Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TAATGACAACGAGGATGATGATGACAATGATGAAGATGATGACGACTTAAGTGTTGGACACAACGCTAGGGATGGCAGTGATAATGGCAGTGGCACTCAAgtaagagaccgtttactacttttcgaaacagtgttactcttatgtgttatgtctatcgctagatatatatgaatatgaacgctagttagaactttttgct...

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os03g17570.1
intron # 7
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os03g17570.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 7
lower sequence: GRMZM2G095727_T03 (Zea mays), 5'ss of exon 7
TAATGACAACGAGGATGATGATGACAATGATGAAGATGATGACGACTTAAGTGTTGGACACAACGCTAGGGATGGCAGTGATAATGGCAGTGGCACTCAAgtaagagaccgtttactacttttcgaaacagtgttactcttatgtgttatgtctatcgctagatatatatgaatatgaacgctagttagaactttttgct-
 |   |  | || ||||| ||  |  |||| |  || ||||||||||| |||||||||| ||| ||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||| | | || ||||||  ||    | ||  | ||| ||| |  |  | |   |     |  || | | ||  | |  |      |   || |    | | 
CAGCAATCATGATGATGAAGAAAATGATGACGGCGACGATGACGACTTCAGTGTTGGACTCAATGCTAGGGATGGAAGTGACAATGGCAGTGGTACTCAAgtatgtgtccatttactg-ttcctaataccttcttaatctaacataatgtagttggatttgaatgtgtgtgtttctatatatatatataaaataaaggtta