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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

AGTGCCCACTCAAATCGTTCAAGTTCCACCCCACAAAAGAACTGCCTACGAATTCTGATGGAATAAAGATTGGTCACTACAATATCCGCACAGCTTGGTGgtgagtaatgcttaagattttctcgagttaagatctttatcagaaatttatcttaagcacaaagaatgaacttaaaaaatagagacaatcgatgtatatatataaatcaatgcatatttgcccataaaaaatgtcgtaattttttttttgcaatttctataattatatataccaag

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os12g26290.6
intron # 5
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os12g26290.6 (Oryza sativa), 5'ss of exon 5
lower sequence: GRMZM2G312997_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 4
AGTGCCCACTCAAATCGTTCAAGTTCCACCCCACAAAAGAACTGCCTACGAATTCTGATGGAA---TAAAGATTGGTCACTACAATATCCGCACAGCTTGGTGgtgagtaatgcttaagattttctcgagttaagatctttatcagaaatttatcttaagcacaaagaatgaacttaaaaaatagagacaatcgatgtat--atatataaatcaatgcatatttgcccataaaaaatgtcgtaattttttttttgcaatttctataattatatataccaag
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---GCCCACTCAAATCATTCAAGTTCTATGCCACAAAAGAACTGCCTACGAATTCTGATGGAACAATAAAGACTGGTTACTACAATGTCCGCACAGCTTGGTGgtgagtaatgct-aaaattttctcaagttaaggtcattgtcataaatttctcttaagcgcaaataatgaattaaaaaaa----gatgattgatgaatttatatataaatcaatgcacatttgcgcataaa--atgtcataatttttt----gcaatttctatgattatatatactaag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|29614999|gb|CB620012.1|CB620012
EST:     AATTCTGATGGAATAAAGATTGGTCACTACAATGTCCGCACAGCTTGGTG                         GGATGGGAGTGCAGTATATGGTAATAATGAGGAAAGGGCAGAAAAGCTCAG
genomic: AATTCTGATGGAATAAAGATTGGTCACTACAATATCCGCACAGCTTGGTGgtgagtaatg ... atataccaagGGATGGGAGTGCAGTATATGGTAATAATGAGGAAAGGGCAGAAAAGCTCAG
EST: gi|29625915|gb|CB630926.1|CB630926
EST:     AATTCTGATGGAATAAAGATTGGTCACTACAATGTCCGCACAGCTTGGTG                         GGATGGGAGTGCAGTATATGGTAATAATGAGGAAAGGGCAGAAAAGCTCAG
genomic: AATTCTGATGGAATAAAGATTGGTCACTACAATATCCGCACAGCTTGGTGgtgagtaatg ... atataccaagGGATGGGAGTGCAGTATATGGTAATAATGAGGAAAGGGCAGAAAAGCTCAG
EST: gi|29673746|gb|CB670021.1|CB670021
EST:     AATTCTGATGGAATAAAGATTGGTCACTACAATATCCGCACAGCTTGGTG                         AGATGGGAGTGCAGTATATGGTAATAA
genomic: AATTCTGATGGAATAAAGATTGGTCACTACAATATCCGCACAGCTTGGTGgtgagtaatg ... atataccaagGGATGGGAGTGCAGTATATGGTAATAA
EST: gi|29627764|gb|CB632775.1|CB632775
EST:     AATTCTGATGGAATAAAGATTGGTCACTACAATGTCCGCACAGCTTGGTG                         GGATGGGAGTGCAGTATATGGTAATAATGAGGAAAGGGCAGAAAAGCTCAG
genomic: AATTCTGATGGAATAAAGATTGGTCACTACAATATCCGCACAGCTTGGTGgtgagtaatg ... atataccaagGGATGGGAGTGCAGTATATGGTAATAATGAGGAAAGGGCAGAAAAGCTCAG
EST: gi|29673709|gb|CB669984.1|CB669984
EST:     AATTCTGATGGAATAAAGATTGGTCACTACAATATCCGCACAGCTTGGTG                         GGATGGGAGTGCAGTATATGGTAATAATGAGGAAAGGGCAGAAAAGCTCAG
genomic: AATTCTGATGGAATAAAGATTGGTCACTACAATATCCGCACAGCTTGGTGgtgagtaatg ... atataccaagGGATGGGAGTGCAGTATATGGTAATAATGAGGAAAGGGCAGAAAAGCTCAG
EST: gi|29623660|gb|CB628671.1|CB628671
EST:     AATTCTGATGGAATAAAGATTGGTCACTACAATGTCCGCACAGCTTGGTG                         GGATGGGAGTGCAGTATATGGTAATAATGAGGAAAGGGCAGAAAAGCTCAG
genomic: AATTCTGATGGAATAAAGATTGGTCACTACAATATCCGCACAGCTTGGTGgtgagtaatg ... atataccaagGGATGGGAGTGCAGTATATGGTAATAATGAGGAAAGGGCAGAAAAGCTCAG
EST: gi|29626272|gb|CB631283.1|CB631283
EST:     AATTCTGATGGAATAAAGATTGGTCACTACAATGTCCGCACAGCTTGGTG                         GGATGGGAGTGCAGTATATGGTAATAATGAGGAAAGGGCAGAAAAGCTCAG
genomic: AATTCTGATGGAATAAAGATTGGTCACTACAATATCCGCACAGCTTGGTGgtgagtaatg ... atataccaagGGATGGGAGTGCAGTATATGGTAATAATGAGGAAAGGGCAGAAAAGCTCAG
EST: gi|29622413|gb|CB627424.1|CB627424
EST:     AATTCTGATGGAATAAAGATTGGTCACTACAATGTCCGCACAGCTTGGTG                         GGATGGGAGTGCAGTATATGGTAATAATGAGGAAAGGGCAGAAAAGCTCAG
genomic: AATTCTGATGGAATAAAGATTGGTCACTACAATATCCGCACAGCTTGGTGgtgagtaatg ... atataccaagGGATGGGAGTGCAGTATATGGTAATAATGAGGAAAGGGCAGAAAAGCTCAG
EST: gi|29674051|gb|CB670326.1|CB670326
EST:     AATTCTGATGGAATAAAGATTGGTCACTACAATATCCGCACAGCTTGGTG                         GGATGGGAGTGCAGTATATGGTAAT
genomic: AATTCTGATGGAATAAAGATTGGTCACTACAATATCCGCACAGCTTGGTGgtgagtaatg ... atataccaagGGATGGGAGTGCAGTATATGGTAAT
EST: gi|29622490|gb|CB627501.1|CB627501
EST:     AATTCTGATGGAATAAAGATTGGTCACTACAATGTCCGCACAGCTTGGTG                         GGATGGGAGTGCAGTATATGGTAATAATGAGGAAAGGGCAGAAAAGCTCAG
genomic: AATTCTGATGGAATAAAGATTGGTCACTACAATATCCGCACAGCTTGGTGgtgagtaatg ... atataccaagGGATGGGAGTGCAGTATATGGTAATAATGAGGAAAGGGCAGAAAAGCTCAG
EST: gi|29625519|gb|CB630530.1|CB630530
EST:     AATTCTGATGGAATAAAGATTGGTCACTACAATGTCCGCACAGCTTGGTG                         GGATGGGAGTGCAGTATATGGTAATAATGAGGAAAGGGCAGAAAAGCTCAG
genomic: AATTCTGATGGAATAAAGATTGGTCACTACAATATCCGCACAGCTTGGTGgtgagtaatg ... atataccaagGGATGGGAGTGCAGTATATGGTAATAATGAGGAAAGGGCAGAAAAGCTCAG
EST: gi|29625911|gb|CB630922.1|CB630922
EST:     AATTCTGATGGAATAAAGATTGGTCACTACAATGTCCGCACAGCTTGGTG                         GGATGGGAGTGCAGTATATGGTAATAATGAGGAAAGGGCAGAAAAGCTCAG
genomic: AATTCTGATGGAATAAAGATTGGTCACTACAATATCCGCACAGCTTGGTGgtgagtaatg ... atataccaagGGATGGGAGTGCAGTATATGGTAATAATGAGGAAAGGGCAGAAAAGCTCAG
EST: gi|29625830|gb|CB630841.1|CB630841
EST:     AATTCTGATGGAATAAAGATTGGTCACTACAATGTCCGCACAGCTTGGTG                         GGATGGGAGTGCAGTATATGGTAATAATG
genomic: AATTCTGATGGAATAAAGATTGGTCACTACAATATCCGCACAGCTTGGTGgtgagtaatg ... atataccaagGGATGGGAGTGCAGTATATGGTAATAATG
EST: gi|29677261|gb|CB673536.1|CB673536
EST:     AATTCTGATGGAATAAAGATTGGTCACTACAATATCCGCACAGCTTGGTG                         GGATGGGAGTGCAGTATATGGTAATAATGAGGAAAGGGCAGAAAAGCTCAG
genomic: AATTCTGATGGAATAAAGATTGGTCACTACAATATCCGCACAGCTTGGTGgtgagtaatg ... atataccaagGGATGGGAGTGCAGTATATGGTAATAATGAGGAAAGGGCAGAAAAGCTCAG
EST: gi|29614956|gb|CB619969.1|CB619969
EST:     AATTCTGATGGAATAAAGATTGGTCACTACAATGTCCGCACAGCTTGGTG                         GGATGGGAGTGCAGTATATGGTAATAATGAGGAAAGGGCAGAAAAGCTCAG
genomic: AATTCTGATGGAATAAAGATTGGTCACTACAATATCCGCACAGCTTGGTGgtgagtaatg ... atataccaagGGATGGGAGTGCAGTATATGGTAATAATGAGGAAAGGGCAGAAAAGCTCAG
EST: gi|29626293|gb|CB631304.1|CB631304
EST:     AATTCTGATGGAATAAAGATTGGTCACTACAATGTCCGCACAGCTTGGTG                         GGATGGGAGTGCAGTATATGGTAATAATGAGGAAAGGGCAGANAAGCTCAG
genomic: AATTCTGATGGAATAAAGATTGGTCACTACAATATCCGCACAGCTTGGTGgtgagtaatg ... atataccaagGGATGGGAGTGCAGTATATGGTAATAATGAGGAAAGGGCAGAAAAGCTCAG
EST: gi|88572787|gb|CI664358.1|CI664358
EST:     AATTCTGATGGAATAAAGATTGGTCACTACAATATCCGCACAGCTTGGTG                         GGATGGGAGTGCAGTA
genomic: AATTCTGATGGAATAAAGATTGGTCACTACAATATCCGCACAGCTTGGTGgtgagtaatg ... atataccaagGGATGGGAGTGCAGTA
EST: gi|29679634|gb|CB675909.1|CB675909
EST:     AATTCTGATGGAATAAAGATTGGTCACTACAATATCCGCACAGCTTGGTG                         GGATGGGAGTGCAGTATATGGTAATAATGAGGAAAGGGCAGAAAAGCTCAG
genomic: AATTCTGATGGAATAAAGATTGGTCACTACAATATCCGCACAGCTTGGTGgtgagtaatg ... atataccaagGGATGGGAGTGCAGTATATGGTAATAATGAGGAAAGGGCAGAAAAGCTCAG
EST: gi|29623589|gb|CB628600.1|CB628600
EST:     AATTCTGATGGAATAAAGATTGGTCACTACAATGTCCGCACAGCTTGGTG                         GGATGGGAGTGCAGTATATGGTAATAATGAGGAAAGGGCAGAAAAGCTCAG
genomic: AATTCTGATGGAATAAAGATTGGTCACTACAATATCCGCACAGCTTGGTGgtgagtaatg ... atataccaagGGATGGGAGTGCAGTATATGGTAATAATGAGGAAAGGGCAGAAAAGCTCAG
EST: gi|25778063|gb|CA752815.1|CA752815
EST:     AATTCTGATGGAATAAAGATTGGTCACTACAATGTCCGCACAGCTTGGTG                         GGATGGGAGTGCAGTATATGGTAATAATGAGGAAAGGGCAGAAAAGCTCAG
genomic: AATTCTGATGGAATAAAGATTGGTCACTACAATATCCGCACAGCTTGGTGgtgagtaatg ... atataccaagGGATGGGAGTGCAGTATATGGTAATAATGAGGAAAGGGCAGAAAAGCTCAG
EST: gi|29627804|gb|CB632815.1|CB632815
EST:     AATTCTGATGGAATAAAGATTGGTCACTACAATGTCCGCACAGCTTGGTG                         GGATGGGAGTGCAGTATATGGTAATAATGAGGAAAGGGCAGAAAAGCTCAG
genomic: AATTCTGATGGAATAAAGATTGGTCACTACAATATCCGCACAGCTTGGTGgtgagtaatg ... atataccaagGGATGGGAGTGCAGTATATGGTAATAATGAGGAAAGGGCAGAAAAGCTCAG
EST: gi|29626125|gb|CB631136.1|CB631136
EST:     AATTCTGATGGAATAAAGATTGGTCACTACAATGTCCGCACAGCTTGGTG                         GGATGGGAGTGCAGTATATGGTAATAATGAGGAAAGGGCAGAAAAGCTCAG
genomic: AATTCTGATGGAATAAAGATTGGTCACTACAATATCCGCACAGCTTGGTGgtgagtaatg ... atataccaagGGATGGGAGTGCAGTATATGGTAATAATGAGGAAAGGGCAGAAAAGCTCAG
EST: gi|29629207|gb|CB634218.1|CB634218
EST:     AATTCTGATGGAATAAAGATTGGTCACTACAATGTCCGCACAGCTTGGTG                         GGATGGGAGTGCAGTATATGGTAATAATGAGGAAAGGGCAGAAAAGCTCAG
genomic: AATTCTGATGGAATAAAGATTGGTCACTACAATATCCGCACAGCTTGGTGgtgagtaatg ... atataccaagGGATGGGAGTGCAGTATATGGTAATAATGAGGAAAGGGCAGAAAAGCTCAG
EST: gi|29628820|gb|CB633831.1|CB633831
EST:     AATTCTGATGGAATAAAGATTGGTCACTACAATGTCCGCACAGCTTGGTG                         GGATGGGAGTGCAGTATATGGTAATAATGAGGAAAGGGCAGAAAAGCTCAG
genomic: AATTCTGATGGAATAAAGATTGGTCACTACAATATCCGCACAGCTTGGTGgtgagtaatg ... atataccaagGGATGGGAGTGCAGTATATGGTAATAATGAGGAAAGGGCAGAAAAGCTCAG
EST: gi|29624043|gb|CB629054.1|CB629054
EST:     AATTCTGATGGAATAAAGATTGGTCACTACAATGTCCGCACAGCTTGGTG                         GGATGGGAGTGCAGTATATGGTAATAATGAGGAAAGGGCAGAAAAGCTCAG
genomic: AATTCTGATGGAATAAAGATTGGTCACTACAATATCCGCACAGCTTGGTGgtgagtaatg ... atataccaagGGATGGGAGTGCAGTATATGGTAATAATGAGGAAAGGGCAGAAAAGCTCAG
EST: gi|25778087|gb|CA752839.1|CA752839
EST:     AATTCTGATGGAATAAAGATTGGTCACTACAATGTCCGCACAGCTTGGTG                         GGATGGGAGTGCAGTATATGGTAATAATGAAGGAAAGGGCAGAAAAGCTCA
genomic: AATTCTGATGGAATAAAGATTGGTCACTACAATATCCGCACAGCTTGGTGgtgagtaatg ... atataccaagGGATGGGAGTGCAGTATATGGTAATAATGA-GGAAAGGGCAGAAAAGCTCA
EST: gi|29627901|gb|CB632912.1|CB632912
EST:     AATTCTGATGGAATAAAGATTGGTCACTACAATGTCCGCACAGCTTGGTG                         GGATGGGAGTGCAGTATATGGTAATAATGAGGAAAGGGCAGAAAAGCTCAG
genomic: AATTCTGATGGAATAAAGATTGGTCACTACAATATCCGCACAGCTTGGTGgtgagtaatg ... atataccaagGGATGGGAGTGCAGTATATGGTAATAATGAGGAAAGGGCAGAAAAGCTCAG
EST: gi|29628685|gb|CB633696.1|CB633696
EST:     AATTCTGATGGAATAAAGATTGGTCACTACAATGTCCGCACAGCTTGGTG                         GGATGGGAGTGCAGTATATGGTAATAATG
genomic: AATTCTGATGGAATAAAGATTGGTCACTACAATATCCGCACAGCTTGGTGgtgagtaatg ... atataccaagGGATGGGAGTGCAGTATATGGTAATAATG
EST: gi|29628226|gb|CB633237.1|CB633237
EST:     AATTCTGATGGAATAAAGATTGGTCACTACAATGTCCGCACAGCTTGGTG                         GGATGGGAGTGCAGTATATGGTAATAATGAGGAAAGGGCAGAAAAGCTCAG
genomic: AATTCTGATGGAATAAAGATTGGTCACTACAATATCCGCACAGCTTGGTGgtgagtaatg ... atataccaagGGATGGGAGTGCAGTATATGGTAATAATGAGGAAAGGGCAGAAAAGCTCAG
EST: gi|29625787|gb|CB630798.1|CB630798
EST:     AATTCTGATGGAATAAAGATTGGTCACTACAATGTCCGCACAGCTTGGTG                         GGATGGGAGTGCAGTATATGGTAATAATGAGGAAAGGGCAGAAAAGCTCAG
genomic: AATTCTGATGGAATAAAGATTGGTCACTACAATATCCGCACAGCTTGGTGgtgagtaatg ... atataccaagGGATGGGAGTGCAGTATATGGTAATAATGAGGAAAGGGCAGAAAAGCTCAG
EST: gi|25778064|gb|CA752816.1|CA752816
EST:     AATTCTGATGGAATAAAGATTGGTCACTACAATGTCCGCACAGCTTGGTG                         GGATGGGAGTGCAGTATATGGTAATAATGAGGAAAGGGCAGAAAAGCTCAG
genomic: AATTCTGATGGAATAAAGATTGGTCACTACAATATCCGCACAGCTTGGTGgtgagtaatg ... atataccaagGGATGGGAGTGCAGTATATGGTAATAATGAGGAAAGGGCAGAAAAGCTCAG
EST: gi|29623658|gb|CB628669.1|CB628669
EST:     AATTCTGATGGAATAAAGATTGGTCACTACAATGTCCGCACAGCTTGGTG                         GGATGGGAGTGCAGTATATGGTAA
genomic: AATTCTGATGGAATAAAGATTGGTCACTACAATATCCGCACAGCTTGGTGgtgagtaatg ... atataccaagGGATGGGAGTGCAGTATATGGTAA
EST: gi|29627242|gb|CB632253.1|CB632253
EST:     AATTCTGATGGAATAAAGATTGGTCACTACAATGTCCGCACAGCTTGGTG                         GGATGGGAGTGCAGTATATGGTAATAATGAGGAAAGGGCAGAAAAGCTCAG
genomic: AATTCTGATGGAATAAAGATTGGTCACTACAATATCCGCACAGCTTGGTGgtgagtaatg ... atataccaagGGATGGGAGTGCAGTATATGGTAATAATGAGGAAAGGGCAGAAAAGCTCAG
EST: gi|29627625|gb|CB632636.1|CB632636
EST:     AATTCTGATGGAATAAAGATTGGTCACTACAATGTCCGCACAGCTTGGTG                         GGATGGGAGTGCAGTATATGGTAATAATGAGGAAAGGGCAGACAAGCTCAC
genomic: AATTCTGATGGAATAAAGATTGGTCACTACAATATCCGCACAGCTTGGTGgtgagtaatg ... atataccaagGGATGGGAGTGCAGTATATGGTAATAATGAGGAAAGGGCAGAAAAGCTCAG
EST: gi|29623848|gb|CB628859.1|CB628859
EST:     AATTCTGATGGAATAAAGATTGGTCACTACAATGTCCGCACAGCTTGGTG                         GGATGGGAGTGCAGTATATGGTAATAATGAGGAAAGGGCAGAAAAGCTCAG
genomic: AATTCTGATGGAATAAAGATTGGTCACTACAATATCCGCACAGCTTGGTGgtgagtaatg ... atataccaagGGATGGGAGTGCAGTATATGGTAATAATGAGGAAAGGGCAGAAAAGCTCAG
EST: gi|29622060|gb|CB627071.1|CB627071
EST:     AATTCTGATGGAATAAAGATTGGTCACTACAATGTCCGCACAGCTTGGTG                         GGATGGGAGTGCAGTATATGGTAATAATGAGG
genomic: AATTCTGATGGAATAAAGATTGGTCACTACAATATCCGCACAGCTTGGTGgtgagtaatg ... atataccaagGGATGGGAGTGCAGTATATGGTAATAATGAGG

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
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AGTGCCCACTCAAATCGTTCAAGTTCCACCCCACAAAAGAACTGCCTACGAATTCTGATGGAATAAAGATTGGTCACTACAATATCCGCACAGCTTGGTGgtgagtaatgcttaagattttctcgagttaagatctttatcagaaatttatcttaagcacaaagaatgaacttaaaaaatagagacaatcgatgtatatatataaatcaatgcatatttgcccataaaaaatgtcgtaattttttttttgcaatttctataattatatataccaag

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