1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' |
GAGCCTGTTATTCCTGGTTCCTTCCTCCGTGCTAGAGCAATTGGCCTTATGCCCATGATTGACCAGgtatattttctactgttctgtttgtagcaaagggaaaaagacctgcacgggttcactctttttgttttgttttttttttactgacgatattggattttgtgatcag
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os04g59040.1 |
intron # | 6 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: GTTCCTTCCTCCGTGCTAGAGCAATTGGCCTTATGCCCATGATTGACCAG GGTGAGAAGGATGACAAGATAATAGCAGTATGTGCTGATGATCCTGAATACEST: gi|86498205|gb|CI140838.1|CI140838
genomic: GTTCCTTCCTCCGTGCTAGAGCAATTGGCCTTATGCCCATGATTGACCAGgtatattttc ... ttgtgatcagGGTGAGAAGGATGACAAGATAATAGCAGTATGTGCTGATGATCCTGAATAC
EST: GAGCAATTGGCCTTATGCCCATGATTGACCAG GGTGAGAAGGATGACAAGATAATAGCAGTATGTGCTGATGATCCTGAATACEST: gi|33794379|gb|CF323075.1|CF323075
genomic: GAGCAATTGGCCTTATGCCCATGATTGACCAGgtatattttc ... ttgtgatcagGGTGAGAAGGATGACAAGATAATAGCAGTATGTGCTGATGATCCTGAATAC
EST: GTTCCTTCCTCCGTGCTAGAGCAATTGGCCTTATGCCCATGATTGACCAG GGTGAGAAGGATGACAAGATAATAGCAGTATGTGCTGATGATCCTGAATACEST: gi|88217144|gb|CI216993.1|CI216993
genomic: GTTCCTTCCTCCGTGCTAGAGCAATTGGCCTTATGCCCATGATTGACCAGgtatattttc ... ttgtgatcagGGTGAGAAGGATGACAAGATAATAGCAGTATGTGCTGATGATCCTGAATAC
EST: GTTCCTTCCTCCGTGCTAGAGCAATTGGCCTTATGCCCATGATTGACCAG GGTGAGAAGGATGACAAGATAATAGCAGTATGTGCTGATGATCCTGAATACEST: gi|33681023|gb|CF309262.1|CF309262
genomic: GTTCCTTCCTCCGTGCTAGAGCAATTGGCCTTATGCCCATGATTGACCAGgtatattttc ... ttgtgatcagGGTGAGAAGGATGACAAGATAATAGCAGTATGTGCTGATGATCCTGAATAC
EST: GTTCCTTCCTCCGTGCTAGAGCAATTGGCCTTATGCCCATGATTGACCAG GGTGAGAAGGATGACAAGATAATAGCAGTATGTGCTGATGATCCTGAATACEST: gi|88985582|gb|CI016291.1|CI016291
genomic: GTTCCTTCCTCCGTGCTAGAGCAATTGGCCTTATGCCCATGATTGACCAGgtatattttc ... ttgtgatcagGGTGAGAAGGATGACAAGATAATAGCAGTATGTGCTGATGATCCTGAATAC
EST: GTTCCTTCCTCCGTGCTAGAGCAATTGGCCTTATGCCCATGATTGACCAG GGTGAGAAGGATGACAAGATAATAGCAGTATGTGCTGATGATCCTGAATACEST: gi|86523613|gb|CI163819.1|CI163819
genomic: GTTCCTTCCTCCGTGCTAGAGCAATTGGCCTTATGCCCATGATTGACCAGgtatattttc ... ttgtgatcagGGTGAGAAGGATGACAAGATAATAGCAGTATGTGCTGATGATCCTGAATAC
EST: GTTCCTTCCTCCGTGCTAGAGCAATTGGCCTTATGCCCATGATTGACCAG GGTGAGAAGGATGACAAGATAATAGCAGTATGTGCTGATGATCCTGAATACEST: gi|89171018|gb|CI040295.1|CI040295
genomic: GTTCCTTCCTCCGTGCTAGAGCAATTGGCCTTATGCCCATGATTGACCAGgtatattttc ... ttgtgatcagGGTGAGAAGGATGACAAGATAATAGCAGTATGTGCTGATGATCCTGAATAC
EST: AGAGCAATTGGCCTTATGCCCATGATTGACCAG GGTGAGAAGGATGACAAGATAATAGCAGTATGTGCTGATGATCCTGAATACEST: gi|86873424|gb|CI341649.1|CI341649
genomic: AGAGCAATTGGCCTTATGCCCATGATTGACCAGgtatattttc ... ttgtgatcagGGTGAGAAGGATGACAAGATAATAGCAGTATGTGCTGATGATCCTGAATAC
EST: CCTTATGCCCATGATTGACCAG GGTGAGAAGGATGACAAGATAATAGCAGTATGTGCTGATGATCCTGAATACEST: gi|33686066|gb|CF314305.1|CF314305
genomic: CCTTATGCCCATGATTGACCAGgtatattttc ... ttgtgatcagGGTGAGAAGGATGACAAGATAATAGCAGTATGTGCTGATGATCCTGAATAC
EST: GTTCCTTCCTCCGTGCTAGAGCAATTGGCCTTATGCCCATGATTGACCAG GGTGAGAAGGATGACAAGATAATAGCAGTATGTGCTGATGATCCTGEST: gi|58602895|gb|CK013423.1|CK013423
genomic: GTTCCTTCCTCCGTGCTAGAGCAATTGGCCTTATGCCCATGATTGACCAGgtatattttc ... ttgtgatcagGGTGAGAAGGATGACAAGATAATAGCAGTATGTGCTGATGATCCTG
EST: GTTCCTTCCTCCGTGCTAGAGCAATTGGCCTTATGCCCATGATTGACCAG GGTGAGAAGGATGACAAGATAATAGCAGTATGTGCTGATGATCCTGAATACEST: gi|33681024|gb|CF309263.1|CF309263
genomic: GTTCCTTCCTCCGTGCTAGAGCAATTGGCCTTATGCCCATGATTGACCAGgtatattttc ... ttgtgatcagGGTGAGAAGGATGACAAGATAATAGCAGTATGTGCTGATGATCCTGAATAC
EST: GTTCCTTCCTCCGTGCTAGAGCAATTGGCCTTATGCCCATGATTGACCAG GGTGAGAAGGATGACAAGATAATAGCAGTATGTGCTGATGATCCTGAATACEST: gi|66915284|gb|CX102132.1|CX102132
genomic: GTTCCTTCCTCCGTGCTAGAGCAATTGGCCTTATGCCCATGATTGACCAGgtatattttc ... ttgtgatcagGGTGAGAAGGATGACAAGATAATAGCAGTATGTGCTGATGATCCTGAATAC
EST: GTTCCTTCCTCCGTGCTAGAGCAATTGGCCTTATGCCCATGATTGAGCAG AGTGAGAAGGATGACCAGATAATAGCAGTATGTGCTGATGATCCTGAATACEST: gi|58603027|gb|CK013555.1|CK013555
genomic: GTTCCTTCCTCCGTGCTAGAGCAATTGGCCTTATGCCCATGATTGACCAGgtatattttc ... ttgtgatcagGGTGAGAAGGATGACAAGATAATAGCAGTATGTGCTGATGATCCTGAATAC
EST: TTCCTTCCTCCGTGCTAGAGCAATTGGCCTTATGCCCATGATTGACCAG GGTGAGAAGGATGACAAGATAATAGCAGTATGTGCTGATGATCCTGAATACEST: gi|11026234|gb|AU162835.1|AU162835
genomic: TTCCTTCCTCCGTGCTAGAGCAATTGGCCTTATGCCCATGATTGACCAGgtatattttc ... ttgtgatcagGGTGAGAAGGATGACAAGATAATAGCAGTATGTGCTGATGATCCTGAATAC
EST: GTTCCTTCCTCCGTGCTAGAGCAATTGGCCTTATGCCCATGATTGACCAG GGTGAGAAGGATGACAAGATAATAGCAGTATGTGCTGATGATCCTGAATACEST: gi|27554006|gb|CA997906.1|CA997906
genomic: GTTCCTTCCTCCGTGCTAGAGCAATTGGCCTTATGCCCATGATTGACCAGgtatattttc ... ttgtgatcagGGTGAGAAGGATGACAAGATAATAGCAGTATGTGCTGATGATCCTGAATAC
EST: GTTCCTTCCTCCGTGCTAGAGCAATTGGCCTTATGCCCATGATTGACCAG GGTGAGAAGGATGACAAGATAATAGCAGTATGTGCTGATGATCCTGAATACEST: gi|55433023|gb|CV729535.1|CV729535
genomic: GTTCCTTCCTCCGTGCTAGAGCAATTGGCCTTATGCCCATGATTGACCAGgtatattttc ... ttgtgatcagGGTGAGAAGGATGACAAGATAATAGCAGTATGTGCTGATGATCCTGAATAC
EST: GTTCCTTCCTCCGTGCTAGAGCAATTGGCCTTATGCCCATGATTGACCAG GGTGAGAAGGATGACAAGATAATAGCAGTATGTGCTGAEST: gi|163918341|gb|EG713193.1|EG713193
genomic: GTTCCTTCCTCCGTGCTAGAGCAATTGGCCTTATGCCCATGATTGACCAGgtatattttc ... ttgtgatcagGGTGAGAAGGATGACAAGATAATAGCAGTATGTGCTGA
EST: TTCCTTCCTCCGTGCTAGAGCAATTGGCCTTATGCTCCATGATTGACCAG GGTGAGAAGGATGACAAGATAATAGCAGTATGTGCTGATGATCCTGAATACEST: gi|32948454|gb|BP185026.1|BP185026
genomic: TTCCTTCCTCCGTGCTAGAGCAATTGGCCTTATGC-CCATGATTGACCAGgtatattttc ... ttgtgatcagGGTGAGAAGGATGACAAGATAATAGCAGTATGTGCTGATGATCCTGAATAC
EST: GTTCCTTCCTCCGTGCTAGAGCAATTGGCCTTATGCCCATGATTGACCAG GGTGAGAAGGATGACAAGATAATAGCAGTATGTGEST: gi|218494174|gb|FG955165.1|FG955165
genomic: GTTCCTTCCTCCGTGCTAGAGCAATTGGCCTTATGCCCATGATTGACCAGgtatattttc ... ttgtgatcagGGTGAGAAGGATGACAAGATAATAGCAGTATGTG
EST: GTTCCTTCCTCCGTGCTAGAGCAATTGGCCTTATGCCCATGATTGACCAG GGTGAGAAGGATGACAAGATAATAGCAGTATGTGCTGATGATCCTGAATACEST: gi|87007333|gb|CI279004.1|CI279004
genomic: GTTCCTTCCTCCGTGCTAGAGCAATTGGCCTTATGCCCATGATTGACCAGgtatattttc ... ttgtgatcagGGTGAGAAGGATGACAAGATAATAGCAGTATGTGCTGATGATCCTGAATAC
EST: GTTCCTTCCTCCGTGCTAGAGCAATTGGCCTTATGCCCATGATTGACCAG GGTGAGAAGGATGACAAGATAATAGCAGTATGTGCTGATGATCCTGAATACEST: gi|33693190|gb|CF321429.1|CF321429
genomic: GTTCCTTCCTCCGTGCTAGAGCAATTGGCCTTATGCCCATGATTGACCAGgtatattttc ... ttgtgatcagGGTGAGAAGGATGACAAGATAATAGCAGTATGTGCTGATGATCCTGAATAC
EST: GTTCCTTCCTCCGTGCTAGAGCAATTGGCCTTATGCCCATGATTGACCAG GGTGAGAAGGATGACAAGATAATAGCAGTATGTGCTGATGATCCTGAATACEST: gi|58671895|gb|CK060581.1|CK060581
genomic: GTTCCTTCCTCCGTGCTAGAGCAATTGGCCTTATGCCCATGATTGACCAGgtatattttc ... ttgtgatcagGGTGAGAAGGATGACAAGATAATAGCAGTATGTGCTGATGATCCTGAATAC
EST: GTTCCTTCCTCCGTGCTAGAGCAATTGGCCTTATGCCCATGATTGACCAG GGTGAGAAGGATGACAAGATAATAGCAGTATGTGCTGATGATCCTGAATACEST: gi|8527453|gb|AU092268.1|AU092268
genomic: GTTCCTTCCTCCGTGCTAGAGCAATTGGCCTTATGCCCATGATTGACCAGgtatattttc ... ttgtgatcagGGTGAGAAGGATGACAAGATAATAGCAGTATGTGCTGATGATCCTGAATAC
EST: GTTCCTTCCTCCGTGCTAGAGCAATTGGCCTTATGCCCATGATTGACCAG GGTGAGAAGGATGACAAGATAATAGCAGTATGTGCTGATGATCCTGAATACEST: gi|86834579|gb|CI340696.1|CI340696
genomic: GTTCCTTCCTCCGTGCTAGAGCAATTGGCCTTATGCCCATGATTGACCAGgtatattttc ... ttgtgatcagGGTGAGAAGGATGACAAGATAATAGCAGTATGTGCTGATGATCCTGAATAC
EST: GAGCAATTGGCCTTATGCCCATGATTGACCAG GGTGAGAAGGATGACAAGATAATAGCAGTATGTGCTGATGATCCTGAATACEST: gi|3768325|gb|AU032352.1|AU032352
genomic: GAGCAATTGGCCTTATGCCCATGATTGACCAGgtatattttc ... ttgtgatcagGGTGAGAAGGATGACAAGATAATAGCAGTATGTGCTGATGATCCTGAATAC
EST: GTTCCTTCCTCCGTGCTAGAGCAATTGGCCTTATGCCCNTGATTGACCAG GGTGAGANGGATGNCAAGATAATAGCAGTATGTGCTGATGATCCTGAATACEST: gi|86527296|gb|CI167502.1|CI167502
genomic: GTTCCTTCCTCCGTGCTAGAGCAATTGGCCTTATGCCCATGATTGACCAGgtatattttc ... ttgtgatcagGGTGAGAAGGATGACAAGATAATAGCAGTATGTGCTGATGATCCTGAATAC
EST: GTTCCTTCCTCCGTGCTAGAGCAATTGGCCTTATGCCCATGATTGACCAG GGTGAGAAGGATGACAAGATAATAGCAGTATGTGCTGATGATCCTGAATACEST: gi|88984409|gb|CI014964.1|CI014964
genomic: GTTCCTTCCTCCGTGCTAGAGCAATTGGCCTTATGCCCATGATTGACCAGgtatattttc ... ttgtgatcagGGTGAGAAGGATGACAAGATAATAGCAGTATGTGCTGATGATCCTGAATAC
EST: GTTCCTTCCTCCGTGCTAGAGCAATTGGCCTTATGCCCATGATTGACCAG GGTGAGAAGGATGACAAGATAATAGCAGTATGTGCTGATGATCCTGAATACEST: gi|55434349|gb|CV730296.1|CV730296
genomic: GTTCCTTCCTCCGTGCTAGAGCAATTGGCCTTATGCCCATGATTGACCAGgtatattttc ... ttgtgatcagGGTGAGAAGGATGACAAGATAATAGCAGTATGTGCTGATGATCCTGAATAC
EST: GTTCCTTCCTCCGTGCTAGAGCAATTGGCCTTATGCCCATGATTGACCAG GGTGAGAAGGATGACAAGATAATAGCAEST: gi|86846050|gb|CI347237.1|CI347237
genomic: GTTCCTTCCTCCGTGCTAGAGCAATTGGCCTTATGCCCATGATTGACCAGgtatattttc ... ttgtgatcagGGTGAGAAGGATGACAAGATAATAGCA
EST: ATGATTGAGCCAG GGTGAGAAGGATGACAAGATAATAGCAGTATGTGCTGATGATCCTGAATAEST: gi|86421029|gb|CI057018.1|CI057018
genomic: ATGATTGA-CCAGgtatattttc ... ttgtgatcagGGTGAGAAGGATGACAAGATAATAGCAGTATGTGCTGATGATCCTGAATA
EST: GTTCCTTCCTCCGTGCTAGAGCAATTGGCCTTATGCCCATGATTGACCAG GGTGAGAAGGATGACAAGATAATAGCAGTATGTGCTGATGATCCTGAATAC
genomic: GTTCCTTCCTCCGTGCTAGAGCAATTGGCCTTATGCCCATGATTGACCAGgtatattttc ... ttgtgatcagGGTGAGAAGGATGACAAGATAATAGCAGTATGTGCTGATGATCCTGAATAC
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| GAGCCTGTTATTCCTGGTTCCTTCCTCCGTGCTAGAGCAATTGGCCTTATGCCCATGATTGACCAGgtatattttctactgttctgtttgtagcaaagggaaaaagacctgcacgggttcactctttttgttttgttttttttttactgacgatattggattttgtgatcag
- - - - - - - - - - - - - - - - AGAGCA