic: GATTTGGTGGAGGAAGTCTTTGAGGATGGATGTCCTTCCCTTTCAAGACGgtttgtactt ... tccaattcagGCTAGATTCTGAATATCCAGTTCGGAATATGTTCAAGCTCTTCATATGTGC
EST: GATTTGGTGGAGGAAGTCTTTGAGGATGGATGTCCTTCCCTTTCAAGACG GCTAGGTTCTGNATATCCAGTTCGGGGATATGGTCAAGCTCTTCATATGTG
genomic: GATTTGGTGGAGGAAGTCTTTGAGGATGGATGTCCTTCCCTTTCAAGACGgtttgtactt ... tccaattcagGCTAGATTCTGAATATCCAGTTCGGA-ATATGTTCAAGCTCTTCATATGTG
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| CAACATCAGACTCACCATGTCATGCAGATAAGGACCAATGTACCCAGCCAGATTTGGTGGAGGAAGTCTTTGAGGATGGATGTCCTTCCCTTTCAAGACGgtttgtactttgtaccctttatccatcttgacaatggatgcaatagtacgctttaagcagtgcaatcaataagtttttgcataaagatcactgcactatg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGTGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GATGGA