1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' |
GTTGTCTACACGGATGTTGCTCTGGACCCTTATTCATCTGATGGTCATGATGGCATTGTCAGGGAAGATGgtaaggaaaatggtcaccttttgaccttgcactgcttttagagcgagaaacatatggcatgtttttatccactgcttgtgttttgatgatagcatgggga...
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os06g49110.3 |
intron # | 6 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: TCTGGACCCTTATTCATCTGATGGTCATGATGGCATTGTCAGGGAAGATG GAGTAATTATGAATGATGAAACAGTTTATCAACTGTGCAAGCAGGCTGTTTEST: gi|29616370|gb|CB621382.1|CB621382
genomic: TCTGGACCCTTATTCATCTGATGGTCATGATGGCATTGTCAGGGAAGATGgtaaggaaaa ... ctcgtaccagGAGTAATTATGAATGATGAAACAGTTTATCAACTGTGCAAGCAGGCTGTTT
EST: TCTGGACCCTTATTCATCTGATGGTCATGATGGCATTGTCAGGGAAGATG GAGTAATTATGAATGATGAAACAGTTTATCAACTGTGCAAGCAGGCTGTTTEST: gi|29619108|gb|CB624120.1|CB624120
genomic: TCTGGACCCTTATTCATCTGATGGTCATGATGGCATTGTCAGGGAAGATGgtaaggaaaa ... ctcgtaccagGAGTAATTATGAATGATGAAACAGTTTATCAACTGTGCAAGCAGGCTGTTT
EST: TCTGGACCCTTATTCATCTGATGGTCATGATGGCATTGTCAGGGAAGATG GAGTAATTATGAATGATGAAACAGTTTATCAACTGTGCAAGCAGGCTGTTTEST: gi|29619412|gb|CB624424.1|CB624424
genomic: TCTGGACCCTTATTCATCTGATGGTCATGATGGCATTGTCAGGGAAGATGgtaaggaaaa ... ctcgtaccagGAGTAATTATGAATGATGAAACAGTTTATCAACTGTGCAAGCAGGCTGTTT
EST: GATGGTCATGATGGCATTGTCAGGGAAGATG GAGTAATTATGAATGATGAAACAGTTTATCAACTGTGCAAGCAGGCTGTTTEST: gi|29624058|gb|CB629069.1|CB629069
genomic: GATGGTCATGATGGCATTGTCAGGGAAGATGgtaaggaaaa ... ctcgtaccagGAGTAATTATGAATGATGAAACAGTTTATCAACTGTGCAAGCAGGCTGTTT
EST: TCTGGACCCTTATTCATCTGATGGTCATGATGGCATTGTCAGGGAAGATG GAGTAATTATGAATGATGAAACAGTTTATCAACTGTGCAAGCAGGCTGTTTEST: gi|29666981|gb|CB663256.1|CB663256
genomic: TCTGGACCCTTATTCATCTGATGGTCATGATGGCATTGTCAGGGAAGATGgtaaggaaaa ... ctcgtaccagGAGTAATTATGAATGATGAAACAGTTTATCAACTGTGCAAGCAGGCTGTTT
EST: TCTGGACCCTTATTCATCTGATGGTCATGATGGCATTGTCAGGGAAGATG GAGTAATTATGAATGATGAAACAGTTTATCAACTGTGCAAGCAGGCTGTTTEST: gi|29660427|gb|CB656702.1|CB656702
genomic: TCTGGACCCTTATTCATCTGATGGTCATGATGGCATTGTCAGGGAAGATGgtaaggaaaa ... ctcgtaccagGAGTAATTATGAATGATGAAACAGTTTATCAACTGTGCAAGCAGGCTGTTT
EST: TCTGGACCCTTATTCATCTGATGGTCATGATGGCATTGTCAGGGAAGATG GAGTAATTATGAATGATGAAACAGTTTATCAACTGTGCAAGCAGGCTGTTTEST: gi|29624057|gb|CB629068.1|CB629068
genomic: TCTGGACCCTTATTCATCTGATGGTCATGATGGCATTGTCAGGGAAGATGgtaaggaaaa ... ctcgtaccagGAGTAATTATGAATGATGAAACAGTTTATCAACTGTGCAAGCAGGCTGTTT
EST: CAGGGAAGATG GAGTAATTATGAATGATGAAACAGTTTATCAACTGTGCAAGCAGGCTGTTTEST: gi|29617546|gb|CB622558.1|CB622558
genomic: CAGGGAAGATGgtaaggaaaa ... ctcgtaccagGAGTAATTATGAATGATGAAACAGTTTATCAACTGTGCAAGCAGGCTGTTT
EST: TCTGGACCCTTATTCATCTGATGGTCATGATGGCATTGTCAGGGAAGATG GAGTAATTATGAATGATGAAACAGTTTATCAACTGTGCAAGCAGGCTGTTTEST: gi|29621569|gb|CB626580.1|CB626580
genomic: TCTGGACCCTTATTCATCTGATGGTCATGATGGCATTGTCAGGGAAGATGgtaaggaaaa ... ctcgtaccagGAGTAATTATGAATGATGAAACAGTTTATCAACTGTGCAAGCAGGCTGTTT
EST: TCTGGACCCTTATTCATCTGATGGTCATGATGGCATTGTCAGGGAAGATG GAGTAATTATGAATGATGAAACAGTTTATCAACTGTGCAAGCAGGCTGTTTEST: gi|29673911|gb|CB670186.1|CB670186
genomic: TCTGGACCCTTATTCATCTGATGGTCATGATGGCATTGTCAGGGAAGATGgtaaggaaaa ... ctcgtaccagGAGTAATTATGAATGATGAAACAGTTTATCAACTGTGCAAGCAGGCTGTTT
EST: TCTGGACCCTTATTCATCTGATGGTCATGATGGCATTGTCAGGGAAGATG GAGTAATTATGAATGATGAAACAGTTTATCAACTGTGCAAGCAGGCTGTTTEST: gi|29641824|gb|CB646831.1|CB646831
genomic: TCTGGACCCTTATTCATCTGATGGTCATGATGGCATTGTCAGGGAAGATGgtaaggaaaa ... ctcgtaccagGAGTAATTATGAATGATGAAACAGTTTATCAACTGTGCAAGCAGGCTGTTT
EST: TCTGGACCCTTATTCATCTGATGGTCATGATGGCATTGTCAGGGAAGATG GAGTAATTATGAATGATGEST: gi|29687455|gb|CB683730.1|CB683730
genomic: TCTGGACCCTTATTCATCTGATGGTCATGATGGCATTGTCAGGGAAGATGgtaaggaaaa ... ctcgtaccagGAGTAATTATGAATGATG
EST: TCTGGACCCTTATTCATCTGATGGTCATGATGGCATTGTCAGGNAAGATG GAGTAATTATGAATGATGAAACAGTTTATCAAEST: gi|29672090|gb|CB668365.1|CB668365
genomic: TCTGGACCCTTATTCATCTGATGGTCATGATGGCATTGTCAGGGAAGATGgtaaggaaaa ... ctcgtaccagGAGTAATTATGAATGATGAAACAGTTTATCAA
EST: TCTGGACCCTTATTCATCTGATGGTCATGATGGCATTGTCAGGGAAGATG GAGTAATTATGAATGATGAAACAGTTTATCAACTGTGCAAGCAGGCTGTTTEST: gi|29661434|gb|CB657709.1|CB657709
genomic: TCTGGACCCTTATTCATCTGATGGTCATGATGGCATTGTCAGGGAAGATGgtaaggaaaa ... ctcgtaccagGAGTAATTATGAATGATGAAACAGTTTATCAACTGTGCAAGCAGGCTGTTT
EST: TCTGGACCCTTATTCATCTGATGGTCATGATGGCATTGTCAGGGAAGATG GAGTAATTATGAATGATGAAACAGTTTATCAACTGTGCCAGCAGGCTGTTTEST: gi|27577435|gb|CB000130.1|CB000130
genomic: TCTGGACCCTTATTCATCTGATGGTCATGATGGCATTGTCAGGGAAGATGgtaaggaaaa ... ctcgtaccagGAGTAATTATGAATGATGAAACAGTTTATCAACTGTGCAAGCAGGCTGTTT
EST: TCTGGACCCTTATTCATCTGATGGTCATGATGGCATTGTCAGGGAAGATG GAGTAATTATGAATGATGAAACAGTTTATCAACTGTGCAAGCAGGCTGTTTEST: gi|29660274|gb|CB656549.1|CB656549
genomic: TCTGGACCCTTATTCATCTGATGGTCATGATGGCATTGTCAGGGAAGATGgtaaggaaaa ... ctcgtaccagGAGTAATTATGAATGATGAAACAGTTTATCAACTGTGCAAGCAGGCTGTTT
EST: GATGGTCATGATGGCATTGTCAGGGAAGATG GAGTAATTATGAATGATGAAACAGTTTATCAACTGTGCAAGCAGGCTGTTTEST: gi|38471437|gb|CF955568.1|CF955568
genomic: GATGGTCATGATGGCATTGTCAGGGAAGATGgtaaggaaaa ... ctcgtaccagGAGTAATTATGAATGATGAAACAGTTTATCAACTGTGCAAGCAGGCTGTTT
EST: GGTCATGATGGCATTGTCAGGGAAGATG GAGTAATTATGAATGATGAAACAGTTTATCAACTGTGCAAGCAGGCTGTTTEST: gi|33680655|gb|CF308894.1|CF308894
genomic: GGTCATGATGGCATTGTCAGGGAAGATGgtaaggaaaa ... ctcgtaccagGAGTAATTATGAATGATGAAACAGTTTATCAACTGTGCAAGCAGGCTGTTT
EST: TCTGGACCCTTATTCATCTGATGGTCATGATGGCATTGTCAGGGAAGATG GAGTAATTATGAATGATGAAACAGTTTATCAACTGTGCAAGCAGGCTGTTTEST: gi|29641133|gb|CB646140.1|CB646140
genomic: TCTGGACCCTTATTCATCTGATGGTCATGATGGCATTGTCAGGGAAGATGgtaaggaaaa ... ctcgtaccagGAGTAATTATGAATGATGAAACAGTTTATCAACTGTGCAAGCAGGCTGTTT
EST: TCTGGACCCTTATTCATCTGATGGTCATGATGGCATTGTCAGGGAAGATG GAGTAATTATGAATGATGAAACEST: gi|29679002|gb|CB675277.1|CB675277
genomic: TCTGGACCCTTATTCATCTGATGGTCATGATGGCATTGTCAGGGAAGATGgtaaggaaaa ... ctcgtaccagGAGTAATTATGAATGATGAAAC
EST: TCTGGACCCTTATTCATCTGATGGTCATGATGGCATTGTCAGGGAAGATG GAGTAATTATGAATGATGAAACAGTTTATCAACTGTGCAAGCAGGCTGTTTEST: gi|29619411|gb|CB624423.1|CB624423
genomic: TCTGGACCCTTATTCATCTGATGGTCATGATGGCATTGTCAGGGAAGATGgtaaggaaaa ... ctcgtaccagGAGTAATTATGAATGATGAAACAGTTTATCAACTGTGCAAGCAGGCTGTTT
EST: TCTGGACCCTTATTCATCTGATGGTCATGATGGCATTGTCAGGGAAGATG GAGTAATTATGAATGATGAAACAGTTTATCAACTGTGCEST: gi|29688150|gb|CB684425.1|CB684425
genomic: TCTGGACCCTTATTCATCTGATGGTCATGATGGCATTGTCAGGGAAGATGgtaaggaaaa ... ctcgtaccagGAGTAATTATGAATGATGAAACAGTTTATCAACTGTGC
EST: TCTGGACCCTTATTCATCTGATGGTCATGATGGCATTGTCAGGGAAGATG GAGTAATTATGAATGATGAAACAGTTTATCAACTGTGCAAGCAGGCTGTTTEST: gi|29637162|gb|CB642171.1|CB642171
genomic: TCTGGACCCTTATTCATCTGATGGTCATGATGGCATTGTCAGGGAAGATGgtaaggaaaa ... ctcgtaccagGAGTAATTATGAATGATGAAACAGTTTATCAACTGTGCAAGCAGGCTGTTT
EST: TCTGGACCCTTATTCATCTGATGGTCATGATGGCATTGTCAGGGAAGATG GAGTAATTATGAATGATGAAACAGTTTATCAACTGTGCAAGCAGGCTGTTTEST: gi|58601365|gb|CK011893.1|CK011893
genomic: TCTGGACCCTTATTCATCTGATGGTCATGATGGCATTGTCAGGGAAGATGgtaaggaaaa ... ctcgtaccagGAGTAATTATGAATGATGAAACAGTTTATCAACTGTGCAAGCAGGCTGTTT
EST: TCTGGACCCTTATTCATCTGATGGTCATGATGGCATTGTCAGGGAAGATG GAGTAATTATGAATGATGAAACAGTTTATCGACTGTGCAAGCAGGCTGTTTEST: gi|29682583|gb|CB678858.1|CB678858
genomic: TCTGGACCCTTATTCATCTGATGGTCATGATGGCATTGTCAGGGAAGATGgtaaggaaaa ... ctcgtaccagGAGTAATTATGAATGATGAAACAGTTTATCAACTGTGCAAGCAGGCTGTTT
EST: TCTGGACCCTTATTCATCTGATGGTCATGATGGCATTGTCAGGGAAGATG GAGTAATTATGAATGATGEST: gi|27554454|gb|CA998354.1|CA998354
genomic: TCTGGACCCTTATTCATCTGATGGTCATGATGGCATTGTCAGGGAAGATGgtaaggaaaa ... ctcgtaccagGAGTAATTATGAATGATG
EST: TCTGGACCCTTATTCATCTGATGGTCATGATGGCATTGTCAGGGAAGATG GAGTAATTATGAATGATGAAACAGTTTATCAACTGTGCAAGCAGGCTGTTTEST: gi|29624056|gb|CB629067.1|CB629067
genomic: TCTGGACCCTTATTCATCTGATGGTCATGATGGCATTGTCAGGGAAGATGgtaaggaaaa ... ctcgtaccagGAGTAATTATGAATGATGAAACAGTTTATCAACTGTGCAAGCAGGCTGTTT
EST: TCTGGACCCTTATTCATCTGATGGTCATGATGGCATTGTCAGGGAAGATG GAGTAATTATGAATGATGAAACAGTTTATCAACTGTGCAAGCAGGCTGTTTEST: gi|29619315|gb|CB624327.1|CB624327
genomic: TCTGGACCCTTATTCATCTGATGGTCATGATGGCATTGTCAGGGAAGATGgtaaggaaaa ... ctcgtaccagGAGTAATTATGAATGATGAAACAGTTTATCAACTGTGCAAGCAGGCTGTTT
EST: TCTGGACCCTTATTCATCTGATGGTCATGATGGCATTGTCAGGGAAGATG GAGTAATTATGAATGATGAAACAGTTTATCAACTGTGCAAGCAGGCTGTTTEST: gi|9788971|gb|BE530981.1|BE530981
genomic: TCTGGACCCTTATTCATCTGATGGTCATGATGGCATTGTCAGGGAAGATGgtaaggaaaa ... ctcgtaccagGAGTAATTATGAATGATGAAACAGTTTATCAACTGTGCAAGCAGGCTGTTT
EST: TCTGGACCCTTATTCATCTGATGGTCATGATGGCATTGTCAGGGAAGATG GAGTAATTATGAATGATGAAACAGTTTATCAACTGTGCAAGCAGGCTGTTTEST: gi|29616371|gb|CB621383.1|CB621383
genomic: TCTGGACCCTTATTCATCTGATGGTCATGATGGCATTGTCAGGGAAGATGgtaaggaaaa ... ctcgtaccagGAGTAATTATGAATGATGAAACAGTTTATCAACTGTGCAAGCAGGCTGTTT
EST: ATGGTCATGATGGCATTGTCAGGGAAGATG GAGTAATTATGAATGATGAAACAGTTTATCAACTGTGCAAGCAGGCTGTTTEST: gi|29660428|gb|CB656703.1|CB656703
genomic: ATGGTCATGATGGCATTGTCAGGGAAGATGgtaaggaaaa ... ctcgtaccagGAGTAATTATGAATGATGAAACAGTTTATCAACTGTGCAAGCAGGCTGTTT
EST: ATGGTCATGATGGCATTGTCAGGAAAGATG GAGTAATTATGAATGATGAAACAGTTTATCAACTGTGCAAGCAGGCTGTTTEST: gi|29643724|gb|CB648731.1|CB648731
genomic: ATGGTCATGATGGCATTGTCAGGGAAGATGgtaaggaaaa ... ctcgtaccagGAGTAATTATGAATGATGAAACAGTTTATCAACTGTGCAAGCAGGCTGTTT
EST: TCTGGACCCTTATTCATCTGATGGTCATGATGGCATTGTCAGGGAAGATG GAGTAATTATGAATGATGAAAACAGTT-ATCAACTGTGCAAGCAGGCTGTTEST: gi|29655802|gb|CB652077.1|CB652077
genomic: TCTGGACCCTTATTCATCTGATGGTCATGATGGCATTGTCAGGGAAGATGgtaaggaaaa ... ctcgtaccagGAGTAATTATGAATGATGAAA-CAGTTTATCAACTGTGCAAGCAGGCTGTT
EST: TCTGGACCCTTATTCATCTGATGGTCATGATGGCATTGTCAGGGAAGATG GAGTAATTATGAATGATGAAACAGTTTATCAACTGTEST: gi|29624060|gb|CB629071.1|CB629071
genomic: TCTGGACCCTTATTCATCTGATGGTCATGATGGCATTGTCAGGGAAGATGgtaaggaaaa ... ctcgtaccagGAGTAATTATGAATGATGAAACAGTTTATCAACTGT
EST: TCTGGACCCTTATTCATCTGATGGTCATGATGGCATTGTCAGGGAAGATG GAGTAATTATGAATGATGAAACAGTTTATCAACTGTGCAAGCAGGCTGTTTEST: gi|29637541|gb|CB642550.1|CB642550
genomic: TCTGGACCCTTATTCATCTGATGGTCATGATGGCATTGTCAGGGAAGATGgtaaggaaaa ... ctcgtaccagGAGTAATTATGAATGATGAAACAGTTTATCAACTGTGCAAGCAGGCTGTTT
EST: TCTGGACCCTTATTCATCTGATGGTCATGATGGCATTGTCAGGGAAGATG GAGTAATTATGAATGATGAAACAGTTTATCAACTGTGCAAGCAGGCTGTTTEST: gi|29681299|gb|CB677574.1|CB677574
genomic: TCTGGACCCTTATTCATCTGATGGTCATGATGGCATTGTCAGGGAAGATGgtaaggaaaa ... ctcgtaccagGAGTAATTATGAATGATGAAACAGTTTATCAACTGTGCAAGCAGGCTGTTT
EST: TCTGGACCCTTATTCATCTGATGGTCATGATGGCATTGTCAGGGAAGATG GAGTAATTATGAATGAEST: gi|29629260|gb|CB634271.1|CB634271
genomic: TCTGGACCCTTATTCATCTGATGGTCATGATGGCATTGTCAGGGAAGATGgtaaggaaaa ... ctcgtaccagGAGTAATTATGAATGA
EST: TCTGGACCCTTATTCATCTGATGGTCATGATGGCATTGTCAGGGAAGATG GAGTAATTATGAATGATGAAACAGTTTATCAACTGTGCAAGCAGGCTGTTTEST: gi|29672091|gb|CB668366.1|CB668366
genomic: TCTGGACCCTTATTCATCTGATGGTCATGATGGCATTGTCAGGGAAGATGgtaaggaaaa ... ctcgtaccagGAGTAATTATGAATGATGAAACAGTTTATCAACTGTGCAAGCAGGCTGTTT
EST: GTCATGATGGCATTGTCAGGGAAGATG GAGTAATTATGAATGATGAAACAGTTTATCAACTGTGCAAGCAGGCTGTTTEST: gi|29688148|gb|CB684423.1|CB684423
genomic: GTCATGATGGCATTGTCAGGGAAGATGgtaaggaaaa ... ctcgtaccagGAGTAATTATGAATGATGAAACAGTTTATCAACTGTGCAAGCAGGCTGTTT
EST: TCTGGACCCTTATTCATCTGATGGTCATGATGGCATTGTCAGGGAAGATG GAGTAATTATGAATGATGACACAGTTTATCAACTGTGCAAGCAGGCTGTTTEST: gi|29660273|gb|CB656548.1|CB656548
genomic: TCTGGACCCTTATTCATCTGATGGTCATGATGGCATTGTCAGGGAAGATGgtaaggaaaa ... ctcgtaccagGAGTAATTATGAATGATGAAACAGTTTATCAACTGTGCAAGCAGGCTGTTT
EST: TCTGGACCCTTATTCATCTGATGGTCATGATGGCATTGTCAGGGAAGATG GAGTAATTATGAATGATGAAACAGTTTATCAACTGTGCAAGCAGGCTGTTT
genomic: TCTGGACCCTTATTCATCTGATGGTCATGATGGCATTGTCAGGGAAGATGgtaaggaaaa ... ctcgtaccagGAGTAATTATGAATGATGAAACAGTTTATCAACTGTGCAAGCAGGCTGTTT
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| GTTGTCTACACGGATGTTGCTCTGGACCCTTATTCATCTGATGGTCATGATGGCATTGTCAGGGAAGATGgtaaggaaaatggtcaccttttgaccttgcactgcttttagagcgagaaacatatggcatgtttttatccactgcttgtgttttgatgatagcatgggga
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGATG