1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' |
ATCACTGACTGAACTTTCATTTAACTGGACGGGCTTCATCAATGCTATGATCTCTAACATCTCATTCACTTACCGGAGCATTTATTCCAAGAAAGCTATGgtttgtgcctcttttgtgctaatctgttgattcatcacctttttttttttgcctcatgggattttgcgttgattcctgattctgtcctttctgacgttaaaaaaccattttcactgttgcag
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os01g13770.3 |
intron # | 6 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: TCTCTAACATCTCATTCACTTACCGGAGCATTTATTCCAAGAAAGCTATG ACTGATATGGATAGCACCAATGTGTATGCTTATATCTCAATAATTGCCCTTEST: gi|29687904|gb|CB684179.1|CB684179
genomic: TCTCTAACATCTCATTCACTTACCGGAGCATTTATTCCAAGAAAGCTATGgtttgtgcct ... actgttgcagACTGATATGGATAGCACCAATGTGTATGCTTATATCTCAATAATTGCCCTT
EST: CATTCACTTACCGGAGCATTTATTCCAAGAAAGCTATG ACTGATATGGATAGCACCAATGTGTATGCTTATATCTCAATAATTGCCCTTEST: gi|325493498|gb|JG458022.1|JG458022
genomic: CATTCACTTACCGGAGCATTTATTCCAAGAAAGCTATGgtttgtgcct ... actgttgcagACTGATATGGATAGCACCAATGTGTATGCTTATATCTCAATAATTGCCCTT
EST: TCTCTAACATCTCATTCACTTACCGGAGCATTTATTCCAAGAAAGCTATG ACTGATATGGATAGCACCAATGTGTATGCTTATATCTCAATAATTGCCCTTEST: gi|29679987|gb|CB676262.1|CB676262
genomic: TCTCTAACATCTCATTCACTTACCGGAGCATTTATTCCAAGAAAGCTATGgtttgtgcct ... actgttgcagACTGATATGGATAGCACCAATGTGTATGCTTATATCTCAATAATTGCCCTT
EST: TCCAAGAAAGCTATG ACTGATATGGATAGCACCAATGTGTATGCTTATATCTCAATAATTGCCCTTEST: gi|55408699|gb|CV721075.1|CV721075
genomic: TCCAAGAAAGCTATGgtttgtgcct ... actgttgcagACTGATATGGATAGCACCAATGTGTATGCTTATATCTCAATAATTGCCCTT
EST: TCTCTAACATCTCATTCACTTACCGGAGCATTTATTCCAAGAAAGCTATG ACTGATATGGATAGCACCAATGTGTATGCTTATATCTCAATAATTGCCCTTEST: gi|29685328|gb|CB681603.1|CB681603
genomic: TCTCTAACATCTCATTCACTTACCGGAGCATTTATTCCAAGAAAGCTATGgtttgtgcct ... actgttgcagACTGATATGGATAGCACCAATGTGTATGCTTATATCTCAATAATTGCCCTT
EST: CATTCACTTACCGGAGCATTTATTCCAAGAAAGCTATG ACTGATATGGATAGCACCAATGTGTATGCTTATATCTCAATAATTGCCCTTEST: gi|29666541|gb|CB662816.1|CB662816
genomic: CATTCACTTACCGGAGCATTTATTCCAAGAAAGCTATGgtttgtgcct ... actgttgcagACTGATATGGATAGCACCAATGTGTATGCTTATATCTCAATAATTGCCCTT
EST: TCTCTAACATCTCATTCACTTACCGGAGCATTTATTCCAAGAAAGCTATG ACTGATATGGATAGCACCAATGTGTATGCTTATATCTCAATAATTGCCCTTEST: gi|29671527|gb|CB667802.1|CB667802
