1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' |
AAGAGAGAGAACATTAAAAGGATTCCGTGAAGGCCATTTTAATATTTTGATTGCCACTGATGTTGCTGCTCGTGGTTTGGATATCCCAAATGTAGACTTGgttagtgttttccttgattattctgctcttctaattttgtatgaaatagctgtttctaggttggttttctttcgctgtgttttaggttgtttttttttaaataaaaatagcaactacactttgtgttgaacagtgcttgagtgacttcccttccttttacag
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os12g41715.1 |
intron # | 5 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: TTGCCACTGATGTTGCTGCTCGTGGTTTGGATATCCCAAATGTAGACTTG GTGATACATTTTGAATTGCCAAACTCCTCGGAATTGTTTGTTCACAGGTCTEST: gi|24208381|gb|AU225408.1|AU225408
genomic: TTGCCACTGATGTTGCTGCTCGTGGTTTGGATATCCCAAATGTAGACTTGgttagtgttt ... ccttttacagGTGATACATTTTGAATTGCCAAACTCCTCGGAATTGTTTGTTCACAGGTCT
EST: TTGCCACTGATGTTGCTGCTCGTGGTTTGGATATCCCAAATGTAGACTTG GTGATACATTTTGAATTGCCAAACTCCTCGGAATTGTTTGTTCACAGGTCTEST: gi|29624510|gb|CB629521.1|CB629521
genomic: TTGCCACTGATGTTGCTGCTCGTGGTTTGGATATCCCAAATGTAGACTTGgttagtgttt ... ccttttacagGTGATACATTTTGAATTGCCAAACTCCTCGGAATTGTTTGTTCACAGGTCT
EST: TTGCCACTGATGTTGCTGCTCGTGGTTTGGATATCCCAAATGTAGACTTG GTGATACATTTTGAATTGCNCAA-CTCCTCGGAATTGEST: gi|218491741|gb|FG944875.1|FG944875
genomic: TTGCCACTGATGTTGCTGCTCGTGGTTTGGATATCCCAAATGTAGACTTGgttagtgttt ... ccttttacagGTGATACATTTTGAATTGC-CAAACTCCTCGGAATTG
EST: TTGCCACTGATGTTGCTGCTCGTGGTTTGGATATCCCAAATGTAGACTTG GTGATACATTTTGAATTGCCAAACTCCTCGGAATTGTTTGTTCACAGGTCTEST: gi|218479752|gb|FG960093.1|FG960093
genomic: TTGCCACTGATGTTGCTGCTCGTGGTTTGGATATCCCAAATGTAGACTTGgttagtgttt ... ccttttacagGTGATACATTTTGAATTGCCAAACTCCTCGGAATTGTTTGTTCACAGGTCT
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genomic: TTGCCACTGATGTTGCTGCTCGTGGTTTGGATATCCCAAATGTAGACTTGgttagtgttt ... ccttttacagGTGATACATTTTGAATTGCCAAACTCCTCGGAATTGTTTGTTCACAGGTCT
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| AAGAGAGAGAACATTAAAAGGATTCCGTGAAGGCCATTTTAATATTTTGATTGCCACTGATGTTGCTGCTCGTGGTTTGGATATCCCAAATGTAGACTTGgttagtgttttccttgattattctgctcttctaattttgtatgaaatagctgtttctaggttggttttctttcgctgtgttttaggttgtttttttttaaataaaaatagcaactacactttgtgttgaacagtgcttgagtgacttcccttccttttacag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGCT