1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' |
GTTTATTACATCGATGACACAGCATTTTTGTGCTGGTTGCAATAGATTACGATTATTGGCTGATGGCAACTTGAAAGTGTGCTTGTTTGGCCCGTCTGAGgtatgctaaccagacgttttgtgaatcctttgacttgtatttcagcaaatttctgtaccatattttgagccaatatgttaaattttctactttggattct...
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os12g32230.1 |
intron # | 5 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: GTGTGCTTGTTTGGCCCGTCTGAG GTGAGCTTGAGAGAGCCTATCCGAGCTGGTGTTGATGATGCTGGACTCAGAEST: gi|89166490|gb|CI103776.1|CI103776
genomic: GTGTGCTTGTTTGGCCCGTCTGAGgtatgctaac ... gtttgtgcagGTGAGCTTGAGAGAGCCTATCCGAGCTGGTGTTGATGATGCTGGACTCAGA
EST: GATTATTGGCTGATGGCAACTTGAAAGTGTGCTTGTTTGGCCCGTCTGAG GTGAGCTTGAGAGAGCTTATCCGAGCTGGTGTTGATGATGCTGGACTCAGAEST: gi|29671509|gb|CB667784.1|CB667784
genomic: GATTATTGGCTGATGGCAACTTGAAAGTGTGCTTGTTTGGCCCGTCTGAGgtatgctaac ... gtttgtgcagGTGAGCTTGAGAGAGCCTATCCGAGCTGGTGTTGATGATGCTGGACTCAGA
EST: GATTATTGGCTGATGGCAACTTGAAAGTGTGCTTGTTTGGCCCGTCTGAG GTGAGCTTGAGAGAGCCTATCCGAGCTGGTGTTGATGATGCTGGACTCAGAEST: gi|29639063|gb|CB644072.1|CB644072
genomic: GATTATTGGCTGATGGCAACTTGAAAGTGTGCTTGTTTGGCCCGTCTGAGgtatgctaac ... gtttgtgcagGTGAGCTTGAGAGAGCCTATCCGAGCTGGTGTTGATGATGCTGGACTCAGA
EST: GATTATTGGCTGATGGCAACTTGAAAGTGTGCTTGTTTGGCCCGTCTGAG GTGAGCTTGAGAGAGCCTATCCGAGCTGGTGTTGATGATGCTGGACTCAGAEST: gi|88223338|gb|CI223187.1|CI223187
genomic: GATTATTGGCTGATGGCAACTTGAAAGTGTGCTTGTTTGGCCCGTCTGAGgtatgctaac ... gtttgtgcagGTGAGCTTGAGAGAGCCTATCCGAGCTGGTGTTGATGATGCTGGACTCAGA
EST: GATTATTGGCTGATGGCAACTTGAAAGTGTGCTTGTTTGGCCCGTCTGAG GTGAGCTTGAGAGAGCCTATCCGAGCTGGTGTTGATGATGCTGGACTCAGAEST: gi|218504356|gb|FG958785.1|FG958785
genomic: GATTATTGGCTGATGGCAACTTGAAAGTGTGCTTGTTTGGCCCGTCTGAGgtatgctaac ... gtttgtgcagGTGAGCTTGAGAGAGCCTATCCGAGCTGGTGTTGATGATGCTGGACTCAGA
EST: GATTATTGGCTGATGGCAACTTGAAAGTGTGCTTGTTTGGCCCGTCTGAG GTGAGCTTGAGAGAGCCTATCCGAGCTGGTGTTGATGATGCTGGACTCAGA
genomic: GATTATTGGCTGATGGCAACTTGAAAGTGTGCTTGTTTGGCCCGTCTGAGgtatgctaac ... gtttgtgcagGTGAGCTTGAGAGAGCCTATCCGAGCTGGTGTTGATGATGCTGGACTCAGA
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| GTTTATTACATCGATGACACAGCATTTTTGTGCTGGTTGCAATAGATTACGATTATTGGCTGATGGCAACTTGAAAGTGTGCTTGTTTGGCCCGTCTGAGgtatgctaaccagacgttttgtgaatcctttgacttgtatttcagcaaatttctgtaccatattttgagccaatatgttaaattttctactttggattct
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGAT