Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

ACAAGTTGGAGGTCAAGAGCACTTCTACATGGAGCCTCAGAGCACTCTTGTATGGCCAGTTGATTCTGGAAATGAAATTCATATGATTTCATCTACCCAGgtatgctattctttagatttttaagtctactacttgttgcatttgcatggagccatggaatattgatatggtagacatactatgcaactaatatttactt...

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os03g31550.1
intron # 6
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os03g31550.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 6
lower sequence: GRMZM2G050984_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 2
ACAAGTTGGAGGTCAAGAGCACTTCTACATGGAGCCTCAGAGCACTCTTGTATGGCCAGTTGATTCTGGAAATGAAATTCATATGATTTCATCTACCCAGgtatgctattctttagatttttaagtctactacttgttgcatttgcatggagccatggaatattgatatggtagacatactat-gcaactaatatttactt--
 || || |||||||||||||| || |||||||| |||||| |||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||| | |||||||| || |||||||  ||||  |   | |  || |||| |     |  ||    |  | || |      ||   ||| ||    || | |  | ||     | ||     
TCATGTCGGAGGTCAAGAGCATTTTTACATGGAACCTCAGTGCACTCTTGTCTGGCCAGTGGATTCTGGAAATGAAATTCATATGGTCTCATCTACTCAAgtatgct-ctcttagggcctgttcgtttactccggaacg-gttccattacaaccgttccg-gttagaatgataagtttattttcaccacaggggtgtagcaca
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|58693457|gb|CK082144.1|CK082144
EST:     TATGGCCAGTTGATTCTGGAAATGAAATTCATATGATTTCATCTACCCAG                         GCTCCCCAGAAGCACCAAAAGTATGTTGCTAATGTTCTTGGTCTTCCACAA
genomic: TATGGCCAGTTGATTCTGGAAATGAAATTCATATGATTTCATCTACCCAGgtatgctatt ... ttgtcttaagGCTCCCCAGAAGCACCAAAAGTATGTTGCTAATGTTCTTGGTCTTCCACAA