Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CTTGCTCCCCTTATCGATACAGCATGTGATCGGCTTGCATTTGTTCTCCAAAGTCTATTTGACCTTGCAATGGAGCGATGCCGCTATCAAGACTCAAAATgtacgatctggatgcctgtggggttcatctcacttcctacaattacatggttactattaatcttgaaactgattttgaccatcttttatgattaatagaa...

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os01g54420.1
intron # 6
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os01g54420.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 6
lower sequence: GRMZM2G063737_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 6
CTTGCTCCCCTTATCGATACAGCATGTGATCGGCTTGCATTTGTTCTCCAAAGTCTATTTGACCTTGCAATGGAGCGATGCCGCTATCAAGACTCAAAATgtacgatctggatgcctgtgg-------ggttcatctcacttcctacaattacatggttactattaatcttgaaactgattttgaccatcttttatgattaatagaa
|||||||| ||||| ||||| |||||||| |||||||||||||| || |||| ||| ||||| ||||| ||||||||   |||| || | |||||| |||||| || || ||    | |          |||| |||  |||  |||  || | ||  ||  |||    || | | |||  |  |  | |  |  | | |||     
CTTGCTCCTCTTATTGATACCGCATGTGACCGGCTTGCATTTGTCCTACAAAATCTGTTTGATCTTGCTATGGAGCGCAACCGCAATAATGACTCACAATgtaagagcttgacctttctattcatgctagttcgtcttgctt--tacctttgcctgtgtatcatttgg-ttcatagtgaagtaaattaccactatttagtaaa----

upper sequence: LOC_Os01g54420.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 6
lower sequence: GRMZM2G010306_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 6
CTTGCTCCCCTTATCGATACAGCATGTGATCGGCTTGCATTTGTTCTCCAAAGTCTATTTGACCTTGCAATGGAGCGATGCCGCTATCAAGACTCAAAATgta------cgatctggatgcctgtgg-ggttcatctcacttcctacaattacatggttactattaatcttgaaactgattttgaccatcttt-tatgattaatagaa
|||||||| ||||| ||||| |||||||| |||||||||||||| || |||||||| ||||||||||| ||||||||   |||| || | || ||| || |||       || || | |     ||  |||||||||  ||| ||||| || | | | ||  |||    ||  | | ||  |  |  |||  | | || ||       
CTTGCTCCTCTTATTGATACTGCATGTGACCGGCTTGCATTTGTCCTACAAAGTCTGTTTGACCTTGCTATGGAGCGTAACCGCGATAAGGATTCACAACgtaagagcctgaccttgctattcatgccggttcatcttgctttctacattttcctaggtatcatttggtttatagc-gaagtaaattatcactatttggtt-------
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|44670721|gb|CR284155.1|CR284155
EST:     AAGTCTATTTGACCTTGCAATGGAGCGATGCCACTATCAAGACTCAAAAT                         ATCATCAAAATGTTGAAGATATGGATGGATATGTTGGCTTCCTTGCTGCTC
genomic: AAGTCTATTTGACCTTGCAATGGAGCGATGCCGCTATCAAGACTCAAAATgtacgatctg ... ttcctggcagATCATCAAAATGTTGAAGATATGGATGGATATGTTGGCTTCCTTGCTGCTC
EST: gi|33694089|gb|CF322328.1|CF322328
EST:     AAGTCTATTTGACCTTGCAATGGAGCGATGCCGCTATCAAGACTCAAAAT                         ATCATCAAAATGTTGAAGATATGGATGGATATGTTGGCTTCCTTGCTGCTC
genomic: AAGTCTATTTGACCTTGCAATGGAGCGATGCCGCTATCAAGACTCAAAATgtacgatctg ... ttcctggcagATCATCAAAATGTTGAAGATATGGATGGATATGTTGGCTTCCTTGCTGCTC
EST: gi|58603274|gb|CK013802.1|CK013802
EST:     AAGTCTATTTGACCTGGGAATGGAGCGATGCCGCTATCAAGACTCAAAAT                         ATCATCAAAATGTTGAAGATATGGATGGATATGTTGGCTTCCTTGCTGCTC
genomic: AAGTCTATTTGACCTTGCAATGGAGCGATGCCGCTATCAAGACTCAAAATgtacgatctg ... ttcctggcagATCATCAAAATGTTGAAGATATGGATGGATATGTTGGCTTCCTTGCTGCTC
EST: gi|27576674|gb|CA999368.1|CA999368
EST:     AAGTCTATTTGACCTTGCAATGGAGCGATGCCGCTATCAAGACTCAAAAT                         ATCATCAAAATGTTGAAGATATGGATGGATATGTTGGCTTCCTTGCTGCTC
genomic: AAGTCTATTTGACCTTGCAATGGAGCGATGCCGCTATCAAGACTCAAAATgtacgatctg ... ttcctggcagATCATCAAAATGTTGAAGATATGGATGGATATGTTGGCTTCCTTGCTGCTC

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 65 (upstream exon), 28 (downstream exon)
Score: 3

CTTGCTCCCCTTATCGATACAGCATGTGATCGGCTTGCATTTGTTCTCCAAAGTCTATTTGACCTTGCAATGGAGCGATGCCGCTATCAAGACTCAAAATgtacgatctg ... ttcctggcagATCATCAAAATGTTGAAGATATGGATGGATATGTTGGCTTCCTTGCTGCTCTTCGCTGTTCATATTATAAGTTTGTCAAGGAATTGTCCAAGCAATGCAA




<











<


<