1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' |
GTTCAGTCATTCTTGGCTGCAGTGAAAGCATTGTCACGTAAAGATGTGCATTATGGGTCTTATGCGACAGCAGAACAGgtaaacgttcatctactggcaagttgctcaacttaaaaatgcaatatgccataactattgataaatcgtaagcatttgtaggattttgtaatagtacaat...
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os05g25180.1 |
intron # | 6 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: CATTGTCACGTAAAGATGTGCATTATGGGTCTTATGCGACAGCAGAACAG GTAATTGCTGCTGGTGATATGTGTGCCATCTGCCAGGAAAAGATGCATGTTEST: gi|58687092|gb|CK075779.1|CK075779
genomic: CATTGTCACGTAAAGATGTGCATTATGGGTCTTATGCGACAGCAGAACAGgtaaacgttc ... cctggtgcagGTAATTGCTGCTGGTGATATGTGTGCCATCTGCCAGGAAAAGATGCATGTT
EST: CATTGTCACGTAAAGATGTGCATTATGGGTCTTATGCGACAGCAGAACAG GTAATTGCTGCTGGTGATATGTGTGCCATCTGCCAGGAAAAGATGCATGTTEST: gi|88243022|gb|CI244144.1|CI244144
genomic: CATTGTCACGTAAAGATGTGCATTATGGGTCTTATGCGACAGCAGAACAGgtaaacgttc ... cctggtgcagGTAATTGCTGCTGGTGATATGTGTGCCATCTGCCAGGAAAAGATGCATGTT
EST: CATTGTCACGTAAAGATGTGCATTATGGGTCTTATGCGACAGCAGAACAG GTAATTGCTGCTGGTGATATGTGTGCCATCTGCCAGGAAAAGATGCATGTTEST: gi|88243065|gb|CI244187.1|CI244187
genomic: CATTGTCACGTAAAGATGTGCATTATGGGTCTTATGCGACAGCAGAACAGgtaaacgttc ... cctggtgcagGTAATTGCTGCTGGTGATATGTGTGCCATCTGCCAGGAAAAGATGCATGTT
EST: CATTGTCACGTAAAGATGTGCATTATGGGTCTTATGCGACAGCAGAACAG GTAATTGCTGCTGGTGATATGTGTGCCATCTGCCAGGAAAAGATGCATGTTEST: gi|66920417|gb|CX107265.1|CX107265
genomic: CATTGTCACGTAAAGATGTGCATTATGGGTCTTATGCGACAGCAGAACAGgtaaacgttc ... cctggtgcagGTAATTGCTGCTGGTGATATGTGTGCCATCTGCCAGGAAAAGATGCATGTT
EST: CATTGTCACGTAAAGATGTGCATTATGGGTCTTATGCGACAGCAGAACAG GTAATTGCTGCTGGTGATATGTGTGCCATCTGCCAGGAAAAGATGCATGTTEST: gi|86493390|gb|CI136023.1|CI136023
genomic: CATTGTCACGTAAAGATGTGCATTATGGGTCTTATGCGACAGCAGAACAGgtaaacgttc ... cctggtgcagGTAATTGCTGCTGGTGATATGTGTGCCATCTGCCAGGAAAAGATGCATGTT
EST: CATTGTCACGTAAAGATGTGCATTATGGGTCTTATGCGACAGCAGAACAG GTAATTGCTGCTGGTGATATGTGTGCCATCTGCCAGGAAAAGATGCATGTTEST: gi|4716706|gb|AU057822.1|AU057822
genomic: CATTGTCACGTAAAGATGTGCATTATGGGTCTTATGCGACAGCAGAACAGgtaaacgttc ... cctggtgcagGTAATTGCTGCTGGTGATATGTGTGCCATCTGCCAGGAAAAGATGCATGTT
EST: GTCACGTAAAGATGTGCATTATGGGTCTTATGCGACAGCAGAACAG GTAATTGCTGCTGGTGATATGTGTGCCATCTGCCAGGAAAAGATGCATGTT
genomic: GTCACGTAAAGATGTGCATTATGGGTCTTATGCGACAGCAGAACAGgtaaacgttc ... cctggtgcagGTAATTGCTGCTGGTGATATGTGTGCCATCTGCCAGGAAAAGATGCATGTT
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| GTTCAGTCATTCTTGGCTGCAGTGAAAGCATTGTCACGTAAAGATGTGCATTATGGGTCTTATGCGACAGCAGAACAGgtaaacgttcatctactggcaagttgctcaacttaaaaatgcaatatgccataactattgataaatcgtaagcatttgtaggattttgtaatagtacaat
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGATG