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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

ACCAGTAATCACCATTGGAGCACTATCAAAGAAATTCATGCTGCCAGGATGGCGACTTGGTTGGTTGGCCTTCTGTGACCCCAATGGTGCACTCAAGCATgtaaggcagtaaactcttttcatgtttttaaattcttgtttgtatgaaaaattcacatttacatattcataattctgttcttcaaaaggtcag

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os11g42510.2
intron # 6
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os11g42510.2 (Oryza sativa), 5'ss of exon 6
lower sequence: GRMZM2G006480_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 4
ACCAGTAATCACCATTGGAGCACTATCAAAGAAATTCATGCTGCCAGGATGGCGACTTGGTTGGTTGGCCTTCTGTGACCCCAATGGTGCACTCAAGCATgtaaggca-gtaaactcttttcatgtttttaaattcttgtttgtatgaaaaattcacatttacatattcataattctgttcttcaaaaggtcag
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GCCGGTCGTCAGCATCGGAGCTCTGTCCAAGAGGTTCATGCTGCCAGGATGGCGTCTCGGTTGGCTGGCCTTCTGTGATCCCAACGGCGCGCTCAAGCATgtaagccacgccacttcttgccatgtctccacattcctctctgcatgcaca-ttcagacgcgcgtctcatggtttcggatcttcgaaag-----
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|29668799|gb|CB665074.1|CB665074
EST:     GGCGACTTGGTTGGTTGGCCTTCTGTGACCCCAATGGTGCACTCAAGCATGT                        
genomic: GGCGACTTGGTTGGTTGGCCTTCTGTGACCCCAATGGTGCACTCAAGCA--Tgtaaggcagt ... aaaaggtca
EST: gi|29668799|gb|CB665074.1|CB665074
EST:     GGCGACTTGGTTGGTTGGCCTTCTGTGACCCCAATGGTGCACTCAAGCATGT                        
genomic: GGCGACTTGGTTGGTTGGCCTTCTGTGACCCCAATGGTGCACTCAAGCA--Tgtaaggcagt ... aaaaggtca
EST: gi|29668799|gb|CB665074.1|CB665074
EST:     GGCGACTTGGTTGGTTGGCCTTCTGTGACCCCAATGGTGCACTCAAGCATGT                        
genomic: GGCGACTTGGTTGGTTGGCCTTCTGTGACCCCAATGGTGCACTCAAGCA--Tgtaaggcagt ... aaaaggtca
EST: gi|29668799|gb|CB665074.1|CB665074
EST:     GGCGACTTGGTTGGTTGGCCTTCTGTGACCCCAATGGTGCACTCAAGCATGT                        
genomic: GGCGACTTGGTTGGTTGGCCTTCTGTGACCCCAATGGTGCACTCAAGCA--Tgtaaggcagt ... aaaaggtca
EST: gi|29636664|gb|CB641673.1|CB641673
EST:     GGCGACTTGGTTGGTTGGCCTTCTGTGACCCCAATGGTGCACTCAAGCATGT                        
genomic: GGCGACTTGGTTGGTTGGCCTTCTGTGACCCCAATGGTGCACTCAAGCA--Tgtaaggcagt ... aaaaggtca
EST: gi|29636664|gb|CB641673.1|CB641673
EST:     GGCGACTTGGTTGGTTGGCCTTCTGTGACCCCAATGGTGCACTCAAGCATGT                        
genomic: GGCGACTTGGTTGGTTGGCCTTCTGTGACCCCAATGGTGCACTCAAGCA--Tgtaaggcagt ... aaaaggtca
EST: gi|29636664|gb|CB641673.1|CB641673
EST:     GGCGACTTGGTTGGTTGGCCTTCTGTGACCCCAATGGTGCACTCAAGCATGT                        
genomic: GGCGACTTGGTTGGTTGGCCTTCTGTGACCCCAATGGTGCACTCAAGCA--Tgtaaggcagt ... aaaaggtca
EST: gi|29636664|gb|CB641673.1|CB641673
EST:     GGCGACTTGGTTGGTTGGCCTTCTGTGACCCCAATGGTGCACTCAAGCATGT                        
genomic: GGCGACTTGGTTGGTTGGCCTTCTGTGACCCCAATGGTGCACTCAAGCA--Tgtaaggcagt ... aaaaggtca
EST: gi|29636535|gb|CB641544.1|CB641544
EST:     GGCGACTTGGTTGGTTGGCCTTCTGTGACCCCAATGGTGCACTCAAGCATGT                        
genomic: GGCGACTTGGTTGGTTGGCCTTCTGTGACCCCAATGGTGCACTCAAGCA--Tgtaaggcagt ... aaaaggtca
EST: gi|29636535|gb|CB641544.1|CB641544
EST:     GGCGACTTGGTTGGTTGGCCTTCTGTGACCCCAATGGTGCACTCAAGCATGT                        
genomic: GGCGACTTGGTTGGTTGGCCTTCTGTGACCCCAATGGTGCACTCAAGCA--Tgtaaggcagt ... aaaaggtca
EST: gi|29636535|gb|CB641544.1|CB641544
