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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TTCTCCACCAGAAATAGATGACCAAAAGGAATCCTTGGTCAGTGAGTTTTCCCCAGCACAATATGCAGCATCTCCTTTAATAAAGAATTCTCTCTCAGTGgtaagctaaatcctgcaataccctcttagttatctcatgaggcttgaattaataaaacatttcgaaattgaattaag

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os01g16170.1
intron # 7
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|88595210|gb|CI714031.1|CI714031
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EST: gi|29664315|gb|CB660590.1|CB660590
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EST: gi|88674780|gb|CI728893.1|CI728893
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EST: gi|88677213|gb|CI729871.1|CI729871
EST:     CCCCAGCACAATATGCAGCATCTCCTTTAATAAAGAATTCTCTCTCAGTG                         GTACCATGGATGTCCCTTCTCTTGGGTATGAGTGTTTTGCATTTTTTAGTT
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EST: gi|88668219|gb|CI722958.1|CI722958
EST:     CCCCAGCACAATATGCAGCATCTCCTTTAATAAAGAATTCTCTCTCAGTG                         GTACCATGGATGTCCCTTCTCTTGGGTATGAGTGTTTTGCATTTTTTAGTT
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EST: gi|88593848|gb|CI713802.1|CI713802
EST:     CCCCAGCACAATATGCAGCATCTCCTTTAATAAAGAATTCTCTCTCAGTG                         GTACCATGGATGTCCCTTCTCTTGGGTATGAGTGTTTTGCATTTTTTAGTT
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EST:     CCCCAGCANAATATGCAGCATCTCCTTTAATAAAGAATTCTCTCTCAGTG                         GTACCATGGATGTCCCTTCTCTTGGGTATGAGTGTTTCGCATTTTCTAGTT
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EST: gi|29663859|gb|CB660134.1|CB660134
EST:     CCCCAGCACAATATGCAGCATCTCCTTTAATAAAGAATTCTCTCTCAGTG                         GTACCATGGATGTCCCTTCTCTTGGGTATGAGTGTTTTGCATTTTTTAGTT
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EST: gi|88670830|gb|CI724946.1|CI724946
EST:     CCCCAGCACAATATGCAGCATCTCCTTTAATAAAGAATTCTCTCTCAGTG                         GTACCATGGATGTCCCTTCTCTTGGGTATGAGTGTNTTGCATTTTTTAGTT
genomic: CCCCAGCACAATATGCAGCATCTCCTTTAATAAAGAATTCTCTCTCAGTGgtaagctaaa ... ttgaattaagGTACCATGGATGTCCCTTCTCTTGGGTATGAGTGTTTTGCATTTTTTAGTT
EST: gi|88675532|gb|CI729645.1|CI729645
EST:     CCCCAGCACAATATGCAGCATCTCCTTTAATAAAGAATTCTCTCTCAGTG                         GTACCATGGATGTCCCTTCTCTTGGGTATGAGTGTTTTGCATTTTTTAGTT
genomic: CCCCAGCACAATATGCAGCATCTCCTTTAATAAAGAATTCTCTCTCAGTGgtaagctaaa ... ttgaattaagGTACCATGGATGTCCCTTCTCTTGGGTATGAGTGTTTTGCATTTTTTAGTT
EST: gi|29678251|gb|CB674526.1|CB674526
EST:     CCCCAGCACAATATGCAGCATCTCCTTTAATAAAGA-TTCTCTCTCAATG                         GTACCATGGATGT
genomic: CCCCAGCACAATATGCAGCATCTCCTTTAATAAAGAATTCTCTCTCAGTGgtaagctaaa ... ttgaattaagGTACCATGGATGT

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
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TTCTCCACCAGAAATAGATGACCAAAAGGAATCCTTGGTCAGTGAGTTTTCCCCAGCACAATATGCAGCATCTCCTTTAATAAAGAATTCTCTCTCAGTGgtaagctaaatcctgcaataccctcttagttatctcatgaggcttgaattaataaaacatttcgaaattgaattaag

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