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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TCGATATTTCTGTTGTAGGTGTCACTACCTTCAGTGGACCTGAAGGCCCTTTTGATGTTGATGTTTTTGACTCTACTATAGATTACATAAAGTTAATGAAgtaagttgcttccatttgaatttactgaatgctatttccatatgtattgttcgatgttttcttttcaataagtgaattttccttgtagcttcataagaacctgcgaaaaatgggtgatttaatttgtaatttgtatttaattccag

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os03g50480.1
intron # 7
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os03g50480.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 7
lower sequence: GRMZM2G023289_T03 (Zea mays), 5'ss of exon 7
TCGATATTTCTGTTGTAGGTGTCACTACCTTCAGTGGACCTGAAGGCCCTTTTGATGTTGATGTTTTTGACTCTACTATAGATTACATAAAGTTAATGAAgtaagttgcttccatttgaatttactgaatgctatttccatatgtattgttcgatgttttcttttcaataagtgaattttccttgtagcttcataagaacctgcgaaaaatgggtgatttaatttgtaatttgtatttaattccag
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TTGATATTTCTGTTGTCGGTGTCACCAGCTTCAGTGGACCCGAAGGCCCCTTTGATGTGGATGTCTTTGACTCTAGTGTAAATTACATAAAGTTAATGAAgtgagtagctt--gttc---tttcctgtttcctttcattgaagtgagaattccatgctttat-----atcattacttgttacttggatcatgttatgtagcaa-gggaacctaatgatttaattaccaccatcaatttcag-----

upper sequence: LOC_Os03g50480.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 7
lower sequence: GRMZM2G109383_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 7
TCGATATTTCTGTTGTAGGTGTCACTACCTTCAGTGGACCTGAAGGCCCTTTTGATGTTGATGTTTTTGACTCTACTATAGATTACATAAAGTTAATGAAgtaagttgctt-ccatttgaatttactgaatgctatttccatatgtattgttcgatgttttcttttcaataagtgaattttccttgtagcttcataagaacctgcgaaaaatgggtgatttaatttgtaatttgtatttaattccag
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TTGATATTTCTGTTGTCGGTGTCACCAGCTTCAGTGGACCCGAAGGCCCCTTTGATGTGGATGTTTTTGACTCTAGTGTAGATTACATAAAGTTAATGAAgtaagtaacttgttatttcgtgttttt---ttccattgaagtgagaat--atcgatgctttat-----atcattacatgttacttggatcatgttatgttcacaagggaatctaatgatttaattactgacat-----caattccag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|58695799|gb|CK084486.1|CK084486
EST:     TTTGATGTTGATGTTTTTGACTCTACTATAGATTACATAAAGTTAATGAA                         GACAATCTTTGACTTTGAGTCAATTAAAAAGCTTCTGGCATCTCCGAAGTT
genomic: TTTGATGTTGATGTTTTTGACTCTACTATAGATTACATAAAGTTAATGAAgtaagttgct ... ttaattccagGACAATCTTTGACTTTGAGTCAATTAAAAAGCTTCTGGCATCTCCGAAGTT
EST: gi|58693865|gb|CK082552.1|CK082552
EST:     TTTGATGTTGATGTTTTTGACTCTACTATAGATTACATAAAGTTAATGAA                         GACAATCTTTGACTTTGAGTCAATTAAAAAGCTTCTGGCATCTCCGAAGTT
genomic: TTTGATGTTGATGTTTTTGACTCTACTATAGATTACATAAAGTTAATGAAgtaagttgct ... ttaattccagGACAATCTTTGACTTTGAGTCAATTAAAAAGCTTCTGGCATCTCCGAAGTT
EST: gi|58675297|gb|CK063984.1|CK063984
EST:     TTTGATGTTGATGTTTTTGACTCTACTATAGATTACATAAAGTTAATGAA                         GACAATCTTTGACTTTGAGTCAATTAAAAAGCTTCTGGCATCTCCGAAGTT
genomic: TTTGATGTTGATGTTTTTGACTCTACTATAGATTACATAAAGTTAATGAAgtaagttgct ... ttaattccagGACAATCTTTGACTTTGAGTCAATTAAAAAGCTTCTGGCATCTCCGAAGTT
EST: gi|58657583|gb|CK046263.1|CK046263
EST:     TTTGATGTTGATGTTTTTGACTCTACTATAGATTACATAAAGTTAATGAA                         GACAATCTTTGACTTTGAGTCAATTAAAAAGCTTCTGGCATCTCCGAAGTT
genomic: TTTGATGTTGATGTTTTTGACTCTACTATAGATTACATAAAGTTAATGAAgtaagttgct ... ttaattccagGACAATCTTTGACTTTGAGTCAATTAAAAAGCTTCTGGCATCTCCGAAGTT
EST: gi|29612833|gb|CB617846.1|CB617846
EST:     TTTGATGTTGATGTTTTTGACTCTACTATAGATTACATAAAGTTAATGAA                         GACAATCTTTGACTTTGAGTCAATTAAAAAGCTTCTGGCATCTCCGAAGTT
genomic: TTTGATGTTGATGTTTTTGACTCTACTATAGATTACATAAAGTTAATGAAgtaagttgct ... ttaattccagGACAATCTTTGACTTTGAGTCAATTAAAAAGCTTCTGGCATCTCCGAAGTT
EST: gi|29689598|gb|CB685873.1|CB685873
EST:     TTTGATGTTGATGTTTTTGACTCTACTATAGATTACATAAAGTTAATGAA                         GACAATCTTTGACTCTGAGTCAATTAAAAAGCTTCTGG
genomic: TTTGATGTTGATGTTTTTGACTCTACTATAGATTACATAAAGTTAATGAAgtaagttgct ... ttaattccagGACAATCTTTGACTTTGAGTCAATTAAAAAGCTTCTGG
EST: gi|29671540|gb|CB667815.1|CB667815
EST:     TTTGATGTTGATGTTTTTGACTCTACTATAGATTACATAAAGTTAATGAA                         GACAATCTTTGACTTTGAGTCAATTAAAAAGCTTCTGGCATCTCCGAAGTT
genomic: TTTGATGTTGATGTTTTTGACTCTACTATAGATTACATAAAGTTAATGAAgtaagttgct ... ttaattccagGACAATCTTTGACTTTGAGTCAATTAAAAAGCTTCTGGCATCTCCGAAGTT
EST: gi|58596192|gb|CK006720.1|CK006720
EST:     TTTGATGTTGATGTTTTTGACTCTACTATAGATTACATAAAGTTAATGAA                         GAGAATCTTTGACTTTGAGTCAATTAAAAAGCTTCTGGCATCTCCGAAGTT
genomic: TTTGATGTTGATGTTTTTGACTCTACTATAGATTACATAAAGTTAATGAAgtaagttgct ... ttaattccagGACAATCTTTGACTTTGAGTCAATTAAAAAGCTTCTGGCATCTCCGAAGTT
EST: gi|29664693|gb|CB660968.1|CB660968
EST:     TTTGATGTTGATGTTTTTGACTCTACTATAGATTACATAAAGTTAATGAA                         GACAATCTTTGACTTTGAGTCAATTAAAAAGCTTCTGGCATCTCCGAAGTT
genomic: TTTGATGTTGATGTTTTTGACTCTACTATAGATTACATAAAGTTAATGAAgtaagttgct ... ttaattccagGACAATCTTTGACTTTGAGTCAATTAAAAAGCTTCTGGCATCTCCGAAGTT
EST: gi|58654844|gb|CK043524.1|CK043524
EST:     TTTGATGTTGATGTTTTTGACTCTACTATAGATTACATAAAGTTACTGAA                         GACAATCTTTGACTTTGAGTCAATTAAAAAGCTTCTGGCATCTCCGAAGTT
genomic: TTTGATGTTGATGTTTTTGACTCTACTATAGATTACATAAAGTTAATGAAgtaagttgct ... ttaattccagGACAATCTTTGACTTTGAGTCAATTAAAAAGCTTCTGGCATCTCCGAAGTT
EST: gi|58682481|gb|CK071168.1|CK071168
EST:     TTTGATGTTGATGTTTTTGACTCTACTATAGATTACATAAAGTTAATGAA                         GACAATCTTTGACTTTGAGTCAATTAAAAAGCTTCTGGCATCTCCGAAGTT
genomic: TTTGATGTTGATGTTTTTGACTCTACTATAGATTACATAAAGTTAATGAAgtaagttgct ... ttaattccagGACAATCTTTGACTTTGAGTCAATTAAAAAGCTTCTGGCATCTCCGAAGTT
EST: gi|15008682|gb|AU223070.1|AU223070
EST:     TTTGATGTTGATGTTTTTGACTCTACTATAGATTACATAAAGTTAATGAA                         GACAATCTTTGACTTTGAGTCAATTAAAAAGCTTCTGGCATCTCCGAAGTT
genomic: TTTGATGTTGATGTTTTTGACTCTACTATAGATTACATAAAGTTAATGAAgtaagttgct ... ttaattccagGACAATCTTTGACTTTGAGTCAATTAAAAAGCTTCTGGCATCTCCGAAGTT
EST: gi|29682384|gb|CB678659.1|CB678659
EST:     TTTGATGTTGATGTTTTTGACTCTACTATAGATTACATAAAGTTAATGAA                         GACAATCTTTGACTTTGAGTCAATTAAAAAGCTTCTGGCATCTCCGAAAGT
genomic: TTTGATGTTGATGTTTTTGACTCTACTATAGATTACATAAAGTTAATGAAgtaagttgct ... ttaattccagGACAATCTTTGACTTTGAGTCAATTAAAAAGCTTCTGGCATCTCCGAA-GT
EST: gi|58602722|gb|CK013250.1|CK013250
EST:     TTTGATGTTGATGTTTTTGACTCTACTATAGATTACATAAAGTTAATGAA                         GACAATCTTTGACTTTGAGTCAATTAAAAAGCTTCTGGCATCTCCGA
genomic: TTTGATGTTGATGTTTTTGACTCTACTATAGATTACATAAAGTTAATGAAgtaagttgct ... ttaattccagGACAATCTTTGACTTTGAGTCAATTAAAAAGCTTCTGGCATCTCCGA
EST: gi|58670270|gb|CK058956.1|CK058956
EST:     TTTGATGTTGATGTTTTTGACTCTACTATAGATTACATAAAGTTAATGAA                         GACAATCTTTGACTTTGAGTCAATTAAAAAGCTTCTGGCATCTCCGAAGTT
genomic: TTTGATGTTGATGTTTTTGACTCTACTATAGATTACATAAAGTTAATGAAgtaagttgct ... ttaattccagGACAATCTTTGACTTTGAGTCAATTAAAAAGCTTCTGGCATCTCCGAAGTT
EST: gi|58597742|gb|CK008270.1|CK008270
EST:     TTTGATGTTGATGTTTTTGACTCTACTATAGATTACATAAAGTTAATGAA                         GACAATCTTTGACTTTGAGTCAATTAAAAAGCTTCTGGCATCTCCGAAGTT
genomic: TTTGATGTTGATGTTTTTGACTCTACTATAGATTACATAAAGTTAATGAAgtaagttgct ... ttaattccagGACAATCTTTGACTTTGAGTCAATTAAAAAGCTTCTGGCATCTCCGAAGTT
EST: gi|29689390|gb|CB685665.1|CB685665
EST:     TTTGATGTTGATGTTTTTGACTCTACTATAGATTACATAAAGTTAATGAA                         GACAATCTTTGACTTTGAGTCAATTAAAAAGCTTCTGGCATCTCCGAAGTT
genomic: TTTGATGTTGATGTTTTTGACTCTACTATAGATTACATAAAGTTAATGAAgtaagttgct ... ttaattccagGACAATCTTTGACTTTGAGTCAATTAAAAAGCTTCTGGCATCTCCGAAGTT
EST: gi|58601534|gb|CK012062.1|CK012062
EST:     TTTGATGTTGATGTTTTTGACTCTACTATAGATTACATAAAGTTAATGAA                         GAGAATCTTTGACTTTGAGTCAATTAAAAAGCTTCTGGCATCTCCGAAGTT
genomic: TTTGATGTTGATGTTTTTGACTCTACTATAGATTACATAAAGTTAATGAAgtaagttgct ... ttaattccagGACAATCTTTGACTTTGAGTCAATTAAAAAGCTTCTGGCATCTCCGAAGTT
EST: gi|29614791|gb|CB619804.1|CB619804
EST:     TTTGATGTTGATGTTTTTGACTCTACTATAGATTACATAAAGTTAATGAA                         GACAATCTTTGACTTTGAGTCAATTAAAAAGCTTCTGGCATCTCCGAAGTT
genomic: TTTGATGTTGATGTTTTTGACTCTACTATAGATTACATAAAGTTAATGAAgtaagttgct ... ttaattccagGACAATCTTTGACTTTGAGTCAATTAAAAAGCTTCTGGCATCTCCGAAGTT
EST: gi|29671584|gb|CB667859.1|CB667859
EST:     TTTGATGTTGATGTTTTTGACTCTACTATAGATTACATAAAGTTAATGAA                         GACAATCTTTGACTTTGAGTCAATTAAAAAGCTTCTGGCATCTCCGAAGTT
genomic: TTTGATGTTGATGTTTTTGACTCTACTATAGATTACATAAAGTTAATGAAgtaagttgct ... ttaattccagGACAATCTTTGACTTTGAGTCAATTAAAAAGCTTCTGGCATCTCCGAAGTT
EST: gi|12622980|gb|AU173193.1|AU173193
EST:     GATGTTGATGTTTTTGACTCTACTATAGATTACATAAAGTTAATGAA                         GACAATCTTTGACTTTGAGTCAATTAAAAAGCTTCTGGCATCTCCGAAGTT
genomic: GATGTTGATGTTTTTGACTCTACTATAGATTACATAAAGTTAATGAAgtaagttgct ... ttaattccagGACAATCTTTGACTTTGAGTCAATTAAAAAGCTTCTGGCATCTCCGAAGTT