1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' |
ATTATGAAATGAGAGGCTATAAAATTAGTGTTGCGATGGCTGAGAAATCAGCTCCTAGAGCTCCTGCATATGGTCATGGgtaagtacttttcagttctgtagatgctaaatgcagattgtggaatgctgtgtgcctatgtccaagcaagacagcttctattatgggcaaagcatgcccc...
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os01g07070.1 |
intron # | 6 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: GTTGCGATGGCTGAGAAATCAGCTCCTAGAGCTCCTGCAAATGGTCATGG AGGTGGACGTGGTGGCTATGGTGGAGGTCGCAGGGATAACTTCAGAGATGGEST: gi|86848868|gb|CI295695.1|CI295695
genomic: GTTGCGATGGCTGAGAAATCAGCTCCTAGAGCTCCTGCATATGGTCATGGgtaagtactt ... tggcatgcagAGGTGGACGTGGTGGCTATGGTGGAGGTCGCAGGGATAACTTCAGAGATGG
EST: GTTGCGATGGCTGAGAAATCAGCTCCTAGAGCTCCTGCATATGGTCATGG AGGTGGACGTGGTGGCTATGGTGGAGGTCEST: gi|88982718|gb|CI028131.1|CI028131
genomic: GTTGCGATGGCTGAGAAATCAGCTCCTAGAGCTCCTGCATATGGTCATGGgtaagtactt ... tggcatgcagAGGTGGACGTGGTGGCTATGGTGGAGGTC
EST: GTTGCGATGGCTGAGAAATCAGCTCCTAGAGCTCCTGCATATGGTCATGG AGGTGGACGTGGTGGCTATGGTGGAGGTCGCAGGGATAACTTCAGAGATGGEST: gi|8856559|gb|AU093877.1|AU093877
genomic: GTTGCGATGGCTGAGAAATCAGCTCCTAGAGCTCCTGCATATGGTCATGGgtaagtactt ... tggcatgcagAGGTGGACGTGGTGGCTATGGTGGAGGTCGCAGGGATAACTTCAGAGATGG
EST: GTTGCGATGGCTGAGAAATCAGCTCCTAGAGCTCCTGCATATGGTCATGG AGGTGGACGTGGTGGCTATGGTGGAGGTCGCAGGGATAACTTCAGAGATGGEST: gi|88836955|gb|CI008391.1|CI008391
genomic: GTTGCGATGGCTGAGAAATCAGCTCCTAGAGCTCCTGCATATGGTCATGGgtaagtactt ... tggcatgcagAGGTGGACGTGGTGGCTATGGTGGAGGTCGCAGGGATAACTTCAGAGATGG
EST: GTTGCGATGGCTGAGAAATCAGCTCCTAGAGCTCCTGCATATGGTCATGG AGGTGGACGTGGTGGCTATGGTGGAGGTCGCAGGGATAACTTCAGAGATGGEST: gi|86498700|gb|CI141333.1|CI141333
genomic: GTTGCGATGGCTGAGAAATCAGCTCCTAGAGCTCCTGCATATGGTCATGGgtaagtactt ... tggcatgcagAGGTGGACGTGGTGGCTATGGTGGAGGTCGCAGGGATAACTTCAGAGATGG
EST: GTTGCGATGGCTGAGAAATCAGCTCCTAGAGCTCCTGCATATGGTCATGG AGGTGGACGTGGTGGCTATGGTGGAGGTCGCAGGGATAACTTCAGAGATGG
genomic: GTTGCGATGGCTGAGAAATCAGCTCCTAGAGCTCCTGCATATGGTCATGGgtaagtactt ... tggcatgcagAGGTGGACGTGGTGGCTATGGTGGAGGTCGCAGGGATAACTTCAGAGATGG
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| ATTATGAAATGAGAGGCTATAAAATTAGTGTTGCGATGGCTGAGAAATCAGCTCCTAGAGCTCCTGCATATGGTCATGGgtaagtacttttcagttctgtagatgctaaatgcagattgtggaatgctgtgtgcctatgtccaagcaagacagcttctattatgggcaaagcatgcccc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TCAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGCTC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGCT