Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTTCTGGTTCCAGTTACCTGTATGGACTGCTTGACCATGAATGGAAGGAGGGCATGTCCCAGGAAGAAGCTGAGgtacgctttacttgtaaaccatgtgtaataagagatagtttcttcgatgcgttaggtagaacgaagtgcctacgttatgttcagttcttcccacgttaag...

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os06g04800.1
intron # 6
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os06g04800.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 6
lower sequence: GRMZM2G374881_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 6
GTTCTGGTTCCAGTTACCTGTATGGACTGCTTGACCATGAATGGAAGGAGGGCATGTCCCAGGAAGAAGCTGAGgtacgctttacttgtaaaccatgtgtaataagagatagtttcttcgatgcgttaggtagaacgaagtgcctacgttatgttcagttcttcccacgttaag--------
| || ||||||||||| || |||| ||| ||||| ||||||||||| ||||| |||  ||||||||| || |||||| | |        ||    |   ||      | | |   |    |||| | |  |  | |   ||||  | |||  |  ||   |||     | |||         
GCTCAGGTTCCAGTTATCTTTATGCACTTCTTGATCATGAATGGAAAGAGGGAATGAGCCAGGAAGAGGCAGAGgtatgttgc-----caagttcttcttagggcatgtttggaccccatatgc-taaactttaccagggtgctaaagtttagcaca--ccttaaggagctaaactgctatt

upper sequence: LOC_Os06g04800.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 6
lower sequence: GRMZM2G152775_T04 (Zea mays), 5'ss of exon 6
GTTCTGGTTCCAGTTACCTGTATGGACTGCTTGACCATGAATGGAAGGAGGGCATGTCCCAGGAAGAAGCTGAGgtacgctt------tacttgtaaaccatgtgt-aataa-gagatagtttcttcgatgcgttaggtagaacgaagtgcctacgttatgtt-cagttcttcccacgttaag-----------------------------------------------
|||| |||||||||||||| ||||  || ||||| ||||||||||| ||||| |||   |||||||| || |||||| |  |      | ||| | |      | |    || |||||| | |||        ||||   ||  ||||    |  ||| |||   |   |       ||  |                                                
GTTCAGGTTCCAGTTACCTATATGCTCTTCTTGATCATGAATGGAAAGAGGGAATGAGTCAGGAAGAGGCAGAGgtatgtctccaagttccttcttacttggatcttggcaatgagatattctctctagcatattagtatgactgaaggttattagttgtgtaataaaacgaatagagtacaacactagccccaattttcctaatatgtttctaatgttcatatatgcag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|86530311|gb|CI170517.1|CI170517
EST:     GACTGCTTGACCATGAATGGAAGGAGGGCATGTCCCAGGAAGAAGCTGAG                         AAGTTTGTGGTGAAGGTGGTTTCCCTTGCTATAGCCCGTGATGGTGCTAGT
genomic: GACTGCTTGACCATGAATGGAAGGAGGGCATGTCCCAGGAAGAAGCTGAGgtacgcttta ... atctctacagAAGTTTGTGGTGAAGGTGGTTTCCCTTGCTATAGCCCGTGATGGTGCTAGT
EST: gi|88906746|gb|CI375818.1|CI375818
EST:     GACTGCTTGACCATGAATGGAAGGAGGGCATGTCCCAGGAAGAAGCTGCG                         AATTTTGTGGTGAAGGTGTTTTCCCTTCCTATAGCCCGTGATGGTGCTAGT
genomic: GACTGCTTGACCATGAATGGAAGGAGGGCATGTCCCAGGAAGAAGCTGAGgtacgcttta ... atctctacagAAGTTTGTGGTGAAGGTGGTTTCCCTTGCTATAGCCCGTGATGGTGCTAGT
EST: gi|88279979|gb|CI401177.1|CI401177
EST:     TGCTTGACCATGAATGGAAGGAGGGCATGTCCCAGGAAGAAGCTGAG                         AAGTTTGTGGTGAAGGTGGTTTCCCTTGCTATAGCCCGTGATGGTGCTAGT
genomic: TGCTTGACCATGAATGGAAGGAGGGCATGTCCCAGGAAGAAGCTGAGgtacgcttta ... atctctacagAAGTTTGTGGTGAAGGTGGTTTCCCTTGCTATAGCCCGTGATGGTGCTAGT
EST: gi|89190867|gb|CI392720.1|CI392720
EST:     GACTGCTTGACCATGAATGGAAGGAGGGCATTTCCCAGGAAGAAGCTGAG                         AAGTTTGTGGTGAAGTTGGTTTCCCTTGCTATAGCCCGTGATGGTGGTAGT
genomic: GACTGCTTGACCATGAATGGAAGGAGGGCATGTCCCAGGAAGAAGCTGAGgtacgcttta ... atctctacagAAGTTTGTGGTGAAGGTGGTTTCCCTTGCTATAGCCCGTGATGGTGCTAGT
EST: gi|86594113|gb|CI262341.1|CI262341
EST:     GACTGCTTGACCATGAATGGAAGGAGGGCATGTCCCAGGAAGAAGCTGAG                         AAGTTTGTGGTGAAGGTGGTTTCCCTTGCTATAGCCCGTGATGGTGCTAGT
genomic: GACTGCTTGACCATGAATGGAAGGAGGGCATGTCCCAGGAAGAAGCTGAGgtacgcttta ... atctctacagAAGTTTGTGGTGAAGGTGGTTTCCCTTGCTATAGCCCGTGATGGTGCTAGT
EST: gi|88487493|gb|CI424764.1|CI424764
EST:     GACTGCTTGACCATGAATGGAAGGAGGGCATGTCCCAGGAAGAAGCTGAG                         AAGTTTGTGGTGAAGGTGGTTTCCCTTGCTATAGCCCGTGATGGTGCTAGT
genomic: GACTGCTTGACCATGAATGGAAGGAGGGCATGTCCCAGGAAGAAGCTGAGgtacgcttta ... atctctacagAAGTTTGTGGTGAAGGTGGTTTCCCTTGCTATAGCCCGTGATGGTGCTAGT
EST: gi|88849289|gb|CI087811.1|CI087811
EST:     GACTGCTTGACCATGAATGGAAGGAGGGCATGTCCCAGGAAGAAGCTGAG                         AAGTTTGTGGTGAAGGTGGTTTCCCTTGCTATAGCCCGTGATGGTGCTAGT
genomic: GACTGCTTGACCATGAATGGAAGGAGGGCATGTCCCAGGAAGAAGCTGAGgtacgcttta ... atctctacagAAGTTTGTGGTGAAGGTGGTTTCCCTTGCTATAGCCCGTGATGGTGCTAGT
EST: gi|89186405|gb|CI262237.1|CI262237
EST:     GACTGCTTGACCATGAATGGAAGGAGGGCATGTCCCAGGAAGAAGCTGAG                         AAGTTTGTGGTGAAGGTGGTTTCCCTTGCTATAGCCCGTGATGGTGCTAGT
genomic: GACTGCTTGACCATGAATGGAAGGAGGGCATGTCCCAGGAAGAAGCTGAGgtacgcttta ... atctctacagAAGTTTGTGGTGAAGGTGGTTTCCCTTGCTATAGCCCGTGATGGTGCTAGT
EST: gi|88262661|gb|CI366435.1|CI366435
EST:     GACTGCTTGACCATGAATGGAAGGAGGGCATGTCCCAGGAAGAAGCTGAG                         AAGTTTGTGGTGAAGGT-GTTTCCCTTGCTATAGCCCGTGATGGTGCTAGT
genomic: GACTGCTTGACCATGAATGGAAGGAGGGCATGTCCCAGGAAGAAGCTGAGgtacgcttta ... atctctacagAAGTTTGTGGTGAAGGTGGTTTCCCTTGCTATAGCCCGTGATGGTGCTAGT
EST: gi|88471392|gb|CI408663.1|CI408663
EST:     GACTGCTTGACCATGAATGGAAGGAGGGCATGTCCCAGGAAGAAGCTGAG                         AAGTTTGTGGTGAAGGTGGTTTCCCTTGCTATAGCCCGTGATGGTGCTAGT
genomic: GACTGCTTGACCATGAATGGAAGGAGGGCATGTCCCAGGAAGAAGCTGAGgtacgcttta ... atctctacagAAGTTTGTGGTGAAGGTGGTTTCCCTTGCTATAGCCCGTGATGGTGCTAGT
EST: gi|88277939|gb|CI398741.1|CI398741
EST:     GACTGCTTGACCATGAATGGAAGGAGGGCATGTCCCAGGAAGAAGCTGAG                         AAGTTTGTGGTGAAGGTGGTTTCCCTTGCTATAGCCCGTGATGGTGCTAGT
genomic: GACTGCTTGACCATGAATGGAAGGAGGGCATGTCCCAGGAAGAAGCTGAGgtacgcttta ... atctctacagAAGTTTGTGGTGAAGGTGGTTTCCCTTGCTATAGCCCGTGATGGTGCTAGT
EST: gi|58590349|gb|CF988657.1|CF988657
EST:     GACTGCTTGACCATGAATGGAAGGAGAGCATGTCCCAGGAAGAAGCTGAG                         AAGTTTGTGGTGAAGGTGGTTTCCCTTGCTATAGCCCGTGATGGTGCTAGT
genomic: GACTGCTTGACCATGAATGGAAGGAGGGCATGTCCCAGGAAGAAGCTGAGgtacgcttta ... atctctacagAAGTTTGTGGTGAAGGTGGTTTCCCTTGCTATAGCCCGTGATGGTGCTAGT
EST: gi|86503310|gb|CI145943.1|CI145943
EST:     GACTGCTTGACCATGAATGGAAGGAGGGCATGTCCCAGGAAGAAGCTGAG                         AAGTTTGTGGTGAAGGTGGTTTCCCTTGCTATAGCCCGTGATGGTGCTAGT
genomic: GACTGCTTGACCATGAATGGAAGGAGGGCATGTCCCAGGAAGAAGCTGAGgtacgcttta ... atctctacagAAGTTTGTGGTGAAGGTGGTTTCCCTTGCTATAGCCCGTGATGGTGCTAGT
EST: gi|88199390|gb|CI199240.1|CI199240
EST:     GACTGCTTGACCATGAATGGAAGGAGGGCATGTCCCAGGAAGAAGCTGAG                         AAGTTTGTGGTGAAGGTGGTTTCCCTTGCTATAGCCCGTGATGGTGCTAGT
genomic: GACTGCTTGACCATGAATGGAAGGAGGGCATGTCCCAGGAAGAAGCTGAGgtacgcttta ... atctctacagAAGTTTGTGGTGAAGGTGGTTTCCCTTGCTATAGCCCGTGATGGTGCTAGT
EST: gi|55410106|gb|CV722482.1|CV722482
EST:     GACTGCTTGACCATGAATGGAAGGAGGGCATGTCCCAGGAAGAAGCTGAG                         AAGTTTGTGGTGAAGGTGGTTTCCCTTGCTATAGCCCGTGATGGTGCTAGT
genomic: GACTGCTTGACCATGAATGGAAGGAGGGCATGTCCCAGGAAGAAGCTGAGgtacgcttta ... atctctacagAAGTTTGTGGTGAAGGTGGTTTCCCTTGCTATAGCCCGTGATGGTGCTAGT
EST: gi|88506278|gb|CI433784.1|CI433784
EST:     GACTGCTTGACCATGAATGGAAGGAGGGCATGTCCCAGGAAGAAGCTGAG                         AAGTTTNTGGTGAAGGTGGTTTCCCTTGCTATAGCCCNTGATGGTGCTAGT
genomic: GACTGCTTGACCATGAATGGAAGGAGGGCATGTCCCAGGAAGAAGCTGAGgtacgcttta ... atctctacagAAGTTTGTGGTGAAGGTGGTTTCCCTTGCTATAGCCCGTGATGGTGCTAGT
EST: gi|88847464|gb|CI015957.1|CI015957
EST:     GACTGCTTGACCATGAATGGAAGGAGGGCATGTCCCAGGAAGAAGCTGAG                         AAGTTTGTGGTGAAGGTGGTTTCCCTTGCTATAGCCCGTGATGGTGCTAGT
genomic: GACTGCTTGACCATGAATGGAAGGAGGGCATGTCCCAGGAAGAAGCTGAGgtacgcttta ... atctctacagAAGTTTGTGGTGAAGGTGGTTTCCCTTGCTATAGCCCGTGATGGTGCTAGT
EST: gi|86506290|gb|CI148923.1|CI148923
EST:     GACTGCTTGACCATGAATGGAAGGAGGGCATGTCCCAGGAAGAAGCTGAG                         AAGTTTGTGGTGAAGGTGGTTTCCCTTGCTATAGCCCGTGATGGTGCTAGT
genomic: GACTGCTTGACCATGAATGGAAGGAGGGCATGTCCCAGGAAGAAGCTGAGgtacgcttta ... atctctacagAAGTTTGTGGTGAAGGTGGTTTCCCTTGCTATAGCCCGTGATGGTGCTAGT
EST: gi|88254743|gb|CI353567.1|CI353567
EST:     GACTGCTTGACCATGAATGGAAGGAGGGCATGTCCCAGGAAGAAGCTGAG                         AAGTTTTTGGTGAAGGTGGTTTCCCTTGCTATAGCCCGTGATGGTGCTAGT
genomic: GACTGCTTGACCATGAATGGAAGGAGGGCATGTCCCAGGAAGAAGCTGAGgtacgcttta ... atctctacagAAGTTTGTGGTGAAGGTGGTTTCCCTTGCTATAGCCCGTGATGGTGCTAGT
EST: gi|29630183|gb|CB635192.1|CB635192
EST:     GACTGCTTGACCATGAATGGAAGGAGAGCATGTCCCAGGAAGAAGCTGAG                         AAGTTTGTGGTGAAGGTGGTTTCCCTTGCTATAGCCCGTGATGGTGCTAGT
genomic: GACTGCTTGACCATGAATGGAAGGAGGGCATGTCCCAGGAAGAAGCTGAGgtacgcttta ... atctctacagAAGTTTGTGGTGAAGGTGGTTTCCCTTGCTATAGCCCGTGATGGTGCTAGT
EST: gi|88257546|gb|CI360132.1|CI360132
EST:     GACTGCTTGACCATGAATGGAAGGAGGGCATGTCCCAGGAAGAAGCTGAG                         AAGTTTGTGGTGAAGGTGGTTTCCCTTGCTATAGCCCGTGATGGTGCTAGT
genomic: GACTGCTTGACCATGAATGGAAGGAGGGCATGTCCCAGGAAGAAGCTGAGgtacgcttta ... atctctacagAAGTTTGTGGTGAAGGTGGTTTCCCTTGCTATAGCCCGTGATGGTGCTAGT
EST: gi|88986744|gb|CI033887.1|CI033887
EST:     GACTGCTTGACCATGAATGGAAGGAGGGCATGTCCCAGGAAGAAGCTGAG                         AAGTTTGTGGTGAAGGTGGTTTCCCTTGCTATAGCCCGTGATGGTGCTAGT
genomic: GACTGCTTGACCATGAATGGAAGGAGGGCATGTCCCAGGAAGAAGCTGAGgtacgcttta ... atctctacagAAGTTTGTGGTGAAGGTGGTTTCCCTTGCTATAGCCCGTGATGGTGCTAGT
EST: gi|86512504|gb|CI155137.1|CI155137
EST:     GACTGCTTGACCATGAATGGAAGGAGGGCATGTCCCAGGAAGAAGCTGAG                         AAGTTTGTGGTGAAGGTGGTTTCCCTTGCTATAGCCCGTGATGGTGCTAGT
genomic: GACTGCTTGACCATGAATGGAAGGAGGGCATGTCCCAGGAAGAAGCTGAGgtacgcttta ... atctctacagAAGTTTGTGGTGAAGGTGGTTTCCCTTGCTATAGCCCGTGATGGTGCTAGT
EST: gi|88202353|gb|CI201215.1|CI201215
EST:     GACTGCTTGACCATGAATGGAAGGAGGGCATGTCCCAGGAAGAAGCTGAG                         AAGTTTGTGGTGAAGGTGGTTTCCCTTGCTATAGCCCGTGATGGTGCTAGT
genomic: GACTGCTTGACCATGAATGGAAGGAGGGCATGTCCCAGGAAGAAGCTGAGgtacgcttta ... atctctacagAAGTTTGTGGTGAAGGTGGTTTCCCTTGCTATAGCCCGTGATGGTGCTAGT
EST: gi|88979503|gb|CI025963.1|CI025963
EST:     CTGCTTGACCATGAATGGAAGGAGGGCATGTCCCAGGAAGAAGCTGAG                         AAGTTTGTGCTGAAGGTGGTTTCCCTTGCTATAGCCCGTGATGGTGCTAGT
genomic: CTGCTTGACCATGAATGGAAGGAGGGCATGTCCCAGGAAGAAGCTGAGgtacgcttta ... atctctacagAAGTTTGTGGTGAAGGTGGTTTCCCTTGCTATAGCCCGTGATGGTGCTAGT
EST: gi|86836818|gb|CI347417.1|CI347417
EST:     GACTGCTTGACCATGAATGGAAGGAGGGCATGTCCCAGGAAGAAGCTGAG                         AAGTTTGTGGTGAAGGTGGTTTCCCTTGCTATAGCCCGTGATGGTGCTAGT
genomic: GACTGCTTGACCATGAATGGAAGGAGGGCATGTCCCAGGAAGAAGCTGAGgtacgcttta ... atctctacagAAGTTTGTGGTGAAGGTGGTTTCCCTTGCTATAGCCCGTGATGGTGCTAGT
EST: gi|86250901|gb|CI013911.1|CI013911
EST:     GACTGCTTGACCATGAATGGAAGGAGGGCATGTCCCAGGAAGAAGCTGAG                         AAGTTTGTGGTGAAGGTGGTTTCCCTTGCTATAGCCCGTGATGGTGCTAGT
genomic: GACTGCTTGACCATGAATGGAAGGAGGGCATGTCCCAGGAAGAAGCTGAGgtacgcttta ... atctctacagAAGTTTGTGGTGAAGGTGGTTTCCCTTGCTATAGCCCGTGATGGTGCTAGT
EST: gi|88489883|gb|CI427155.1|CI427155
EST:     GACTGCTTGACCATGAATGGAAGGAGGGCATGTCCCAGGAAGAAGCTGAG                         AAGTTTGTGGTGAAGGTGGTTTCCCTTGCTATAGCCCGTGATGGTGCTAGT
genomic: GACTGCTTGACCATGAATGGAAGGAGGGCATGTCCCAGGAAGAAGCTGAGgtacgcttta ... atctctacagAAGTTTGTGGTGAAGGTGGTTTCCCTTGCTATAGCCCGTGATGGTGCTAGT

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 56 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 8

GTTCTGGTTCCAGTTACCTGTATGGACTGCTTGACCATGAATGGAAGGAGGGCATGTCCCAGGAAGAAGCTGAGgtacgcttta ... atctctacagAAGTTTGTGGTGAAGGTGGTTTCCCTTGCTATAGCCCGTGATGGTGCTAGTGGAGGGGTTGTTCGTACAGTCACC




<











<


<









Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GTTCTGGTTCCAGTTACCTGTATGGACTGCTTGACCATGAATGGAAGGAGGGCATGTCCCAGGAAGAAGCTGAGgtacgctttacttgtaaaccatgtgtaataagagatagtttcttcgatgcgttaggtagaacgaagtgcctacgttatgttcagttcttcccacgttaag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGCTGA