1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' |
GTTCAGGCTCTAGTTACCTCTATGGATTGCTTGACCACGAATGGAAGGAGGGCATGTCCCAGGAAGAAGCTGAGgtacatcatctaaatatcaaacagtcgtaatccatgagtaataagagatagtttgtcagcatttttgccatgatttaatgaaaatatcacaaattattta...
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os02g53060.1 |
intron # | 6 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: TGCTTGACCACGAATGGAAGGAGGGCATGTCCCAGGAAGAAGCTGAG AAGTTTGTGGTTAAGGTAGTTTCCCTTGCTATAGCCCGTGATGGTGCTAGTEST: gi|86496862|gb|CI139495.1|CI139495
genomic: TGCTTGACCACGAATGGAAGGAGGGCATGTCCCAGGAAGAAGCTGAGgtacatcatc ... atctttacagAAGTTTGTGGTTAAGGTAGTTTCCCTTGCTATAGCCCGTGATGGTGCTAGT
EST: GATTGCTTGACCACGAATGGAAGGAGGGCATGTCCCAGGAAGAAGCTGAG AAGTTTGTGGTTAAGGTAGTTTCCCTTGCTATAGCCCGTGATGGTGCTAGTEST: gi|88482025|gb|CI419296.1|CI419296
genomic: GATTGCTTGACCACGAATGGAAGGAGGGCATGTCCCAGGAAGAAGCTGAGgtacatcatc ... atctttacagAAGTTTGTGGTTAAGGTAGTTTCCCTTGCTATAGCCCGTGATGGTGCTAGT
EST: CGAATGGAAGGAGGGCATGTCCCAGGAAGAAGCTGAG AAGTTTNTGGTTAA-GTNAGTTTCCCTTGCTATAGCCCGTGATGGTGCTAGEST: gi|2797950|gb|AA751244.1|AA751244
genomic: CGAATGGAAGGAGGGCATGTCCCAGGAAGAAGCTGAGgtacatcatc ... atctttacagAAGTTTGTGGTTAAGGT-AGTTTCCCTTGCTATAGCCCGTGATGGTGCTAG
EST: GATTGCTTGACCACGAATGGAAGGAGGGCATGT-CCAGGAAGAAGCTGAG AAGTTTGTGGTTAAGGTAGTTTCCCTTGCTATAGCCCGTGATGGTGCTAGTEST: gi|8527814|gb|AU092629.1|AU092629
genomic: GATTGCTTGACCACGAATGGAAGGAGGGCATGTCCCAGGAAGAAGCTGAGgtacatcatc ... atctttacagAAGTTTGTGGTTAAGGTAGTTTCCCTTGCTATAGCCCGTGATGGTGCTAGT
EST: GATTGCTTGACCACGAATGGAAGGAGGGCATGTCCCAGGAAGAAGCTGAG AAGTTTGTGGTTAAGGTAGTTNCCCTTGCTATANCCCGTGATGGTGCTAGTEST: gi|88514156|gb|CI441662.1|CI441662
genomic: GATTGCTTGACCACGAATGGAAGGAGGGCATGTCCCAGGAAGAAGCTGAGgtacatcatc ... atctttacagAAGTTTGTGGTTAAGGTAGTTTCCCTTGCTATAGCCCGTGATGGTGCTAGT
EST: CGAATGGAAGGAGGGCATGTCCCAGGAAGAAGCTGAG AAGTTTGTGGTTAAGGTAGTTTCCCTTGCTATAGCCCGTGATGGTGCTAGTEST: gi|86535862|gb|CI176068.1|CI176068
genomic: CGAATGGAAGGAGGGCATGTCCCAGGAAGAAGCTGAGgtacatcatc ... atctttacagAAGTTTGTGGTTAAGGTAGTTTCCCTTGCTATAGCCCGTGATGGTGCTAGT
EST: GATTGCTTGACCACGAATGGAAGGAGGGCATGTCTCAGGAAGAAGCTGAG AAGTTTGTGGTTAAGGTAGTTTCCCTTGCTATAGCCCGTGATGGTGCTAGTEST: gi|88271757|gb|CI387810.1|CI387810
genomic: GATTGCTTGACCACGAATGGAAGGAGGGCATGTCCCAGGAAGAAGCTGAGgtacatcatc ... atctttacagAAGTTTGTGGTTAAGGTAGTTTCCCTTGCTATAGCCCGTGATGGTGCTAGT
EST: GGAAGAAGCTGAG AAGTTTGTGGTTAAGGTAGTTTCCCTTGCTATAGCCCGTGATGGTGCTAGTEST: gi|88961062|gb|CI096465.1|CI096465
genomic: GGAAGAAGCTGAGgtacatcatc ... atctttacagAAGTTTGTGGTTAAGGTAGTTTCCCTTGCTATAGCCCGTGATGGTGCTAGT
EST: GATTGCTNGACCACGAATGGAAGGAGGGCATGTCCCAGGAAGAAGCTGAG AAGTTTGTGGTTAAGGTAGTTTCCCTTGCTATAGCCCGTGATGGTGCTAGTEST: gi|218488196|gb|FG970072.1|FG970072
genomic: GATTGCTTGACCACGAATGGAAGGAGGGCATGTCCCAGGAAGAAGCTGAGgtacatcatc ... atctttacagAAGTTTGTGGTTAAGGTAGTTTCCCTTGCTATAGCCCGTGATGGTGCTAGT
EST: GATTGCTTGACCACGAATGGAAGGAGGGCATGTCCCAGGAAGAAGCTGAG AAGTTTGTGGTTAAGGTAGTTTCCCTTGCTATAGCCCGTGATGGTGCTAGTEST: gi|58692319|gb|CK081006.1|CK081006
genomic: GATTGCTTGACCACGAATGGAAGGAGGGCATGTCCCAGGAAGAAGCTGAGgtacatcatc ... atctttacagAAGTTTGTGGTTAAGGTAGTTTCCCTTGCTATAGCCCGTGATGGTGCTAGT
EST: GATTGCTTGACCACGAATGGAAGGAGGGCATGTCCCAGGAAGAAGCTGAG AAGTTTGTGGTTAAGGTAGTTTCCCTTGCTATAEST: gi|25799545|gb|CA755506.1|CA755506
genomic: GATTGCTTGACCACGAATGGAAGGAGGGCATGTCCCAGGAAGAAGCTGAGgtacatcatc ... atctttacagAAGTTTGTGGTTAAGGTAGTTTCCCTTGCTATA
EST: GATTGCTTGACCACGAATGGAAGGAGGGCATGTCCCAGGAAGAAGCTGAG AAGTTTGTGGTTAAAGGTAGTTTCCCTTGCTATAGCCCGTGATGGTGCTAGEST: gi|88517598|gb|CI445252.1|CI445252
genomic: GATTGCTTGACCACGAATGGAAGGAGGGCATGTCCCAGGAAGAAGCTGAGgtacatcatc ... atctttacagAAGTTTGTGGTTAA-GGTAGTTTCCCTTGCTATAGCCCGTGATGGTGCTAG
EST: TGCTTGACCACGAATGGAAGGAGGGCATGTCCCAGGAAGAAGCTGAG AAGTTTGTGGTTAAGGTAGTTTCCCTTGCTATAGCCCGTGATGGTGCTAGTEST: gi|87028372|gb|CI263714.1|CI263714
genomic: TGCTTGACCACGAATGGAAGGAGGGCATGTCCCAGGAAGAAGCTGAGgtacatcatc ... atctttacagAAGTTTGTGGTTAAGGTAGTTTCCCTTGCTATAGCCCGTGATGGTGCTAGT
EST: GATTGCTTGACCACGAATGGAAGGAGGGCATGTCCCAGGAAGAAGCTGAG AAGTTTGTGGTTAAGGTAGTTTCCCTTGCTATAGCCCGTGATGGTGCTAGTEST: gi|88503321|gb|CI430827.1|CI430827
genomic: GATTGCTTGACCACGAATGGAAGGAGGGCATGTCCCAGGAAGAAGCTGAGgtacatcatc ... atctttacagAAGTTTGTGGTTAAGGTAGTTTCCCTTGCTATAGCCCGTGATGGTGCTAGT
EST: GATTGCTTGACCACGAATGGAAGGAGGGCATGTCCCAGGAAGAAGCTGAG AAGTTTGTGGTTAAGGTAGTTTCCCTTGCTATAGCCCGTGATGGTGCTAGTEST: gi|218498714|gb|FG963991.1|FG963991
genomic: GATTGCTTGACCACGAATGGAAGGAGGGCATGTCCCAGGAAGAAGCTGAGgtacatcatc ... atctttacagAAGTTTGTGGTTAAGGTAGTTTCCCTTGCTATAGCCCGTGATGGTGCTAGT
EST: GATTGCTTGACCACGAATGGAAGGAGGGCATGTCCCAGGAAGAAGCTGAG AAGTTTGTGGTTAAGGTAGTTTCCCTTGCTATAGCCCGTGATGGTGCTAGTEST: gi|88974504|gb|CI022045.1|CI022045
genomic: GATTGCTTGACCACGAATGGAAGGAGGGCATGTCCCAGGAAGAAGCTGAGgtacatcatc ... atctttacagAAGTTTGTGGTTAAGGTAGTTTCCCTTGCTATAGCCCGTGATGGTGCTAGT
EST: GATTGCTTGACCACGAATGGAAGGAGGGCATGTCCCAGGAAGAAGCTGAG AAGTTTGTGGTTAAGGTAGTTTCCCTTGCTATAGCCCGTGATGGTGCTAGTEST: gi|86513098|gb|CI155731.1|CI155731
genomic: GATTGCTTGACCACGAATGGAAGGAGGGCATGTCCCAGGAAGAAGCTGAGgtacatcatc ... atctttacagAAGTTTGTGGTTAAGGTAGTTTCCCTTGCTATAGCCCGTGATGGTGCTAGT
EST: GATTGCTTGACCACGAATGGAAGGAGGGCATGTCCCAGGAAGAAGCTGAG AAGTTTGTGGTTAAGGTAGTTTCCCTTGCTATAGCCCGTGATGGTGCTAGTEST: gi|86533509|gb|CI173715.1|CI173715
genomic: GATTGCTTGACCACGAATGGAAGGAGGGCATGTCCCAGGAAGAAGCTGAGgtacatcatc ... atctttacagAAGTTTGTGGTTAAGGTAGTTTCCCTTGCTATAGCCCGTGATGGTGCTAGT
EST: TTGCTTGACCACGAATGGAAGGAGGGCATGTCCCAGGAAGAAGCTGAG AAGTTTGTGGTTAAGGTAGTTTCCCTTGCTATAGCCCGTGATGGTGCTAGTEST: gi|88551157|gb|CI481189.1|CI481189
genomic: TTGCTTGACCACGAATGGAAGGAGGGCATGTCCCAGGAAGAAGCTGAGgtacatcatc ... atctttacagAAGTTTGTGGTTAAGGTAGTTTCCCTTGCTATAGCCCGTGATGGTGCTAGT
EST: GGAAGAAGCTGAG AAGTTTNTGGTTAAGGTAGTTTCCCTTGCTATAGCCCGTGATGGTGCTAGTEST: gi|16754672|gb|BM039051.1|BM039051
genomic: GGAAGAAGCTGAGgtacatcatc ... atctttacagAAGTTTGTGGTTAAGGTAGTTTCCCTTGCTATAGCCCGTGATGGTGCTAGT
EST: GGGCATGTCCCAGGAAGAA-CTGAG AAGTTTGTGGTTAAGGTAGTTTCCCTTGCGTATAGCCCGTGATGGTGCTAGEST: gi|88261543|gb|CI365119.1|CI365119
genomic: GGGCATGTCCCAGGAAGAAGCTGAGgtacatcatc ... atctttacagAAGTTTGTGGTTAAGGTAGTTTCCCTTGC-TATAGCCCGTGATGGTGCTAG
EST: GATTGCTTGACCACGAATGTAAGGAGGGCATGTCCCAGGAAGAAGCTGAG AAGTTTGTGGTTAAGGTAGTTTCCCTTGCTATAGCCCGTGATGGTGGCTAGEST: gi|88965355|gb|CI011606.1|CI011606
genomic: GATTGCTTGACCACGAATGGAAGGAGGGCATGTCCCAGGAAGAAGCTGAGgtacatcatc ... atctttacagAAGTTTGTGGTTAAGGTAGTTTCCCTTGCTATAGCCCGTGATGGT-GCTAG
EST: GATTGCTTGACCACGAATGGAAGGAGGGCATGTCCCAGGAAGAAGCTGAG AAGTTTGTGGTTAAGGTAGTTTCCCTTGCTATAGCCCGTGATGGTGCTAGTEST: gi|88829940|gb|CI004978.1|CI004978
genomic: GATTGCTTGACCACGAATGGAAGGAGGGCATGTCCCAGGAAGAAGCTGAGgtacatcatc ... atctttacagAAGTTTGTGGTTAAGGTAGTTTCCCTTGCTATAGCCCGTGATGGTGCTAGT
EST: GATTGCTTGACCACGAATGGAAGGAGGGCATGTCCCAGGAAGAAGCTGAG AAGTTTGTGGTTAAGGTAGTTTCCCTTGCTATAGCCCGTGATGGTGCTAGTEST: gi|88242742|gb|CI242591.1|CI242591
genomic: GATTGCTTGACCACGAATGGAAGGAGGGCATGTCCCAGGAAGAAGCTGAGgtacatcatc ... atctttacagAAGTTTGTGGTTAAGGTAGTTTCCCTTGCTATAGCCCGTGATGGTGCTAGT
EST: GATTGCTTGACCACGAATGGAAGGAGGGCATGTCCCAGGAAGAAGCTGAG AAGTTTGTGGTTAAGGTAGTTTCCCTTGCTATAGCCCGTGATGGTGCTAGTEST: gi|218504275|gb|FG947024.1|FG947024
genomic: GATTGCTTGACCACGAATGGAAGGAGGGCATGTCCCAGGAAGAAGCTGAGgtacatcatc ... atctttacagAAGTTTGTGGTTAAGGTAGTTTCCCTTGCTATAGCCCGTGATGGTGCTAGT
EST: GATTGCTTGACCACGAATGGAAGGAGGGCATGTCCCAGGAAGAAGCTGAG AAGTTTGTGGTTAAGGTAGTTTCCCTTGCTATAGCCCGTGATGGTGCCTAGEST: gi|86491932|gb|CI134565.1|CI134565
genomic: GATTGCTTGACCACGAATGGAAGGAGGGCATGTCCCAGGAAGAAGCTGAGgtacatcatc ... atctttacagAAGTTTGTGGTTAAGGTAGTTTCCCTTGCTATAGCCCGTGATGGTGC-TAG
EST: GATTGCTTGACCACGAATGGAAGGAGGGCATGTCCCAAGAAGAAGCTGAG AAGTTTGTGGTTAAGGTAGTTTCCCTTGCTATAGCCCGTGATGGTGCTAGTEST: gi|88846360|gb|CI373128.1|CI373128
genomic: GATTGCTTGACCACGAATGGAAGGAGGGCATGTCCCAGGAAGAAGCTGAGgtacatcatc ... atctttacagAAGTTTGTGGTTAAGGTAGTTTCCCTTGCTATAGCCCGTGATGGTGCTAGT
EST: CACGAATGGAAGGAGGGCATGTCCCAGGAAGAAGCTGAG AAGTTTGTGGTTAAGGTAGTTTCCCTTGCTATAGCCCGTGATGGTGCTAGTEST: gi|66919202|gb|CX106050.1|CX106050
genomic: CACGAATGGAAGGAGGGCATGTCCCAGGAAGAAGCTGAGgtacatcatc ... atctttacagAAGTTTGTGGTTAAGGTAGTTTCCCTTGCTATAGCCCGTGATGGTGCTAGT
EST: CACGAATGGAAGGAGGGCATGT-CCAGGAAGAAGCTGAG AAGTTTGTGGTTAAGGTAGTTTCCCTTGCTATAGCCCTGTGATGGTGCTAGEST: gi|86595130|gb|CI260369.1|CI260369
genomic: CACGAATGGAAGGAGGGCATGTCCCAGGAAGAAGCTGAGgtacatcatc ... atctttacagAAGTTTGTGGTTAAGGTAGTTTCCCTTGCTATAGCCC-GTGATGGTGCTAG
EST: GATTGCTTGACCACGAATGGAAGGAGGGCATGTCCCAGGAAGAAGCTGAG AAGTTTGTGGTTAAGGTAGTTTCCCTTGCTATAGCCCGTGATGGTGCTAGTEST: gi|88261592|gb|CI365168.1|CI365168
genomic: GATTGCTTGACCACGAATGGAAGGAGGGCATGTCCCAGGAAGAAGCTGAGgtacatcatc ... atctttacagAAGTTTGTGGTTAAGGTAGTTTCCCTTGCTATAGCCCGTGATGGTGCTAGT
EST: GATTGCTTGACCACGAATGTAAGGAGGGCATGTCCCAGGAAGAAGCTGAG AAGTTTGT-GTTAAGGTAGTTTCCCTTGCTATAGCCCGTGAT-GTGCTAGTEST: gi|88997224|gb|CI389890.1|CI389890
genomic: GATTGCTTGACCACGAATGGAAGGAGGGCATGTCCCAGGAAGAAGCTGAGgtacatcatc ... atctttacagAAGTTTGTGGTTAAGGTAGTTTCCCTTGCTATAGCCCGTGATGGTGCTAGT
EST: GGAGGGCATGTCCCACGAAGAAGCTGAG AAGTTTGTGGTTAAGGTAGTTTCCCTTGCTATAGCCCCTGATGGTGCTAGT
genomic: GGAGGGCATGTCCCAGGAAGAAGCTGAGgtacatcatc ... atctttacagAAGTTTGTGGTTAAGGTAGTTTCCCTTGCTATAGCCCGTGATGGTGCTAGT
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| GTTCAGGCTCTAGTTACCTCTATGGATTGCTTGACCACGAATGGAAGGAGGGCATGTCCCAGGAAGAAGCTGAGgtacatcatctaaatatcaaacagtcgtaatccatgagtaataagagatagtttgtcagcatttttgccatgatttaatgaaaatatcacaaattattta
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGA