Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CCTATGATACCACCATATGGAACCCCACCACCACCATATGTCATGTATCCTCCAGGAGTATATGCTCACCCATCTATGCCTCCGgtatgttccacagattgctgtaatttattatattcttgtctgtaaaaagcacaattggtagtctcaaaataatattgctacctccgtcccaaaatataaa...

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os12g13170.3
intron # 5
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os12g13170.2 (Oryza sativa), 5'ss of exon 5
lower sequence: GRMZM2G088140_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 5
CCTATGATACCACCATATGGAACCCCACCACCACCATATGTCATGTATCCTCCAGGAGTATATGCTCACCCATCTATGCCTCCGgtatgttccacagattgctgtaattt-attatattcttgtctgtaaaaagcacaattggtagtctcaaaataatattgctacctccgtcccaaaatataaa
 ||||||| ||||| ||||||||   ||| ||||||||||||||||| || || ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||  | ||| || ||| | ||| | ||||||     |||   ||||  |  | |      |   |||| |||    || |           
GCTATGATTCCACCTTATGGAAC---ACCGCCACCATATGTCATGTACCCCCCTGGAGTATATGCCCACCCATCTATGCCCCCGgtatgttcaacatgtggctttagtttcactatgtacttgtc-----aaatggcaat--gctgaccttggttgtcattg-tactattgtgcag---------

upper sequence: LOC_Os12g13170.2 (Oryza sativa), 5'ss of exon 5
lower sequence: GRMZM2G074373_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 5
CCTATGATACCACCATATGGAACCCCACCACCACCATATGTCATGTATCCTCCAGGAGTATATGCTCACCCATCTATGCCTCCGgtatgttccacagattgctgtaattt--attatattcttgtctgtaaaaagcacaa---ttggtagtctcaaaataatattgctacctccgtcccaaaatataaa
|||||||| |||||||||||| |      ||| |||||||||||||| ||||| ||||| ||||| |||||||||||| |  |||||||||| |||  | ||| ||||||  | ||| | ||||||       |   |     ||||| |||   | ||  |   |                       
CCTATGATTCCACCATATGGAGC------ACCGCCATATGTCATGTACCCTCCTGGAGTGTATGCACACCCATCTATGGCCTCGgtatgttcaacacgtggctttaattttcactatgtacttgtcaaatggcaatgctgaccttggttgtcattatattgtgcag-----------------------