Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GGTTGGTGATATGCCTCTTCTGGAACATAATATGTGTCAGTGCTATTGCGATTATGTGGGGCGgtatggtttcagagaaattcatcttatttaatttgcattcatgccttgtatgttaagcttatgtccctaatttgttagttttgagcaaatatgttaatttatttcatctatgcag

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os03g38600.1
intron # 6
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os03g38600.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 6
lower sequence: GRMZM2G124938_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 6
GGTTGGTGATATGCCTCTTCTGGAACATAATATGTGTCAGTGCTATTGCGATTATGTGGGGCGgtatggtttcagagaaattcatcttatttaatttgcattcatgccttgtatgttaagcttatgtccctaatttgttagttttg------agcaaatatgttaat-ttatttcatctatgcag
||||||| ||||||||||||||||||||  ||||||| | ||||  |  |||||   |    ||| || |   | |  ||||   ||| ||| | ||   |   | | |   ||    |  |||| |    ||  |  || || ||      ||  | ||| |  || || || |||  ||||||
GGTTGGTCATATGCCTCTTCTGGAACATTTTATGTGTAACTGCTGCTTGGATTACAGGAAATGgtgtgttcataaaataattt-ccttgttttacttttgtgtgttcttccaataaccatattatctaaaaaaaattgtatttctgttatttagtcagtatatcgatgttcttccatgcatgcag