1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' |
ATTTCAGGTGGATGGAGGCATACAATGGCGCTTACATCAGATGGAAAGCTTTATGGTTGGGGGTGGAACAAGgtaggtcattatctatgtgcctctacttatatttttgtcccaggtttattgtcttgttagaaatcaactgcacgatcaaagccttccaatttcatggttt...
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os04g35570.3 |
intron # | 6 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: CAATGGCGCTTACATCAGATGGAAAGCTTTATGGTTGGGGGTGGAACAAG TTTGGGCAAGTCGGAGTTGGTGGATACTGATGATCACTGTTTCCCAGTACAEST: gi|29622366|gb|CB627377.1|CB627377
genomic: CAATGGCGCTTACATCAGATGGAAAGCTTTATGGTTGGGGGTGGAACAAGgtaggtcatt ... ggatatgcagTTTGGGCAAGTCGGAGTTGGTG-ATACTGATGATCACTGTTTCCCAGTACA
EST: ATCAGATGGAAAGCTTTATGGTTGGGGGTGGAACAAG TTTGGGCAAGTCGGAGTTGGTGATACTGATGATCACTGTTTCCCAGTACAGEST: gi|4715299|gb|AU056416.1|AU056416
genomic: ATCAGATGGAAAGCTTTATGGTTGGGGGTGGAACAAGgtaggtcatt ... ggatatgcagTTTGGGCAAGTCGGAGTTGGTGATACTGATGATCACTGTTTCCCAGTACAG
EST: CAATGGCGCTTACATCAGATGGAAAGCTTTATGGTTGGGGGTGGAACAAG TTTGGGCAAGTCGGAGTTGGTGATACTGATGATCACTGTTTCCCAGTACAGEST: gi|38481577|gb|CF965666.1|CF965666
genomic: CAATGGCGCTTACATCAGATGGAAAGCTTTATGGTTGGGGGTGGAACAAGgtaggtcatt ... ggatatgcagTTTGGGCAAGTCGGAGTTGGTGATACTGATGATCACTGTTTCCCAGTACAG
EST: CAATGGCGCTTACATCAGATGGAAAGCTTTATGGTTGGGGGTGGAACAAG TTTGGGCAAGTCGGAGTTGGTGATACTGATGATCACTGTTTCCCAGTACAGEST: gi|29627247|gb|CB632258.1|CB632258
genomic: CAATGGCGCTTACATCAGATGGAAAGCTTTATGGTTGGGGGTGGAACAAGgtaggtcatt ... ggatatgcagTTTGGGCAAGTCGGAGTTGGTGATACTGATGATCACTGTTTCCCAGTACAG
EST: CAATGGCGCTTACATCAGATGGAAAGCTTTATGGTTGGGGGTGGAACAAG TTTGGGCAAGTCGGAGTTGGTGATACTGATGATCACTGTTTCCCAGTACAGEST: gi|29614612|gb|CB619625.1|CB619625
genomic: CAATGGCGCTTACATCAGATGGAAAGCTTTATGGTTGGGGGTGGAACAAGgtaggtcatt ... ggatatgcagTTTGGGCAAGTCGGAGTTGGTGATACTGATGATCACTGTTTCCCAGTACAG
EST: CAATGGCGCTTACATCAGATGGAAAGCTTTATGGTTGGGGGTGGAACAAG TTTGGGCAAGTCGGAGTTGGTGATACTGATGATCACTGTTTCCCAGTACAGEST: gi|5803542|gb|AI978512.1|AI978512
genomic: CAATGGCGCTTACATCAGATGGAAAGCTTTATGGTTGGGGGTGGAACAAGgtaggtcatt ... ggatatgcagTTTGGGCAAGTCGGAGTTGGTGATACTGATGATCACTGTTTCCCAGTACAG
EST: CAATGGCGCTTACATCAGATGGAAAGCTTTATGGTTGGGGGTGGAACAAG TTTGGGCAAGTCGGAGTTGGTGATACTGATGATCACTGTTTCCCAGTACAG
genomic: CAATGGCGCTTACATCAGATGGAAAGCTTTATGGTTGGGGGTGGAACAAGgtaggtcatt ... ggatatgcagTTTGGGCAAGTCGGAGTTGGTGATACTGATGATCACTGTTTCCCAGTACAG
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| ATTTCAGGTGGATGGAGGCATACAATGGCGCTTACATCAGATGGAAAGCTTTATGGTTGGGGGTGGAACAAGgtaggtcattatctatgtgcctctacttatatttttgtcccaggtttattgtcttgttagaaatcaactgcacgatcaaagccttccaatttcatggttt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - GATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGTGGA