1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' |
CACTTTTGGGTTGCAATTTCTATGGTGTTTCTTATAGCTGCTACAACCTTCACACTTTTGAAGCTGTCTGgtaaagtttcctggatctcctttttgttttttgaccttcattatggcatgtcctatttgttatgtgttttcaagcactgtagactgtagagttaaaaagt...
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os03g49900.1 |
intron # | 6 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: TATGGTGTTTCTTATAGCTGCTACAACCTTCACACTTTTGAAGCTGTCTG GTGATGTTGGTGCTTTGGGATGGTGGGATTTGTTTATAAATTATGGEST: gi|29643978|gb|CB648985.1|CB648985
genomic: TATGGTGTTTCTTATAGCTGCTACAACCTTCACACTTTTGAAGCTGTCTGgtaaagtttc ... tgcatgacagGTGATGTTGGTGCTTTGGGATGGTGGGATTTGTTTATAAATTATGG
EST: TATGGTGTTTCTTATAGCTGCTACAACCTTCACACTTTTGAAGCTGTCTG GTGATGTTGGTGCTTTGGGATGGTGGGATTTGTTTATAAATTATGGEST: gi|29638900|gb|CB643909.1|CB643909
genomic: TATGGTGTTTCTTATAGCTGCTACAACCTTCACACTTTTGAAGCTGTCTGgtaaagtttc ... tgcatgacagGTGATGTTGGTGCTTTGGGATGGTGGGATTTGTTTATAAATTATGG
EST: TATGGTGTTTCTTATAGCTGCTACAACCTTCACACTTTTGAAGCTGTCTG GTGATGTTGGTGCTTTGGGATGGTGGGATTTGTTTATAAATTATGGEST: gi|157651756|gb|EX451390.1|EX451390
genomic: TATGGTGTTTCTTATAGCTGCTACAACCTTCACACTTTTGAAGCTGTCTGgtaaagtttc ... tgcatgacagGTGATGTTGGTGCTTTGGGATGGTGGGATTTGTTTATAAATTATGG
EST: TATGGTGTTTCTTATAGCTGCTACAACCTTCACACTTTTGAAGCTGTCTG GTGATGTTGGTGCTTTGGGATGGTGGGATTTGTTTATAAATTATGGEST: gi|29658594|gb|CB654869.1|CB654869
genomic: TATGGTGTTTCTTATAGCTGCTACAACCTTCACACTTTTGAAGCTGTCTGgtaaagtttc ... tgcatgacagGTGATGTTGGTGCTTTGGGATGGTGGGATTTGTTTATAAATTATGG
EST: TATGGTGTTTCTTATAGCTGCTACAACCTTCACACTTTTGAAGCTGTCTG GTGATGTTGGTGCTTTGGGATGGTGGGATTTGTTTATAAATTATGG
genomic: TATGGTGTTTCTTATAGCTGCTACAACCTTCACACTTTTGAAGCTGTCTGgtaaagtttc ... tgcatgacagGTGATGTTGGTGCTTTGGGATGGTGGGATTTGTTTATAAATTATGG
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| CACTTTTGGGTTGCAATTTCTATGGTGTTTCTTATAGCTGCTACAACCTTCACACTTTTGAAGCTGTCTGgtaaagtttcctggatctcctttttgttttttgaccttcattatggcatgtcctatttgttatgtgttttcaagcactgtagactgtagagttaaaaagt
- - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCTG