Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CCTACTCAACAACATGCACGTGCTCGGCGGACTCCCTATGCATCTGCTGACAATGATGgtacttcttgtctgtacatgaatgcatctcaactccgtgtacgtgcatttcattttcttatgttgtatgatggcattgtttattgtcctgtag

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os01g47490.2
intron # 6
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|33681993|gb|CF310232.1|CF310232
EST:     ACAACATGCACGTGCTCGGCGGACTCCCTATGCATCTGCTGACAATGATG                         AGTGTATGAATTTGCCTCCTGAGGATTTGATCCAGAATGGTGATCCCATCG
genomic: ACAACATGCACGTGCTCGGCGGACTCCCTATGCATCTGCTGACAATGATGgtacttcttg ... tgtcctgtagAGTGTATGAATTTGCCTCCTGAGGATTTGATCCAGAATGGTGATCCCATCG
EST: gi|33681994|gb|CF310233.1|CF310233
EST:     CAACATGCACGTGCTCGGCGGACTCCCATATGCATCTGCTGACAATGATG                         AGTGTATGAATTTGCCTCCTGAGGATTTGATCCAGAATGGTGATCCCATCG
genomic: CAACATGCACGTGCTCGGCGGACTCCC-TATGCATCTGCTGACAATGATGgtacttcttg ... tgtcctgtagAGTGTATGAATTTGCCTCCTGAGGATTTGATCCAGAATGGTGATCCCATCG
EST: gi|66915652|gb|CX102500.1|CX102500
EST:     ACAACATGCACGTGCTCGGCGGACTCCCTATGCATCTGCTGACAATGATG                         AGTGTATGAATTTGCCTCCTGAGGATTTGATCCAGAATGGTGATCCCATCG
genomic: ACAACATGCACGTGCTCGGCGGACTCCCTATGCATCTGCTGACAATGATGgtacttcttg ... tgtcctgtagAGTGTATGAATTTGCCTCCTGAGGATTTGATCCAGAATGGTGATCCCATCG
EST: gi|428714|gb|D24866.1|D24866
EST:     ACAACATGCACGTGCTCGGCGGACTCCCTATGCATCTGCTGACAATGATG                         AGTGTATGAATTTGCCTCCTGAGGATTTGATCCAGAATGGTGATCCCATCG
genomic: ACAACATGCACGTGCTCGGCGGACTCCCTATGCATCTGCTGACAATGATGgtacttcttg ... tgtcctgtagAGTGTATGAATTTGCCTCCTGAGGATTTGATCCAGAATGGTGATCCCATCG
EST: gi|33693174|gb|CF321413.1|CF321413
EST:     ACGACATGCACGTGCTCGGCGGACTCCCTATGCATCTGCTGACAATTATG                         AGTGTATGAATTTGCCTCCTGAGGATTTGATCCAGAATGGTGATCCCATCG
genomic: ACAACATGCACGTGCTCGGCGGACTCCCTATGCATCTGCTGACAATGATGgtacttcttg ... tgtcctgtagAGTGTATGAATTTGCCTCCTGAGGATTTGATCCAGAATGGTGATCCCATCG
EST: gi|88207368|gb|CI207217.1|CI207217
EST:     ACGACATGCACGTGCTCGGCGGACTCCCTATGCATCTGCTGACAATGATG                         AGTGTATGAGTTTGCCTCCTGAGGATTTGATCCAGAATGGTGATCCCATCG
genomic: ACAACATGCACGTGCTCGGCGGACTCCCTATGCATCTGCTGACAATGATGgtacttcttg ... tgtcctgtagAGTGTATGAATTTGCCTCCTGAGGATTTGATCCAGAATGGTGATCCCATCG
EST: gi|25798278|gb|CA754239.1|CA754239
EST:     ACAACATGCACGTGCTCGGCGGACTCCCTATGCATCTGCTGACAATGATG                         AGTGTATGAATTTGCCTCCTGAGGATTTGATCCAGAATGGTGATCCCATCG
genomic: ACAACATGCACGTGCTCGGCGGACTCCCTATGCATCTGCTGACAATGATGgtacttcttg ... tgtcctgtagAGTGTATGAATTTGCCTCCTGAGGATTTGATCCAGAATGGTGATCCCATCG
EST: gi|86429462|gb|CI076143.1|CI076143
EST:     ACAACATGCACGTGCTCGGCGGACTCCCTATGCATCTGCTGACAATGATG                         AGTGTATGAATTTGCCTCCTGAGGATTTGATCCAGAATGGTGATCCCATCG
genomic: ACAACATGCACGTGCTCGGCGGACTCCCTATGCATCTGCTGACAATGATGgtacttcttg ... tgtcctgtagAGTGTATGAATTTGCCTCCTGAGGATTTGATCCAGAATGGTGATCCCATCG
EST: gi|88974597|gb|CI022138.1|CI022138
EST:     ACAACATGCACGTGCTCGGCGGACTCCCTATGCATCTGCTGACAATGATG                         AGTGTATGAATTTGCCTCCTGAGGATTTGATCCAGAATGGTGATCCCATCG
genomic: ACAACATGCACGTGCTCGGCGGACTCCCTATGCATCTGCTGACAATGATGgtacttcttg ... tgtcctgtagAGTGTATGAATTTGCCTCCTGAGGATTTGATCCAGAATGGTGATCCCATCG
EST: gi|33693173|gb|CF321412.1|CF321412
EST:     ACGACATGCACGTGCTCGGCGGACTCCCTATGCATCTGCTGACAATTATG                         AGTGTATGAATTTGCCTCCT
genomic: ACAACATGCACGTGCTCGGCGGACTCCCTATGCATCTGCTGACAATGATGgtacttcttg ... tgtcctgtagAGTGTATGAATTTGCCTCCT
EST: gi|33683326|gb|CF311565.1|CF311565
EST:     ACAACATGCACGTGCTCGGCGGACTCCCTATGCATCTGCTGACAATGATG                         AGTGTATGAATTTGCCTCCTGAGGATTTGATCCAGAATGGTGATCCCATCG
genomic: ACAACATGCACGTGCTCGGCGGACTCCCTATGCATCTGCTGACAATGATGgtacttcttg ... tgtcctgtagAGTGTATGAATTTGCCTCCTGAGGATTTGATCCAGAATGGTGATCCCATCG
EST: gi|86839142|gb|CI331439.1|CI331439
EST:     ACAACATGCACGTGCTCGGCGGAGTCCCTATGCATCTGCTGACAATGATG                         AGTGTATGAATTTGCCTCCTGAGGATTTGATCCAGAATGGTGATCCCATCG
genomic: ACAACATGCACGTGCTCGGCGGACTCCCTATGCATCTGCTGACAATGATGgtacttcttg ... tgtcctgtagAGTGTATGAATTTGCCTCCTGAGGATTTGATCCAGAATGGTGATCCCATCG
EST: gi|33691810|gb|CF320049.1|CF320049
EST:     CAACATGCACGTGCTCGGCGGACTCCCTATGGCATCTGCTGACAATGATG                         AGTGTATGAATTTGCCTCCTGAGGATTTGATCCAGAATGGTGATCCCATCG
genomic: CAACATGCACGTGCTCGGCGGACTCCCTAT-GCATCTGCTGACAATGATGgtacttcttg ... tgtcctgtagAGTGTATGAATTTGCCTCCTGAGGATTTGATCCAGAATGGTGATCCCATCG
EST: gi|88237275|gb|CI237124.1|CI237124
EST:     TGCTCGGCGGACTCCCTATGCATCTGCTGACAATGATG                         AGTGTATGAATTTGCCTCCTGAGGATTTGATCCAGAATGGTGATCCCATCG
genomic: TGCTCGGCGGACTCCCTATGCATCTGCTGACAATGATGgtacttcttg ... tgtcctgtagAGTGTATGAATTTGCCTCCTGAGGATTTGATCCAGAATGGTGATCCCATCG
EST: gi|33683325|gb|CF311564.1|CF311564
EST:     ACAACATGCACGTGCTCGGCGGACTCCCTATGCATCTGCTGACAATGATG                         AGTGTATGAATTTGCCTCCTGAGGATTTGATCCAGAATGGTGATCCCATCG
genomic: ACAACATGCACGTGCTCGGCGGACTCCCTATGCATCTGCTGACAATGATGgtacttcttg ... tgtcctgtagAGTGTATGAATTTGCCTCCTGAGGATTTGATCCAGAATGGTGATCCCATCG
EST: gi|88439064|gb|CI551915.1|CI551915
EST:     ACAACATGCACGTGCTCGGCGGACTCCCTATGCATCTGCTGACAATGATG                         AGTGTATGAATTTGCCTCCTGAGGATTTGATCCAGAATGGTGATCCCATCG
genomic: ACAACATGCACGTGCTCGGCGGACTCCCTATGCATCTGCTGACAATGATGgtacttcttg ... tgtcctgtagAGTGTATGAATTTGCCTCCTGAGGATTTGATCCAGAATGGTGATCCCATCG
EST: gi|8528336|gb|AU093151.1|AU093151
EST:     ACAACATGCACGTGCTCGGCGGACTCCCTATGCATCTGCTGACAATGATG                         AGTGTATGAATTTGCCTCCTGAGGATTTGATCCAGAATGGTGATCCCATCG
genomic: ACAACATGCACGTGCTCGGCGGACTCCCTATGCATCTGCTGACAATGATGgtacttcttg ... tgtcctgtagAGTGTATGAATTTGCCTCCTGAGGATTTGATCCAGAATGGTGATCCCATCG
EST: gi|88365662|gb|CI543143.1|CI543143
EST:     CTGACAATGATG                         AGTGTATGAATTTGCCTCCTGAGGATTTGATCCAGAATGGTGATCCCATCG
genomic: CTGACAATGATGgtacttcttg ... tgtcctgtagAGTGTATGAATTTGCCTCCTGAGGATTTGATCCAGAATGGTGATCCCATCG
EST: gi|88263953|gb|CI367727.1|CI367727
EST:     ACAACATGCACGTGCTCGGCGGACTCCCTATGCATCTGCTGACAATGATG                         AGTGTATGAATTTGCCTCCTGAGGATTTGATCCAGAATGGTGATCCCATCG
genomic: ACAACATGCACGTGCTCGGCGGACTCCCTATGCATCTGCTGACAATGATGgtacttcttg ... tgtcctgtagAGTGTATGAATTTGCCTCCTGAGGATTTGATCCAGAATGGTGATCCCATCG
EST: gi|58688945|gb|CK077632.1|CK077632
EST:     ACAACATGCACGTGCTCGGCGGACTCCCTATGCATCTGCTGACAATGATG                         AGTGTATGAATTTGCCTCCTGAGGATTTGATCCAGAATGGTGATCCCATCG
genomic: ACAACATGCACGTGCTCGGCGGACTCCCTATGCATCTGCTGACAATGATGgtacttcttg ... tgtcctgtagAGTGTATGAATTTGCCTCCTGAGGATTTGATCCAGAATGGTGATCCCATCG
EST: gi|88257747|gb|CI360333.1|CI360333
EST:     ACAACATGCACGTGCTCGGCGGACTCCCTATGCATCTGCTGACAATGATG                         AGTGTATGAATTTGCCTCCTGAGGATTTGATCCAGAATGGTGATCCCATCG
genomic: ACAACATGCACGTGCTCGGCGGACTCCCTATGCATCTGCTGACAATGATGgtacttcttg ... tgtcctgtagAGTGTATGAATTTGCCTCCTGAGGATTTGATCCAGAATGGTGATCCCATCG
EST: gi|88218516|gb|CI218365.1|CI218365
EST:     ACAACATGCACGTGCTCGGCGGACTCCCTATGCATCTGCTGACAATGATG                         AGTGTATGAATTTGCCTCCTGAGGATTTGATCCAGAATGGTGATCCCATCG
genomic: ACAACATGCACGTGCTCGGCGGACTCCCTATGCATCTGCTGACAATGATGgtacttcttg ... tgtcctgtagAGTGTATGAATTTGCCTCCTGAGGATTTGATCCAGAATGGTGATCCCATCG
EST: gi|86832476|gb|CI344726.1|CI344726
EST:     ACAACATGCACGTGCTCGGCGGACTCCCTATGCATCTGCTGACAATGATG                         AGTGTATGAATTTGCCTCCTGAGGATTTGATCCAGAATGGTGATCCCATCG
genomic: ACAACATGCACGTGCTCGGCGGACTCCCTATGCATCTGCTGACAATGATGgtacttcttg ... tgtcctgtagAGTGTATGAATTTGCCTCCTGAGGATTTGATCCAGAATGGTGATCCCATCG
EST: gi|55827447|gb|AU030657.2|AU030657
EST:     ACAACATGCACGTGCTCGGCGGACTCCCTATGCATCTGCTGACAATGATG                         AGTGTATGAATTTGCCTCCTGAGGATTTGATCCAGAATGGTGATCCCATCG
genomic: ACAACATGCACGTGCTCGGCGGACTCCCTATGCATCTGCTGACAATGATGgtacttcttg ... tgtcctgtagAGTGTATGAATTTGCCTCCTGAGGATTTGATCCAGAATGGTGATCCCATCG
EST: gi|88410948|gb|CI581312.1|CI581312
EST:     ACAACATGCACGTGCTCGGCGGACTCC-TATGCATCTGCTGACAATGATG                         AGTGTATGAATTTGCCTCCTGAGGATTTGATC-AGAAT
genomic: ACAACATGCACGTGCTCGGCGGACTCCCTATGCATCTGCTGACAATGATGgtacttcttg ... tgtcctgtagAGTGTATGAATTTGCCTCCTGAGGATTTGATCCAGAAT
EST: gi|88553341|gb|CI483446.1|CI483446
EST:     ACAACATGCACGTGCTCGGCGGACTCCCTATGCATCTGCTGACAATGATG                         AGTGTATGAATTTGCCTCCTGAGGATTTGATCCAGAATGGTGATCCCATCG
genomic: ACAACATGCACGTGCTCGGCGGACTCCCTATGCATCTGCTGACAATGATGgtacttcttg ... tgtcctgtagAGTGTATGAATTTGCCTCCTGAGGATTTGATCCAGAATGGTGATCCCATCG
EST: gi|428444|gb|D24594.1|D24594
EST:     ACAACATGCACGTGCTCGGCGGACTCCCTATGCATCTGCTGACAATGATG                         AGTGTATGAATTTGCCTCCTGAGGATTTGATCCAGAATGGTGATCCCATCG
genomic: ACAACATGCACGTGCTCGGCGGACTCCCTATGCATCTGCTGACAATGATGgtacttcttg ... tgtcctgtagAGTGTATGAATTTGCCTCCTGAGGATTTGATCCAGAATGGTGATCCCATCG
EST: gi|33691809|gb|CF320048.1|CF320048
EST:     ACAACATGCACGTGCTCGGCGGACTCCCTATGCATCTGCTGACAATGATG                         AGTGTATGAATTTGCCTCCTGAGGATTTGATCCAGAATGGGTGATCCCATC
genomic: ACAACATGCACGTGCTCGGCGGACTCCCTATGCATCTGCTGACAATGATGgtacttcttg ... tgtcctgtagAGTGTATGAATTTGCCTCCTGAGGATTTGATCCAGAATGG-TGATCCCATC
EST: gi|2312901|gb|C29056.1|C29056
EST:     ACAACATGCACGTNCTCGGCGGACTCCCTATGCATCTNCTGACAATGATG                         AGTGTATGANTTTNCCTCCTGAGGATTTGATCCAGAATGGTGATCCCATCG
genomic: ACAACATGCACGTGCTCGGCGGACTCCCTATGCATCTGCTGACAATGATGgtacttcttg ... tgtcctgtagAGTGTATGAATTTGCCTCCTGAGGATTTGATCCAGAATGGTGATCCCATCG
EST: gi|3761993|gb|C99241.1|C99241
EST:     ACAACATGCACGTGCTCGGCGGACTCCCTATGCATCTGCTGACAATGATG                         AGTGTATGAATTTGCCTCCTGAGGATTTGATCCAGAATGGTGATCCCATCG
genomic: ACAACATGCACGTGCTCGGCGGACTCCCTATGCATCTGCTGACAATGATGgtacttcttg ... tgtcctgtagAGTGTATGAATTTGCCTCCTGAGGATTTGATCCAGAATGGTGATCCCATCG
EST: gi|88975414|gb|CI023665.1|CI023665
EST:     ACAACATGCACGTGCTCGGCGGACTCCCTATGCATCTGCTGACAATGATG                         AGTGTATGAATTTGCCTCCTGAGGATTTGATCCAGAATGGTGATCCCATCG
genomic: ACAACATGCACGTGCTCGGCGGACTCCCTATGCATCTGCTGACAATGATGgtacttcttg ... tgtcctgtagAGTGTATGAATTTGCCTCCTGAGGATTTGATCCAGAATGGTGATCCCATCG

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 58 (upstream exon), 74 (downstream exon)
Score: 36

CCTACTCAACAACATGCACGTGCTCGGCGGACTCCCTATGCATCTGCTGACAATGATGgtacttcttg ... tgtcctgtagAGTGTATGAATTTGCCTCCTGAGGATTTGATCCAGAATGGTGATCCCATCGAAGACAAGAACAAGGAAGAACAGTAACGAGTAGCTGCACCCTGTCTATT




<











<


<