Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CAAGGCAATAGAAGTATTGGAGGCATATGAGGGGACACTGGAAGATGATTATCCCCCAGAGAATGAGCGATATGAACACAGTGAAATGCTTCTGTATAAGgtgcctgtcaaaattctcttgtatttctgggatatgattgcggtagcaatgctgtacttatacacattcacactttcatgaacaacgaattatcaggaca...

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os01g43030.1
intron # 6
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os01g43030.2 (Oryza sativa), 5'ss of exon 6
lower sequence: GRMZM2G047093_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 6
CAAGGCAATAGAAGTATTGGAGGCATATGAGGGGACACTGGAAGATGATTATCCCCCAGAGAATGAGCGATATGAACACAGTGAAATGCTTCTGTATAAGgtgcctgtca---aaattctcttgtatttctgggatatgattgcggtagca-atgctgtactta-tacacattcacact-ttcatgaacaacgaattatcaggaca
||||||| ||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||   |||      |||    ||| | ||      ||| | |   ||| || |     |  |||  |    ||||   | ||  ||  ||  |   |||       
CAAGGCAGTAGAAGTATTGGAGGCATACGAGGGAACACTGGAAGATGATTATCCTCCAGAGAATGAGCGATATGAACACAATGAAATGCTGCTGTATAAGgtttgtgtttcttgaataggattgcaatttctttttattagtattgtatcagaaaaaatgtttagcattggttcatgttctttctggccattgttctatt------

upper sequence: LOC_Os01g43030.2 (Oryza sativa), 5'ss of exon 6
lower sequence: PP1S201_47V6.1 (Physcomitrella patens), 5'ss of exon 6
CAAGGCAATAGAAGTATTGGAGGCATATGAGGGGACACTGGAAGATGATTATCCCCCAGAGAATGAGCGATATGAACACAGTGAAATGCTTCTGTATAAGgtgcctgtcaaaattctcttgtatttctgggatatgattgcggtagcaatgctgtacttatacacattcacactttcatgaacaacgaattatcaggaca-----
 | |||  || |  ||||||| |||||||| || ||  ||||||| |||| ||| || || | |||||| ||||| |||||||||||||| || ||||||||        |  ||  |     |  | | | |||    |    ||   || |||    | | |||| ||  | ||   ||      |   | |    |      
GATGGCTGTAAATATATTGGATGCATATGAAGGAACTTTGGAAGAGGATTTTCCTCCTGAAAGTGAGCGGTATGAGCACAGTGAAATGCTCCTTTATAAGgt----aatgaggtttacggacgtcccagtggtatagacgttacagtgttgatgt-tggaaaaacatccaagcattttagatgtcttagacagctttgcttttaa