Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TGGTGTAAGACCATTTGGTGTATCTTTGTTGATTGCTGGGTATGATGACAATGGTCCCCAATTGTACCAGgtattgacaaataattatatacaacagagaaggttttgtgtaaatacaaagtgtcaaatgcgaacaatctttctttctttttttcttgcttcagaccattgcatttacgactttgtagttattaatattgcagacagttgacattgtcattgttttattag

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os03g26970.1
intron # 7
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os03g26970.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 7
lower sequence: Vv01s0011g01960.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 7
TGGTGTAAGACCATTTGGTGTATCTTTGTTGATTGCTGGGTATGATGACAATGGTCCCCAATTGTACCAGgtattgacaaataattatatacaacagagaaggttttgtgtaaatacaaagtgtcaaatgcgaacaatctttctttctttttttcttgcttcagaccattgcatttacgactttgtagttattaatattgcagacagttgacattgtcattgttttattag
||||||||| || ||||| |||||  ||||| ||||||| | ||||||||||||||| ||||||||||||||| |  |||||  |||  |   |   |  | |  || | | |||| |   | |  ||||       |||| | || |    | | |      ||    ||  ||    |                                                   
TGGTGTAAGGCCCTTTGGAGTATCACTGTTGGTTGCTGGTTTTGATGACAATGGTCCACAATTGTACCAGgtact--caaatt-ttaagtttgagttattaagcattttattaatata--ctatttaatgt------tcttcccttttcaaatgcatttaatggattggtgggttgggcaa--------------------------------------------------
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|27548112|gb|CA766216.2|CA766216
EST:     TATCTTTGTTGATTGCTGGGTATGATGACAATGGTCCCCAATTGTACCAG                         GTTGATCCATCAGGGTCATACTTCTCCTGGAAAGCATCAGCTATGGGGAAA
genomic: TATCTTTGTTGATTGCTGGGTATGATGACAATGGTCCCCAATTGTACCAGgtattgacaa ... gttttattagGTTGATCCATCAGGGTCATACTTCTCCTGGAAAGCATCAGCTATGGGGAAA
EST: gi|58673780|gb|CK062466.1|CK062466
EST:     TATCTTTGTTGATTGCTGGGTATGATGACAATGGTCCCCAATTGTACCAG                         GTTGATCCATCAGGGTCATACTTCTCCTGGAAAGCATCAGCTATGGGGAAA
genomic: TATCTTTGTTGATTGCTGGGTATGATGACAATGGTCCCCAATTGTACCAGgtattgacaa ... gttttattagGTTGATCCATCAGGGTCATACTTCTCCTGGAAAGCATCAGCTATGGGGAAA
EST: gi|33654276|gb|CF276890.1|CF276890
EST:     CTTTGTTGATTGCTGGGTATGATGACAATGGTCCCCAATTGTACCAG                         GTTGATCCATCCAGGGTCATACTTCTCCCTGGAAAGCATCAGCTATGGGGA
genomic: CTTTGTTGATTGCTGGGTATGATGACAATGGTCCCCAATTGTACCAGgtattgacaa ... gttttattagGTTGATCCAT-CAGGGTCATACTTCT-CCTGGAAAGCATCAGCTATGGGGA
EST: gi|218490861|gb|FG966652.1|FG966652
EST:     TATCTTTGTTGATTGCTGGGTATGATGACAATGGTCCCCAATTGTACCAG                         GTTGATCCATCAGGGTCATACTTCTCCTGGAAAGCATCAGCTATGGGGAAA
genomic: TATCTTTGTTGATTGCTGGGTATGATGACAATGGTCCCCAATTGTACCAGgtattgacaa ... gttttattagGTTGATCCATCAGGGTCATACTTCTCCTGGAAAGCATCAGCTATGGGGAAA
EST: gi|58031158|gb|CX728701.1|CX728701
EST:     ATTGCTGGGTATGATGACAATGGTCCCCAATTGTACCAG                         GTTGATCCATCAGGGTCATACTTCTCCTGGAAAGCATCAGCTATGGGGAAA
genomic: ATTGCTGGGTATGATGACAATGGTCCCCAATTGTACCAGgtattgacaa ... gttttattagGTTGATCCATCAGGGTCATACTTCTCCTGGAAAGCATCAGCTATGGGGAAA
EST: gi|58656409|gb|CK045089.1|CK045089
EST:     TATCTTTGTTGATTGCTGGGTATGATGACAATGGTCCCCAATTGTACCAG                         GTTGATCCATCAGGGTCATACTTCTCCTGGAAAG
genomic: TATCTTTGTTGATTGCTGGGTATGATGACAATGGTCCCCAATTGTACCAGgtattgacaa ... gttttattagGTTGATCCATCAGGGTCATACTTCTCCTGGAAAG
EST: gi|218489822|gb|FG967489.1|FG967489
EST:     TATCTTTGTTGATTGCTGGGTATGATGACAATGGTCCCCAATTGTACCAG                         GTTGATCCATCAGGGTCATACTTCTCCTGGAAAGCATCAGCTATGGGGAAA
genomic: TATCTTTGTTGATTGCTGGGTATGATGACAATGGTCCCCAATTGTACCAGgtattgacaa ... gttttattagGTTGATCCATCAGGGTCATACTTCTCCTGGAAAGCATCAGCTATGGGGAAA
EST: gi|88252854|gb|CI350279.1|CI350279
EST:     CTTTGTTGATTGCTGGGTATGATGACAATGGTCCCCAATTGTACCAG                         GTTGATCCATCAGGGTCATACTTCTCCTGGAAAGCATCAGCTATGGGGAAA
genomic: CTTTGTTGATTGCTGGGTATGATGACAATGGTCCCCAATTGTACCAGgtattgacaa ... gttttattagGTTGATCCATCAGGGTCATACTTCTCCTGGAAAGCATCAGCTATGGGGAAA
EST: gi|33662862|gb|CF293829.1|CF293829
EST:     ATCTTTGTTGATTGCTGGGTATGATGANCA-TGGTCCCCAATTGTACCAG                         GTTGATCCATCAGGGTCATACTTCTCCTGGAAAGCATCAACTATGGGGAAA
genomic: ATCTTTGTTGATTGCTGGGTATGATGA-CAATGGTCCCCAATTGTACCAGgtattgacaa ... gttttattagGTTGATCCATCAGGGTCATACTTCTCCTGGAAAGCATCAGCTATGGGGAAA
EST: gi|33691029|gb|CF319268.1|CF319268
EST:     TATCTTTGTTGATTGCTGGGTATGATGACAATGGTCCCCAATTGTACCAG                         GTTGATCCATCAGGGTCATACTTCTCCTGGAAAGCATCAGCTATGGGGAAA
genomic: TATCTTTGTTGATTGCTGGGTATGATGACAATGGTCCCCAATTGTACCAGgtattgacaa ... gttttattagGTTGATCCATCAGGGTCATACTTCTCCTGGAAAGCATCAGCTATGGGGAAA
EST: gi|40486330|gb|BX897911.1|BX897911
EST:     TATCTTTGTTGATTGCTGGGTATGATGACAATGGTCCCCAATTGTACCAG                         GTTGATCCATCAGGG
genomic: TATCTTTGTTGATTGCTGGGTATGATGACAATGGTCCCCAATTGTACCAGgtattgacaa ... gttttattagGTTGATCCATCAGGG
EST: gi|88222631|gb|CI222587.1|CI222587
EST:     TATCTTTGTTGATTGCTGGGTATGATGACAATGGTCCCCAATTGTACCAG                         GTTGATCCATCAGGGTCATACTTCTCCTGGAAAGCATCAGCTATGGGGAAA
genomic: TATCTTTGTTGATTGCTGGGTATGATGACAATGGTCCCCAATTGTACCAGgtattgacaa ... gttttattagGTTGATCCATCAGGGTCATACTTCTCCTGGAAAGCATCAGCTATGGGGAAA
EST: gi|33691028|gb|CF319267.1|CF319267
EST:     TATCTTTGTTGATTGCTGGGTATGATGACAATGGTCCCCAATTGTACCAG                         GTTGATCCATCAGGGTCATACTTCTCCTGGAAAGCATCAGCTATGGGGAAA
genomic: TATCTTTGTTGATTGCTGGGTATGATGACAATGGTCCCCAATTGTACCAGgtattgacaa ... gttttattagGTTGATCCATCAGGGTCATACTTCTCCTGGAAAGCATCAGCTATGGGGAAA
EST: gi|88215513|gb|CI215362.1|CI215362
EST:     TATCTTTGTTGATTGCTGGGTATGATGACAATGGTCCCCAATTGTACCAG                         GTTGATCCATCAGGGTCATACTTCTCCTGGAAAGCATCAGCTATGGGGAAA
genomic: TATCTTTGTTGATTGCTGGGTATGATGACAATGGTCCCCAATTGTACCAGgtattgacaa ... gttttattagGTTGATCCATCAGGGTCATACTTCTCCTGGAAAGCATCAGCTATGGGGAAA
EST: gi|33815449|gb|CF333578.1|CF333578
EST:     TATCTTTGTTGATTGCTGGGTATGATGACAATGGTCCCCAATTGTACCAG                         GTTGATCCATCAGGGTCATACTTCTCCTGGAAAGCATCAGCTATGGGGAAA
genomic: TATCTTTGTTGATTGCTGGGTATGATGACAATGGTCCCCAATTGTACCAGgtattgacaa ... gttttattagGTTGATCCATCAGGGTCATACTTCTCCTGGAAAGCATCAGCTATGGGGAAA
EST: gi|11233514|gb|AU164926.1|AU164926
EST:     TATCTTTGTTGATTGCTGGGTATGATGACAATGGTCCCCAATTGTACCAG                         GTTGATCCATCAGGGTCATACTTCTCCTGGAAAGCATCAGCTATGGGGAAA
genomic: TATCTTTGTTGATTGCTGGGTATGATGACAATGGTCCCCAATTGTACCAGgtattgacaa ... gttttattagGTTGATCCATCAGGGTCATACTTCTCCTGGAAAGCATCAGCTATGGGGAAA
EST: gi|33808226|gb|CF330002.1|CF330002
EST:     TATCTTTGTTGATTGCTGGGTATGATGACAATGGTCCCCAATTGTACCAG                         GTTGATCCATCAGGGTCATACTTCTCCTGGAAAGCATCAGCTATGGGGAAA
genomic: TATCTTTGTTGATTGCTGGGTATGATGACAATGGTCCCCAATTGTACCAGgtattgacaa ... gttttattagGTTGATCCATCAGGGTCATACTTCTCCTGGAAAGCATCAGCTATGGGGAAA
EST: gi|8859749|gb|AU097067.1|AU097067
EST:     TACCTTTGTTGATTGCTGGGTATGATGACAATGGTCCCCAATTGTACCAG                         GTTGATCCATCAGGGTCATACTTCTCCTGGAAAGCATCAGCTATGGGGAAA
genomic: TATCTTTGTTGATTGCTGGGTATGATGACAATGGTCCCCAATTGTACCAGgtattgacaa ... gttttattagGTTGATCCATCAGGGTCATACTTCTCCTGGAAAGCATCAGCTATGGGGAAA

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 70 (upstream exon), 75 (downstream exon)
Score: 39

TGGTGTAAGACCATTTGGTGTATCTTTGTTGATTGCTGGGTATGATGACAATGGTCCCCAATTGTACCAGgtattgacaa ... gttttattagGTTGATCCATCAGGGTCATACTTCTCCTGGAAAGCATCAGCTATGGGGAAAAATGTGTCAAATGCAAAGACATTTCTTGAGAAAAG




<











<


<