1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' |
TTCATCCGGAATCTTGGAATCCTATGTGGTCTGTGGCAAGgtatgtacaaatctgtactaagcacaatatttgagcataacgtatttcccaccattatctggggagttgttgggctgagtcgtcattcaaacttaagaga...
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os06g09330.1 |
intron # | 6 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: TTCATCCGGAATCTTGGAATCCTATGTGGTCTGTGGCAAG CATTCTCACGGGCCTCCTTTCATTCATGEST: gi|87010686|gb|CI312378.1|CI312378
genomic: TTCATCCGGAATCTTGGAATCCTATGTGGTCTGTGGCAAGgtatgtacaa ... cgttctgcagCATTCTCACGGGCCTCCTTTCATTCATG
EST: TTCATCCGGAATCTTGGAATCCTATGTGGTCTGTGGCAAG CATTCTCACGGGCCTCCTTTCATTCATGEST: gi|86599367|gb|CI251325.1|CI251325
genomic: TTCATCCGGAATCTTGGAATCCTATGTGGTCTGTGGCAAGgtatgtacaa ... cgttctgcagCATTCTCACGGGCCTCCTTTCATTCATG
EST: TTCATCCGGAATCTTGGAATCCTATGTGGTCTGTGGCAAG CATTCTCACGGGCCTCCTTTCATTCATGEST: gi|86514651|gb|CI157284.1|CI157284
genomic: TTCATCCGGAATCTTGGAATCCTATGTGGTCTGTGGCAAGgtatgtacaa ... cgttctgcagCATTCTCACGGGCCTCCTTTCATTCATG
EST: TTCATCCGGAATCTTGGAATCCTATGTGGTCTGTGGCAAG CATTCTCACGGGCCTCCTTTCATTCATGEST: gi|86855623|gb|CI268950.1|CI268950
genomic: TTCATCCGGAATCTTGGAATCCTATGTGGTCTGTGGCAAGgtatgtacaa ... cgttctgcagCATTCTCACGGGCCTCCTTTCATTCATG
EST: ATGTGGTCTGTGGCAAG CATTCTCACGGGCCTCCTTTCATTCATGEST: gi|87035496|gb|CI190118.1|CI190118
genomic: ATGTGGTCTGTGGCAAGgtatgtacaa ... cgttctgcagCATTCTCACGGGCCTCCTTTCATTCATG
EST: TTCATCCGGAATCTTGGAATCCTATGTGGTCTGTGGCAAG CATTCTCACGGGCCTCCTTTCATTCATGEST: gi|88206366|gb|CI206215.1|CI206215
genomic: TTCATCCGGAATCTTGGAATCCTATGTGGTCTGTGGCAAGgtatgtacaa ... cgttctgcagCATTCTCACGGGCCTCCTTTCATTCATG
EST: TTCATCCGGAATCTTGGAATCCTATGTGGTCTGTGGCAAG CATTCTCACGGGCCTCCTTTCATTCATGEST: gi|86495662|gb|CI138295.1|CI138295
genomic: TTCATCCGGAATCTTGGAATCCTATGTGGTCTGTGGCAAGgtatgtacaa ... cgttctgcagCATTCTCACGGGCCTCCTTTCATTCATG
EST: TTCATCCGGAATCTTGGAATCCTATGTGGTCTGTGGCAAG CATTCTCACGGGCCTCCTTTCATTCATGEST: gi|8956608|gb|BE230283.1|BE230283
genomic: TTCATCCGGAATCTTGGAATCCTATGTGGTCTGTGGCAAGgtatgtacaa ... cgttctgcagCATTCTCACGGGCCTCCTTTCATTCATG
EST: TTCATCCGGAATCTTGGAATCCTATGTGGTCTGTGGCAAG CATTCTCACGGGCCTCCTTTCATTCATGEST: gi|87035120|gb|CI189743.1|CI189743
genomic: TTCATCCGGAATCTTGGAATCCTATGTGGTCTGTGGCAAGgtatgtacaa ... cgttctgcagCATTCTCACGGGCCTCCTTTCATTCATG
EST: AGTGACTTTCATCCGGAATCTTGGAATCCTATGTGGTCTGTGGCAAG CATTCTCACGGGCCTCCTTTCATTCATGEST: gi|7134934|gb|AU082746.1|AU082746
genomic: AGTGACTTTCATCCGGAATCTTGGAATCCTATGTGGTCTGTGGCAAGgtatgtacaa ... cgttctgcagCATTCTCACGGGCCTCCTTTCATTCATG
EST: TTCATCCGGAATCTTGGAATCCTATGTGGTCTGTGGCAAG CATTCTCACGGGCCTCCTTTCATTCATGEST: gi|218487817|gb|FG955497.1|FG955497
genomic: TTCATCCGGAATCTTGGAATCCTATGTGGTCTGTGGCAAGgtatgtacaa ... cgttctgcagCATTCTCACGGGCCTCCTTTCATTCATG
EST: TTCATCCGGAATCTTGGAATCCTATGTGGTCTGTGGCAAG CATTCTCACGGGCCTCCTTTCATTCATGEST: gi|218490255|gb|FG953556.1|FG953556
genomic: TTCATCCGGAATCTTGGAATCCTATGTGGTCTGTGGCAAGgtatgtacaa ... cgttctgcagCATTCTCACGGGCCTCCTTTCATTCATG
EST: TTCATCCGGAATCTTGGAATCCTATGTGGTCTGTGGCAAG CATTCTCACGGGCCTCCTTTCATTCATGEST: gi|218494998|gb|FG948724.1|FG948724
genomic: TTCATCCGGAATCTTGGAATCCTATGTGGTCTGTGGCAAGgtatgtacaa ... cgttctgcagCATTCTCACGGGCCTCCTTTCATTCATG
EST: TTCATCCGGAATCTTGGAATCCTATGTGGTCTGTGGCAAG CATTCTCACGGGCCTCCTTTCATTCATG
genomic: TTCATCCGGAATCTTGGAATCCTATGTGGTCTGTGGCAAGgtatgtacaa ... cgttctgcagCATTCTCACGGGCCTCCTTTCATTCATG
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| TTCATCCGGAATCTTGGAATCCTATGTGGTCTGTGGCAAGgtatgtacaaatctgtactaagcacaatatttgagcataacgtatttcccaccattatctggggagttgttgggctgagtcgtcattcaaacttaagaga
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tcccacc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tggggag