1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' |
CTAATGGCCTTGTTGCTATTGAGGCATGCTTTGTCTATCTCAGACAATGAAGGAGATGATGATGCTTCTACCATGTTCTCGgttagtcttgtgttccttccccactttttttatcttattggttctttctgagctcaatgttgacttaaaaatctttttttacatgacttaaaatctattaatgttcttcaatgtccaacag
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os11g38800.1 |
intron # | 6 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: TGTCTATCTCAGACAATGAAGGAGATGATGATGCTTCTACCATGTTCTCG CTCTTTCTACTTCGAGCTGCTGGATTTCTGCTGCCATGCTATATCATGGCTEST: gi|86906408|gb|CI294531.1|CI294531
genomic: TGTCTATCTCAGACAATGAAGGAGATGATGATGCTTCTACCATGTTCTCGgttagtcttg ... tgtccaacagCTCTTTCTACTTCGAGCTGCTGGATTTCTGCTGCCATGCTATATCATGGCT
EST: TGTCTATCTCAGACAATGAAGGAGATGATGATGCTTCTACCATGTTCTCG CTCTTTCTACTTCGAGCTGCTGGATTTCTGCTGCCATGCTATATCAEST: gi|87033485|gb|CI188109.1|CI188109
genomic: TGTCTATCTCAGACAATGAAGGAGATGATGATGCTTCTACCATGTTCTCGgttagtcttg ... tgtccaacagCTCTTTCTACTTCGAGCTGCTGGATTTCTGCTGCCATGCTATATCA
EST: CAGACAATGAAGGAGATGATGATGCTTCGACCATGTTCTCG CTCTTTCTACTTCGAGCTGCTGGATTTCTGCTGCCATGCTATATCATGGCTEST: gi|300215663|gb|HO088289.1|HO088289
genomic: CAGACAATGAAGGAGATGATGATGCTTCTACCATGTTCTCGgttagtcttg ... tgtccaacagCTCTTTCTACTTCGAGCTGCTGGATTTCTGCTGCCATGCTATATCATGGCT
EST: TGTCTATCTCAGACAATGAAGGAGATGATGATGCTTCTACCATGTTCTCG CTCTTTCTACTTCGAGCTGCTGGATTTCTGCTGCCATGCTATATCATGGEST: gi|300216176|gb|HO087961.1|HO087961
genomic: TGTCTATCTCAGACAATGAAGGAGATGATGATGCTTCTACCATGTTCTCGgttagtcttg ... tgtccaacagCTCTTTCTACTTCGAGCTGCTGGATTTCTGCTGCCATGCTATATCATGG
EST: TGTCTATCTCAGACAATGAAGGAGATGATGATGCTTCTACCATGTTCTCG CTCTTTCTACTTCGAGCTGCTGGATTTCTGCTGCCATGCTATATCATGGCT
genomic: TGTCTATCTCAGACAATGAAGGAGATGATGATGCTTCTACCATGTTCTCGgttagtcttg ... tgtccaacagCTCTTTCTACTTCGAGCTGCTGGATTTCTGCTGCCATGCTATATCATGGCT
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| CTAATGGCCTTGTTGCTATTGAGGCATGCTTTGTCTATCTCAGACAATGAAGGAGATGATGATGCTTCTACCATGTTCTCGgttagtcttgtgttccttccccactttttttatcttattggttctttctgagctcaatgttgacttaaaaatctttttttacatgacttaaaatctattaatgttcttcaatgtccaacag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGATG