1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' | 14 5' 3' | 15 5' 3' | 16 5' 3' | 17 5' 3' | 18 5' 3' |
GCTTGCAACAGCCAAGGAATATGCTATGTTCCACTGTATGACACCCTTGgtaggttctccatgccacaaataccgactcactaacaaaaacagctatgtgaatgcacataatttaagaataaaacatgaagtaaaaaaatacatctttataaaaatgctcagataaaacaagcattatccgtggtatctgttagtgtactttataatgtagcactgactggttcagtgccttcaaataaattgcag
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os11g35400.1 |
intron # | 5 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: GCTTGCAACAGCCAAGGAATATGCTATGTTCCACTGTATGACACCCTTG GTGCAAATGCAGTTGAATTCATAATGGATCATEST: gi|58666761|gb|CK055447.1|CK055447
genomic: GCTTGCAACAGCCAAGGAATATGCTATGTTCCACTGTATGACACCCTTGgtaggttctc ... taaattgcagGTGCAAATGCAGTTGAATTCATAATGGATCAT
EST: GCTTGCAACAGCCAAGGAATATGCTATGTTCCACTGTATGACACCCTTG GTGCAAATGCAGTTGAATTCATAATGGATCATGCTGAGATCTCTATAGCATEST: gi|58659834|gb|CK048514.1|CK048514
genomic: GCTTGCAACAGCCAAGGAATATGCTATGTTCCACTGTATGACACCCTTGgtaggttctc ... taaattgcagGTGCAAATGCAGTTGAATTCATAATGGATCATGCTGAGATCTCTATAGCAT
EST: GCTTGCAACAGCCAAGGAATATGCTATGTTCCACTGTATGACACCCTTG GTGCAAATGCAGTTGAATTCATAATGGATCATGCTGAGATCTCTATAGCAT
genomic: GCTTGCAACAGCCAAGGAATATGCTATGTTCCACTGTATGACACCCTTGgtaggttctc ... taaattgcagGTGCAAATGCAGTTGAATTCATAATGGATCATGCTGAGATCTCTATAGCAT
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| GCTTGCAACAGCCAAGGAATATGCTATGTTCCACTGTATGACACCCTTGgtaggttctccatgccacaaataccgactcactaacaaaaacagctatgtgaatgcacataatttaagaataaaacatgaagtaaaaaaatacatctttataaaaatgctcagataaaacaagcattatccgtggtatctgttagtgtactttataatgtagcactgactggttcagtgccttcaaataaattgcag
- - - - - - AAGGAA