1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' |
TTTGGACCTGGCAGGGGTTATGGTGGAGATGGTTTTGCAATGGAAGAAGCTGGTGGATATGATGATGGGGAGCCTAATGCACCTCCTATGCAAGGGCATGgttagttatgcttaaactttattacctagaaatagcattataaattatagttccttcagttcgattgtatttttcttacctattggtttgtactgaaata...
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os04g34940.1 |
intron # | 6 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: TGGTGGATATGATGATGGGGAGCCTAATGCACCTCCTATGCAAGGGCATG AAGGTGGCAGAGGAAGGGGCCGTGGTCGAGGCCGAGGCTGTGGACGTGGTCEST: gi|88831083|gb|CI080507.1|CI080507
genomic: TGGTGGATATGATGATGGGGAGCCTAATGCACCTCCTATGCAAGGGCATGgttagttatg ... tgaactacagAAGGTGGCAGAGGAAGGGGCCGTGGTCGAGGCCGAGGCTGTGGACGTGGTC
EST: TGGTGGATATGATGATGGGGAGCCTAATGCACCTCCTATGCAAGGGCATG AAGGTGGCAGAGGAAGGGGCCGTGGTCGAGGCCGAGGCTGTGGACGTGGTCEST: gi|13807891|gb|AU182139.1|AU182139
genomic: TGGTGGATATGATGATGGGGAGCCTAATGCACCTCCTATGCAAGGGCATGgttagttatg ... tgaactacagAAGGTGGCAGAGGAAGGGGCCGTGGTCGAGGCCGAGGCTGTGGACGTGGTC
EST: TGGTGGATATGATGATGGGGAGCCTAATGCACCTCCTATGCAAGGGCATG AAGGTGGCAGAGGAAGGGGCCGTGGTCGAGGCCGAGGCTGTGGACGTGGTCEST: gi|86256781|gb|CI061544.1|CI061544
genomic: TGGTGGATATGATGATGGGGAGCCTAATGCACCTCCTATGCAAGGGCATGgttagttatg ... tgaactacagAAGGTGGCAGAGGAAGGGGCCGTGGTCGAGGCCGAGGCTGTGGACGTGGTC
EST: TGGTGGATATGATGATGGGGAGCCTAATGCACCTCCTATGCAAGGGCATG AAGGTGGCAGAGGAAGGGGCCGTGGTCGAGGCCGAGGCTGTGGACGTGGTCEST: gi|27554092|gb|CA997992.1|CA997992
genomic: TGGTGGATATGATGATGGGGAGCCTAATGCACCTCCTATGCAAGGGCATGgttagttatg ... tgaactacagAAGGTGGCAGAGGAAGGGGCCGTGGTCGAGGCCGAGGCTGTGGACGTGGTC
EST: TGGTGGATATGATGATGGGGAGCCTAATGCACCTCCTATGCAAGGGCATG AAGGTGGCAGAGGAAGGGGCCGTGGTCGAGGCCGAGGCTGTGGACGTGGTCEST: gi|88841383|gb|CI005463.1|CI005463
genomic: TGGTGGATATGATGATGGGGAGCCTAATGCACCTCCTATGCAAGGGCATGgttagttatg ... tgaactacagAAGGTGGCAGAGGAAGGGGCCGTGGTCGAGGCCGAGGCTGTGGACGTGGTC
EST: TGGTGGATATGATGATGGGGAGCCTAATGCACCTCCTATGCAAGGGCATG AAGGTGGCAGAGGAAGGGGCCGTGGTCGAGGCCGAGGCTGTGGACGTGGTCEST: gi|38482127|gb|CF966184.1|CF966184
genomic: TGGTGGATATGATGATGGGGAGCCTAATGCACCTCCTATGCAAGGGCATGgttagttatg ... tgaactacagAAGGTGGCAGAGGAAGGGGCCGTGGTCGAGGCCGAGGCTGTGGACGTGGTC
EST: TGGTGGATATGATGATGGGGAGCCTAATGCACCTCCTATGCAAGGGCATG AAGGTGGCAGAGGAAGGGGCCGTGGTCGAGGCCGAGGCCGTGGACGTGGTCEST: gi|2312956|gb|C29111.1|C29111
genomic: TGGTGGATATGATGATGGGGAGCCTAATGCACCTCCTATGCAAGGGCATGgttagttatg ... tgaactacagAAGGTGGCAGAGGAAGGGGCCGTGGTCGAGGCCGAGGCTGTGGACGTGGTC
EST: TGGTGGATATNATGATGGGGAGCCTAATGCACCTCCTATGCAAGGGCATG AAGGTGGCAGAGGAAGGGGCCGTGGTCGAGGCCGAGGCTGTGGACGTGGTC
genomic: TGGTGGATATGATGATGGGGAGCCTAATGCACCTCCTATGCAAGGGCATGgttagttatg ... tgaactacagAAGGTGGCAGAGGAAGGGGCCGTGGTCGAGGCCGAGGCTGTGGACGTGGTC
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| TTTGGACCTGGCAGGGGTTATGGTGGAGATGGTTTTGCAATGGAAGAAGCTGGTGGATATGATGATGGGGAGCCTAATGCACCTCCTATGCAAGGGCATGgttagttatgcttaaactttattacctagaaatagcattataaattatagttccttcagttcgattgtatttttcttacctattggtttgtactgaaata
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGTGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGTGGA