Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GCAGGAGCTAGACCCTGATGCCTGTGCTTGACCGTCTGCTCTTTGGCTTGCATGCCATGAATGCTTTAAGACTGGCATCAACTGATTGACTTCAATTAAGgtttactactttatctgccttgatatttcagcctcttatttctgacgttaaaaaacttatgggatggatgtaatatgcaactaagacatattacctttctactatgtgctaaag

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os02g54770.1
intron # 6
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os02g54770.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 6
lower sequence: GRMZM2G080930_T03 (Zea mays), 5'ss of exon 6
GCAGGAGCTAGACCCTGATGCCTGT--GCTTGACCGTCTGCTCTTTGGCTTGCATGCCATGAATGC-TTTAAGACTGGCATCAACTGATTGACTTCAATTAAGgtttactactttatctgccttgatatttcagcctcttatttctgacgttaaaaaacttatgggatggatgtaatatgcaactaagacatattacctttctactatgtgctaaag
   | |||  |  |||||| | | |  |  |||     |  || |||| |||  || || |||    |||   |||| | |||||||  |||||||| || |||||||  || ||||||  ||| || | | |    |||  || || | ||| | ||||||     |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| || |||   ||||
---GAAGCCCGTGCCTGATACTTCTTGGTGTGAGAACTTAGTCCTTGGTTTGGCTGTCAGGAACAAATTTGGAACTGTCGTCAACTGCATGACTTCAGTTCAGgtttaaaaccttatctagcttaat-tgtgattgccttgattatgccattatagaacttaatatttggatgtattatgcgactaagacatattacctttcttctctgttgaaaag