Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTTGGTGATGATCATGTAAAAGTGATTGATGCAACTGGAAAATATGTCATGCCAGgtaaattcttacggttttgataaacattttggaattagttattacttgctcttcgggtttatcattcttctggcaaatgtcacacaggtggaattgaccctcacactcacctggagatggaattcatgggaactgtaaccattgatgatttctttagtggtcatgctgcag

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os01g59340.2
intron # 6
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os01g59340.2 (Oryza sativa), 5'ss of exon 6
lower sequence: GRMZM2G020002_T03 (Zea mays), 5'ss of exon 3
GTTGGTGATGATCATGTAAAAGTGATTGATGCAACTGGAAAATATGTCATGCCAGgtaaattcttacggttt------tgataaacattttgg-aattagtta------ttacttgctcttcgggtttatcattcttctggcaaatgtcacacaggtggaattgaccctcacactcacctggagatggaattcatgggaactgtaaccattgatgatttctttagtggtcatgctgcag
|||| || |||| |||| |  || || || ||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||  |        || | || | ||    |||  | ||      ||||||| |   | | ||||| |  |||| ||  |||||  ||                                                                                       
GTTGATGTTGATAATGTCAGGGTAATCGACGCAACAGGAAAATATGTCATGCCAGgtgaattcttactatcccccttgtggtgaatagttgaacaatctgctaagagcattacttgttgcacag-tttataagccttccggtgaatgttgcag--------------------------------------------------------------------------------------