EST:     GGCGACTTGGTTGGTTGGCCTTCTGTGACCCCAATGGTGCACTCAAGCATGT                        
genomic: GGCGACTTGGTTGGTTGGCCTTCTGTGACCCCAATGGTGCACTCAAGCA--Tgtaaggcagt ... aaaaggtca
EST: gi|29636535|gb|CB641544.1|CB641544
EST:     GGCGACTTGGTTGGTTGGCCTTCTGTGACCCCAATGGTGCACTCAAGCATGT                        
genomic: GGCGACTTGGTTGGTTGGCCTTCTGTGACCCCAATGGTGCACTCAAGCA--Tgtaaggcagt ... aaaaggtca
EST: gi|29614602|gb|CB619615.1|CB619615
EST:     GGCGACTTGGTTGGTTGGCCTTCTGTGACCCCAATGGTGCACTCAAGCATGT                        
genomic: GGCGACTTGGTTGGTTGGCCTTCTGTGACCCCAATGGTGCACTCAAGCA--Tgtaaggcagt ... aaaaggtca
EST: gi|29614602|gb|CB619615.1|CB619615
EST:     GGCGACTTGGTTGGTTGGCCTTCTGTGACCCCAATGGTGCACTCAAGCATGT                        
genomic: GGCGACTTGGTTGGTTGGCCTTCTGTGACCCCAATGGTGCACTCAAGCA--Tgtaaggcagt ... aaaaggtca
EST: gi|29614602|gb|CB619615.1|CB619615
EST:     GGCGACTTGGTTGGTTGGCCTTCTGTGACCCCAATGGTGCACTCAAGCATGT                        
genomic: GGCGACTTGGTTGGTTGGCCTTCTGTGACCCCAATGGTGCACTCAAGCA--Tgtaaggcagt ... aaaaggtca
EST: gi|29614602|gb|CB619615.1|CB619615
EST:     GGCGACTTGGTTGGTTGGCCTTCTGTGACCCCAATGGTGCACTCAAGCATGT                        
genomic: GGCGACTTGGTTGGTTGGCCTTCTGTGACCCCAATGGTGCACTCAAGCA--Tgtaaggcagt ... aaaaggtca
EST: gi|29673666|gb|CB669941.1|CB669941
EST:     GGCGACTTGGTTGGTTGGCCTTCTGTGACCCCAATGGTGCACTCAAGCAT                         AAATGCAACAGAAATGCTACTGAATGTGACTTCAGGCCCTGCCTCCATAGT
genomic: GGCGACTTGGTTGGTTGGCCTTCTGTGACCCCAATGGTGCACTCAAGCATgtaaggcagt ... aaaaggtcagAAATGCAACAGAAATGCTACTGAATGTGACTTCAGGCCCTGCCTCCATAGT
EST: gi|29636663|gb|CB641672.1|CB641672
EST:     GGCGACTTGGTTGGTTGGCCTTCTGTGACCCCAATGGTGCACTCAAGCATGT                        
genomic: GGCGACTTGGTTGGTTGGCCTTCTGTGACCCCAATGGTGCACTCAAGCA--Tgtaaggcagt ... aaaaggtca
EST: gi|29636663|gb|CB641672.1|CB641672
EST:     GGCGACTTGGTTGGTTGGCCTTCTGTGACCCCAATGGTGCACTCAAGCATGT                        
genomic: GGCGACTTGGTTGGTTGGCCTTCTGTGACCCCAATGGTGCACTCAAGCA--Tgtaaggcagt ... aaaaggtca
EST: gi|29636663|gb|CB641672.1|CB641672
EST:     GGCGACTTGGTTGGTTGGCCTTCTGTGACCCCAATGGTGCACTCAAGCATGT                        
genomic: GGCGACTTGGTTGGTTGGCCTTCTGTGACCCCAATGGTGCACTCAAGCA--Tgtaaggcagt ... aaaaggtca
EST: gi|29636663|gb|CB641672.1|CB641672
EST:     GGCGACTTGGTTGGTTGGCCTTCTGTGACCCCAATGGTGCACTCAAGCATGT                        
genomic: GGCGACTTGGTTGGTTGGCCTTCTGTGACCCCAATGGTGCACTCAAGCA--Tgtaaggcagt ... aaaaggtca
EST: gi|29670359|gb|CB666634.1|CB666634
EST:     GGCGACTTGGTTGGTTGGCCTTCTGTGACCCCAATGGTGCACTCAAGCATGT                        
genomic: GGCGACTTGGTTGGTTGGCCTTCTGTGACCCCAATGGTGCACTCAAGCA--Tgtaaggcagt ... aaaaggtca
EST: gi|29670359|gb|CB666634.1|CB666634
EST:     GGCGACTTGGTTGGTTGGCCTTCTGTGACCCCAATGGTGCACTCAAGCATGT                        
genomic: GGCGACTTGGTTGGTTGGCCTTCTGTGACCCCAATGGTGCACTCAAGCA--Tgtaaggcagt ... aaaaggtca
EST: gi|29670359|gb|CB666634.1|CB666634
EST:     GGCGACTTGGTTGGTTGGCCTTCTGTGACCCCAATGGTGCACTCAAGCATGT                        
genomic: GGCGACTTGGTTGGTTGGCCTTCTGTGACCCCAATGGTGCACTCAAGCA--Tgtaaggcagt ... aaaaggtca
EST: gi|29670359|gb|CB666634.1|CB666634
EST:     GGCGACTTGGTTGGTTGGCCTTCTGTGACCCCAATGGTGCACTCAAGCATGT                        
genomic: GGCGACTTGGTTGGTTGGCCTTCTGTGACCCCAATGGTGCACTCAAGCA--Tgtaaggcagt ... aaaaggtca