Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CCACATTGAGCAGTGGATTGACTTTTCAGCCACAGAGGTTGATGCTAATACTGGAAAATGGCTCTTCCCACGTCTTGGATTTGCTCCTTATGTTGCTGTCgtaagtatggtcaagtgggtatcgttgtgttctccttgttagcaatttgtgatctaatcttgtttctgcctaacag

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os02g12800.1
intron # 6
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os02g12800.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 6
lower sequence: GRMZM2G029559_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 6
CCACATTGAGCAGTGGATTGACTTTTCAGCCACAGAGGTTGATGCTAATACTGGAAAATGGCTCTTCCCACGTCTTGGATTTGCTCCTTATGTTGCTGTCgtaagtatggtcaagtgggtatcgttgtgttctccttgttagca-atttgtgatctaatcttgtt-tctgcctaacag
||| |||||||||||||| |||||| | || |||||||||||||| |  | |||||| ||| | | ||||||| | || |||  ||| |||| |||||| ||| |||| | || ||||||| |  |   |  | ||   ||||    ||||  ||| || || |  | |||  |||||
CCATATTGAGCAGTGGATGGACTTTGCTGCGACAGAGGTTGATGCCAGCATTGGAAAGTGGTTGTACCCACGTATGGGGTTTTATCCCTATGCTGCTGTGgtatgtattgccatgtgggtagcact---tctttctcaatagcttgattgtagtctcatattctcatttgctcaacag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|14192412|gb|AU184623.1|AU184623
EST:     AATGGCTCTTCCCACGTCTTGGATTTGCTCCTTATGTTGCTGTC                         AGTGAGGAAGCAGCTATTGCTGCTTTGAAGAGATCATTGGGTGCCCTCAAC
genomic: AATGGCTCTTCCCACGTCTTGGATTTGCTCCTTATGTTGCTGTCgtaagtatgg ... tgcctaacagAGTGAGGAAGCAGCTATTGCTGCTTTGAAGAGATCATTGGGTGCCCTCAAC
EST: gi|33656262|gb|CF278876.1|CF278876
EST:     CTGGAAAATGGCTCTTCCCACGTCTTGGATTTGCTCCTTATGTTGCTGTC                         AGTGAGGAAGCAGCTATTGCTGCTTTGAAGAGATCATTGGGTGCCCTCAAC
genomic: CTGGAAAATGGCTCTTCCCACGTCTTGGATTTGCTCCTTATGTTGCTGTCgtaagtatgg ... tgcctaacagAGTGAGGAAGCAGCTATTGCTGCTTTGAAGAGATCATTGGGTGCCCTCAAC
EST: gi|58685364|gb|CK074051.1|CK074051
EST:     CTGGAAAATGGCTCTTCCCACGGCTTGGATTTGCTCCTTATGTTGCTGTC                         AGTGAGGAAGCAGCTATTGCTGCTTTGAAGAGATCATTGGGTGCCCTCAAC
genomic: CTGGAAAATGGCTCTTCCCACGTCTTGGATTTGCTCCTTATGTTGCTGTCgtaagtatgg ... tgcctaacagAGTGAGGAAGCAGCTATTGCTGCTTTGAAGAGATCATTGGGTGCCCTCAAC
EST: gi|29678878|gb|CB675153.1|CB675153
EST:     CTGGAAAATGGCTCTTCCCACGTCTTGGATTTGCTCCTTATGTTGCTGTC                         AGTGAGGAAGCAGCTATTGCTGCTTTGAAGAGATCATTGGGTGCCCTCAAC
genomic: CTGGAAAATGGCTCTTCCCACGTCTTGGATTTGCTCCTTATGTTGCTGTCgtaagtatgg ... tgcctaacagAGTGAGGAAGCAGCTATTGCTGCTTTGAAGAGATCATTGGGTGCCCTCAAC
EST: gi|58599056|gb|CK009584.1|CK009584
EST:     CTGGAAAATGGCTCTTCCCACGGCTTGGATTTGCTCCTTATGTTGCTGTC                         AGTGAGGAAGCAGCTATTGCTGCTTTGAAGAGATCATTGGGTGCCCTCAAC
genomic: CTGGAAAATGGCTCTTCCCACGTCTTGGATTTGCTCCTTATGTTGCTGTCgtaagtatgg ... tgcctaacagAGTGAGGAAGCAGCTATTGCTGCTTTGAAGAGATCATTGGGTGCCCTCAAC
EST: gi|58663459|gb|CK052145.1|CK052145
EST:     CTGGAAAATGGCTCTTCCCACGGCTTGGATTTGCTCCTTATGTTGCTGTC                         AGTGAGGAAGCAGCTATTGCTGCTTTGAAGAGATCATTGGGTGCCCTCAAC
genomic: CTGGAAAATGGCTCTTCCCACGTCTTGGATTTGCTCCTTATGTTGCTGTCgtaagtatgg ... tgcctaacagAGTGAGGAAGCAGCTATTGCTGCTTTGAAGAGATCATTGGGTGCCCTCAAC
EST: gi|58691659|gb|CK080346.1|CK080346
EST:     CTGGAAAATGGCTCTTCCCACGGCTTGGATTTGCTCCTTATGTTGCTGTC                         AGTGAGGAAGCAGCTATTGCTGCTTTGAAGAGATCATTGGGTGCCCTCAAC
genomic: CTGGAAAATGGCTCTTCCCACGTCTTGGATTTGCTCCTTATGTTGCTGTCgtaagtatgg ... tgcctaacagAGTGAGGAAGCAGCTATTGCTGCTTTGAAGAGATCATTGGGTGCCCTCAAC
EST: gi|58663492|gb|CK052178.1|CK052178
EST:     CTGGAAAATGGCTCTTCCCACGGCTTGGATTTGCTCCTTATGTTGCTGTC                         AGTGAGGAAGCAGCTATTGCTGCTTTGAAGAGATCATTGGGTGCCCTCAAC
genomic: CTGGAAAATGGCTCTTCCCACGTCTTGGATTTGCTCCTTATGTTGCTGTCgtaagtatgg ... tgcctaacagAGTGAGGAAGCAGCTATTGCTGCTTTGAAGAGATCATTGGGTGCCCTCAAC
EST: gi|58656426|gb|CK045106.1|CK045106
EST:     CTGGAAAATGGCTCTTCCCACGGCTTGGATTTGCTCCTTATGTTGCTGTC                         AGTGAGGAAGCAGCTATTGCTGCTTTGAAGAGATCATTGGGTGCCCTCAAC
genomic: CTGGAAAATGGCTCTTCCCACGTCTTGGATTTGCTCCTTATGTTGCTGTCgtaagtatgg ... tgcctaacagAGTGAGGAAGCAGCTATTGCTGCTTTGAAGAGATCATTGGGTGCCCTCAAC
EST: gi|14571342|gb|BI118710.1|BI118710
EST:     CTGGAAAATGGCTCTCCCCACGGCTTGGATTTGCTCCTTATGTTGCTGTC                         AGTGAGGAAGCAGCTATTGCTGCTTTGAAGAGATCATTGGGTGCCCTCAAC
genomic: CTGGAAAATGGCTCTTCCCACGTCTTGGATTTGCTCCTTATGTTGCTGTCgtaagtatgg ... tgcctaacagAGTGAGGAAGCAGCTATTGCTGCTTTGAAGAGATCATTGGGTGCCCTCAAC
EST: gi|88991494|gb|CI034829.1|CI034829
EST:     CTGGAAAATGGCTCTTCCCACGTCTTGGATTTGCTCCTTATGTTGCTGTC                         AGTGAGGAAGCAGCTATTGCTGCTTTGAAGAGATCATTGGGTGCCCTCAAC
genomic: CTGGAAAATGGCTCTTCCCACGTCTTGGATTTGCTCCTTATGTTGCTGTCgtaagtatgg ... tgcctaacagAGTGAGGAAGCAGCTATTGCTGCTTTGAAGAGATCATTGGGTGCCCTCAAC
EST: gi|88363687|gb|CI609044.1|CI609044
EST:     CTGGAAAATGGGTCTTCC-ACGTCTTGGATTTGCTCCTTATGTTGCTGTC                         ACTGAGGAAGCAGCTATGG-TGCTTT
genomic: CTGGAAAATGGCTCTTCCCACGTCTTGGATTTGCTCCTTATGTTGCTGTCgtaagtatgg ... tgcctaacagAGTGAGGAAGCAGCTATTGCTGCTTT
EST: gi|58652610|gb|CK041290.1|CK041290
EST:     CTGGAAAATGGCTCTTCCCACGGCTTGGATTTGCTCCTTATGTTGCTGTC                         AGTGAGGAAGCAGCTATTGCTGCTTTGAAGAGATCATTGGGTGCCCTCAAC
genomic: CTGGAAAATGGCTCTTCCCACGTCTTGGATTTGCTCCTTATGTTGCTGTCgtaagtatgg ... tgcctaacagAGTGAGGAAGCAGCTATTGCTGCTTTGAAGAGATCATTGGGTGCCCTCAAC
EST: gi|58652699|gb|CK041379.1|CK041379
EST:     CTGGAAAATGGCTCTTCCCACGGCTTGGATTTGCTCCTTATGTTGCTGTC                         AGTGAGGAAGCAGCTATTGCTGCTTTGAAGAGATCATTGGGTGCCCTCAAC
genomic: CTGGAAAATGGCTCTTCCCACGTCTTGGATTTGCTCCTTATGTTGCTGTCgtaagtatgg ... tgcctaacagAGTGAGGAAGCAGCTATTGCTGCTTTGAAGAGATCATTGGGTGCCCTCAAC
EST: gi|58673852|gb|CK062538.1|CK062538
EST:     CTGGAAAATGGCTCTTCCCACGGCTTGGATTTGCTCCTTATGTTGCTGTC                         AGTGAGGAAGCAGCTATTGCTGCTTTGAAGAGATCATTGG
genomic: CTGGAAAATGGCTCTTCCCACGTCTTGGATTTGCTCCTTATGTTGCTGTCgtaagtatgg ... tgcctaacagAGTGAGGAAGCAGCTATTGCTGCTTTGAAGAGATCATTGG
EST: gi|33795619|gb|CF323679.1|CF323679
EST:     CTGGAAAATGGCTCTTCCCACGTCTTGGATTTGCTCCTTATGTTGCTGTC                         AGTGAGGAAGCAGCTATTGCTGCTTTGAAGAGATCATTTGGGTGCCCTCAA
genomic: CTGGAAAATGGCTCTTCCCACGTCTTGGATTTGCTCCTTATGTTGCTGTCgtaagtatgg ... tgcctaacagAGTGAGGAAGCAGCTATTGCTGCTTTGAAGAGATCATT-GGGTGCCCTCAA
EST: gi|33797146|gb|CF324438.1|CF324438
EST:     CTGGAAAATGGCTCTTCCCACGTCTTGGATTTGCTCCTTATGTTGCTGTC                         ACTGAGGAAGCAGCTATTGCTGCTTTGAAGAGATCATTGGGGTGCCCTCAA
genomic: CTGGAAAATGGCTCTTCCCACGTCTTGGATTTGCTCCTTATGTTGCTGTCgtaagtatgg ... tgcctaacagAGTGAGGAAGCAGCTATTGCTGCTTTGAAGAGATCATTGGG-TGCCCTCAA
EST: gi|33687433|gb|CF315672.1|CF315672
EST:     CTGGAAAATGGCTCTTCCCACGTCTTGGATTTGCTCCTTATGTTGCTGTC                         AGTGAGGAAGCAGCTATTGCTGCTTTGAAGAGATCATTTGGGTGCCCTCAA
genomic: CTGGAAAATGGCTCTTCCCACGTCTTGGATTTGCTCCTTATGTTGCTGTCgtaagtatgg ... tgcctaacagAGTGAGGAAGCAGCTATTGCTGCTTTGAAGAGATCATT-GGGTGCCCTCAA
EST: gi|58653428|gb|CK042108.1|CK042108
EST:     CTGGAAAATGGCTCTTCCCACGGCTTGGATTTGCTCCTTATGTTGCTGTC                         AGTGAGGAAGCAGCTATTGCTGCTTTGAAGAGATCATTGGGTGCCCTCAAC
genomic: CTGGAAAATGGCTCTTCCCACGTCTTGGATTTGCTCCTTATGTTGCTGTCgtaagtatgg ... tgcctaacagAGTGAGGAAGCAGCTATTGCTGCTTTGAAGAGATCATTGGGTGCCCTCAAC
EST: gi|58681115|gb|CK069802.1|CK069802
EST:     CTGGAAAATGGCTCTTCCCACGGCTTGGATTTGCTCCTTATGTTGCTGTC                         AGTGAGGAAGCAGCTATTGCTGCTTTGAAGAGATCATTGGGTGCCCTCAAC
genomic: CTGGAAAATGGCTCTTCCCACGTCTTGGATTTGCTCCTTATGTTGCTGTCgtaagtatgg ... tgcctaacagAGTGAGGAAGCAGCTATTGCTGCTTTGAAGAGATCATTGGGTGCCCTCAAC