1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' |
TTTGGTCTGGCAAAAGCTGGCCCAGAAGGCGATCAAACCCATGTATCAACTCGGGTGATGGGAACATATGGTTATGCTGCCCCTGAATATGTGATGACTGgtactctcctcattttatcttttttaagttttcttcattttttttttctgaatagcgttattacccttcatcaaaatgtgaccagaaagtttactaagtgatatgcaagtatgcagtttctgttttgcccttgcaatttcatctgatgtatatatacctattgggcag
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os11g02830.2 |
intron # | 5 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: ACGGGTGATGGGAACATATGGTTATGCTGCCCCTGAATACGTGATGACTG GTCACTTGACTGCTAGAAGTGATGTCTACAGCTTTGGTGTTGTCCTTCTTGEST: gi|25799597|gb|CA755558.1|CA755558
genomic: TCGGGTGATGGGAACATATGGTTATGCTGCCCCTGAATATGTGATGACTGgtactctcct ... tattgggcagGTCACTTGACTGCTAGAAGTGATGTCTACAGCTTTGGTGTTGTCCTTCTTG
EST: TCGGGTGATGGGAACATATGGTTATGCTGCCCCTGAATATGTGATGACTG GTCACTTGACTGCTAGAAGTGATGTCTACAGCTTTGGTGTTGTCCTTCTTGEST: gi|58685145|gb|CK073832.1|CK073832
genomic: TCGGGTGATGGGAACATATGGTTATGCTGCCCCTGAATATGTGATGACTGgtactctcct ... tattgggcagGTCACTTGACTGCTAGAAGTGATGTCTACAGCTTTGGTGTTGTCCTTCTTG
EST: TCGGGTGATGGGAACATATGGTTATGCTGCCCCTGAATATGTGATGACTG GTCACTTGACTGCTAGAAGTGATGTCTACAGCTTTGGTGTTGTCCTTCTTGEST: gi|313081121|gb|HO213707.1|HO213707
genomic: TCGGGTGATGGGAACATATGGTTATGCTGCCCCTGAATATGTGATGACTGgtactctcct ... tattgggcagGTCACTTGACTGCTAGAAGTGATGTCTACAGCTTTGGTGTTGTCCTTCTTG
EST: ACGGGTGATGGGAACATATGGTTATGCTGCCCCTGAATACGTGATGACTG GTCACTTGACTGCTAGAAGTGATGTCTACAGCTTTGGTGTTGTCCTTCTTG
genomic: TCGGGTGATGGGAACATATGGTTATGCTGCCCCTGAATATGTGATGACTGgtactctcct ... tattgggcagGTCACTTGACTGCTAGAAGTGATGTCTACAGCTTTGGTGTTGTCCTTCTTG
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| TTTGGTCTGGCAAAAGCTGGCCCAGAAGGCGATCAAACCCATGTATCAACTCGGGTGATGGGAACATATGGTTATGCTGCCCCTGAATATGTGATGACTGgtactctcctcattttatcttttttaagttttcttcattttttttttctgaatagcgttattacccttcatcaaaatgtgaccagaaagtttactaagtgatatgcaagtatgcagtttctgttttgcccttgcaatttcatctgatgtatatatacctattgggcag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ATGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGCTGC