Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

AGATTACGAGAAGATGGTAGTCTAATTGGTGTCTTAAGTACTGATCAATCTCGGACCGATGATGAGTTGTTGGAAATGGCAAAAAATTGGAAAATTGTTGgtatgctatgctctcttcaagcagtaatgtccttgaataattgtctgtctcctttaataaatataattgcactttgcatggtagattgtaacatgtttct...

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os02g47850.2
intron # 7
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os02g47850.3 (Oryza sativa), 5'ss of exon 7
lower sequence: GRMZM2G147450_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 6
AGATTACGAGAAGATGGTAGTCTAATTGGTGTCTTAAGTACTGATCAATCTCGGACCGATGATGAGTTGTTGGAAATGGCAAAAAATTGGAAAATTGTTGgtatgctatgctctcttcaagcagtaatgtccttgaataat-tgtctgtctcctttaataaatataattgcac-tttgcatggtagattgtaacatgtttct
|||||| ||||||| || ||||| ||||||||||| ||||||||||| |||| ||| ||  ||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||| ||     || |||| | |  ||| |||||||  |  || ||   |  ||    | |  ||| | |   | | ||  |  |    ||| | ||    
AGATTAAGAGAAGACGGCAGTCTTATTGGTGTCTTGAGTACTGATCAGTCTCAGACAGACAATGAGTTGTTGGAAATGGCCAAAAAGTGGAAAATTGTTGgtatgttaaaacttcatcaaacggcgatgcccttgaaagacgtgacttcatttttatgcacacttaagtacctatctccactgatggacctaaaaggtca--

upper sequence: LOC_Os02g47850.3 (Oryza sativa), 5'ss of exon 7
lower sequence: GRMZM2G029573_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 7
AGATTACGAGAAGATGGTAGTCTAATTGGTGTCTTAAGTACTGATCAATCTCGGACCGATGATGAGTTGTTGGAAATGGCAAAAAATTGGAAAATTGTTGgtatgctatgctctcttcaagcagt-------aatgtccttgaat-aattgtctgtctcctttaataaatataattgcac-tttgcatggtagattgtaacatgtttct
    || |||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||| ||| ||  |||||||||| ||||||||  |||| |||||||||||||||||| ||     |  ||||||||        ||||||||||||  || || ||   |  ||    | |  | | |     | | ||  |  ||   ||| |||     
----TAAGAGAAGATGGTAGTCTTATTGGTGTCTTGAGTACTGATCAGTCTCTGACAGACAATGAGTTGTTAGAAATGGCCCAAAAGTGGAAAATTGTTGGTATgttaaaactttatcaagcagcgatgtgcaatgtccttgaaagaagtgacttcttttttatgcacacttcagtatctatctccactgatgaacctaa-atga----

upper sequence: LOC_Os02g47850.3 (Oryza sativa), 5'ss of exon 7
lower sequence: GRMZM2G029573_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 7
AGATTACGAGAAGATGGTAGTCTAATTGGTGTCTTAAGTACTGATCAATCTCGGACCGATGATGAGTTGTTGGAAATGGCAAAAAATTGGAAAATTGTTGgtatgctatgctctcttcaagcagt-------aatgtccttgaat-aattgtctgtctcctttaataaatataattgcac-tttgcatggtagattgtaacatgtttct
|||||| |||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||| ||| ||  |||||||||| ||||||||  |||| |||||||||||||||||| ||     |  ||||||||        ||||||||||||  || || ||   |  ||    | |  | | |     | | ||  |  ||   |||         
AGATTAAGAGAAGATGGTAGTCTTATTGGTGTCTTGAGTACTGATCAGTCTCTGACAGACAATGAGTTGTTAGAAATGGCCCAAAAGTGGAAAATTGTTGgtatgttaaaactttatcaagcagcgatgtgcaatgtccttgaaagaagtgacttcttttttatgcacacttcagtatctatctccactgatgaacctaa---------

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|58690939|gb|CK079626.1|CK079626
EST:     TCGGACCGATGATGAGTTGTTGGAAATGGCAAAAAATCGGAAAATTGTTG                         GTGTTGATTTGATTAGTGGTGTCACATGCGATGCTCCATATGAATGGTCAG
genomic: TCGGACCGATGATGAGTTGTTGGAAATGGCAAAAAATTGGAAAATTGTTGgtatgctatg ... tgttatgcagGTGTTGATTTGATTAGTGGTGTCACATGCGATGCTCCATATGAATGGTCAG
EST: gi|29682715|gb|CB678990.1|CB678990
EST:     TCGGACCGATGATGAGTTGTTGGAAATGGCAAAAAATTGGAAAATTGTTG                         GTGTTGATTTGATTAGTGGTGTCACATGCGATGCTCCATATGAATGGTCAG
genomic: TCGGACCGATGATGAGTTGTTGGAAATGGCAAAAAATTGGAAAATTGTTGgtatgctatg ... tgttatgcagGTGTTGATTTGATTAGTGGTGTCACATGCGATGCTCCATATGAATGGTCAG
EST: gi|27547697|gb|CA765722.2|CA765722
EST:     TCGGACCGATGATGAGTTGTTGGAAATGGCAAAAAATTGGAAAATTGTTG                         GTGTTGATTTGATTAGTGGTGTCACATGCGATGCTCCATATGAATGGTCAG
genomic: TCGGACCGATGATGAGTTGTTGGAAATGGCAAAAAATTGGAAAATTGTTGgtatgctatg ... tgttatgcagGTGTTGATTTGATTAGTGGTGTCACATGCGATGCTCCATATGAATGGTCAG
EST: gi|58689196|gb|CK077883.1|CK077883
EST:     TCGGACCGATGATGAGTTGTTGGAAATGGCAAAAAATTGGAAAATTGTTG                         GTGTTGATTTGATTAGTGGTGTCACATGCGATGCTCCATATGAATGGTCAG
genomic: TCGGACCGATGATGAGTTGTTGGAAATGGCAAAAAATTGGAAAATTGTTGgtatgctatg ... tgttatgcagGTGTTGATTTGATTAGTGGTGTCACATGCGATGCTCCATATGAATGGTCAG
EST: gi|218483317|gb|FG958109.1|FG958109
EST:     TCGGACCGATGATGAGTTGTTGGAAATGGCAAAAAATTGGAAAATTGTTG                         GTGTTGATTTGATTAGTGGTGTCACATGCGATGCTCCATATGAATGGTCAG
genomic: TCGGACCGATGATGAGTTGTTGGAAATGGCAAAAAATTGGAAAATTGTTGgtatgctatg ... tgttatgcagGTGTTGATTTGATTAGTGGTGTCACATGCGATGCTCCATATGAATGGTCAG