Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CCTACTCAACAACATGCACGTGCTCGGCGGACTCCCTATGCATCTGCTGACAATGATGgtacttcttgtctgtacatgaatgcatctcaactccgtgtacgtgcatttcattttcttatgttgtatgatggcattgtttattgtcctgtag

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os01g47490.4
intron # 6
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|8528336|gb|AU093151.1|AU093151
EST:     ACAACATGCACGTGCTCGGCGGACTCCCTATGCATCTGCTGACAATGATG                         AGTGTATGAATTTGCCTCCTGAGGATTTGATCCAGAATGGTGATCCCATCG
genomic: ACAACATGCACGTGCTCGGCGGACTCCCTATGCATCTGCTGACAATGATGgtacttcttg ... tgtcctgtagAGTGTATGAATTTGCCTCCTGAGGATTTGATCCAGAATGGTGATCCCATCG
EST: gi|88207368|gb|CI207217.1|CI207217
EST:     ACGACATGCACGTGCTCGGCGGACTCCCTATGCATCTGCTGACAATGATG                         AGTGTATGAGTTTGCCTCCTGAGGATTTGATCCAGAATGGTGATCCCATCG
genomic: ACAACATGCACGTGCTCGGCGGACTCCCTATGCATCTGCTGACAATGATGgtacttcttg ... tgtcctgtagAGTGTATGAATTTGCCTCCTGAGGATTTGATCCAGAATGGTGATCCCATCG
EST: gi|25798278|gb|CA754239.1|CA754239
EST:     ACAACATGCACGTGCTCGGCGGACTCCCTATGCATCTGCTGACAATGATG                         AGTGTATGAATTTGCCTCCTGAGGATTTGATCCAGAATGGTGATCCCATCG
genomic: ACAACATGCACGTGCTCGGCGGACTCCCTATGCATCTGCTGACAATGATGgtacttcttg ... tgtcctgtagAGTGTATGAATTTGCCTCCTGAGGATTTGATCCAGAATGGTGATCCCATCG
EST: gi|3761993|gb|C99241.1|C99241
EST:     ACAACATGCACGTGCTCGGCGGACTCCCTATGCATCTGCTGACAATGATG                         AGTGTATGAATTTGCCTCCTGAGGATTTGATCCAGAATGGTGATCCCATCG
genomic: ACAACATGCACGTGCTCGGCGGACTCCCTATGCATCTGCTGACAATGATGgtacttcttg ... tgtcctgtagAGTGTATGAATTTGCCTCCTGAGGATTTGATCCAGAATGGTGATCCCATCG
EST: gi|33683326|gb|CF311565.1|CF311565
EST:     ACAACATGCACGTGCTCGGCGGACTCCCTATGCATCTGCTGACAATGATG                         AGTGTATGAATTTGCCTCCTGAGGATTTGATCCAGAATGGTGATCCCATCG
genomic: ACAACATGCACGTGCTCGGCGGACTCCCTATGCATCTGCTGACAATGATGgtacttcttg ... tgtcctgtagAGTGTATGAATTTGCCTCCTGAGGATTTGATCCAGAATGGTGATCCCATCG
EST: gi|8527741|gb|AU092556.1|AU092556
EST:     ACAACATGCACGTGCTCGGCGGACTCCCTATGCATCTGCTGACAATGATG                         AGTGTATGAATTTGCCCCCTGAGGATTTGATCCAGAATGGTGATCCCATCG
genomic: ACAACATGCACGTGCTCGGCGGACTCCCTATGCATCTGCTGACAATGATGgtacttcttg ... tgtcctgtagAGTGTATGAATTTGCCTCCTGAGGATTTGATCCAGAATGGTGATCCCATCG
EST: gi|86839142|gb|CI331439.1|CI331439
EST:     ACAACATGCACGTGCTCGGCGGAGTCCCTATGCATCTGCTGACAATGATG                         AGTGTATGAATTTGCCTCCTGAGGATTTGATCCAGAATGGTGATCCCATCG
genomic: ACAACATGCACGTGCTCGGCGGACTCCCTATGCATCTGCTGACAATGATGgtacttcttg ... tgtcctgtagAGTGTATGAATTTGCCTCCTGAGGATTTGATCCAGAATGGTGATCCCATCG
EST: gi|88237275|gb|CI237124.1|CI237124
EST:     TGCTCGGCGGACTCCCTATGCATCTGCTGACAATGATG                         AGTGTATGAATTTGCCTCCTGAGGATTTGATCCAGAATGGTGATCCCATCG
genomic: TGCTCGGCGGACTCCCTATGCATCTGCTGACAATGATGgtacttcttg ... tgtcctgtagAGTGTATGAATTTGCCTCCTGAGGATTTGATCCAGAATGGTGATCCCATCG
EST: gi|88439064|gb|CI551915.1|CI551915
EST:     ACAACATGCACGTGCTCGGCGGACTCCCTATGCATCTGCTGACAATGATG                         AGTGTATGAATTTGCCTCCTGAGGATTTGATCCAGAATGGTGATCCCATCG
genomic: ACAACATGCACGTGCTCGGCGGACTCCCTATGCATCTGCTGACAATGATGgtacttcttg ... tgtcctgtagAGTGTATGAATTTGCCTCCTGAGGATTTGATCCAGAATGGTGATCCCATCG
EST: gi|88365662|gb|CI543143.1|CI543143
EST:     CTGACAATGATG                         AGTGTATGAATTTGCCTCCTGAGGATTTGATCCAGAATGGTGATCCCATCG
genomic: CTGACAATGATGgtacttcttg ... tgtcctgtagAGTGTATGAATTTGCCTCCTGAGGATTTGATCCAGAATGGTGATCCCATCG
EST: gi|88263953|gb|CI367727.1|CI367727
EST:     ACAACATGCACGTGCTCGGCGGACTCCCTATGCATCTGCTGACAATGATG                         AGTGTATGAATTTGCCTCCTGAGGATTTGATCCAGAATGGTGATCCCATCG
genomic: ACAACATGCACGTGCTCGGCGGACTCCCTATGCATCTGCTGACAATGATGgtacttcttg ... tgtcctgtagAGTGTATGAATTTGCCTCCTGAGGATTTGATCCAGAATGGTGATCCCATCG
EST: gi|88257747|gb|CI360333.1|CI360333
EST:     ACAACATGCACGTGCTCGGCGGACTCCCTATGCATCTGCTGACAATGATG                         AGTGTATGAATTTGCCTCCTGAGGATTTGATCCAGAATGGTGATCCCATCG
genomic: ACAACATGCACGTGCTCGGCGGACTCCCTATGCATCTGCTGACAATGATGgtacttcttg ... tgtcctgtagAGTGTATGAATTTGCCTCCTGAGGATTTGATCCAGAATGGTGATCCCATCG
EST: gi|88218516|gb|CI218365.1|CI218365
EST:     ACAACATGCACGTGCTCGGCGGACTCCCTATGCATCTGCTGACAATGATG                         AGTGTATGAATTTGCCTCCTGAGGATTTGATCCAGAATGGTGATCCCATCG
genomic: ACAACATGCACGTGCTCGGCGGACTCCCTATGCATCTGCTGACAATGATGgtacttcttg ... tgtcctgtagAGTGTATGAATTTGCCTCCTGAGGATTTGATCCAGAATGGTGATCCCATCG
EST: gi|86832476|gb|CI344726.1|CI344726
EST:     ACAACATGCACGTGCTCGGCGGACTCCCTATGCATCTGCTGACAATGATG                         AGTGTATGAATTTGCCTCCTGAGGATTTGATCCAGAATGGTGATCCCATCG
genomic: ACAACATGCACGTGCTCGGCGGACTCCCTATGCATCTGCTGACAATGATGgtacttcttg ... tgtcctgtagAGTGTATGAATTTGCCTCCTGAGGATTTGATCCAGAATGGTGATCCCATCG
EST: gi|2312901|gb|C29056.1|C29056
EST:     ACAACATGCACGTNCTCGGCGGACTCCCTATGCATCTNCTGACAATGATG                         AGTGTATGANTTTNCCTCCTGAGGATTTGATCCAGAATGGTGATCCCATCG
genomic: ACAACATGCACGTGCTCGGCGGACTCCCTATGCATCTGCTGACAATGATGgtacttcttg ... tgtcctgtagAGTGTATGAATTTGCCTCCTGAGGATTTGATCCAGAATGGTGATCCCATCG
EST: gi|88553341|gb|CI483446.1|CI483446
EST:     ACAACATGCACGTGCTCGGCGGACTCCCTATGCATCTGCTGACAATGATG                         AGTGTATGAATTTGCCTCCTGAGGATTTGATCCAGAATGGTGATCCCATCG
genomic: ACAACATGCACGTGCTCGGCGGACTCCCTATGCATCTGCTGACAATGATGgtacttcttg ... tgtcctgtagAGTGTATGAATTTGCCTCCTGAGGATTTGATCCAGAATGGTGATCCCATCG