1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' |
AAGACCTGCTAAAATTAGAACATAAGGTTTCGTCGTTTACTGATGATCCAAAGCTTGCATGTGAAGAAGCTCTCAAGAAGATGTATTCCTTGCTTGAAAAgtaagcatctcctctgaaccattctctcccaaattccattgttcttcagagtgagataataaatatcttgtcaagtccaaatatgtttagcaagcataagcatttgatgtttaattggactaacaagtattatacttatgtcag
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os11g01439.2 |
intron # | 5 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: AAGCTTGCATGTGAAGAAGCTCTCAAGAAGATGTATTCCTTGCTTGAAAA AGTGGAGCAGAGTGTTTATGCGCTACTTCGTACTAGAGACATGGCCATATCEST: gi|58695568|gb|CK084255.1|CK084255
genomic: AAGCTTGCATGTGAAGAAGCTCTCAAGAAGATGTATTCCTTGCTTGAAAAgtaagcatct ... cttatgtcagAGTGGAGCAGAGTGTTTATGCGCTACTTCGTACTAGAGACATGGCCATATC
EST: AAGCTTGCATGTGAAGAAGCTCTCAAGAAGATGTATTCCTTGCTTGAAAA AGTGGAGCAGAGTGTTTATGCGCTACTTCGTACTAGAGACATGGCCATATCEST: gi|29646000|gb|CB651007.1|CB651007
genomic: AAGCTTGCATGTGAAGAAGCTCTCAAGAAGATGTATTCCTTGCTTGAAAAgtaagcatct ... cttatgtcagAGTGGAGCAGAGTGTTTATGCGCTACTTCGTACTAGAGACATGGCCATATC
EST: AAGCTTGCATGTGAAGAAGCTCTCAAGAAGATGTATTCCTTGCTTGAAAA AGTGGAGCAGAGTGTTTATGCGCTACTTCGTACTAGAGACATGGCCATATCEST: gi|29667941|gb|CB664216.1|CB664216
genomic: AAGCTTGCATGTGAAGAAGCTCTCAAGAAGATGTATTCCTTGCTTGAAAAgtaagcatct ... cttatgtcagAGTGGAGCAGAGTGTTTATGCGCTACTTCGTACTAGAGACATGGCCATATC
EST: AAGCTTGCATGTGAAGAAGCTCTCAAGAAGATGTATTCCTTGCTTGAAAA AGTGGAGCAGAGTGTTTATGCGCTACTTCGTACTAGAGACATGGCCATATCEST: gi|29612706|gb|CB617719.1|CB617719
genomic: AAGCTTGCATGTGAAGAAGCTCTCAAGAAGATGTATTCCTTGCTTGAAAAgtaagcatct ... cttatgtcagAGTGGAGCAGAGTGTTTATGCGCTACTTCGTACTAGAGACATGGCCATATC
EST: AAGCTTGCATGTGAAGAAGCTCTCAAGAAGATGTATTCCTTGCTTGAAAA AGTGGAGCAGAGTGTTTATGCGCTACTTCGTACTAGAGACATGGCCATATCEST: gi|29612723|gb|CB617736.1|CB617736
genomic: AAGCTTGCATGTGAAGAAGCTCTCAAGAAGATGTATTCCTTGCTTGAAAAgtaagcatct ... cttatgtcagAGTGGAGCAGAGTGTTTATGCGCTACTTCGTACTAGAGACATGGCCATATC
EST: AAGCTTGCATGTGAAGAAGCTCTCAAGAAGATGTATTCCTTGCTTGAAAA AGTGGAGCAGAGTGTTTATGCGCTACTTCGTACTAGAGACATGGCCATATCEST: gi|29613986|gb|CB618999.1|CB618999
genomic: AAGCTTGCATGTGAAGAAGCTCTCAAGAAGATGTATTCCTTGCTTGAAAAgtaagcatct ... cttatgtcagAGTGGAGCAGAGTGTTTATGCGCTACTTCGTACTAGAGACATGGCCATATC
EST: AAGCTTGCATGTGAAGAAGCTCTCAAGAAGATGTATTCCTTGCTTGAAAA AGTGGAGCAGAGTGTTTATGCGCTACTTCGTACTAGAGACATGGCCATATCEST: gi|38475765|gb|CF959898.1|CF959898
genomic: AAGCTTGCATGTGAAGAAGCTCTCAAGAAGATGTATTCCTTGCTTGAAAAgtaagcatct ... cttatgtcagAGTGGAGCAGAGTGTTTATGCGCTACTTCGTACTAGAGACATGGCCATATC
EST: AAGCTTGCATGTGAAGAAGCTCTCAAGAAGATGTATTCCTTGCTTGAAAA AGTGGAGCAGAGTGTTTATGCGCTACTTCGTACTAGAEST: gi|29668095|gb|CB664370.1|CB664370
genomic: AAGCTTGCATGTGAAGAAGCTCTCAAGAAGATGTATTCCTTGCTTGAAAAgtaagcatct ... cttatgtcagAGTGGAGCAGAGTGTTTATGCGCTACTTCGTACTAGA
EST: AAGCTTGCATGTGAAGAAGCTCTCAAGAAGATGTATTCCTTGCTTGAAAA AGTGGAGCAGAGTGTTTATGCGCTACTTCGTACTAGAGACATGGCCATATCEST: gi|58609462|gb|CK037495.1|CK037495
genomic: AAGCTTGCATGTGAAGAAGCTCTCAAGAAGATGTATTCCTTGCTTGAAAAgtaagcatct ... cttatgtcagAGTGGAGCAGAGTGTTTATGCGCTACTTCGTACTAGAGACATGGCCATATC
EST: AAGCGGGCATGTGAAGAAGCTCTCAAGAAGATGTATTCCTTGCTTGAAAA AGTGGAGCAGAGTGTTTATGCGCTACTTCGTACTAGAGACATGGCCATATCEST: gi|29629417|gb|CB634426.1|CB634426
genomic: AAGCTTGCATGTGAAGAAGCTCTCAAGAAGATGTATTCCTTGCTTGAAAAgtaagcatct ... cttatgtcagAGTGGAGCAGAGTGTTTATGCGCTACTTCGTACTAGAGACATGGCCATATC
EST: AAGCTTGCATGTGAAGAAGCTCTCAAGAAGATGTATTCCTTGCTTGAAAA AGTGGAGCAGAGTGTTTATGCGCTACTTCGTACTAGAGACATGGCCATATC
genomic: AAGCTTGCATGTGAAGAAGCTCTCAAGAAGATGTATTCCTTGCTTGAAAAgtaagcatct ... cttatgtcagAGTGGAGCAGAGTGTTTATGCGCTACTTCGTACTAGAGACATGGCCATATC
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| AAGACCTGCTAAAATTAGAACATAAGGTTTCGTCGTTTACTGATGATCCAAAGCTTGCATGTGAAGAAGCTCTCAAGAAGATGTATTCCTTGCTTGAAAAgtaagcatctcctctgaaccattctctcccaaattccattgttcttcagagtgagataataaatatcttgtcaagtccaaatatgtttagcaagcataagcatttgatgtttaattggactaacaagtattatacttatgtcag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGATG