1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' |
CCGTGCTGGAAAGAAGGGTAAGGCAATTGTTATGCACAGCTATCAACAAAGTAGAGCTATCAGGATGGTTGAGAATGATGTTGGCTGCAAATTTACAGAGgtaagacttgattgtatgcaaatgcaaagctgagagccaatgtatcttagcatatacagctttctatgcaagttaattttcaaaccatttctcatacatgattctaaaagagctatccaatttgatccag
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os12g41715.1 |
intron # | 6 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: GTAGAGCTATCAGGATGGTTGAGAATGATGTTGGCTGCAAATTTACAGAG AEST: gi|218488357|gb|FG945108.1|FG945108
genomic: GTAGAGCTATCAGGATGGTTGAGAATGATGTTGGCTGCAAATTTACAGAGgtaagacttg ... tttgatccag-
EST: GTAGAGCTATCAGGATGGTTGAGAATGATGTTGGCTGCAAATTTACAGAG AEST: gi|218491741|gb|FG944875.1|FG944875
genomic: GTAGAGCTATCAGGATGGTTGAGAATGATGTTGGCTGCAAATTTACAGAGgtaagacttg ... tttgatccag-
EST: GTAGAGCTATCAGGATGGTTGAGAATGATGTTGGCTGCAAATTTACAGAG CTTCCAAAGATTAATGTTGAAGGTTCTGACTTGATGAGTGGTGGCTTTGATEST: gi|218479752|gb|FG960093.1|FG960093
genomic: GTAGAGCTATCAGGATGGTTGAGAATGATGTTGGCTGCAAATTTACAGAGgtaagacttg ... tttgatccagCTTCCAAAGATTAATGTTGAAGGTTCTGACTTGATGAGTGGTGGCTTTGAT
EST: TAGAGCTATCAGGATGGTTGAGAATGATGTTGGCTGCAAATT-ACCAGAG CTTCCCAAGATTAATGTT
genomic: TAGAGCTATCAGGATGGTTGAGAATGATGTTGGCTGCAAATTTAC-AGAGgtaagacttg ... tttgatccagCTTCCAAAGATTAATGTT
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| CCGTGCTGGAAAGAAGGGTAAGGCAATTGTTATGCACAGCTATCAACAAAGTAGAGCTATCAGGATGGTTGAGAATGATGTTGGCTGCAAATTTACAGAGgtaagacttgattgtatgcaaatgcaaagctgagagccaatgtatcttagcatatacagctttctatgcaagttaattttcaaaccatttctcatacatgattctaaaagagctatccaatttgatccag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGATG