1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' |
GTTCTGCTAGATGTAAAGCCATGGGATGACGAAACAGACATGGCAAAGCTTGAGGAAGCTGTGAGGAATGTGAAGATGGAGGGCCTGCTCTGGGGTGCATgtatgtgactctattcttcaattttattctgctaataaatccagtactaatatgtgctcttatggtttaatagttcattttctaacataaaatcatttttgcag
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os03g29260.1 |
intron # | 6 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: TGAGGAAGCTGTGAGGAATGTGAAGATGGAGGGCCTGCTCTGGGGTGCAT CCAAACTTGTACCAGTTGGATATGGCATCAAGAAGTTGCAAATTATGATGAEST: gi|33684663|gb|CF312902.1|CF312902
genomic: TGAGGAAGCTGTGAGGAATGTGAAGATGGAGGGCCTGCTCTGGGGTGCATgtatgtgact ... atttttgcagCCAAACTTGTACCAGTTGGATATGGCATCAAGAAGTTGCAAATTATGATGA
EST: TGAGGAAGCTGTGAGGAATGTGAAGATGGAGGGCCTGCTCTGGGGTGCAT CCAAACTTGTACCAGTTGGATATGGCATCAAGAAGTTGCAAATTATGATGAEST: gi|86510590|gb|CI153223.1|CI153223
genomic: TGAGGAAGCTGTGAGGAATGTGAAGATGGAGGGCCTGCTCTGGGGTGCATgtatgtgact ... atttttgcagCCAAACTTGTACCAGTTGGATATGGCATCAAGAAGTTGCAAATTATGATGA
EST: TGAGGAAGCTGTGAGGAATGTGAAGATGGAGGGCCTGCTCTGGGGTGCAT CCAAACTTGTACCAGTTGGATATGGCATCAAGAAGTTGCAAATTATGATGAEST: gi|86530287|gb|CI170493.1|CI170493
genomic: TGAGGAAGCTGTGAGGAATGTGAAGATGGAGGGCCTGCTCTGGGGTGCATgtatgtgact ... atttttgcagCCAAACTTGTACCAGTTGGATATGGCATCAAGAAGTTGCAAATTATGATGA
EST: TGAGGAAGCTGTGAGGAATGTGAAGATGGAGGGCCTGCTCTGGGGTGCAT CCAAACTTGTACCAGTTGGATATGGCATCAAGAAGTTGCAAATTATGATGAEST: gi|58606912|gb|CK034945.1|CK034945
genomic: TGAGGAAGCTGTGAGGAATGTGAAGATGGAGGGCCTGCTCTGGGGTGCATgtatgtgact ... atttttgcagCCAAACTTGTACCAGTTGGATATGGCATCAAGAAGTTGCAAATTATGATGA
EST: TGAGGAAGCTGTGAGGAATGTGAAGATGGAGGGCCTGCTCTGGGGTGCAT CCAAACTTGTACCAGTTGGATATGGCATCAAGAAGTTGCAAATTATGATGAEST: gi|25799116|gb|CA755077.1|CA755077
genomic: TGAGGAAGCTGTGAGGAATGTGAAGATGGAGGGCCTGCTCTGGGGTGCATgtatgtgact ... atttttgcagCCAAACTTGTACCAGTTGGATATGGCATCAAGAAGTTGCAAATTATGATGA
EST: GAGGAAGCTGTGAGGAATG-GNAAGATGGAGGGCCTGCTCTGGGGTGCAT CCNAACTTGTACCAGTTGGATATGGCAEST: gi|86531088|gb|CI171294.1|CI171294
genomic: GAGGAAGCTGTGAGGAATGTG-AAGATGGAGGGCCTGCTCTGGGGTGCATgtatgtgact ... atttttgcagCCAAACTTGTACCAGTTGGATATGGCA
EST: TGAGGAAGCTGTGAGGAATGTGAAGATGGAGGGCCTGCTCTGGGGTGCAT CCAAACTTGTACCAGTTGGATATGGCATCAAGAAGTTGCAAATTATGATGAEST: gi|55413398|gb|CV725774.1|CV725774
genomic: TGAGGAAGCTGTGAGGAATGTGAAGATGGAGGGCCTGCTCTGGGGTGCATgtatgtgact ... atttttgcagCCAAACTTGTACCAGTTGGATATGGCATCAAGAAGTTGCAAATTATGATGA
EST: TGAGGAAGCTGTGAGGAATGTGAAGATGGAGGGCCTGCTTTGGGGTGCAT CCAAACTTGTACCAGTTGGATATGGCATCAAGAAGTTGCAAATTATGATGAEST: gi|87032513|gb|CI266153.1|CI266153
genomic: TGAGGAAGCTGTGAGGAATGTGAAGATGGAGGGCCTGCTCTGGGGTGCATgtatgtgact ... atttttgcagCCAAACTTGTACCAGTTGGATATGGCATCAAGAAGTTGCAAATTATGATGA
EST: TGAGGAAGCTGTGAGGAATGTGAAGATGGAGGGCCTGCTCTGGGGTGCAT CCAAACTTGTACCAGTTGGATATGGCATCAAGAAGTTGCAAATTATGATGAEST: gi|88213372|gb|CI213221.1|CI213221
genomic: TGAGGAAGCTGTGAGGAATGTGAAGATGGAGGGCCTGCTCTGGGGTGCATgtatgtgact ... atttttgcagCCAAACTTGTACCAGTTGGATATGGCATCAAGAAGTTGCAAATTATGATGA
EST: TGAGGAAGCTGTGAGGAATGTGAAGATGGAGGGCCTGCTCTGGGGTGCAT CCAAACTTGTACCAGTTGGATATGGCATCAAGAAGTTGCAAATTATGATGAEST: gi|427633|gb|D23766.1|D23766
genomic: TGAGGAAGCTGTGAGGAATGTGAAGATGGAGGGCCTGCTCTGGGGTGCATgtatgtgact ... atttttgcagCCAAACTTGTACCAGTTGGATATGGCATCAAGAAGTTGCAAATTATGATGA
EST: TGAGGA-GCTGT-AGGAATGTGAAGATGGAGGGCCTGCTCTGGGGTGCAT CCAA-CTTGTACCAEST: gi|88522877|gb|CI450672.1|CI450672
genomic: TGAGGAAGCTGTGAGGAATGTGAAGATGGAGGGCCTGCTCTGGGGTGCATgtatgtgact ... atttttgcagCCAAACTTGTACCA
EST: TGAGGAAGCTGTGAGGAATGTGAAGATGGAGGGCCTGCTCTGGGGTGCAT CCAAACTTGTACCAGTTGGATATGGCATCAAGAAGTTGCAAATTATGATGAEST: gi|86250485|gb|CI010146.1|CI010146
genomic: TGAGGAAGCTGTGAGGAATGTGAAGATGGAGGGCCTGCTCTGGGGTGCATgtatgtgact ... atttttgcagCCAAACTTGTACCAGTTGGATATGGCATCAAGAAGTTGCAAATTATGATGA
EST: TGAGGAAGCTGTGAGGAATGTGAAGATGGAGGGCCTGCTCTGGGGTGCAT CCAAACTTGTACCAGTTGGATATGGCATCAAGAAGTTGCAAATTATGATGAEST: gi|5851078|gb|AU078250.1|AU078250
genomic: TGAGGAAGCTGTGAGGAATGTGAAGATGGAGGGCCTGCTCTGGGGTGCATgtatgtgact ... atttttgcagCCAAACTTGTACCAGTTGGATATGGCATCAAGAAGTTGCAAATTATGATGA
EST: TGAGGAAGCTGTGAGGAATGTGAAGATGGAGGGCCTGCTCTGGGGTGCAT CCAAACTTGTACCAGTTGGATATGGCATCAAGAAGTTGCAAATTATGATGAEST: gi|88201644|gb|CI201999.1|CI201999
genomic: TGAGGAAGCTGTGAGGAATGTGAAGATGGAGGGCCTGCTCTGGGGTGCATgtatgtgact ... atttttgcagCCAAACTTGTACCAGTTGGATATGGCATCAAGAAGTTGCAAATTATGATGA
EST: TGAGGAAGCTGTGAGGAATGTGAAGATGGAGGGCCTGCTCTGGGGTGCAT CCAAACTTGTACCAGTTGGATATGGCATCAAGAAGTTGCAAATTATGATGAEST: gi|87035590|gb|CI190212.1|CI190212
genomic: TGAGGAAGCTGTGAGGAATGTGAAGATGGAGGGCCTGCTCTGGGGTGCATgtatgtgact ... atttttgcagCCAAACTTGTACCAGTTGGATATGGCATCAAGAAGTTGCAAATTATGATGA
EST: TGAGGAAGCTGTGAGGAATGTGAAGATGGAGGGCCTGCTCTGGGGTGCAT CCAAACTTGTACCAGTTGGATATGGCATCAAGAAGTTGCAAATTATGATGAEST: gi|66923516|gb|CX110364.1|CX110364
genomic: TGAGGAAGCTGTGAGGAATGTGAAGATGGAGGGCCTGCTCTGGGGTGCATgtatgtgact ... atttttgcagCCAAACTTGTACCAGTTGGATATGGCATCAAGAAGTTGCAAATTATGATGA
EST: TGAGGAAGCTGTGAGGAATGTGAAGATGGAGGGCCTGCTCTGGGGTGCAT CCAAACTTGTACCAGTTGGATATGGCATCAAGAAGTTGCAAATTATGATGAEST: gi|88199311|gb|CI199161.1|CI199161
genomic: TGAGGAAGCTGTGAGGAATGTGAAGATGGAGGGCCTGCTCTGGGGTGCATgtatgtgact ... atttttgcagCCAAACTTGTACCAGTTGGATATGGCATCAAGAAGTTGCAAATTATGATGA
EST: TGAGGAAGCTGTGAGGAATGTGAAGATGGAGGGCCTGCTCTGGGGTGCAT CCAAACTTGTACCAGTTGGATATGGCATCAAGAAGTTGCAAATTATGATGAEST: gi|86592626|gb|CI253307.1|CI253307
genomic: TGAGGAAGCTGTGAGGAATGTGAAGATGGAGGGCCTGCTCTGGGGTGCATgtatgtgact ... atttttgcagCCAAACTTGTACCAGTTGGATATGGCATCAAGAAGTTGCAAATTATGATGA
EST: TGAGGAAGCTGTGAGGAATGTGAAGATGGAGGGCCTGCTCTGGGGTGCAT CCAAACTTGTACCAGTTGGATATGGCATCAAGAAGTTGCAAATCATGATGAEST: gi|87032231|gb|CI262013.1|CI262013
genomic: TGAGGAAGCTGTGAGGAATGTGAAGATGGAGGGCCTGCTCTGGGGTGCATgtatgtgact ... atttttgcagCCAAACTTGTACCAGTTGGATATGGCATCAAGAAGTTGCAAATTATGATGA
EST: TGAGGAAGCTGTGAGGAATGTGAAGATGGAGGGCCTGCTCTGGGGTGCAT CCAAACTTGTACCAGTTGGATATGGCATCAAGAAGTTGCAAATTATGATGAEST: gi|88280383|gb|CI401581.1|CI401581
genomic: TGAGGAAGCTGTGAGGAATGTGAAGATGGAGGGCCTGCTCTGGGGTGCATgtatgtgact ... atttttgcagCCAAACTTGTACCAGTTGGATATGGCATCAAGAAGTTGCAAATTATGATGA
EST: TGAGGAAGCTGTGAGGAATGTGAAGATGGAGGGCCTGCTCTGGGGTGCAT CCAAACTTGTACCACTTGGATATGGCATCAAGAAGTTGCCAATTATGATGAEST: gi|86512514|gb|CI155147.1|CI155147
genomic: TGAGGAAGCTGTGAGGAATGTGAAGATGGAGGGCCTGCTCTGGGGTGCATgtatgtgact ... atttttgcagCCAAACTTGTACCAGTTGGATATGGCATCAAGAAGTTGCAAATTATGATGA
EST: TGAGGAAGCTGTGAGGAATGTGAAGATGGAGGGCCTGCTCTGGGGTGCAT CCAAACTTGTACCAGTTGGATATGGCATCAAGAAGTTGCAAATTATGATGAEST: gi|33805318|gb|CF328537.1|CF328537
genomic: TGAGGAAGCTGTGAGGAATGTGAAGATGGAGGGCCTGCTCTGGGGTGCATgtatgtgact ... atttttgcagCCAAACTTGTACCAGTTGGATATGGCATCAAGAAGTTGCAAATTATGATGA
EST: TGAGGAAGCTGTGAGGAATGTGAAGATGGAGGGCCTGCTCTGGGGTGCAT CCAAACTTGTACCAGTTGGATATGGCATCAAGAAGTTGCAAATTATGATGAEST: gi|88469707|gb|CI406978.1|CI406978
genomic: TGAGGAAGCTGTGAGGAATGTGAAGATGGAGGGCCTGCTCTGGGGTGCATgtatgtgact ... atttttgcagCCAAACTTGTACCAGTTGGATATGGCATCAAGAAGTTGCAAATTATGATGA
EST: GAGGAANGCTGTGAGGAATGTNAAGATGGAGGGCCTGCTCTGGGGTGCAT CCAAACTTGTACCAGTTGGATATGGCATCAAGAAGTTGCAAATTATGATGAEST: gi|88279742|gb|CI400940.1|CI400940
genomic: GAGGAA-GCTGTGAGGAATGTGAAGATGGAGGGCCTGCTCTGGGGTGCATgtatgtgact ... atttttgcagCCAAACTTGTACCAGTTGGATATGGCATCAAGAAGTTGCAAATTATGATGA
EST: TGAGGAAGCTGTGAGGAATGTGAAGATGGAGGGCCTGCTCTGGGGTGCAT CCAAACTTGTACCAGTTGGATATGGCATCAAGAAGTTGCAAATTATGATGAEST: gi|218480642|gb|FG944950.1|FG944950
genomic: TGAGGAAGCTGTGAGGAATGTGAAGATGGAGGGCCTGCTCTGGGGTGCATgtatgtgact ... atttttgcagCCAAACTTGTACCAGTTGGATATGGCATCAAGAAGTTGCAAATTATGATGA
EST: TGAGGAAGCTGTGAGGAATGTGAAGATGGAGGGCCTGCTCTGGGGTGCAT CCAAACTTGTACCAGTEST: gi|88528008|gb|CI456208.1|CI456208
genomic: TGAGGAAGCTGTGAGGAATGTGAAGATGGAGGGCCTGCTCTGGGGTGCATgtatgtgact ... atttttgcagCCAAACTTGTACCAGT
EST: TGAGGAAGCTNTGAGGAATGTGAAGATGGAGGGCCTGCTCTGGGGTGCAT CCAAACTTGTACCAGTTGGATATGGCATCAAGAAGTTGCAAATTATGATGAEST: gi|89167249|gb|CI252780.1|CI252780
genomic: TGAGGAAGCTGTGAGGAATGTGAAGATGGAGGGCCTGCTCTGGGGTGCATgtatgtgact ... atttttgcagCCAAACTTGTACCAGTTGGATATGGCATCAAGAAGTTGCAAATTATGATGA
EST: TGAGGAAGCTGTGAGGAATGTGAAGATGGAGGGCCTGCTCTGGGGTGCAT CCAAACTTGTACCAGTTGGATATGGCATCAAGAAGTTGCAAATTATGATGAEST: gi|88238810|gb|CI236661.1|CI236661
genomic: TGAGGAAGCTGTGAGGAATGTGAAGATGGAGGGCCTGCTCTGGGGTGCATgtatgtgact ... atttttgcagCCAAACTTGTACCAGTTGGATATGGCATCAAGAAGTTGCAAATTATGATGA
EST: TGAGGAAGCTGTGAGGAATGTGAAGATGGAGGGCCTGCTCTGGGGTGCAT CCAAACTTGTACCAGTTGGATATGGCATCAAGAAGTTGCAAATTATGATGAEST: gi|86544575|gb|CI184781.1|CI184781
genomic: TGAGGAAGCTGTGAGGAATGTGAAGATGGAGGGCCTGCTCTGGGGTGCATgtatgtgact ... atttttgcagCCAAACTTGTACCAGTTGGATATGGCATCAAGAAGTTGCAAATTATGATGA
EST: AGGAAGCTGTGAGGAATGTGAAGATGGAGGGCCTGCTCTGGGGTGCAT CCAAACTTGTACCAGTTGGATATGGCATCAAGAAGTTGCAAATTATGATGAEST: gi|88830514|gb|CI010714.1|CI010714
genomic: AGGAAGCTGTGAGGAATGTGAAGATGGAGGGCCTGCTCTGGGGTGCATgtatgtgact ... atttttgcagCCAAACTTGTACCAGTTGGATATGGCATCAAGAAGTTGCAAATTATGATGA
EST: TGAGGAAGCTGTGAGGAATGTGAAGATGGAGGGCCTGCTCTGGGGTGCAT CCAAACTTGTACCAGTTGGATATGGCATCAAGAAGTTGCAAATTATGATGAEST: gi|88211491|gb|CI211131.1|CI211131
genomic: TGAGGAAGCTGTGAGGAATGTGAAGATGGAGGGCCTGCTCTGGGGTGCATgtatgtgact ... atttttgcagCCAAACTTGTACCAGTTGGATATGGCATCAAGAAGTTGCAAATTATGATGA
EST: TGAGGAAGCTGTGAGGAATGTGAAGATGGAGGGCCTGCTCTGGGGTGCAT CCAAACTTGTACCAGTTGGATATGGCATCAAGAAGTTGCAGATTATGATGAEST: gi|88521663|gb|CI449371.1|CI449371
genomic: TGAGGAAGCTGTGAGGAATGTGAAGATGGAGGGCCTGCTCTGGGGTGCATgtatgtgact ... atttttgcagCCAAACTTGTACCAGTTGGATATGGCATCAAGAAGTTGCAAATTATGATGA
EST: TGAGGAAGCTGTGAGGAATGTGAAGATGGAGGGCCTGCTCTGGGGTGCAT CCAAACTTGTACCAGTTGGATATGGCATCAAGAAGTTGCAAATTATGATGAEST: gi|88277674|gb|CI398476.1|CI398476
genomic: TGAGGAAGCTGTGAGGAATGTGAAGATGGAGGGCCTGCTCTGGGGTGCATgtatgtgact ... atttttgcagCCAAACTTGTACCAGTTGGATATGGCATCAAGAAGTTGCAAATTATGATGA
EST: TGAGGAANCTNTGAGGAATNTNAAGATTGAGGGCCTGCTCTGGGGTGCAT CCAAACTTGTACCAGTTGGATATGGCATCAAGAAGTTGCAAATTATGATGAEST: gi|88970752|gb|CI385398.1|CI385398
genomic: TGAGGAAGCTGTGAGGAATGTGAAGATGGAGGGCCTGCTCTGGGGTGCATgtatgtgact ... atttttgcagCCAAACTTGTACCAGTTGGATATGGCATCAAGAAGTTGCAAATTATGATGA
EST: TGAGGAAGCTTTGAGGAATTTGAAGATGGAGGGCCTGCTCTGGGGTGCAT CCAAACTTGTACCAGTTGGATATGGCATCAAGAAGTTGCAAATTATGATGAEST: gi|88477905|gb|CI415176.1|CI415176
genomic: TGAGGAAGCTGTGAGGAATGTGAAGATGGAGGGCCTGCTCTGGGGTGCATgtatgtgact ... atttttgcagCCAAACTTGTACCAGTTGGATATGGCATCAAGAAGTTGCAAATTATGATGA
EST: TGAGGAAGCTGTGAGGAATGTGAAGATGGAGGGCCTGCTCTGGGGTGCAT CCAAACTTGTACCAGTTGGATATGGCATCAAGAAGTTGCAAATTATGATGAEST: gi|87035579|gb|CI190201.1|CI190201
genomic: TGAGGAAGCTGTGAGGAATGTGAAGATGGAGGGCCTGCTCTGGGGTGCATgtatgtgact ... atttttgcagCCAAACTTGTACCAGTTGGATATGGCATCAAGAAGTTGCAAATTATGATGA
EST: TGAGGAAGCTGTGAGGAATGTGAAGATGGAGGGCCTGCTCTGGGGTGCAT CCAAACTTGTACCAGTTGGATATGGCATCAAGAAGTTGCAAATTATGATGAEST: gi|33813046|gb|CF332413.1|CF332413
genomic: TGAGGAAGCTGTGAGGAATGTGAAGATGGAGGGCCTGCTCTGGGGTGCATgtatgtgact ... atttttgcagCCAAACTTGTACCAGTTGGATATGGCATCAAGAAGTTGCAAATTATGATGA
EST: TGAGGAAGCTGTGAGGAATGTGAAGATGGAGGGCCTGCTCTGGGGTGCAT CCAAACTTGTACCAGTTGGATATGGCATCAAGAAGTTGCAAATTATGATGAEST: gi|89197781|gb|CI013771.1|CI013771
genomic: TGAGGAAGCTGTGAGGAATGTGAAGATGGAGGGCCTGCTCTGGGGTGCATgtatgtgact ... atttttgcagCCAAACTTGTACCAGTTGGATATGGCATCAAGAAGTTGCAAATTATGATGA
EST: TGAGGAAGCTGTGAGGAATGTGAAGATGGAGGGCCTGCTCTGGGGTGCAT CCAAACTTGTACCAGTTGGATATGGCATCAAGAAGTTGCAAATTATGATGAEST: gi|3768113|gb|AU032140.1|AU032140
genomic: TGAGGAAGCTGTGAGGAATGTGAAGATGGAGGGCCTGCTCTGGGGTGCATgtatgtgact ... atttttgcagCCAAACTTGTACCAGTTGGATATGGCATCAAGAAGTTGCAAATTATGATGA
EST: TGAGGAAGCTGTGAGGAATGTGAAGATGGAGGGCCTGCTCTGGGGTGCAT CCAAACTTGTACCAGTTGGATATGGCATCAAGAAGTTGCAAATTATGATAA
genomic: TGAGGAAGCTGTGAGGAATGTGAAGATGGAGGGCCTGCTCTGGGGTGCATgtatgtgact ... atttttgcagCCAAACTTGTACCAGTTGGATATGGCATCAAGAAGTTGCAAATTATGATGA
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| GTTCTGCTAGATGTAAAGCCATGGGATGACGAAACAGACATGGCAAAGCTTGAGGAAGCTGTGAGGAATGTGAAGATGGAGGGCCTGCTCTGGGGTGCATgtatgtgactctattcttcaattttattctgctaataaatccagtactaatatgtgctcttatggtttaatagttcattttctaacataaaatcatttttgcag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGG