Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TTTTAGCGACAAGGTTTATAAGAAGATAGGATCTTTAACTAACCTTACATTTCTAGACTTATGTGGGGCCCAGgtaactatttgtttttatttactttcaactatcaatttatttttaaatttttttgtaataatttaccaatctgtggtttccag

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os02g17990.1
intron # 7
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|29668215|gb|CB664490.1|CB664490
EST:     AGATAGGATCTTTAACTAACCTTACATTTCTAGACTTATGTGGGGCCCAG                         AATGTAACTGATGATGGCCTTTCATGTATATCAAGATGTGTATGTCTGACA
genomic: AGATAGGATCTTTAACTAACCTTACATTTCTAGACTTATGTGGGGCCCAGgtaactattt ... tggtttccagAATGTAACTGATGATGGCCTTTCATGTATATCAAGATGTGTATGTCTGACA
EST: gi|29668175|gb|CB664450.1|CB664450
EST:     AGATAGGATCTTTAACTAACCTTACATTTCTAGACTTATGTGGGGCCCAG                         AATGTAACTGATGATGGCCTTTCATGTATATCAAGATGTGTATGTCTGACA
genomic: AGATAGGATCTTTAACTAACCTTACATTTCTAGACTTATGTGGGGCCCAGgtaactattt ... tggtttccagAATGTAACTGATGATGGCCTTTCATGTATATCAAGATGTGTATGTCTGACA
EST: gi|88238513|gb|CI238362.1|CI238362
EST:     CTAGACTTATGTGGGGCCCAG                         AATGTAACTGATGATGGCCTTTCATGTATATCAAGATGTGTATGTCTGACA
genomic: CTAGACTTATGTGGGGCCCAGgtaactattt ... tggtttccagAATGTAACTGATGATGGCCTTTCATGTATATCAAGATGTGTATGTCTGACA
EST: gi|38479296|gb|CF963429.1|CF963429
EST:     AACTAACCTTACATTTCTAGACTTATGTGGGGCCCAG                         AATGTAACTGATGATGGCCTTTCATGTATATCAAGATGTGTATGTCTGACA
genomic: AACTAACCTTACATTTCTAGACTTATGTGGGGCCCAGgtaactattt ... tggtttccagAATGTAACTGATGATGGCCTTTCATGTATATCAAGATGTGTATGTCTGACA