genomic: TCTCTAACATCTCATTCACTTACCGGAGCATTTATTCCAAGAAAGCTATGgtttgtgcct ... actgttgcagACTGATATGGATAGCACCAATGTGTATGCTTATATCTCAATAATTGCCCTT
EST: TCTCTAACATCTCATTCACTTACCGGAGCATTTATTCCAAGAAAGCTATG ACTGATATGGATAGCACCAATGTGTATGCTTATATCTCAATAATTGCCCTTEST: gi|84117005|gb|CD150772.1|CD150772
genomic: TCTCTAACATCTCATTCACTTACCGGAGCATTTATTCCAAGAAAGCTATGgtttgtgcct ... actgttgcagACTGATATGGATAGCACCAATGTGTATGCTTATATCTCAATAATTGCCCTT
EST: TCTCTAACATCTCATTCACTTACCGGAGCATTTATTCCAAGAAAGCTATG ACTGATATGGATAGCACCAATGTGTATGCTTATATCTCAATAATCGGCCTTEST: gi|29616354|gb|CB621366.1|CB621366
genomic: TCTCTAACATCTCATTCACTTACCGGAGCATTTATTCCAAGAAAGCTATGgtttgtgcct ... actgttgcagACTGATATGGATAGCACCAATGTGTATGCTTATATCTCAATAATTGCCCTT
EST: TCTCTAACATCTCATTCACTTACCGGAGCATTTATTCCAAGAAAGCTATG ACTGATATGGATAGCACCAATGTGTATGCTTATATCTCAATAATCGCCCTTEST: gi|29616223|gb|CB621235.1|CB621235
genomic: TCTCTAACATCTCATTCACTTACCGGAGCATTTATTCCAAGAAAGCTATGgtttgtgcct ... actgttgcagACTGATATGGATAGCACCAATGTGTATGCTTATATCTCAATAATTGCCCTT
EST: CATTCACTTACCGGAGCATTTATTCCAAGAAAGCTATG ACTGATATGGATAGCACCAATGTGTATGCTTATATCTCAATAATCGCCCTTEST: gi|58690439|gb|CK079126.1|CK079126
genomic: CATTCACTTACCGGAGCATTTATTCCAAGAAAGCTATGgtttgtgcct ... actgttgcagACTGATATGGATAGCACCAATGTGTATGCTTATATCTCAATAATTGCCCTT
EST: CAAGAAAGCTATG ACTGATATGGATAGCACCAATGTGTATGCTTATATCTCAATAATCGCCCTTEST: gi|29663112|gb|CB659387.1|CB659387
genomic: CAAGAAAGCTATGgtttgtgcct ... actgttgcagACTGATATGGATAGCACCAATGTGTATGCTTATATCTCAATAATTGCCCTT
EST: TCTCTAACATCTCATTCACTTACCGGAGCATTTATTCCAAGAAAGCTATG ACTGATATGGATAGCACCAATGTGTATGCTTATATCTCAATAATTGCCCTTEST: gi|313084102|gb|HO213885.1|HO213885
genomic: TCTCTAACATCTCATTCACTTACCGGAGCATTTATTCCAAGAAAGCTATGgtttgtgcct ... actgttgcagACTGATATGGATAGCACCAATGTGTATGCTTATATCTCAATAATTGCCCTT
EST: TCTCTAACATCTCATTCACTTACCGGAGCATTTATTCCAAGAAAGCTATG ACTGATATGGATAGCACCAATGTGTATGCTTATATCTCAATAATTGCCCTTEST: gi|29618840|gb|CB623852.1|CB623852
genomic: TCTCTAACATCTCATTCACTTACCGGAGCATTTATTCCAAGAAAGCTATGgtttgtgcct ... actgttgcagACTGATATGGATAGCACCAATGTGTATGCTTATATCTCAATAATTGCCCTT
EST: TCTCTAACATCTCATTCACTTACCGGAGCATTTATTCCAAGAAAGCTATG ACTGATATGGATAGCACCAATGTGTATGCTTATATCTCAATAATCGCCCTTEST: gi|29613763|gb|CB618776.1|CB618776
genomic: TCTCTAACATCTCATTCACTTACCGGAGCATTTATTCCAAGAAAGCTATGgtttgtgcct ... actgttgcagACTGATATGGATAGCACCAATGTGTATGCTTATATCTCAATAATTGCCCTT
EST: TCTCTAACATCTCATTCACTTACCGGAGCATTTATTCCAAGAAAGCTATG ACTGATATGGATAGCACCAATGTGTATGCTTATATCTCAATAATCGCCCTTEST: gi|56157641|gb|C24843.2|C24843
genomic: TCTCTAACATCTCATTCACTTACCGGAGCATTTATTCCAAGAAAGCTATGgtttgtgcct ... actgttgcagACTGATATGGATAGCACCAATGTGTATGCTTATATCTCAATAATTGCCCTT
EST: TCTCTAACATCTCATTCACTTACCGGAGCATTTATTCCAAGAAAGCTATG ACTGATATGGATAGCACCAATGTGTATGCTTATATCTCAATAATTGCCCTTEST: gi|29658696|gb|CB654971.1|CB654971
genomic: TCTCTAACATCTCATTCACTTACCGGAGCATTTATTCCAAGAAAGCTATGgtttgtgcct ... actgttgcagACTGATATGGATAGCACCAATGTGTATGCTTATATCTCAATAATTGCCCTT
EST: TCTCTAACATCTCATTCACTTACCGGAGCATTTATTCCAAGAAAGCTATG ACTGATATGGATAGCACCAATGTGTATGCTTATATCTCAATAATTGCCCTTEST: gi|29659419|gb|CB655694.1|CB655694
genomic: TCTCTAACATCTCATTCACTTACCGGAGCATTTATTCCAAGAAAGCTATGgtttgtgcct ... actgttgcagACTGATATGGATAGCACCAATGTGTATGCTTATATCTCAATAATTGCCCTT
EST: CAAGAAAGCTATG ACTGATATGGATAGCACCAATGTGTATGCTTATATCTCAATAATTGCCCTTEST: gi|44677263|gb|CR290697.1|CR290697
genomic: CAAGAAAGCTATGgtttgtgcct ... actgttgcagACTGATATGGATAGCACCAATGTGTATGCTTATATCTCAATAATTGCCCTT
EST: TCTAACATCTCATTCACTTAACCGGAGCATTTATTCCAACGAAAGCTATG ACTGATATGGGTAGCGCCAATGTGTATGCTTATATCTCAATAATCGCCCTTEST: gi|29662714|gb|CB658989.1|CB658989
genomic: TCTAACATCTCATTCACTT-ACCGGAGCATTTATTCCAA-GAAAGCTATGgtttgtgcct ... actgttgcagACTGATATGGATAGCACCAATGTGTATGCTTATATCTCAATAATTGCCCTT
EST: TCTCTAACATCTCATTCACTTACCGGAGCATTTATTCCAAGAAAGCTATG ACTGATATGGATAGCACCAATGTGTATGCTTATATCTCAATAATTGCCCTTEST: gi|29663111|gb|CB659386.1|CB659386
genomic: TCTCTAACATCTCATTCACTTACCGGAGCATTTATTCCAAGAAAGCTATGgtttgtgcct ... actgttgcagACTGATATGGATAGCACCAATGTGTATGCTTATATCTCAATAATTGCCCTT
EST: CCAAGAAAGCTATG ACTGATATGGATAGCACCAATGTGTATGCGTATATCTCAATAATTGCCCTTEST: gi|29671609|gb|CB667884.1|CB667884
genomic: CCAAGAAAGCTATGgtttgtgcct ... actgttgcagACTGATATGGATAGCACCAATGTGTATGCTTATATCTCAATAATTGCCCTT
EST: TCTCTAACATCTCATTCACTTACCGGAGCATTTATTCCAAGAAAGCTATG ACTGATATGGATAGCACCAATGTGTATGCTTATATCTCAATAATTGCCCTTEST: gi|29685820|gb|CB682095.1|CB682095
genomic: TCTCTAACATCTCATTCACTTACCGGAGCATTTATTCCAAGAAAGCTATGgtttgtgcct ... actgttgcagACTGATATGGATAGCACCAATGTGTATGCTTATATCTCAATAATTGCCCTT
EST: TCTCTAACATCTCATTCACTTACCGGAGCATTTATTCCAAGAAAGCTATG ACTGATATGGATAGCACCAATGTGTATGCTTATATCTCAATAATTGCCCTTEST: gi|29685985|gb|CB682260.1|CB682260
genomic: TCTCTAACATCTCATTCACTTACCGGAGCATTTATTCCAAGAAAGCTATGgtttgtgcct ... actgttgcagACTGATATGGATAGCACCAATGTGTATGCTTATATCTCAATAATTGCCCTT
EST: TCTTTAACATCTCATTCACTTACCGGAGCATTTATTCCAAGAAAGCTATG ACTGATATGGATAGCACCAATGTGTATGCTTATATCTCAATAATTGCCCTTEST: gi|29660916|gb|CB657191.1|CB657191
genomic: TCTCTAACATCTCATTCACTTACCGGAGCATTTATTCCAAGAAAGCTATGgtttgtgcct ... actgttgcagACTGATATGGATAGCACCAATGTGTATGCTTATATCTCAATAATTGCCCTT
EST: TCCAAGAAAGCTATG ACTGATATGGATAGCACCAATGTGTATGCTTATATCTCAATAATTGCCCTTEST: gi|29657796|gb|CB654071.1|CB654071
genomic: TCCAAGAAAGCTATGgtttgtgcct ... actgttgcagACTGATATGGATAGCACCAATGTGTATGCTTATATCTCAATAATTGCCCTT
EST: TCTCTAACATCTCATTCACTTACCGGAGCATTTATTCCAAGAAAGCTATG ACTGATATGGATAGCACCAATGTGTATGCTTATATCTCAATAATTGCCCTTEST: gi|29643944|gb|CB648951.1|CB648951
genomic: TCTCTAACATCTCATTCACTTACCGGAGCATTTATTCCAAGAAAGCTATGgtttgtgcct ... actgttgcagACTGATATGGATAGCACCAATGTGTATGCTTATATCTCAATAATTGCCCTT
EST: TCTCTAACATCTCATTCACTTACCGGAGCATTTATTCCAAGAAAGCTATG ACTGATATGGATAGCACCAATGTGTATGCTTATATCTCAATAATTGCCCTTEST: gi|29661884|gb|CB658159.1|CB658159
genomic: TCTCTAACATCTCATTCACTTACCGGAGCATTTATTCCAAGAAAGCTATGgtttgtgcct ... actgttgcagACTGATATGGATAGCACCAATGTGTATGCTTATATCTCAATAATTGCCCTT
EST: TCTCTAACATCTCATTCACTTACCGGAGCATTTATTCCAAGAAAGCTATG ACTGATATGGATAGCACCAATGTGTATGCTTATATCTCAATAATTGCCCTTEST: gi|25797136|gb|CA753097.1|CA753097
genomic: TCTCTAACATCTCATTCACTTACCGGAGCATTTATTCCAAGAAAGCTATGgtttgtgcct ... actgttgcagACTGATATGGATAGCACCAATGTGTATGCTTATATCTCAATAATTGCCCTT
EST: TCTCTAACATCTCATTCACTTACCGGAGCATTTATTCCAAGAAAGCTATG ACTGATATGGATAGCACCAATGTGTATGCTTATATCTCAATAATTGCCCTTEST: gi|29643945|gb|CB648952.1|CB648952
genomic: TCTCTAACATCTCATTCACTTACCGGAGCATTTATTCCAAGAAAGCTATGgtttgtgcct ... actgttgcagACTGATATGGATAGCACCAATGTGTATGCTTATATCTCAATAATTGCCCTT
EST: TCTCTAACATCTCATTCACTTACCGGAGCATTTATTCCAAGAAAGCTATG ACTGATATGGATAGCACCAATGTGTATGCTTATATCTCAATAATTGCCCTTEST: gi|29656095|gb|CB652370.1|CB652370
genomic: TCTCTAACATCTCATTCACTTACCGGAGCATTTATTCCAAGAAAGCTATGgtttgtgcct ... actgttgcagACTGATATGGATAGCACCAATGTGTATGCTTATATCTCAATAATTGCCCTT
EST: CAAGAAAGCTATG ACTGATATGGATAGCACCAATGTGTATGCTTATATCTCAATAATTGCCCTTEST: gi|29683569|gb|CB679844.1|CB679844
genomic: CAAGAAAGCTATGgtttgtgcct ... actgttgcagACTGATATGGATAGCACCAATGTGTATGCTTATATCTCAATAATTGCCCTT
EST: TCTCTAACATCTCATTCACTTACCGGAGCATTTATTCCAAGAAAGCTATG ACTGATATGGATAGCACCAATGTGTATGCTTATATCTCAATAATTGCCCTTEST: gi|29658105|gb|CB654380.1|CB654380
genomic: TCTCTAACATCTCATTCACTTACCGGAGCATTTATTCCAAGAAAGCTATGgtttgtgcct ... actgttgcagACTGATATGGATAGCACCAATGTGTATGCTTATATCTCAATAATTGCCCTT
EST: TCTCTAACATCTCATTCACTTACCGGAGCATTTATTCCAAGAAAGCTATG ACTGATATGGATAGCACCAATGTGTATGCTTATATCTCAATAATTGCCCTTEST: gi|29655875|gb|CB652150.1|CB652150
genomic: TCTCTAACATCTCATTCACTTACCGGAGCATTTATTCCAAGAAAGCTATGgtttgtgcct ... actgttgcagACTGATATGGATAGCACCAATGTGTATGCTTATATCTCAATAATTGCCCTT
EST: TCTCTAACATCTCATTCACTTACCGGAGCATTTATTCCAAGAAAGCTATG ACTGATATGGATAGCACCAATGTGTATGCTTATATCTCAATAATTGCCCTTEST: gi|29636760|gb|CB641769.1|CB641769
genomic: TCTCTAACATCTCATTCACTTACCGGAGCATTTATTCCAAGAAAGCTATGgtttgtgcct ... actgttgcagACTGATATGGATAGCACCAATGTGTATGCTTATATCTCAATAATTGCCCTT
EST: TCTCTAACATCTCATTCAC-TACCGGAGCA-TTATTCCAAGAAAGCTATG ACTGATATGGATAGCACCAATGTGTATGCTTATATCTCAATAATTGCCCTTEST: gi|29642430|gb|CB647437.1|CB647437
genomic: TCTCTAACATCTCATTCACTTACCGGAGCATTTATTCCAAGAAAGCTATGgtttgtgcct ... actgttgcagACTGATATGGATAGCACCAATGTGTATGCTTATATCTCAATAATTGCCCTT
EST: TCTCTAACATCTCATTCACTTACCGGAGCATTTATTCCAAGAAAGCTATG ACTGATATGGATAGCACCAATGTGTATGCTTATATCTCAATAATTGCCCTTEST: gi|88342868|gb|CI640201.1|CI640201
genomic: TCTCTAACATCTCATTCACTTACCGGAGCATTTATTCCAAGAAAGCTATGgtttgtgcct ... actgttgcagACTGATATGGATAGCACCAATGTGTATGCTTATATCTCAATAATTGCCCTT
EST: TCTCTAACATCTCATTCACTTACCGGAGCATTTATTCCAAGAAAGCTATG ACTGATATGGATAGCACCAATGTGTATGCTTATATCTCAATAATTGCCCTT
genomic: TCTCTAACATCTCATTCACTTACCGGAGCATTTATTCCAAGAAAGCTATGgtttgtgcct ... actgttgcagACTGATATGGATAGCACCAATGTGTATGCTTATATCTCAATAATTGCCCTT
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| ATCACTGACTGAACTTTCATTTAACTGGACGGGCTTCATCAATGCTATGATCTCTAACATCTCATTCACTTACCGGAGCATTTATTCCAAGAAAGCTATGgtttgtgcctcttttgtgctaatctgttgattcatcacctttttttttttgcctcatgggattttgcgttgattcctgattctgtcctttctgacgttaaaaaaccattttcactgttgcag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAA