Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GGTTCTTGATGTGCTAAGGAACTGGCCAGAGAGAAACATTCAAGTTATTGTTGTTACTGATGGTGAGCGCATTTTGGGGCTTGGAGATTTGGGTTGTCAGgtatgattgtctgattagttgcttacttcagaaactttacttattgttgttgcaatgatctttcctacag

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os01g09320.1
intron # 6
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|58668338|gb|CK057024.1|CK057024
EST:     TTGTTACTGATGGTGAGCGCATTTTGGGGCTTGGAGATTTGGGTTGTCAG                         GGAATGGGTATTCCTGTTGGTAAACTTTCTCTGTACACTGCCCTTGGAGGA
genomic: TTGTTACTGATGGTGAGCGCATTTTGGGGCTTGGAGATTTGGGTTGTCAGgtatgattgt ... tttcctacagGGAATGGGTATTCCTGTTGGTAAACTTTCTCTGTACACTGCCCTTGGAGGA
EST: gi|319908423|gb|HS977551.1|HS977551
EST:     TTGTTACTGATGGTGAGCGCATTTTGGGGCTTGGAGATTTGGGTTGTCAG                         GGAGTGGGTATTCTTGTTGGTAAACTTTCTCTGTAC
genomic: TTGTTACTGATGGTGAGCGCATTTTGGGGCTTGGAGATTTGGGTTGTCAGgtatgattgt ... tttcctacagGGAATGGGTATTCCTGTTGGTAAACTTTCTCTGTAC
EST: gi|58612495|gb|CK040207.1|CK040207
EST:     TTGTTACTGATGGTGAGCGCATTTTGGGGCTTGGAGATTTGGGTTGTCAG                         GGAATGGGTATTCCTGTTGGTAAACTTTCTCTGTACACTGCCCTTGGAGGA
genomic: TTGTTACTGATGGTGAGCGCATTTTGGGGCTTGGAGATTTGGGTTGTCAGgtatgattgt ... tttcctacagGGAATGGGTATTCCTGTTGGTAAACTTTCTCTGTACACTGCCCTTGGAGGA
EST: gi|29642462|gb|CB647469.1|CB647469
EST:     TTGTTACTGATGGTGAGCGCATTTTGGGGCTTGGAGATTTGGGTTGTCAG                         GGAATGGGTATTCCTGTTGGTAAACTTTCTCTGTACACTGCCCTTGGAGGA
genomic: TTGTTACTGATGGTGAGCGCATTTTGGGGCTTGGAGATTTGGGTTGTCAGgtatgattgt ... tttcctacagGGAATGGGTATTCCTGTTGGTAAACTTTCTCTGTACACTGCCCTTGGAGGA
EST: gi|218495881|gb|FG947063.1|FG947063
EST:     TTGTTACTGATGGTGAGCGCATTTTGGGGCTTGGAGATTTGGGTTGTCAG                         GGAATGGGTATTCCTGTTGGTAAACTTTCTCTGTACACTGCCCTTGGAGGA
genomic: TTGTTACTGATGGTGAGCGCATTTTGGGGCTTGGAGATTTGGGTTGTCAGgtatgattgt ... tttcctacagGGAATGGGTATTCCTGTTGGTAAACTTTCTCTGTACACTGCCCTTGGAGGA
EST: gi|58608599|gb|CK036632.1|CK036632
EST:     TTGTTACTGATGGTGAGCGCATTTTGGGGCTTGGAGA-TTGGGTTGTCAG                         GGAATGGGTATTCCTGTTGGTAGACTTTCTCTGTACACTGCCCTTGGAGGA
genomic: TTGTTACTGATGGTGAGCGCATTTTGGGGCTTGGAGATTTGGGTTGTCAGgtatgattgt ... tttcctacagGGAATGGGTATTCCTGTTGGTAAACTTTCTCTGTACACTGCCCTTGGAGGA
EST: gi|29645565|gb|CB650572.1|CB650572
EST:     TTGTTACTGATGGTGAGCGCATTTTGGGGCTTGGAGATTTGGGTTGTCAG                         GGAATGGGTATTCCTGTTGGTAAACTTTCTCTGTACACTGCCCTTGGAGGA
genomic: TTGTTACTGATGGTGAGCGCATTTTGGGGCTTGGAGATTTGGGTTGTCAGgtatgattgt ... tttcctacagGGAATGGGTATTCCTGTTGGTAAACTTTCTCTGTACACTGCCCTTGGAGGA
EST: gi|2309667|gb|C25822.1|C25822
EST:     TTGTTACTGATGGTGAGCGCATTTTGGGGCTTGGAGATTTGGGTTGTCAG                         GGAATGGGTATTCCTGTTGGTAAACTTTCTCTGTACACTGCCCTTTGAGGA
genomic: TTGTTACTGATGGTGAGCGCATTTTGGGGCTTGGAGATTTGGGTTGTCAGgtatgattgt ... tttcctacagGGAATGGGTATTCCTGTTGGTAAACTTTCTCTGTACACTGCCCTTGGAGGA
EST: gi|428653|gb|D24805.1|D24805
EST:     TTGTTACTGATGGTGAGCGCATTTTGGGGCTTGGAGATTTGGGTTGTCAG                         GGAATGGGTATTCCTGTTGGTAAACTTTCTCTGTACACTGCCCTTGGAGGA
genomic: TTGTTACTGATGGTGAGCGCATTTTGGGGCTTGGAGATTTGGGTTGTCAGgtatgattgt ... tttcctacagGGAATGGGTATTCCTGTTGGTAAACTTTCTCTGTACACTGCCCTTGGAGGA
EST: gi|58595714|gb|CK006242.1|CK006242
EST:     TTGTTACTGATGGTGAGCGCATTTTGGGGCTTGGAGATTTGGGTTGTCAG                         GGAATGGGTATTCCTGTTGGTAAACTTTCTCTGTACACTGCCCTTGGAGGA
genomic: TTGTTACTGATGGTGAGCGCATTTTGGGGCTTGGAGATTTGGGTTGTCAGgtatgattgt ... tttcctacagGGAATGGGTATTCCTGTTGGTAAACTTTCTCTGTACACTGCCCTTGGAGGA
EST: gi|58674300|gb|CK062986.1|CK062986
EST:     TTGTTACTGATGGTGAGCGCATTTTGGGGCTTGGAGATTTGGGTTGTCAG                         GAAATGGGTATTCCTGTTGGTAAACTTTCTCTGTACACTGCCCTTGGAGGA
genomic: TTGTTACTGATGGTGAGCGCATTTTGGGGCTTGGAGATTTGGGTTGTCAGgtatgattgt ... tttcctacagGGAATGGGTATTCCTGTTGGTAAACTTTCTCTGTACACTGCCCTTGGAGGA
EST: gi|33793137|gb|CF322449.1|CF322449
EST:     TTGTTACTGATGGTGAGCGCATTTTGGGGCTTGGAGATTTGGGTTGTCAG                         GGAATGGGTATTCCTGTTGGTAAACTTTCTCTGTACACTGCCCTTGGAGGA
genomic: TTGTTACTGATGGTGAGCGCATTTTGGGGCTTGGAGATTTGGGTTGTCAGgtatgattgt ... tttcctacagGGAATGGGTATTCCTGTTGGTAAACTTTCTCTGTACACTGCCCTTGGAGGA
EST: gi|29668942|gb|CB665217.1|CB665217
EST:     TTGTTACTGATGGTGAGCGCATTTTGGGGCTTGGAGATTTGGGTTGTCAG                         GGAATGGGTATTCCTGTTGGTAAACTTTCTCTGTACACTGCCCTTGGAGGA
genomic: TTGTTACTGATGGTGAGCGCATTTTGGGGCTTGGAGATTTGGGTTGTCAGgtatgattgt ... tttcctacagGGAATGGGTATTCCTGTTGGTAAACTTTCTCTGTACACTGCCCTTGGAGGA
EST: gi|58671508|gb|CK060194.1|CK060194
EST:     TTGTTACTGATGGTGAGCGCATTTTGGGGCTTGGAGATTTGGGTTGTCAG                         GGAATGGGTATTCCTGTTGGTAAACTTTCTCTGTACACTGCCCTTGGAGGA
genomic: TTGTTACTGATGGTGAGCGCATTTTGGGGCTTGGAGATTTGGGTTGTCAGgtatgattgt ... tttcctacagGGAATGGGTATTCCTGTTGGTAAACTTTCTCTGTACACTGCCCTTGGAGGA
EST: gi|58665642|gb|CK054328.1|CK054328
EST:     TTGTTACTGATGGTGAGCGCATTTTGGGGCTTGGAGATTTGGGTTGTCAG                         GGAATGGGTATTCCTGTTGGTAAACTTTCTCTGTACACTGCCCTTGGAGGA
genomic: TTGTTACTGATGGTGAGCGCATTTTGGGGCTTGGAGATTTGGGTTGTCAGgtatgattgt ... tttcctacagGGAATGGGTATTCCTGTTGGTAAACTTTCTCTGTACACTGCCCTTGGAGGA

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 75 (upstream exon), 74 (downstream exon)
Score: 79

GGTTCTTGATGTGCTAAGGAACTGGCCAGAGAGAAACATTCAAGTTATTGTTGTTACTGATGGTGAGCGCATTTTGGGGCTTGGAGATTTGGGTTGTCAGgtatgattgt ... tttcctacagGGAATGGGTATTCCTGTTGGTAAACTTTCTCTGTACACTGCCCTTGGAGGAGTTCGCCCGTCAGCT




<











<


<









Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GGTTCTTGATGTGCTAAGGAACTGGCCAGAGAGAAACATTCAAGTTATTGTTGTTACTGATGGTGAGCGCATTTTGGGGCTTGGAGATTTGGGTTGTCAGgtatgattgtctgattagttgcttacttcagaaactttacttattgttgttgcaatgatctttcctacag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAT