1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' |
TCACATTGAACAATGGATGGACTTCTCAGCAACAGAGGTTGATGCCAATATTGGAAGGTGGTTGTACCCAAGGCTTGGTTTTGGCCCTTATGTTCCTGTGgtaagttgaataattggtgtatttccttctctctattgagcgttggcaatctacgataatctaaatattacatatgcag
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os06g37440.1 |
intron # | 6 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: TTGGAAGGTGGTTGTACCCAAGGCTTGGTTTTGGCCCTTATGTTCCTGCA CTTGAGGAATTTGCTATTACTTCATTGAAGAGGTCATCGGGTGCTCTGAACEST: gi|58692670|gb|CK081357.1|CK081357
genomic: TTGGAAGGTGGTTGTACCCAAGGCTTGGTTTTGGCCCTTATGTTCCTGTGgtaagttgaa ... acatatgcagCTTGAGGAATTTGCTATTACTTCATTGAAGAGGTCATTGGGTGCTCTGAAC
EST: TTGGAAGGTGGTTGTACCCAAGGCTTGGTTTTGGCCCTTATGTTCCTGCA CTTGAGGAATTTGCTATTACTTCATTGAAGAGGTCATTGGGTGCTCTGAACEST: gi|29642157|gb|CB647164.1|CB647164
genomic: TTGGAAGGTGGTTGTACCCAAGGCTTGGTTTTGGCCCTTATGTTCCTGTGgtaagttgaa ... acatatgcagCTTGAGGAATTTGCTATTACTTCATTGAAGAGGTCATTGGGTGCTCTGAAC
EST: TTGGAAGGTGGTTGTACCCAAGGCTTGGTTTTGGCCCTTATGTTCCTGTG CTTGAGGAATTTGCTATTACTTCATTGAAGAGGTCATTGGGTGCTCTGAACEST: gi|163926824|gb|EG715112.1|EG715112
genomic: TTGGAAGGTGGTTGTACCCAAGGCTTGGTTTTGGCCCTTATGTTCCTGTGgtaagttgaa ... acatatgcagCTTGAGGAATTTGCTATTACTTCATTGAAGAGGTCATTGGGTGCTCTGAAC
EST: TTGGAAGGTGGTTGTACCCAAGGCTTGGTTTTGGCCCTTATGTTCCTGCA CTTGAGGAATTTGCTATTACTTCATTGAAGAGGTCATTGGGTGCTCTGAACEST: gi|218502040|gb|FG964259.1|FG964259
genomic: TTGGAAGGTGGTTGTACCCAAGGCTTGGTTTTGGCCCTTATGTTCCTGTGgtaagttgaa ... acatatgcagCTTGAGGAATTTGCTATTACTTCATTGAAGAGGTCATTGGGTGCTCTGAAC
EST: TTGGAAGGTGGTTGTACCCAAGGCTTGGTTTTGGCCCTTATGTTCCTGCA CTTGAGGAATTTGCTATTACTTCATTGAAGAGGTCATTGGGTGCTCTGAACEST: gi|58677886|gb|CK066573.1|CK066573
genomic: TTGGAAGGTGGTTGTACCCAAGGCTTGGTTTTGGCCCTTATGTTCCTGTGgtaagttgaa ... acatatgcagCTTGAGGAATTTGCTATTACTTCATTGAAGAGGTCATTGGGTGCTCTGAAC
EST: TTGGAAGGTGGTTGTACCCAAGGCTTGGTTTTGGCCCTTATGTTCCTGCA CTTGAGGAATTTGCTATTACTTCATTGAAGAGGTCATTGGGTGCTCTGAACEST: gi|33796831|gb|CF324280.1|CF324280
genomic: TTGGAAGGTGGTTGTACCCAAGGCTTGGTTTTGGCCCTTATGTTCCTGTGgtaagttgaa ... acatatgcagCTTGAGGAATTTGCTATTACTTCATTGAAGAGGTCATTGGGTGCTCTGAAC
EST: TTGGAAGGTGGTTGTACCCAAGGCTTGGTTTTGGCCCTTATGTTCCTGTG CTTGAGGAATTTGCTATTACTTCATTGAAGAGGTCATTGGGTGCTCTGAACEST: gi|33658387|gb|CF281000.1|CF281000
genomic: TTGGAAGGTGGTTGTACCCAAGGCTTGGTTTTGGCCCTTATGTTCCTGTGgtaagttgaa ... acatatgcagCTTGAGGAATTTGCTATTACTTCATTGAAGAGGTCATTGGGTGCTCTGAAC
EST: TTGGAAGGTGGTTGTACCCAAGGCTTGGTTTTGGCCCTTATGTTCCTGTG CTTGAGGAATTTGCTATTACTTCATTGAAGAGGTCATTGGGTGCTCTGAACEST: gi|218485368|gb|FG956297.1|FG956297
genomic: TTGGAAGGTGGTTGTACCCAAGGCTTGGTTTTGGCCCTTATGTTCCTGTGgtaagttgaa ... acatatgcagCTTGAGGAATTTGCTATTACTTCATTGAAGAGGTCATTGGGTGCTCTGAAC
EST: TTGGAAGGTGGTTGTACCCAAGGCTTGGTTTTGGCCCTTATGTTCCTGCA CTTGAGGAATTTGCTATTACTTCATTGAAGAGGTCATTGGGTGCTCTGAACEST: gi|33794630|gb|CF323201.1|CF323201
genomic: TTGGAAGGTGGTTGTACCCAAGGCTTGGTTTTGGCCCTTATGTTCCTGTGgtaagttgaa ... acatatgcagCTTGAGGAATTTGCTATTACTTCATTGAAGAGGTCATTGGGTGCTCTGAAC
EST: TTGGAAGGTGGTTGTACCCAAGGCTTGGTTTTGGCCCTTATGTTCCTGTG CTTGAGGAATTTGCTATTACTTCATTGAAGAGGTCATTGGGTGCTCTGAACEST: gi|58682402|gb|CK071089.1|CK071089
genomic: TTGGAAGGTGGTTGTACCCAAGGCTTGGTTTTGGCCCTTATGTTCCTGTGgtaagttgaa ... acatatgcagCTTGAGGAATTTGCTATTACTTCATTGAAGAGGTCATTGGGTGCTCTGAAC
EST: TTGGAAGGTGGTTGTACCCAAGGCTTGGTTTTGGCCCTTATGTTCCTGCA CTTGAGGAATTTGCTATTACTTCATTGAAGAGGTCATTGGGTGCTCTGAAC
genomic: TTGGAAGGTGGTTGTACCCAAGGCTTGGTTTTGGCCCTTATGTTCCTGTGgtaagttgaa ... acatatgcagCTTGAGGAATTTGCTATTACTTCATTGAAGAGGTCATTGGGTGCTCTGAAC
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| TCACATTGAACAATGGATGGACTTCTCAGCAACAGAGGTTGATGCCAATATTGGAAGGTGGTTGTACCCAAGGCTTGGTTTTGGCCCTTATGTTCCTGTGgtaagttgaataattggtgtatttccttctctctattgagcgttggcaatctacgataatctaaatattacatatgcag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAAG