1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' |
TAGTGATATTGGAATCACATTCAATGTTAAACCCAACATGAAGGCACTTGAAATTGCAGAGAAAGCCAGGGATGCCATTCTTAGTGGAAAGTTTGATCAGgtaggtaattgtttcgtcggtgctcagatgactgtttgcctatataaaatgttgcttaaaatttttattactcttttag
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os01g60190.1 |
intron # | 7 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: ATTCTTAGTGGAAANTTTGATCAG NTACGTGTCAACCTGCCGAATGGTGACATGGTTGGTCCACACTGGTGATATEST: gi|58596168|gb|CK006696.1|CK006696
genomic: ATTCTTAGTGGAAAGTTTGATCAGgtaggtaatt ... actcttttagGTACGTGTCAACCTGCCGAATGGTGACATGGTTGGT-CACACTGGTGATAT
EST: AAATTGCAGAGAAAGCCAGGGATGCCATTCTTAGTGGAAAGTTTGATCAG GTACGTGTCAACCTGCCGAATGGTGACATGGTTGGTCACACTGGTGATATTEST: gi|29679427|gb|CB675702.1|CB675702
genomic: AAATTGCAGAGAAAGCCAGGGATGCCATTCTTAGTGGAAAGTTTGATCAGgtaggtaatt ... actcttttagGTACGTGTCAACCTGCCGAATGGTGACATGGTTGGTCACACTGGTGATATT
EST: AAATTGCAGAGAAAGCCAGGGATGCCATTCTTAGTGGAAAGTTTGATCAG GTACGTGTCAACCTGCCGAATGGTGACATGGTTGGTCACACTGGTGATATTEST: gi|33806917|gb|CF329340.1|CF329340
genomic: AAATTGCAGAGAAAGCCAGGGATGCCATTCTTAGTGGAAAGTTTGATCAGgtaggtaatt ... actcttttagGTACGTGTCAACCTGCCGAATGGTGACATGGTTGGTCACACTGGTGATATT
EST: AAATTGCAGAGAAAGCCAGGGATGCCATTCTTAGTGGAAAGTTTGATCAG GTACGTGTCAACCTGCCGAATGGTGACATGGTTGGTCACACTGGTGATATTEST: gi|163921118|gb|EG710144.1|EG710144
genomic: AAATTGCAGAGAAAGCCAGGGATGCCATTCTTAGTGGAAAGTTTGATCAGgtaggtaatt ... actcttttagGTACGTGTCAACCTGCCGAATGGTGACATGGTTGGTCACACTGGTGATATT
EST: AAATTGCAGAGAAAGCCAGGGATGCCATTCTTAGTGGAAAGTTTGATCAG GTACGTGTCAACCTGCCGAATGGTGACATGGTTGGTCACACTGGTGATATTEST: gi|29658401|gb|CB654676.1|CB654676
genomic: AAATTGCAGAGAAAGCCAGGGATGCCATTCTTAGTGGAAAGTTTGATCAGgtaggtaatt ... actcttttagGTACGTGTCAACCTGCCGAATGGTGACATGGTTGGTCACACTGGTGATATT
EST: AAATTGCAGAGAAAGCCAGGGATGCCATTCTTAGTGGAAAGTTTGATCAG GTACGTGTCAACCTGCCGAATGGTGACATGGTTGGTCACACTGGTGATATTEST: gi|3760295|gb|C97551.1|C97551
genomic: AAATTGCAGAGAAAGCCAGGGATGCCATTCTTAGTGGAAAGTTTGATCAGgtaggtaatt ... actcttttagGTACGTGTCAACCTGCCGAATGGTGACATGGTTGGTCACACTGGTGATATT
EST: AAATTGCAGAGAAAGCCAGGGATGCCATTCTTAGTGGAAAGTTTGATCAG GTACGTGTCAACCTGCCGAATGGTGACATGGTTGGTCACACTGGTGATATTEST: gi|29677148|gb|CB673423.1|CB673423
genomic: AAATTGCAGAGAAAGCCAGGGATGCCATTCTTAGTGGAAAGTTTGATCAGgtaggtaatt ... actcttttagGTACGTGTCAACCTGCCGAATGGTGACATGGTTGGTCACACTGGTGATATT
EST: AAATTGCAGAGAAAGCCAGGGATGCCATTCTTAGTGGAAAGTTTGATCAG GTACGTGTCAACCTGCCGAATGGTGACATGGTTGGTCACACTGGTGATATTEST: gi|38479186|gb|CF963319.1|CF963319
genomic: AAATTGCAGAGAAAGCCAGGGATGCCATTCTTAGTGGAAAGTTTGATCAGgtaggtaatt ... actcttttagGTACGTGTCAACCTGCCGAATGGTGACATGGTTGGTCACACTGGTGATATT
EST: AAATTGCAGAGAAAGCCAGGGATGCCATTCTTAGTGGAAAGTTTGATCAG GTACGTGTCAACCTGCCGAATGGTGACATGGTTGGTCACACTGGTGATATTEST: gi|33678746|gb|CF306985.1|CF306985
genomic: AAATTGCAGAGAAAGCCAGGGATGCCATTCTTAGTGGAAAGTTTGATCAGgtaggtaatt ... actcttttagGTACGTGTCAACCTGCCGAATGGTGACATGGTTGGTCACACTGGTGATATT
EST: AAATTGCAGAGAAAGCCAGGGATGCCATTCTTAGTGGAAAGTTTGATCAG GTACGTGTCAACCTGCCGAATGGTGACATGGTTGGTCACACTGGTGATATTEST: gi|33679927|gb|CF308166.1|CF308166
genomic: AAATTGCAGAGAAAGCCAGGGATGCCATTCTTAGTGGAAAGTTTGATCAGgtaggtaatt ... actcttttagGTACGTGTCAACCTGCCGAATGGTGACATGGTTGGTCACACTGGTGATATT
EST: AAATTGCAGAGAAAGCCAGGGATGCCATTCTTAGTGGAAAGTTTGATCAG GTACGTGTCAACCTGCCGAATGGTGACATGGTTGGTCACACTGGTGATATTEST: gi|3766835|gb|AU030945.1|AU030945
genomic: AAATTGCAGAGAAAGCCAGGGATGCCATTCTTAGTGGAAAGTTTGATCAGgtaggtaatt ... actcttttagGTACGTGTCAACCTGCCGAATGGTGACATGGTTGGTCACACTGGTGATATT
EST: AATTGCAGAGAAAAGCCAGGGATGCCATTCTTAGTGGAAAGTTTNANCAG GTACCGTGTCAACCTGCCG-ATGGTGACATGGTTGGTCACACTGNTGATATEST: gi|29614143|gb|CB619156.1|CB619156
genomic: AATTGCAGAG-AAAGCCAGGGATGCCATTCTTAGTGGAAAGTTTGATCAGgtaggtaatt ... actcttttagGTA-CGTGTCAACCTGCCGAATGGTGACATGGTTGGTCACACTGGTGATAT
EST: AAATTGCAGAGAAAGCCAGGGATGCCATTCTTAGTGGAAAGTTTGATCAG GTACGTGTCAACCTGCCGAATGGTGACATGGTTGGTCACACTGGTGATATTEST: gi|29679469|gb|CB675744.1|CB675744
genomic: AAATTGCAGAGAAAGCCAGGGATGCCATTCTTAGTGGAAAGTTTGATCAGgtaggtaatt ... actcttttagGTACGTGTCAACCTGCCGAATGGTGACATGGTTGGTCACACTGGTGATATT
EST: AAATTGCAGAGAAAGCCAGGGATGCCATTCTTAGTGGAAAGTTTGATCAG GTACGTGTCAACCTGCCGAATGGTGACATGGTTGGTCACACTGGTGATATTEST: gi|29636842|gb|CB641851.1|CB641851
genomic: AAATTGCAGAGAAAGCCAGGGATGCCATTCTTAGTGGAAAGTTTGATCAGgtaggtaatt ... actcttttagGTACGTGTCAACCTGCCGAATGGTGACATGGTTGGTCACACTGGTGATATT
EST: AAATTGCAGAGAAAGCCAGGGATGCCATTCTTAGTGGAAAGTTTGATCAG GTACGTGTCAACCTGCCGAATGGTGACATGGTTGGTCACACTGGTGATATTEST: gi|29670487|gb|CB666762.1|CB666762
genomic: AAATTGCAGAGAAAGCCAGGGATGCCATTCTTAGTGGAAAGTTTGATCAGgtaggtaatt ... actcttttagGTACGTGTCAACCTGCCGAATGGTGACATGGTTGGTCACACTGGTGATATT
EST: AAATTGCAGAGAAAGCCAGGGATGCCATTCTTAGTGGAAAGTTTGATCAG GTACGTGTCAACCTGCCGAATGGTGACATGGTTGGTCACACTGGTGATATTEST: gi|58592702|gb|CF991010.1|CF991010
genomic: AAATTGCAGAGAAAGCCAGGGATGCCATTCTTAGTGGAAAGTTTGATCAGgtaggtaatt ... actcttttagGTACGTGTCAACCTGCCGAATGGTGACATGGTTGGTCACACTGGTGATATT
EST: AAATTGCAGAGAAAGCCAGGGATGCCATTCTTAGTGGAAAGTTTGATCAG GTACGTGTCAACCTGCCGAATGGTGACATGGTTGGTCACACTGGTGATATTEST: gi|29687456|gb|CB683731.1|CB683731
genomic: AAATTGCAGAGAAAGCCAGGGATGCCATTCTTAGTGGAAAGTTTGATCAGgtaggtaatt ... actcttttagGTACGTGTCAACCTGCCGAATGGTGACATGGTTGGTCACACTGGTGATATT
EST: AAATTGCAGAGAAAGCCAGGGATGCCATTCTTAGTGGAAAGTTTGATCAG GTACGTGTCAACCTGCCGAATGGTGACATGGTTGGTCACACTGGTGATATTEST: gi|87029588|gb|CI257383.1|CI257383
genomic: AAATTGCAGAGAAAGCCAGGGATGCCATTCTTAGTGGAAAGTTTGATCAGgtaggtaatt ... actcttttagGTACGTGTCAACCTGCCGAATGGTGACATGGTTGGTCACACTGGTGATATT
EST: TTCTTAGTGGAAAGTTTGATCAG GTACGTGTCAACCTGCCGAATGGTGACATGGTTGGTCACACTGGTGATATTEST: gi|29616025|gb|CB621037.1|CB621037
genomic: TTCTTAGTGGAAAGTTTGATCAGgtaggtaatt ... actcttttagGTACGTGTCAACCTGCCGAATGGTGACATGGTTGGTCACACTGGTGATATT
EST: AAATTGCAGAGAAAGCCAGGGATGCCATTCTTAGTGGAAAGTTTGATCAG GTACGTGTCAACCTGCCGAATGGTGACATGGTTGGTCACACTGGTGATATTEST: gi|29687056|gb|CB683331.1|CB683331
genomic: AAATTGCAGAGAAAGCCAGGGATGCCATTCTTAGTGGAAAGTTTGATCAGgtaggtaatt ... actcttttagGTACGTGTCAACCTGCCGAATGGTGACATGGTTGGTCACACTGGTGATATT
EST: AAATTGCAGAGAAAGCCAGGGATGCCATTCTTAGTGGAAAGTTTGATCAG GTACGTGTCAACCTGCCGAATGGTGACATGGTTGGTCACACTGGTGATATTEST: gi|29687803|gb|CB684078.1|CB684078
genomic: AAATTGCAGAGAAAGCCAGGGATGCCATTCTTAGTGGAAAGTTTGATCAGgtaggtaatt ... actcttttagGTACGTGTCAACCTGCCGAATGGTGACATGGTTGGTCACACTGGTGATATT
EST: AAATTGCAGAGAAAGCCAGGGATGCCATTCTTAGTGGAAAGTTTGATCAG GTACGTGTCAACCTGCCGAATGGTGACATGGTTGGTCACACTGGTGATATTEST: gi|86834084|gb|CI340223.1|CI340223
genomic: AAATTGCAGAGAAAGCCAGGGATGCCATTCTTAGTGGAAAGTTTGATCAGgtaggtaatt ... actcttttagGTACGTGTCAACCTGCCGAATGGTGACATGGTTGGTCACACTGGTGATATT
EST: CTTAGTGGAAAGTTTGATCA- GTACGTGTCAACCTGCCGAATGGTGACATGGTTGGTCACACTGGTGATATTEST: gi|27577152|gb|CA999846.1|CA999846
genomic: CTTAGTGGAAAGTTTGATCAGgtaggtaatt ... actcttttagGTACGTGTCAACCTGCCGAATGGTGACATGGTTGGTCACACTGGTGATATT
EST: AAATTGCAGAGAAAGCCAGGGATGCCATTCTTAGTGGAAAGTTTGATCAG GTACGTGTCAACCTGCCGAATGGTGACATGGTTGGTCACACTGGTGATATT
genomic: AAATTGCAGAGAAAGCCAGGGATGCCATTCTTAGTGGAAAGTTTGATCAGgtaggtaatt ... actcttttagGTACGTGTCAACCTGCCGAATGGTGACATGGTTGGTCACACTGGTGATATT
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| TAGTGATATTGGAATCACATTCAATGTTAAACCCAACATGAAGGCACTTGAAATTGCAGAGAAAGCCAGGGATGCCATTCTTAGTGGAAAGTTTGATCAGgtaggtaattgtttcgtcggtgctcagatgactgtttgcctatataaaatgttgcttaaaatttttattactcttttag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGTGGA