1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' |
TATGGTCACATCAGAACATCTAGTGACACTCCTTGCAGTTGTTCCTAAGTACTCTCAAAAGGATTGGTTGTCAAGCTATGAGTCCCTTGACACATTTGTGgtaagtatatgctcttttatagtgacatggttagtaatagactgtcatttcaactatttatatgattttcgtcctttcagcaagttgcttattttacttt...
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os05g51530.1 |
intron # | 6 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: AAAGGATTGGTTGTCAAGCTATGAGTCCCTTGACACATTTGTG GTACCGAGATCGTCTAAAAAACTTTATGAGGACAATGAGTATGCTCTCTACEST: gi|29656670|gb|CB652945.1|CB652945
genomic: AAAGGATTGGTTGTCAAGCTATGAGTCCCTTGACACATTTGTGgtaagtatat ... tgatttatagGTACCGAGATCGTCTAAAAAACTTTATGAGGACAATGAGTATGCTCTCTAC
EST: ACTCTCAAAAGGATTGGTTGTCAAGCTATGAGTCCCTTGACACATTTGTG GTACCGAGATCGTCTAAAAAACTTTATGAGGACAATGAGTATGCTCTCTACEST: gi|29662007|gb|CB658282.1|CB658282
genomic: ACTCTCAAAAGGATTGGTTGTCAAGCTATGAGTCCCTTGACACATTTGTGgtaagtatat ... tgatttatagGTACCGAGATCGTCTAAAAAACTTTATGAGGACAATGAGTATGCTCTCTAC
EST: ACTCTCAAAAGGATTGGTTGTCAAGCTATGAGTCCCTTGACACATTTGTG GTACCGAGATCGTCTAAAAAACTTTATGAGGACGATGAGTATGCTCTCTACEST: gi|29612869|gb|CB617882.1|CB617882
genomic: ACTCTCAAAAGGATTGGTTGTCAAGCTATGAGTCCCTTGACACATTTGTGgtaagtatat ... tgatttatagGTACCGAGATCGTCTAAAAAACTTTATGAGGACAATGAGTATGCTCTCTAC
EST: ACTCTCAAAAGGATTGGTTGTCAAGCTATGAGTCCCTTGACACATTTGTG GTACCGAGATCGTCTAAAAAACTTTATGAGGACAATGAGTATGCTCTCTACEST: gi|58666270|gb|CK054956.1|CK054956
genomic: ACTCTCAAAAGGATTGGTTGTCAAGCTATGAGTCCCTTGACACATTTGTGgtaagtatat ... tgatttatagGTACCGAGATCGTCTAAAAAACTTTATGAGGACAATGAGTATGCTCTCTAC
EST: ACTCTCAAAAGGATTGGTTGTCAAGCTATGAGTCCCTTGACACATTTGTG GTACCGAGATCGTCTAAAAAACTTTATGAGGACAATGAGTATGCTCTCTACEST: gi|218479849|gb|FG959490.1|FG959490
genomic: ACTCTCAAAAGGATTGGTTGTCAAGCTATGAGTCCCTTGACACATTTGTGgtaagtatat ... tgatttatagGTACCGAGATCGTCTAAAAAACTTTATGAGGACAATGAGTATGCTCTCTAC
EST: ACTCTCAAAAGGATTGGTTGTCAAGCTATGAGTCCCTTGACACATTTGTG GTACCGAGATCGTCTAAAAAACTTTATGAGGACAATGAGTATGCTCTCTACEST: gi|29613101|gb|CB618114.1|CB618114
genomic: ACTCTCAAAAGGATTGGTTGTCAAGCTATGAGTCCCTTGACACATTTGTGgtaagtatat ... tgatttatagGTACCGAGATCGTCTAAAAAACTTTATGAGGACAATGAGTATGCTCTCTAC
EST: ACTCTCAAAAGGATTGGTTGTCAAGCTATGAGTCCCTTGACACATTTGTG GTACCGAGATCGTCTAAAAAACTTTATGAGGACAATGAGTATGCTCTCTACEST: gi|25802832|gb|CA758793.1|CA758793
genomic: ACTCTCAAAAGGATTGGTTGTCAAGCTATGAGTCCCTTGACACATTTGTGgtaagtatat ... tgatttatagGTACCGAGATCGTCTAAAAAACTTTATGAGGACAATGAGTATGCTCTCTAC
EST: ACTCTCAAAAGGATTGGTTGTCAAGCTATGAGTCCCTTGACACATTTGTG GTACCGAGATCGTCTAAAAAACTTTATGAGGACAATGAGTATGCTCTCTACEST: gi|29613962|gb|CB618975.1|CB618975
genomic: ACTCTCAAAAGGATTGGTTGTCAAGCTATGAGTCCCTTGACACATTTGTGgtaagtatat ... tgatttatagGTACCGAGATCGTCTAAAAAACTTTATGAGGACAATGAGTATGCTCTCTAC
EST: ACTCTCAAAAGGATTGGTTGTCAAGCTATGAGTCCCTTGACACATTTGTG GTACCGAGATCGTCTAAAAAACTTTATGAGGACAATGAGTATGCTCTCTAC
genomic: ACTCTCAAAAGGATTGGTTGTCAAGCTATGAGTCCCTTGACACATTTGTGgtaagtatat ... tgatttatagGTACCGAGATCGTCTAAAAAACTTTATGAGGACAATGAGTATGCTCTCTAC
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| TATGGTCACATCAGAACATCTAGTGACACTCCTTGCAGTTGTTCCTAAGTACTCTCAAAAGGATTGGTTGTCAAGCTATGAGTCCCTTGACACATTTGTGgtaagtatatgctcttttatagtgacatggttagtaatagactgtcatttcaactatttatatgattttcgtcctttcagcaagttgcttattttacttt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAAGCT