1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' |
GAACTCTCAGCTAAGACAAAGATTTTCTTCTCTACAGCAGTTGGTATTTGGGATGCTGACTTTTATGTGAAGGTTGATGATGATGTGCATGTGAACTTAGgtgggtatattttttttttcacgtgccgattggccttatgttgaaatctataataacccacttcatgtgacaacataacag
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os02g35870.1 |
intron # | 7 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: GGATGCTGACTTTTATGTGAAGGTTGATGATGATGTGCATGTGAACTTAG GAATGCTTGCCAEST: gi|163922994|gb|EG712767.1|EG712767
genomic: GGATGCTGACTTTTATGTGAAGGTTGATGATGATGTGCATGTGAACTTAGgtgggtatat ... aacataacagGAATGCTTGCCA
EST: GGATGCTGACTTTTATGTGAAGGTTGATGATGATGTGCATGTGAACTTAG GAATGCTTGCCACTACCCTTGCTCGGCATAAATCAAAACCAAGAACGTATAEST: gi|29682555|gb|CB678830.1|CB678830
genomic: GGATGCTGACTTTTATGTGAAGGTTGATGATGATGTGCATGTGAACTTAGgtgggtatat ... aacataacagGAATGCTTGCCACTACCCTTGCTCGGCATAAATCAAAACCAAGAACGTATA
EST: GGATGCTGACTTTTATGTGAAGGTTGATGATGATGTGCATGTGAACTTAG GAATGCTTGCCACTACCCTTGCTCGGCATAAATCAAAACCAAGAACGTATAEST: gi|58666808|gb|CK055494.1|CK055494
genomic: GGATGCTGACTTTTATGTGAAGGTTGATGATGATGTGCATGTGAACTTAGgtgggtatat ... aacataacagGAATGCTTGCCACTACCCTTGCTCGGCATAAATCAAAACCAAGAACGTATA
EST: GGATGCTGACTTTTATGTGAAGGTTGATGATGATGTGCATGTGAACTTAG GAATGCTTGCCACTACCCTTGCTCGGCATAAATCAAAACCAAGAACGTATA
genomic: GGATGCTGACTTTTATGTGAAGGTTGATGATGATGTGCATGTGAACTTAGgtgggtatat ... aacataacagGAATGCTTGCCACTACCCTTGCTCGGCATAAATCAAAACCAAGAACGTATA
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| GAACTCTCAGCTAAGACAAAGATTTTCTTCTCTACAGCAGTTGGTATTTGGGATGCTGACTTTTATGTGAAGGTTGATGATGATGTGCATGTGAACTTAGgtgggtatattttttttttcacgtgccgattggccttatgttgaaatctataataacccacttcatgtgacaacataacag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ATGCTG